5tpa

Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with compound 9 (GNE3500)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 86.2 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 401–539 链 A； UniProt 661–802	片段：Ligand binding domain (UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802)	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1 × 1 （Q05586） GLU GLUTAMIC ACID × 1 7H2 (1R,2R)-2-(2-{[5-chloro-3-(trifluoromethyl)-1H-pyrazol-1-yl]methyl}-7-methyl-4-oxo-4H-pyrido[1,2-a]pyrimidin-6-yl)cyclopropane-1-carbonitrile × 1 GLY GLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate	分辨率 2.48 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5TPA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3NFL Crystal structure of the PTPN4 PDZ domain complexed with the C-terminus of the GluN2A NMDA receptor subunit 提交 2010-06-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1449–1464（16 aa）片段：UNP residues 1449-1464	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；24% PEG 4000, 0.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.91 Å R-free 0.246
3NFL Crystal structure of the PTPN4 PDZ domain complexed with the C-terminus of the GluN2A NMDA receptor subunit 提交 2010-06-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1449–1464（16 aa）片段：UNP residues 1449-1464	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；24% PEG 4000, 0.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.91 Å R-free 0.246
3NFL Crystal structure of the PTPN4 PDZ domain complexed with the C-terminus of the GluN2A NMDA receptor subunit 提交 2010-06-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1449–1464（16 aa）片段：UNP residues 1449-1464	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；24% PEG 4000, 0.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.91 Å R-free 0.246
3NFL Crystal structure of the PTPN4 PDZ domain complexed with the C-terminus of the GluN2A NMDA receptor subunit 提交 2010-06-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1449–1464（16 aa）片段：UNP residues 1449-1464	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；24% PEG 4000, 0.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.91 Å R-free 0.246
3NFL Crystal structure of the PTPN4 PDZ domain complexed with the C-terminus of the GluN2A NMDA receptor subunit 提交 2010-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1449–1464（16 aa）片段：UNP residues 1449-1464 链 H 1449–1464（16 aa）片段：UNP residues 1449-1464	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；24% PEG 4000, 0.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.91 Å R-free 0.246
3NFL Crystal structure of the PTPN4 PDZ domain complexed with the C-terminus of the GluN2A NMDA receptor subunit 提交 2010-06-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 1449–1464（16 aa）片段：UNP residues 1449-1464 链 G 1449–1464（16 aa）片段：UNP residues 1449-1464	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；24% PEG 4000, 0.2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.91 Å R-free 0.246
5H8F Structure of the apo human GluN1/GluN2A LBD 提交 2015-12-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 401–539（139 aa）片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802 链 A 661–802（142 aa）片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802	未记录	GOL GLYCEROL × 6 GLU GLUTAMIC ACID × 1 GLY GLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)	分辨率 1.81 Å R-free 0.207
5H8H Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with GNE3419 提交 2015-12-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 401–539（139 aa）片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802 链 A 661–802（142 aa）片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802	未记录	ACT ACETATE ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1 GLY GLYCINE × 1 5YC 7-[[ethyl(phenyl)amino]methyl]-2-methyl-[1,3,4]thiadiazolo[3,2-a]pyrimidin-5-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)	分辨率 2.23 Å R-free 0.227
5H8N Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with NAM 提交 2015-12-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 401–539（139 aa）片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802 链 A 661–802（142 aa）片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802	未记录	GLU GLUTAMIC ACID × 1 5YD 4-[[(4-fluorophenyl)sulfonylamino]methyl]-~{N}-(pyridin-3-ylmethyl)benzamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 GLY GLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)	分辨率 2.50 Å R-free 0.236
5H8Q Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with GNE8324 提交 2015-12-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 401–539（139 aa）片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802 链 A 661–802（142 aa）片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802	未记录	ACT ACETATE ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 GLY GLYCINE × 1 5YE 6-[[ethyl-(4-fluorophenyl)amino]methyl]-2,3-dihydro-1~{H}-cyclopenta[3,4][1,3]thiazolo[1,4-~{a}]pyrimidin-8-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)	分辨率 1.90 Å R-free 0.209
5I2K Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with 7-{[ethyl(4-fluorophenyl)amino]methyl}-N,2-dimethyl-5-oxo-5H-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidine-3-carboxamide (compound 19) 提交 2016-02-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 401–539（139 aa）片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802 链 A 661–802（142 aa）片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802	未记录	GLU GLUTAMIC ACID × 1 GLY GLYCINE × 1 67H 7-{[ethyl(4-fluorophenyl)amino]methyl}-N,2-dimethyl-5-oxo-5H-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)	分辨率 2.86 Å R-free 0.256
5I2N Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with N-ethyl-7-{[2-fluoro-3-(trifluoromethyl)phenyl]methyl}-2-methyl-5-oxo-5H-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidine-3-carboxamide (compound 29) 提交 2016-02-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 401–539（139 aa）片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802 链 A 661–802（142 aa）片段：UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802	未记录	CA CALCIUM ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 67J N-ethyl-7-{[2-fluoro-3-(trifluoromethyl)phenyl]methyl}-2-methyl-5-oxo-5H-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidine-3-carboxamide × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 GLY GLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)	分辨率 2.12 Å R-free 0.223
