5of4

The cryo-EM structure of human TFIIH

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit,XPB,TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit

物种未注明

UniProt P19447

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	TFIIH basal transcription factor complex helicase XPD subunit × 1 （P18074） General transcription factor IIH subunit 4,p52,General transcription factor IIH subunit 4 × 1 （Q92759） General transcription factor IIH subunit 2 × 1 （Q13888） General transcription factor IIH subunit 3 × 1 （Q13889） General transcription factor IIH subunit 5 × 1 （Q6ZYL4） MAT1 × 1 Unassigned secondary structure elements. × 1 Unassigned secondary structure elements (p52 region) × 1 Unassigned secondary structure elements (XPB NTE region) × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	ERCC3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 37–553； UniProt 266–782

TFIIH basal transcription factor complex helicase XPD subunit

物种未注明

UniProt P18074

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit,XPB,TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit × 1 （P19447） General transcription factor IIH subunit 4,p52,General transcription factor IIH subunit 4 × 1 （Q92759） General transcription factor IIH subunit 2 × 1 （Q13888） General transcription factor IIH subunit 3 × 1 （Q13889） General transcription factor IIH subunit 5 × 1 （Q6ZYL4） MAT1 × 1 Unassigned secondary structure elements. × 1 Unassigned secondary structure elements (p52 region) × 1 Unassigned secondary structure elements (XPB NTE region) × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	ERCC2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–760； UniProt 1–760

General transcription factor IIH subunit 4,p52,General transcription factor IIH subunit 4

物种未注明

UniProt Q92759

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit,XPB,TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit × 1 （P19447） TFIIH basal transcription factor complex helicase XPD subunit × 1 （P18074） General transcription factor IIH subunit 2 × 1 （Q13888） General transcription factor IIH subunit 3 × 1 （Q13889） General transcription factor IIH subunit 5 × 1 （Q6ZYL4） MAT1 × 1 Unassigned secondary structure elements. × 1 Unassigned secondary structure elements (p52 region) × 1 Unassigned secondary structure elements (XPB NTE region) × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	TF2H4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 7–85； UniProt 384–462

General transcription factor IIH subunit 2

物种未注明

UniProt Q13888

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit,XPB,TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit × 1 （P19447） TFIIH basal transcription factor complex helicase XPD subunit × 1 （P18074） General transcription factor IIH subunit 4,p52,General transcription factor IIH subunit 4 × 1 （Q92759） General transcription factor IIH subunit 3 × 1 （Q13889） General transcription factor IIH subunit 5 × 1 （Q6ZYL4） MAT1 × 1 Unassigned secondary structure elements. × 1 Unassigned secondary structure elements (p52 region) × 1 Unassigned secondary structure elements (XPB NTE region) × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	TF2H2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395

General transcription factor IIH subunit 3

物种未注明

UniProt Q13889

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit,XPB,TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit × 1 （P19447） TFIIH basal transcription factor complex helicase XPD subunit × 1 （P18074） General transcription factor IIH subunit 4,p52,General transcription factor IIH subunit 4 × 1 （Q92759） General transcription factor IIH subunit 2 × 1 （Q13888） General transcription factor IIH subunit 5 × 1 （Q6ZYL4） MAT1 × 1 Unassigned secondary structure elements. × 1 Unassigned secondary structure elements (p52 region) × 1 Unassigned secondary structure elements (XPB NTE region) × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	TF2H3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–308； UniProt 1–308

General transcription factor IIH subunit 5

物种未注明

UniProt Q6ZYL4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit,XPB,TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit × 1 （P19447） TFIIH basal transcription factor complex helicase XPD subunit × 1 （P18074） General transcription factor IIH subunit 4,p52,General transcription factor IIH subunit 4 × 1 （Q92759） General transcription factor IIH subunit 2 × 1 （Q13888） General transcription factor IIH subunit 3 × 1 （Q13889） MAT1 × 1 Unassigned secondary structure elements. × 1 Unassigned secondary structure elements (p52 region) × 1 Unassigned secondary structure elements (XPB NTE region) × 1 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	TF2H5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–71； UniProt 1–71

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5of4
沉积日期 deposition_date	2017-07-10
结构标题 title	The cryo-EM structure of human TFIIH
关键词 keywords	transcription initiation, DNA repair, multiprotein complex, kinase, helicase, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5of4__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5of4__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5of4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	51.84 Å
Rg（电子密度）	51.66 Å
总 Rg	51.51 Å
原子数	17200
残基数	2463
排除体积	301930 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5of4__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit,XPB,TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit
分子量 formula_weight	62426.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12,3.6.4.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	17200

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXQTVSFEVKQEMIEELQKRCIHLEYPLLAEYDFRNDSVNPDINIDLKPTAVLRPYQEKSLRKMFGNGRARSGVIVLPCGAGKSLVGVTAACTVRKRCLVLGNSAVSVEQWKAQFKMWSTIDDSQICRFTSDAKDKPIGCSVAISTYSMLGHTTKRSWEAERVMEWLKTQEWGLMILDEVHTIPAKMFRRVLTIVQAHCKLGLTATLVREDDKIVDLNFLIGPKLYEANWMELQNNGYIAKVQCAEVWCPMSPEFYREYVAIKTKKRILLYTMNPNKFRACQFLIKFHERRNDKIIVFADNVFALKEYAIRLNKPYIYGPTSQGERMQILQNFKHNPKINTIFISKVGDTSFDLPEANVLIQISSHGGSRRQEAQRLGRVLRAKKGMVAEEYNAFFYSLVSQDTQEMAYSTKRQRFLVDQGYSFKVITKLAGMEEEDLAFSTKEEQQQLLQKVLAATDLDAEEEVVAGEFGSRSSQASRRFGTMSSMSGADDTVYMEYHSSRSKAPSKHVHPLFKRFRK

