SAXSdb — 5oun

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RuvB-like protein 2

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 132–234	未记录	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1 NMR样品组成：1 mM [U-13C; U-15N] Rvb2DII, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5OUN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6GEJ Chromatin remodeller-nucleosome complex at 3.6 A resolution. 提交 2018-04-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 U 1–471（471 aa）链 W 1–471（471 aa）链 Y 1–471（471 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6GEN Chromatin remodeller-nucleosome complex at 4.5 A resolution. 提交 2018-04-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 U 1–471（471 aa）链 W 1–471（471 aa）链 Y 1–471（471 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8ETS Class1 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 U 15–471（457 aa）链 W 15–471（457 aa）链 Y 15–471（457 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 3.04 Å
8ETU Class2 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 U 15–471（457 aa）链 W 15–471（457 aa）链 Y 15–471（457 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 2.80 Å
8ETW Class3 of INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 U 15–471（457 aa）链 W 15–471（457 aa）链 Y 15–471（457 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 2.64 Å
8EU9 Class1 of the INO80-Nucleosome complex 提交 2022-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 U 15–460（446 aa）链 W 15–460（446 aa）链 Y 15–460（446 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 3.48 Å
8EUF Class2 of the INO80-Nucleosome complex 提交 2022-10-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 U 1–460（460 aa）链 W 1–460（460 aa）链 Y 1–460（460 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 3.41 Å
8QKU SWR1-nucleosome complex in configuration 1 提交 2023-09-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 U 1–471（471 aa）链 W 1–471（471 aa）链 Y 1–471（471 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8QKV SWR1-nucleosome complex in configuration 2 提交 2023-09-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 U 1–471（471 aa）链 W 1–471（471 aa）链 Y 1–471（471 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.70 Å
8QYV SWR1-hexasome complex 提交 2023-10-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：19-meric	链 U 1–471（471 aa）链 W 1–471（471 aa）链 Y 1–471（471 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8QZ0 SWR1-hexasome-dimer complex 提交 2023-10-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric	链 U 1–471（471 aa）链 W 1–471（471 aa）链 Y 1–471（471 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
9B1D Cryo-EM structure of native SWR1 bound to DNA (composite structure) 提交 2024-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric	链 F 1–471（471 aa）链 H 1–471（471 aa）链 J 1–471（471 aa）	未记录	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 4 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；20 mM HEPES pH 7.6, 0.2 mM EDTA, 2 mM MgCl2, 100 mM NaCl, 0.01% IGEPAL CA-630, 3.5% glycerol, and 0.25 mM TCEP, 1 mM ATP-gamma-s, 0.05% glutaraldehyde. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；6 second blot time and blot force of 12.	分辨率 3.30 Å
9B1E Cryo-EM structure of native SWR1 bound to nucleosome (composite structure) 提交 2024-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric	链 F 1–471（471 aa）链 H 1–471（471 aa）链 J 1–471（471 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6；80 nM SWR1, 160 nM nucleosomes, 1 mM ADP, 10 mM NaF, 8 mM BeCl2, 0.05% glutaraldehyde, 20 mM HEPES-KOH pH 7.6, 1.5 mM MgCl2, 0.25 mM TCEP, 0.01% IGEPAL CA-630, 1% glycerol cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；3 second blot time and blot force of 10.	分辨率 4.40 Å
9C9G S.c INO80 in complex with S.c 0/80 nucleosome 提交 2024-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric	链 U 1–471（471 aa）链 W 1–471（471 aa）链 Y 1–471（471 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 2.91 Å
9C9S S.c INO80 in complex with S.c 0/40 nucleosome, Class 1 提交 2024-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric	链 U 1–471（471 aa）链 W 1–471（471 aa）链 Y 1–471（471 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 3.09 Å
9C9T S.c INO80 in complex with S.c 0/40 nucleosome, Class 2 提交 2024-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric	链 U 1–460（460 aa）片段：residues 1-460 链 W 1–460（460 aa）片段：residues 1-460 链 Y 1–460（460 aa）片段：residues 1-460	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 3.16 Å
9C9Z S.c INO80 in complex with Xenopus 0/80 nucleosome, INO80 Core 提交 2024-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 U 1–460（460 aa）片段：residues 1-460 链 W 1–460（460 aa）片段：residues 1-460 链 Y 1–460（460 aa）片段：residues 1-460	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 2.55 Å
9CAN S.c INO80 in complex with Xenopus 0/40 nucleosome 提交 2024-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric	链 U 1–460（460 aa）片段：residues 1-460 链 W 1–460（460 aa）片段：residues 1-460 链 Y 1–460（460 aa）片段：residues 1-460	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 3.30 Å
9CAT DeltaArp8 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, INO80 Core Module 提交 2024-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 U 1–460（460 aa）片段：residues 1-460 链 W 1–460（460 aa）片段：residues 1-460 链 Y 1–460（460 aa）片段：residues 1-460	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 2.90 Å
9CCD DeltaNhp10 INO80 bound to S.c 0/40 nucleosome, INO80 core module 提交 2024-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 U 1–460（460 aa）片段：residues 1-460 链 W 1–460（460 aa）片段：residues 1-460 链 Y 1–460（460 aa）片段：residues 1-460	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 3.01 Å
9FBW SWR1 lacking Swc5 subunit in complex with hexasome 提交 2024-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric	链 U 1–471（471 aa）链 W 1–471（471 aa）链 Y 1–471（471 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
9OB1 S.c INO80 in complex with Yeast 0/80 nucleosome, Apo State 提交 2025-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric	链 U 1–471（471 aa）链 W 1–471（471 aa）链 Y 1–471（471 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 OTHER	分辨率 3.20 Å

共 22 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RUVB2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–107； UniProt 132–234

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5oun
沉积日期 deposition_date	2017-08-24
结构标题 title	NMR solution structure of the external DII domain of Rvb2 from Saccharomyces cerevisiae
关键词 keywords	ATPase Chaperon Rvb1 Rvb2 RuvBL1 RuvBL2 NMR snoRNP, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.99 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.47 Å
零角强度 I(0) i0	842230000.00
分子量 molecular_weight	236510.0 kDa
排除体积 excluded_volume	294420 Å³
包络体积 envelope_volume	119020 Å³
水化壳体积 shell_volume	34273 Å³
包络直径 envelope_diameter	115.8 Å
壳层 Rg shell_rg	35.58 Å
包络 Rg envelope_rg	30.53 Å
形状 Rg shape_rg	19.45 Å
总 Rg total_rg	20.14 Å
总原子数 total_atoms	33460
残基数 n_residues	2140
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	53.0 Å
Rg (实空间) rg_real	18.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.9780e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.1010e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	842200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6813
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	18.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.371
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.517
角度范围 angular_range	— – 0.4000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	3.2860
最高正则化参数 α highest_alpha	503000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.007; Oscil: 0.977; Stabil: 0.985; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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描述 description	RuvB-like protein 2
分子量 formula_weight	11845.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	33460

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/ou/5oun/5oun.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ou/5oun/5oun.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ou/5oun/5oun.dat

NMR solution structure of the external DII domain of Rvb2 from Saccharomyces cerevisiae

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RuvB-like protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)