5KCJ Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with GNE6901 提交 2016-06-06	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 401–539（139 aa）片段：Ligand binding domain (UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802) 链 A 661–802（142 aa）片段：Ligand binding domain (UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802)	未记录	ACT ACETATE ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 GLY GLYCINE × 1 6RM 7-[(4-fluoranylphenoxy)methyl]-3-[(1~{R},2~{R})-2-(hydroxymethyl)cyclopropyl]-2-methyl-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidin-5-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate	分辨率 2.09 Å R-free 0.225
5KDT Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with GNE0723 提交 2016-06-08	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 401–539（139 aa）片段：Ligand binding domain (UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802) 链 A 661–802（142 aa）片段：Ligand binding domain (UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802)	未记录	ACT ACETATE ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 6RV (1~{R},2~{R})-2-[7-[[5-chloranyl-3-(trifluoromethyl)pyrazol-1-yl]methyl]-5-oxidanylidene-2-(trifluoromethyl)-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidin-3-yl]cyclopropane-1-carbonitrile × 1 GLY GLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate	分辨率 2.44 Å R-free 0.240
5TP9 Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with compound 2 (GNE9178) 提交 2016-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 401–539（139 aa）片段：Ligand binding domain (UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802) 链 A 661–802（142 aa）片段：Ligand binding domain (UNP residues 401-539, GT linker, UNP residues 661-802)	未记录	ACT ACETATE ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 7H0 7-{[5-chloro-3-(trifluoromethyl)-1H-pyrazol-1-yl]methyl}-N-ethyl-2-methyl-5-oxo-5H-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidine-3-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 GLY GLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate	分辨率 2.40 Å R-free 0.237
6IRA Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glutamate/glycine-bound state at pH 7.8 提交 2018-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–842（842 aa）链 D 1–842（842 aa）	突变：E656R, E657R 突变：E656R, E657R	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8；Solutions were made fresh. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging in liquid ethane.	分辨率 4.50 Å
6IRF Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glutamate/glycine-bound state at pH 6.3, Class I 提交 2018-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–841（841 aa）链 D 1–841（841 aa）	突变：E656R, E657R 突变：E656R, E657R	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.3；Solutions were made fresh. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging in liquid ethane	分辨率 5.10 Å
6IRG Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glutamate/glycine-bound state at pH 6.3, Class II 提交 2018-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–841（841 aa）链 D 1–841（841 aa）	突变：E656R, E657R 突变：E656R, E657R	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.3；Solutions were made fresh. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging in liquid ethane	分辨率 5.50 Å
6IRH Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glutamate/glycine-bound state at pH 6.3, Class III 提交 2018-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–841（841 aa）链 D 1–841（841 aa）	突变：E656R, E657R 突变：E656R, E657R	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.3；Solutions were made fresh. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging in liquid ethane	分辨率 7.80 Å
7EOQ Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glycine/CPP bound state 提交 2021-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–842（842 aa）链 C 1–842（842 aa）	突变：L794C 突变：L794C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 7RC (2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
7EOR Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glycine/glutamate/GNE-6901 bound state 提交 2021-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–842（842 aa）链 C 1–842（842 aa）	突变：L794C 突变：L794C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 6RM 7-[(4-fluoranylphenoxy)methyl]-3-[(1~{R},2~{R})-2-(hydroxymethyl)cyclopropyl]-2-methyl-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidin-5-one × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
7EOS Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glycine/glutamate bound state 提交 2021-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–842（842 aa）链 C 1–842（842 aa）	突变：L794C 突变：L794C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
7EOT Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the CGP-78608/glutamate bound state 提交 2021-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–842（842 aa）链 C 1–842（842 aa）	突变：L794C 突变：L794C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 J86 [(1S)-1-[[7-bromanyl-2,3-bis(oxidanylidene)-1,4-dihydroquinoxalin-5-yl]methylamino]ethyl]phosphonic acid × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7EOU Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glycine/glutamate/GNE-6901/9-AA bound state 提交 2021-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–842（842 aa）链 C 1–842（842 aa）	突变：L794C 突变：L794C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 AA 9-AMINOACRIDINE × 1 6RM 7-[(4-fluoranylphenoxy)methyl]-3-[(1~{R},2~{R})-2-(hydroxymethyl)cyclopropyl]-2-methyl-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidin-5-one × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
7EU7 Structure of the human GluN1-GluN2A NMDA receptor in complex with S-ketamine, glycine and glutamate 提交 2021-05-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–841（841 aa）链 D 1–841（841 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 JC9 (2~{S})-2-(2-chlorophenyl)-2-(methylamino)cyclohexan-1-one × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8E99 Human GluN1a-GluN2A-GluN2C triheteromeric NMDA receptor in complex with Nb-4 提交 2022-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 30–851（822 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.24 Å