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	TFIIH basal transcription factor complex helicase XPD subunit
分子量 formula_weight	87021.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MKLNVDGLLVYFPYDYIYPEQFSYMRELKRTLDAKGHGVLEMPSGTGKTVSLLALIMAYQRAYPLEVTKLIYCSRTVPEIEKVIEELRKLLNFYEKQEGEKLPFLGLALSSRKNLCIHPEVTPLRFGKDVDGKCHSLTASYVRAQYQHDTSLPHCRFYEEFDAHGREVPLPAGIYNLDDLKALGRRQGWCPYFLARYSILHANVVVYSYHYLLDPKIADLVSKELARKAVVVFDEAHNIDNVCIDSMSVNLTRRTLDRCQGNLETLQKTVLRIKETDEQRLRDEYRRLVEGLREASAARETDAHLANPVLPDEVLQEAVPGSIRTAEHFLGFLRRLLEYVKWRLRVQHVVQESPPAFLSGLAQRVCIQRKPLRFCAERLRSLLHTLEITDLADFSPLTLLANFATLVSTYAKGFTIIIEPFDDRTPTIANPILHFSCMDASLAIKPVFERFQSVIITSGTLSPLDIYPKILDFHPVTMATFTMTLARVCLCPMIIGRGNDQVAISSKFETREDIAVIRNYGNLLLEMSAVVPDGIVAFFTSYQYMESTVASWYEQGILENIQRNKLLFIETQDGAETSVALEKYQEACENGRGAILLSVARGKVSEGIDFVHHYGRAVIMFGVPYVYTQSRILKARLEYLRDQFQIRENDFLTFDAMRHAAQCVGRAIRGKTDYGLMVFADKRFARGDKRGKLPRWIQEHLTDANLNLTVDEGVQVAKYFLRQMAQPFHREDQLGLSLLSLEQLESEETLKRIEQIAQQL

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	General transcription factor IIH subunit 4,p52,General transcription factor IIH subunit 4
分子量 formula_weight	9875.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

XXXXXLPPTITDQIRLWELERDRLRFTEGVLYNQFLSQVDFELLLAHARELGVLVFENSAKRLMVVTPAGHSDVKRFWKRQKHSS

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	General transcription factor IIH subunit 2
分子量 formula_weight	44482.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MDEEPERTKRWEGGYERTWEILKEDESGSLKATIEDILFKAKRKRVFEHHGQVRLGMMRHLYVVVDGSRTMEDQDLKPNRLTCTLKLLEYFVEEYFDQNPISQIGIIVTKSKRAEKLTELSGNPRKHITSLKKAVDMTCHGEPSLYNSLSIAMQTLKHMPGHTSREVLIIFSSLTTCDPSNIYDLIKTLKAAKIRVSVIGLSAEVRVCTVLARETGGTYHVILDESHYKELLTHHVSPPPASSSSECSLIRMGFPQHTIASLSDQDAKPSFSMAHLDGNTEPGLTLGGYFCPQCRAKYCELPVECKICGLTLVSAPHLARSYHHLFPLDAFQEIPLEEYNGERFCYGCQGELKDQHVYVCAVCQNVFCVDCDVFVHDSLHCCPGCIHKIPAPSGV

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	General transcription factor IIH subunit 3
分子量 formula_weight	34416.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MVSDEDELNLLVIVVDANPIWWGKQALKESQFTLSKCIDAVMVLGNSHLFMNRSNKLAVIASHIQESRFLYPGKNGRLGDFFGDPGNPPEFNPSGSKDGKYELLTSANEVIVEEIKDLMTKSDIKGQHTETLLAGSLAKALCYIHRMNKEVKDNQEMKSRILVIKAAEDSALQYMNFMNVIFAAQKQNILIDACVLDSDSGLLQQACDITGGLYLKVPQMPSLLQYLLWVFLPDQDQRSQLILPPPVHVDYRAACFCHRNLIEIGYVCSVCLSIFCNFSPICTTCETAFKISLPPVLKAKKKKLKVSA

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	General transcription factor IIH subunit 5
分子量 formula_weight	8060.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MVNVLKGVLIECDPAMKQFLLYLDESNALGKKFIIQDIDDTHVFVIAELVNVLQERVGELMDQNAFSLTQK

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	MAT1
分子量 formula_weight	10571.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Unassigned secondary structure elements.
分子量 formula_weight	22996.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Unassigned secondary structure elements (p52 region)
分子量 formula_weight	19762.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	Unassigned secondary structure elements (XPB NTE region)
分子量 formula_weight	6656.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.400 Å
最低分辨率 resolution_low	166.320 Å
R 因子 r_factor	0.3353
R_work r_work	0.3353
R_free r_free	—

分辨率 resolution	4.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	122900

The cryo-EM structure of human TFIIH

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit,XPB,TFIIH basal transcription factor complex helicase XPB subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

TFIIH basal transcription factor complex helicase XPD subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

General transcription factor IIH subunit 4,p52,General transcription factor IIH subunit 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

General transcription factor IIH subunit 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

General transcription factor IIH subunit 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

General transcription factor IIH subunit 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5of4__assembly_1__model_1

5of4__assembly_1__model_1 | I(q)

5of4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

实体 10 Entity 10 polymer