5n85

Structure of RPA70N in complex with PrimPol (fragment 514-525)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 50.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit

Homo sapiens

UniProt P27694

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–120 突变:E7R DNA-directed primase/polymerase protein × 1 (Q96LW4) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.5;293.15 K;0.2 M Ammonium acetate 0.1 M Sodium acetate 4.5 20 % w/v PEG 3350 分辨率 2.00 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 41 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RFA1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–123; UniProt 1–120

DNA-directed primase/polymerase protein

物种未注明

UniProt Q96LW4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 514–528 片段:UNP Residues 514-528 Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit × 1 (P27694) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 4.5;293.15 K;0.2 M Ammonium acetate 0.1 M Sodium acetate 4.5 20 % w/v PEG 3350 分辨率 2.00 Å R-free 0.228

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRIPO_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–15; UniProt 514–528

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5n85

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5n85
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5n85
沉积日期 deposition_date2017-02-23
结构标题 titleStructure of RPA70N in complex with PrimPol (fragment 514-525)
关键词 keywordsComplex, Replication, Basic cleft, protein binding; PROTEIN BINDING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.43
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.96
零角强度 I(0) i04215740.00
分子量 molecular_weight14619.0 kDa
排除体积 excluded_volume18383 ų
包络体积 envelope_volume20679 ų
水化壳体积 shell_volume12517 ų
包络直径 envelope_diameter49.6
壳层 Rg shell_rg19.89
包络 Rg envelope_rg14.29
形状 Rg shape_rg13.97
总 Rg total_rg15.15
总原子数 total_atoms1023
残基数 n_residues133
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax50.1
Rg (实空间) rg_real15.32
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.25
I(0) (实空间) i0_real4.2160e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.5460e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.34
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4216000.0000
解质量估计 total_estimate0.8047
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary19.0
偏度 Skewness skewness0.096
峰度 Kurtosis kurtosis-0.395
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha915100.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.820; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id5n85A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)