8JIZ Cryo-EM structure of GluN1-2A NMDAR in complex with human Fab5F6 in two fab bind conformation 提交 2023-05-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–841（841 aa）链 C 1–841（841 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8JJ0 Cryo-EM structure of GluN1-2A NMDAR in complex with human Fab5F6 in one fab bind conformation 提交 2023-05-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–841（841 aa）链 C 1–841（841 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
8JJ1 Cryo-EM structure of GluN1-2A NMDAR in complex with human Fab2G7 in two fab conformation 提交 2023-05-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–841（841 aa）链 C 1–841（841 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.77 Å
8JJ2 Cryo-EM structure of GluN1-2A NMDAR in complex with human Fab2G7 in one fab conformation 提交 2023-05-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–841（841 aa）链 C 1–841（841 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
8VUH Human GluN1-2A IgG 003-102 splayed conformation 提交 2024-01-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 34–841（808 aa）链 D 34–841（808 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.42 Å
8VUJ Human GluN1-2A with Fab 003-102 提交 2024-01-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 34–841（808 aa）链 D 34–841（808 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.92 Å
8VUL Human GluN1-2A with Fab 003-102 Local refinement of ATD 提交 2024-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 34–399（366 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.83 Å
8VUN Human GluN1-2A With Fab 008-218 提交 2024-01-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 34–841（808 aa）链 D 34–841（808 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.01 Å
8VUQ Human GluN1-2A with Fab 008-218 Local refinement of ATD 提交 2024-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 34–396（363 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.85 Å
8VUR Human GluN1-2A with IgG 003-102 WT conformation 提交 2024-01-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 34–841（808 aa）链 D 34–841（808 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.84 Å
8VUT Human GluN1-2A with IgG 008-218 提交 2024-01-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 34–841（808 aa）链 D 34–841（808 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9MUL Crystal structure of GluN1/GluN2A ligand-binding domain in complex with Compound 1, Glycine and Glutamate 提交 2025-01-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 401–539（139 aa）链 B 661–802（142 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 A1BRA 5-[(3-chlorobenzene-1-sulfonyl)methoxy]-6-methyl-N-[(pyridin-3-yl)methyl]pyrazine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M Hepes pH 7.0, 0.2M ammonium acetate, 20% PEG-3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.252
9MUM Crystal structure of GluN1/GluN2A ligand-binding domain in complex with Compound 11, Glycine and Glutamate 提交 2025-01-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 401–539（139 aa）链 B 661–802（142 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 A1BRB 5-[2-(3-chlorophenyl)-2,2-difluoroethoxy]-N-[1-(pyrazin-2-yl)cyclopropyl]pyrazine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M Hepes pH 7.0, 0.2M ammonium acetate, 20% PEG-3350	分辨率 1.97 Å R-free 0.241
9PQI NMR Structure of Ca2+/Calmodulin bound to the GluN2A C0 domain of the NMDA receptor 提交 2025-07-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–1464（1464 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；308 K；离子强度（mmCIF原始值）1；压力 1 NMR样品组成 400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Calmodulin, 1 mM GluN2, 1 mM Calcium chloride, 20 mM [U-99% 2H] TRIS, 93 % H2O, 7 % [U-2H] D2O, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Calmodulin, 1 mM GluN2, 1 mM Calcium chloride, 20 mM [U-99% 2H] TRIS, 100 % [U-2H] D2O, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供

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UniProt名称	NMDE1_HUMAN
Isoform	Q12879-2
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–141； UniProt 401–539 作者链 A； PDB构建体 144–285； UniProt 661–802

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

Homo sapiens

UniProt Q05586

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 415–565 链 B； UniProt 684–821	片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A × 1 （Q12879） GLU GLUTAMIC ACID × 1 7H2 (1R,2R)-2-(2-{[5-chloro-3-(trifluoromethyl)-1H-pyrazol-1-yl]methyl}-7-methyl-4-oxo-4H-pyrido[1,2-a]pyrimidin-6-yl)cyclopropane-1-carbonitrile × 1 GLY GLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate	分辨率 2.48 Å R-free 0.241

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 5TPA	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
10EY SK5B-Matured in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–838（838 aa）链 C 1–838（838 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
10EZ SK3D-Germline in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–841（841 aa）链 C 1–841（841 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.76 Å
10FD SK5G-Matured in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–841（841 aa）链 C 1–841（841 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.09 Å
10FE OX1-Germline in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–841（841 aa）链 C 1–841（841 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.55 Å
10FF SK5A-Matured glycine/glutamate in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–841（841 aa）链 C 1–841（841 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.06 Å
10FL SK5G-Germline 提交 2026-01-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–841（841 aa）链 C 1–841（841 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.81 Å
10FN SK5A-Germline in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–841（841 aa）链 C 1–841（841 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.52 Å
