SAXSdb — 5mq3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

Aquifex aeolicus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 180	无其他共同聚合物	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RISB_AQUAE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 AA； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 AB； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 AC； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 AD； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 AE； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 AF； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 AG； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 AH； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 AI； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 AJ； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 AK； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 AL； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 AM； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 AN； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 AO； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 BA； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 BB； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 BC； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 BD； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 BE； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 BF； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 BG； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 BH； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 BI； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 BJ； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 BK； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 BL； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 BM； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 BN； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 BO； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 CA； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 CB； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 CC； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 CD； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 CE； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 CF； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 CG； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 CH； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 CI； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 CJ； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 CK； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 CL； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 CM； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 CN； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 CO； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 DA； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 DB； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 DC； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 DD； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 DE； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 DF； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 DG； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 DH； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 DI； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 DJ； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 DK； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 DL； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 DM； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 DN； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 DO； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 EA； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 EB； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 EC； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 ED； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 EE； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 EF； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 EG； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 EH； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 EI； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 EJ； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 EK； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 EL； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 EM； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 EN； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 EO； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 FA； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 FB； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 FC； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 FD； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 FE； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 FF； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 FG； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 FH； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 FI； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 FJ； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 FK； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 FL； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 FM； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 FN； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 FO； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 GA； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 GB； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 GC； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 GD； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 GE； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 GF； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 GG； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 GH； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 GI； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 GJ； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 GK； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 GL； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 GM； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 GN； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 GO； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 HA； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 HB； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 HC； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 HD； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 HE； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 HF； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 HG； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 HH； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 HI； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 HJ； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 HK； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 HL； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 HM； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 HN； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 HO； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 IA； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 IB； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 IC； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 ID； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 IE； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 IF； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 IG； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 IH； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 II； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 IJ； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 IK； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 IL； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 IM； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 IN； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 IO； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 JA； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 JB； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 JC； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 JD； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 JE； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 JF； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 JG； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 JH； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 JI； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 JJ； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 JK； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 JL； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 JM； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 JN； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 JO； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 KA； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 KB； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 KC； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 KD； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 KE； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 KF； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 KG； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 KH； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 KI； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 KJ； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 KK； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 KL； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 KM； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 KN； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 KO； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 LA； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 LB； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 LC； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 LD； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 LE； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 LF； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 LG； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 LH； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 LI； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 LJ； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 LK； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 LL； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 LM； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 LN； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154 作者链 LO； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5mq3
沉积日期 deposition_date	2016-12-20
结构标题 title	Structure of AaLS-neg
关键词 keywords	cryo-EM, porous protein cage, tetrahedral symmetry, engineered lumazine synthase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5mq3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5mq3__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5mq3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	124.80 Å
总 Rg	124.80 Å
原子数	143640
残基数	28980
排除体积	2331800 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5mq3__assembly_1__model_1`	180-meric （180）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	5.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	26769

描述 description	6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
分子量 formula_weight	17690.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.78
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	180

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	;AA,AB,AC,AD,AE,AF,AG,AH,AI,AJ,AK,AL,AM,AN,AO,BA,BB,BC,BD,BE,BF,BG,BH,BI,BJ,BK,BL,BM,BN,BO,CA,CB,CC,CD,CE,CF,CG,CH,CI,CJ,CK,CL,CM,CN,CO,DA,DB,DC,DD,DE,DF,DG,DH,DI,DJ,DK,DL,DM,DN,DO,EA,EB,EC,ED,EE,EF,EG,EH,EI,EJ,EK,EL,EM,EN,EO,FA,FB,FC,FD,FE,FF,FG,FH,FI,FJ,FK,FL,FM,FN,FO,GA,GB,GC,GD,GE,GF,GG,GH,GI,GJ,GK,GL,GM,GN,GO,HA,HB,HC,HD,HE,HF,HG,HH,HI,HJ,HK,HL,HM,HN,HO,IA,IB,IC,ID,IE,IF,IG,IH,II,IJ,IK,IL,IM,IN,IO,JA,JB,JC,JD,JE,JF,JG,JH,JI,JJ,JK,JL,JM,JN,JO,KA,KB,KC,KD,KE,KF,KG,KH,KI,KJ,KK,KL,KM,KN,KO,LA,LB,LC,LD,LE,LF,LG,LH,LI,LJ,LK,LL,LM,LN,LO ;
原子数 atom_count	143640

Structure of AaLS-neg

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5mq3__assembly_1__model_1

5mq3__assembly_1__model_1 | I(q)

5mq3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Aquifex aeolicus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	63363
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Structure of AaLS-neg

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5mq3__assembly_1__model_1

5mq3__assembly_1__model_1 | I(q)

5mq3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)