5mpp

Structure of AaLS-wt

Method: ELECTRON MICROSCOPY

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

Aquifex aeolicus

UniProt O66529

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 60 无其他共同聚合物 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RISB_AQUAE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 0; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 1; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 2; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 3; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 4; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 5; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 6; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 7; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 8; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 9; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 A; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 B; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 C; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 D; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 E; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 F; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 G; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 H; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 I; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 J; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 K; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 L; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 M; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 N; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 O; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 P; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 Q; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 R; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 S; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 T; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 U; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 V; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 W; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 X; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 Y; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 Z; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 a; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 b; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 c; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 d; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 e; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 f; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 g; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 h; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 i; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 j; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 k; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 l; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 m; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 n; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 o; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 p; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 q; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 r; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 s; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 t; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 u; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 v; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 w; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154 作者链 x; PDB构建体 1–154; UniProt 1–154

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5mpp
沉积日期 deposition_date2016-12-17
结构标题 titleStructure of AaLS-wt
关键词 keywordscryo-EM, protein cage, dodecahedron, lumazine synthase, Transferase; TRANSFERASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5mpp__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5mpp__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 1010 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

5mpp__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)65.58 Å
Rg(电子密度)64.19 Å
总 Rg64.52 Å
原子数70560
残基数9240
排除体积1261600 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 5mpp__assembly_1__model_1 60-meric (60) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 60 domains

CATH v4.4 (60 domains)

结构域编号 domain_id5mpp000
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mpp100
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mpp200
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mpp300
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mpp400
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mpp500
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mpp600
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mpp700
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mpp800
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mpp900
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppE00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppG00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppH00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppI00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppJ00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppK00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppL00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppM00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppN00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppO00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppP00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppQ00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppR00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppS00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppT00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppU00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppV00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppW00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppX00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppY00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppZ00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppa00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppb00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppc00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppd00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppe00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppf00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppg00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mpph00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppi00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppj00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppk00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppl00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppm00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppn00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppo00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppp00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppq00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppr00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mpps00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppt00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppu00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppv00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppw00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase
结构域编号 domain_id5mppx00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily960 — Lumazine/riboflavin synthase

7. 引用文献 (1)