10FO SK5B-Germline in complex with GluN1-GluN2B, full refinement 提交 2026-01-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–841（841 aa）链 C 1–841（841 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.46 Å
2HQW Crystal Structure of Ca2+/Calmodulin bound to NMDA Receptor NR1C1 peptide 提交 2006-07-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 875–898（24 aa）片段：C-TERMINAL TAIL, C1 REGION	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；277.15 K；7% PEG 6000, 5mM CaCl2, 100 mM sodium acetate, pH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K	分辨率 1.90 Å R-free 0.248
2NR1 TRANSMEMBRANE SEGMENT 2 OF NMDA RECEPTOR NR1, NMR, 10 STRUCTURES 提交 1997-12-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 599–621（23 aa）片段：TRANSMEMBRANE SEGMENT 2	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.5；303 K	分辨率未提供
3BYA Structure of a Calmodulin Complex 提交 2008-01-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 875–898（24 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；17-19% PEG 3350, 0.120mM Ammonium Phosphate, 15% Ethylene Glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.85 Å R-free 0.232
5H8F Structure of the apo human GluN1/GluN2A LBD 提交 2015-12-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 394–544（151 aa）片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800 链 B 663–800（138 aa）片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800	未记录	GOL GLYCEROL × 6 GLU GLUTAMIC ACID × 1 GLY GLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)	分辨率 1.81 Å R-free 0.207
5H8H Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with GNE3419 提交 2015-12-23	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 415–565（151 aa）片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800 链 B 684–821（138 aa）片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800	未记录	ACT ACETATE ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1 GLY GLYCINE × 1 5YC 7-[[ethyl(phenyl)amino]methyl]-2-methyl-[1,3,4]thiadiazolo[3,2-a]pyrimidin-5-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)	分辨率 2.23 Å R-free 0.227
5H8N Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with NAM 提交 2015-12-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 394–544（151 aa）片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800 链 B 663–800（138 aa）片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800	未记录	GLU GLUTAMIC ACID × 1 5YD 4-[[(4-fluorophenyl)sulfonylamino]methyl]-~{N}-(pyridin-3-ylmethyl)benzamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 GLY GLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)	分辨率 2.50 Å R-free 0.236
5H8Q Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with GNE8324 提交 2015-12-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 394–544（151 aa）片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800 链 B 663–800（138 aa）片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800	未记录	ACT ACETATE ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 GLY GLYCINE × 1 5YE 6-[[ethyl-(4-fluorophenyl)amino]methyl]-2,3-dihydro-1~{H}-cyclopenta[3,4][1,3]thiazolo[1,4-~{a}]pyrimidin-8-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)	分辨率 1.90 Å R-free 0.209
5I2K Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with 7-{[ethyl(4-fluorophenyl)amino]methyl}-N,2-dimethyl-5-oxo-5H-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidine-3-carboxamide (compound 19) 提交 2016-02-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 415–565（151 aa）片段：UNP residues 415-565, GT linker, UNP residues 684-821 链 B 684–821（138 aa）片段：UNP residues 415-565, GT linker, UNP residues 684-821	未记录	GLU GLUTAMIC ACID × 1 GLY GLYCINE × 1 67H 7-{[ethyl(4-fluorophenyl)amino]methyl}-N,2-dimethyl-5-oxo-5H-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)	分辨率 2.86 Å R-free 0.256
5I2N Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with N-ethyl-7-{[2-fluoro-3-(trifluoromethyl)phenyl]methyl}-2-methyl-5-oxo-5H-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidine-3-carboxamide (compound 29) 提交 2016-02-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 415–565（151 aa）片段：UNP residues 415-565, GT linker, UNP residues 684-821 链 B 684–821（138 aa）片段：UNP residues 415-565, GT linker, UNP residues 684-821	未记录	CA CALCIUM ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 67J N-ethyl-7-{[2-fluoro-3-(trifluoromethyl)phenyl]methyl}-2-methyl-5-oxo-5H-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidine-3-carboxamide × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 GLY GLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；1:2 v/v protein to mother liquor (0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate)	分辨率 2.12 Å R-free 0.223
5KCJ Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with GNE6901 提交 2016-06-06	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 415–565（151 aa）片段：Ligand binding domain (UNP residues 415-565, GT linker, UNP residues 684-821) 链 B 684–821（138 aa）片段：Ligand binding domain (UNP residues 415-565, GT linker, UNP residues 684-821)	未记录	ACT ACETATE ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 GLY GLYCINE × 1 6RM 7-[(4-fluoranylphenoxy)methyl]-3-[(1~{R},2~{R})-2-(hydroxymethyl)cyclopropyl]-2-methyl-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidin-5-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate	分辨率 2.09 Å R-free 0.225
5KDT Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with GNE0723 提交 2016-06-08	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 415–565（151 aa）片段：Ligand binding domain (UNP residues 415-565, GT linker, UNP residues 684-821) 链 B 684–821（138 aa）片段：Ligand binding domain (UNP residues 415-565, GT linker, UNP residues 684-821)	未记录	ACT ACETATE ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 6RV (1~{R},2~{R})-2-[7-[[5-chloranyl-3-(trifluoromethyl)pyrazol-1-yl]methyl]-5-oxidanylidene-2-(trifluoromethyl)-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidin-3-yl]cyclopropane-1-carbonitrile × 1 GLY GLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate	分辨率 2.44 Å R-free 0.240
5TP9 Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with compound 2 (GNE9178) 提交 2016-10-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 415–565（151 aa）片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800 链 B 684–821（138 aa）片段：UNP residues 394-544, GT linker, UNP residues 663-800	未记录	ACT ACETATE ION × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 7H0 7-{[5-chloro-3-(trifluoromethyl)-1H-pyrazol-1-yl]methyl}-N-ethyl-2-methyl-5-oxo-5H-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidine-3-carboxamide × 1 CA CALCIUM ION × 1 GLY GLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, pH 7.0, 10-13% PEG8000, 2 mM calcium acetate	分辨率 2.40 Å R-free 0.237
6IRA Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glutamate/glycine-bound state at pH 7.8 提交 2018-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–847（847 aa）链 C 1–847（847 aa）	突变：G612R 突变：G612R	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8；Solutions were made fresh. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging in liquid ethane.	分辨率 4.50 Å
6IRF Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glutamate/glycine-bound state at pH 6.3, Class I 提交 2018-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–847（847 aa）链 C 1–847（847 aa）	突变：G612R 突变：G612R	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.3；Solutions were made fresh. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging in liquid ethane	分辨率 5.10 Å
6IRG Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glutamate/glycine-bound state at pH 6.3, Class II 提交 2018-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–847（847 aa）链 C 1–847（847 aa）	突变：G612R 突变：G612R	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.3；Solutions were made fresh. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging in liquid ethane	分辨率 5.50 Å
6IRH Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glutamate/glycine-bound state at pH 6.3, Class III 提交 2018-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–847（847 aa）链 C 1–847（847 aa）	突变：G612R 突变：G612R	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.3；Solutions were made fresh. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging in liquid ethane	分辨率 7.80 Å
7EOQ Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glycine/CPP bound state 提交 2021-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–847（847 aa）链 D 1–847（847 aa）	突变：E698C 突变：E698C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 7RC (2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
7EOR Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glycine/glutamate/GNE-6901 bound state 提交 2021-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–847（847 aa）链 D 1–847（847 aa）	突变：E698C 突变：E698C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 14 6RM 7-[(4-fluoranylphenoxy)methyl]-3-[(1~{R},2~{R})-2-(hydroxymethyl)cyclopropyl]-2-methyl-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidin-5-one × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
7EOS Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glycine/glutamate bound state 提交 2021-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–847（847 aa）链 D 1–847（847 aa）	突变：E698C 突变：E698C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 18	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
7EOT Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the CGP-78608/glutamate bound state 提交 2021-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–847（847 aa）链 D 1–847（847 aa）	突变：E698C 突变：E698C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 J86 [(1S)-1-[[7-bromanyl-2,3-bis(oxidanylidene)-1,4-dihydroquinoxalin-5-yl]methylamino]ethyl]phosphonic acid × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7EOU Structure of the human GluN1/GluN2A NMDA receptor in the glycine/glutamate/GNE-6901/9-AA bound state 提交 2021-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–847（847 aa）链 D 1–847（847 aa）	突变：E698C 突变：E698C	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 16 AA 9-AMINOACRIDINE × 1 6RM 7-[(4-fluoranylphenoxy)methyl]-3-[(1~{R},2~{R})-2-(hydroxymethyl)cyclopropyl]-2-methyl-[1,3]thiazolo[3,2-a]pyrimidin-5-one × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
7EU7 Structure of the human GluN1-GluN2A NMDA receptor in complex with S-ketamine, glycine and glutamate 提交 2021-05-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–847（847 aa）链 C 1–847（847 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 24 GLY GLYCINE × 2 GLU GLUTAMIC ACID × 2 JC9 (2~{S})-2-(2-chlorophenyl)-2-(methylamino)cyclohexan-1-one × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7EU8 Structure of the human GluN1-GluN2B NMDA receptor in complex with S-ketamine,glycine and glutamate 提交 2021-05-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–847（847 aa）链 C 1–847（847 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 JC9 (2~{S})-2-(2-chlorophenyl)-2-(methylamino)cyclohexan-1-one × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.07 Å
7YFF Structure of GluN1a-GluN2D NMDA receptor in complex with agonist glycine and competitive antagonist CPP. 提交 2022-07-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–840（840 aa）链 C 1–840（840 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 GLY GLYCINE × 2 7RC (2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 3 seconds before plunging	分辨率 3.60 Å
7YFL Structure of GluN1a-GluN2D NMDA receptor in complex with agonists glycine and glutamate. 提交 2022-07-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–847（847 aa）链 C 1–847（847 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 GLU GLUTAMIC ACID × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 3 seconds before plunging	分辨率 3.90 Å
7YFM Structure of GluN1b-GluN2D NMDA receptor in complex with agonists glycine and glutamate. 提交 2022-07-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–868（868 aa）链 C 1–868（868 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 3 seconds before plunging	分辨率 5.10 Å
7YFO Structure of GluN1a E698C-GluN2D NMDA receptor in cystines crosslinked state. 提交 2022-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–847（847 aa）链 C 1–847（847 aa）	突变：E698C 突变：E698C	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 3 seconds before plunging	分辨率 6.40 Å
7YFR Structure of GluN1a E698C-GluN2D NMDA receptor in cystines non-crosslinked state. 提交 2022-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–847（847 aa）链 C 1–847（847 aa）	突变：E698C 突变：E698C	GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 GLU GLUTAMIC ACID × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 3 seconds before plunging	分辨率 5.10 Å
8E92 D-cycloserine and glutamate bound Human GluN1a-GluN2C NMDA receptor in intact conformation 提交 2022-08-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–847（847 aa）链 C 1–847（847 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.96 Å
8E93 D-cycloserine and glutamate bound Human GluN1a-GluN2C NMDA receptor in splayed conformation 提交 2022-08-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–847（847 aa）链 C 1–847（847 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.71 Å
8E94 PYD-106-bound Human GluN1a-GluN2C NMDA receptor in intact conformation 提交 2022-08-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–847（847 aa）链 C 1–847（847 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 IWB methyl 4-[(2~{R})-3-ethanoyl-1-[2-(2-methyl-1~{H}-indol-3-yl)ethyl]-4-oxidanyl-5-oxidanylidene-2~{H}-pyrrol-2-yl]benzoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.72 Å
8E96 Glycine and glutamate bound Human GluN1a-GluN2D NMDA receptor 提交 2022-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 19–847（829 aa）链 C 19–847（829 aa）	突变：C22S, R844N, R845G, K846A 突变：C22S, R844N, R845G, K846A	GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 GLU GLUTAMIC ACID × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.38 Å
8E97 PYD-106-bound Human GluN1a-GluN2C NMDA receptor in splayed conformation 提交 2022-08-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–847（847 aa）链 C 1–847（847 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.19 Å
8E98 D-cycloserine and glutamate bound Human GluN1a-GluN2C NMDA receptor in nanodisc - intact conformation 提交 2022-08-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–847（847 aa）链 C 1–847（847 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.75 Å
8E99 Human GluN1a-GluN2A-GluN2C triheteromeric NMDA receptor in complex with Nb-4 提交 2022-08-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–843（843 aa）链 C 1–843（843 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.24 Å
8JIZ Cryo-EM structure of GluN1-2A NMDAR in complex with human Fab5F6 in two fab bind conformation 提交 2023-05-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 1–847（847 aa）链 D 1–847（847 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
8JJ0 Cryo-EM structure of GluN1-2A NMDAR in complex with human Fab5F6 in one fab bind conformation 提交 2023-05-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 1–847（847 aa）链 D 1–847（847 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.50 Å
8JJ1 Cryo-EM structure of GluN1-2A NMDAR in complex with human Fab2G7 in two fab conformation 提交 2023-05-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 1–847（847 aa）链 D 1–847（847 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.77 Å
8JJ2 Cryo-EM structure of GluN1-2A NMDAR in complex with human Fab2G7 in one fab conformation 提交 2023-05-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 1–847（847 aa）链 D 1–847（847 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
8USX Glycine-bound GluN1a-3A NMDA receptor 提交 2023-10-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–843（821 aa）链 C 23–843（821 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8UUE Glycine-bound GluN1a-3A LBD heterotetramer (local refinement) 提交 2023-11-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 395–798（404 aa）链 C 395–798（404 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.96 Å
8VUH Human GluN1-2A IgG 003-102 splayed conformation 提交 2024-01-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 27–841（815 aa）链 C 26–841（816 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.42 Å
8VUJ Human GluN1-2A with Fab 003-102 提交 2024-01-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 27–841（815 aa）链 C 26–841（816 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.92 Å
8VUL Human GluN1-2A with Fab 003-102 Local refinement of ATD 提交 2024-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–393（369 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.83 Å
8VUN Human GluN1-2A With Fab 008-218 提交 2024-01-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 25–841（817 aa）链 C 25–841（817 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.01 Å
8VUQ Human GluN1-2A with Fab 008-218 Local refinement of ATD 提交 2024-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 25–393（369 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.85 Å
8VUR Human GluN1-2A with IgG 003-102 WT conformation 提交 2024-01-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 27–841（815 aa）链 C 27–841（815 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.84 Å
8VUS Human GluN1-2A with IgG 007-168 提交 2024-01-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 23–798（776 aa）链 C 23–798（776 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.99 Å
8VUT Human GluN1-2A with IgG 008-218 提交 2024-01-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 25–841（817 aa）链 C 25–841（817 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8VUU Human GluN1-2B with Fab 007-168 提交 2024-01-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 23–838（816 aa）链 C 23–838（816 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.05 Å
8VUV Human GluN1-2B with Fab 007-168 Local refinement of ATD 提交 2024-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–393（371 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.69 Å
8Y1V Structure of GluN1b-GluN2D NMDA receptor in complex with competitive antagonist R-CPP and allosteric inhibitor YY-23 提交 2024-01-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–868（868 aa）链 C 1–868（868 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 A1LW8 (2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{R})-2-(hydroxymethyl)-6-[(2~{S})-2-methyl-4-[(1~{R},2~{R},4~{S},6~{S},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S},18~{R})-7,9,13,18-tetramethyl-16-oxidanyl-5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icosan-6-yl]butoxy]oxane-3,4,5-triol × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8ZH7 Crystal structure of N-terminal domain of N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1 in complex with patient-derived antibody 提交 2024-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 21–393（373 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MES or HEPES, pH6.5-7.5, and 6-8 %w/v PEG20000	分辨率 3.50 Å R-free 0.227
8ZH7 Crystal structure of N-terminal domain of N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1 in complex with patient-derived antibody 提交 2024-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 21–393（373 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MES or HEPES, pH6.5-7.5, and 6-8 %w/v PEG20000	分辨率 3.50 Å R-free 0.227
8ZH7 Crystal structure of N-terminal domain of N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1 in complex with patient-derived antibody 提交 2024-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 21–393（373 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MES or HEPES, pH6.5-7.5, and 6-8 %w/v PEG20000	分辨率 3.50 Å R-free 0.227
8ZH7 Crystal structure of N-terminal domain of N-methyl-D-aspartate receptor subunit NR1 in complex with patient-derived antibody 提交 2024-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 21–393（373 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MES or HEPES, pH6.5-7.5, and 6-8 %w/v PEG20000	分辨率 3.50 Å R-free 0.227
9D37 Nonactive state of Gly-,Glu- bound GluN1a-2B-2D NMDAR 提交 2024-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–847（825 aa）链 C 23–847（825 aa）	突变：R844N, R845G, K846A 突变：R844N, R845G, K846A	GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 GLU GLUTAMIC ACID × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.34 Å
9D38 Open state of Gly-,Glu-,EU1622-240 bound GluN1a-2B-2D NMDAR 提交 2024-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–847（825 aa）链 C 23–847（825 aa）	突变：R844N, R845G, K846A 突变：R844N, R845G, K846A	GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GLU GLUTAMIC ACID × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.95 Å
9D39 Gly-,PPDA- bound GluN1a-2B-2D NMDAR 提交 2024-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–847（825 aa）链 C 23–847（825 aa）	突变：R844N, R845G, K846A 突变：R844N, R845G, K846A	GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 2JL (2S,3R)-1-(phenanthren-2-ylcarbonyl)piperazine-2,3-dicarboxylic acid × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.65 Å
9D3A Nonactive state of Gly-,Glu- bound GluN1a-2B-2D NMDAR (Low-res) 提交 2024-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–847（825 aa）链 C 23–847（825 aa）	突变：R844N, R845G, K846A 突变：R844N, R845G, K846A	GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 GLU GLUTAMIC ACID × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.78 Å
9D3B Gly-,Glu-,(S)-DQP-997-74 bound GluN1a-2B-2D NMDAR 提交 2024-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–847（825 aa）链 C 23–847（825 aa）	突变：R844N, R845G, K846A 突变：R844N, R845G, K846A	GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 GLU GLUTAMIC ACID × 2 A1A15 4-{(3R,5S)-5-(4-chlorophenyl)-3-[4-(4-chlorophenyl)-2-oxo-1,2-dihydroquinolin-3-yl]pyrazolidin-1-yl}-3,3-difluoro-4-oxobutanoic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.71 Å
9D3C Gly-,Glu-,(S)-(+)-ketamine bound GluN1a-2B-2D NMDAR 提交 2024-08-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 23–847（825 aa）链 C 23–847（825 aa）	突变：R844N, R845G, K846A 突变：R844N, R845G, K846A	GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 GLU GLUTAMIC ACID × 2 JC9 (2~{S})-2-(2-chlorophenyl)-2-(methylamino)cyclohexan-1-one × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.96 Å
9GIB NMDA bound to compound 380 提交 2024-08-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 394–544（151 aa）链 B 663–800（138 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 A1ILP (2~{R})-2-azanyl-3-[[3-(5-ethyl-1,2-oxazol-4-yl)-5-fluoranyl-phenyl]carbonylamino]propanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；282.15 K；10-15% PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.0, 1 mM sodium azide, 1% tryptone	分辨率 1.95 Å R-free 0.256
9GIC NMDA bound to compound 345 提交 2024-08-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 394–544（151 aa）链 A 663–801（139 aa）	未记录	A1ILQ (2~{R})-2-azanyl-3-[[3-(phenylmethyl)-2~{H}-thiophen-5-yl]carbonylamino]propanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；282.15 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.7 and 0.2 M lithium sulfate	分辨率 1.82 Å R-free 0.221
9GID NMDA bound to compound 338 提交 2024-08-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 394–544（151 aa）链 A 663–801（139 aa）	未记录	A1ILT (2~{R})-2-azanyl-3-[(7-bromanyl-4-fluoranyl-3~{H}-1-benzothiophen-2-yl)carbonylamino]propanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；282.15 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.7 and 0.2 M lithium sulfate	分辨率 2.00 Å R-free 0.260
9GIE NMDA bound to compound 315 提交 2024-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 394–544（151 aa）链 A 663–801（139 aa）链 B 394–544（151 aa）链 B 663–801（139 aa）	未记录	A1ILS (2~{R})-2-azanyl-3-[[4-(2-ethylphenyl)-2,3-dihydro-1~{H}-indol-2-yl]carbonylamino]propanoic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；282.15 K；24% PEG 3350 and 0.1 M hepes pH 7.5	分辨率 2.36 Å R-free 0.260
9GIF NMDA bound to compound 288 提交 2024-08-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 394–544（151 aa）链 A 663–801（139 aa）	未记录	A1ILR (2~{R})-2-azanyl-3-(2~{H}-thiophen-5-ylcarbonylamino)propanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；282.15 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.7 and 0.2 M lithium sulfate	分辨率 1.90 Å R-free 0.214
9GIG NMDA bound to compound 387 提交 2024-08-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 394–544（151 aa）链 B 663–800（138 aa）	未记录	GLU GLUTAMIC ACID × 1 A1ILO (2~{R})-2-azanyl-3-[[3-(5-ethyl-3-methyl-1,2-oxazol-4-yl)-5-fluoranyl-phenyl]carbonylamino]propanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；282.15 K；10-15% PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.0, 1 mM sodium azide, 1% tryptone	分辨率 2.09 Å R-free 0.257
9GJ1 NMDA bound to compound 339 提交 2024-08-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 394–544（151 aa）链 B 663–800（138 aa）	未记录	GLU GLUTAMIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 1 A1IME (2~{R})-2-azanyl-3-[(7-methylthieno[3,2-b]pyridin-2-yl)carbonylamino]propanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；282.15 K；10-15% PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.0, 1 mM sodium azide, 1% tryptone	分辨率 1.62 Å R-free 0.230
9IYP Structure of the human GluN1-N2B NMDA receptors in the Mg2+ bound state 提交 2024-07-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 27–840（814 aa）链 C 27–840（814 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 7RC (2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid × 2 MG MAGNESIUM ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.27 Å
9IYQ Structure of the human GluN1-N2B NMDA receptors in the Mg2+ free state 提交 2024-07-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–847（847 aa）链 C 1–847（847 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 7RC (2R)-4-(3-phosphonopropyl)piperazine-2-carboxylic acid × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å
9MUL Crystal structure of GluN1/GluN2A ligand-binding domain in complex with Compound 1, Glycine and Glutamate 提交 2025-01-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 394–544（151 aa）链 A 663–800（138 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 A1BRA 5-[(3-chlorobenzene-1-sulfonyl)methoxy]-6-methyl-N-[(pyridin-3-yl)methyl]pyrazine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M Hepes pH 7.0, 0.2M ammonium acetate, 20% PEG-3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.252
9MUM Crystal structure of GluN1/GluN2A ligand-binding domain in complex with Compound 11, Glycine and Glutamate 提交 2025-01-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 394–544（151 aa）链 A 663–800（138 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 1 GLU GLUTAMIC ACID × 1 A1BRB 5-[2-(3-chlorophenyl)-2,2-difluoroethoxy]-N-[1-(pyrazin-2-yl)cyclopropyl]pyrazine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；0.1M Hepes pH 7.0, 0.2M ammonium acetate, 20% PEG-3350	分辨率 1.97 Å R-free 0.241
9OOQ Closed state of Gly/Glu/24S-HC bound hGluN1a-2B NMDAR 提交 2025-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 18–847（830 aa）链 C 18–847（830 aa）	突变：C22S,R844N,R845G,K846A 突变：C22S,R844N,R845G,K846A	GLY GLYCINE × 2 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 GLU GLUTAMIC ACID × 2 A1CE1 24S-hydroxycholesterol × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9OOR Open state Gly/Glu/24S-HC bound hGluN1a-2B NMDAR 提交 2025-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 18–847（830 aa）链 C 18–847（830 aa）	突变：C22S,R844N,R845G,K846A 突变：C22S,R844N,R845G,K846A	GLY GLYCINE × 2 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 8 GLU GLUTAMIC ACID × 2 A1CE1 24S-hydroxycholesterol × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å
9OOS Non-active state of Gly/Glu/Pregnenolone Sulfate bound hGluN1a-2B NMDAR 提交 2025-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 18–847（830 aa）链 C 18–847（830 aa）	突变：C22S,R844N,R845G,K846A 突变：C22S,R844N,R845G,K846A	GLY GLYCINE × 2 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 GLU GLUTAMIC ACID × 2 A8W Pregnenolone sulfate × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.03 Å
9OOT Pre-active state of Gly/Glu/Pregnenolone Sulfate bound hGluN1a-2B NMDAR 提交 2025-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 18–847（830 aa）链 C 18–847（830 aa）	突变：C22S,R844N,R845G,K846A 突变：C22S,R844N,R845G,K846A	GLY GLYCINE × 2 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 4 GLU GLUTAMIC ACID × 2 A8W Pregnenolone sulfate × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.13 Å
9PQH NMR Structure of Ca2+/Calmodulin bound to the GluN1 C0 domain of the NMDA receptor 提交 2025-07-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–938（938 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；308 K；离子强度（mmCIF原始值）1；压力 1 NMR样品组成 0.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Calmodulin, 1.0 mM GluN1 C0, 1 mM Calcium chloride, 20 mM [U-99% 2H] TRIS, 93 % H2O, 7 % [U-2H] D2O, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 0.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Calmodulin, 1.0 mM GluN1 C0, 1 mM Calcium chloride, 20 mM [U-99% 2H] TRIS, 100 % [U-2H] D2O, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供

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UniProt名称	NMDZ1_HUMAN
Isoform	Q05586-5
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–153； UniProt 415–565 作者链 B； PDB构建体 156–293； UniProt 684–821

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5tpa
沉积日期 deposition_date	2016-10-20
结构标题 title	Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with compound 9 (GNE3500)
关键词 keywords	NMDA receptor, glutamate, glycine, calcium channel, membrane, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.77 Å
零角强度 I(0) i0	62747900.00
分子量 molecular_weight	62298.0 kDa
排除体积 excluded_volume	78188 Å³
包络体积 envelope_volume	95003 Å³
水化壳体积 shell_volume	31366 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.0 Å
壳层 Rg shell_rg	32.69 Å
包络 Rg envelope_rg	25.13 Å
形状 Rg shape_rg	24.75 Å
总 Rg total_rg	25.72 Å
总原子数 total_atoms	4376
残基数 n_residues	554
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	86.2 Å
Rg (实空间) rg_real	25.88 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.57 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.2750e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.8850e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.91 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	62750000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8867
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.263
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.332
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13430000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.845; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.989

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A
分子量 formula_weight	31883.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4539

GSPDDNHLSIVTLEEAPFVIVEDIDPLTETCVRNTVPCRKFVKINNSTNEGMNVKKCCKGFCIDILKKLSRTVKFTYDLYLVTNGKHGKKVNNVWNGMIGEVVYQRAVMAVGSLTINEERSEVVDFSVPFVETGISVMVSRGTQVTGLSDKKFQRPHDYSPPFRFGTVPNGSTERNIRNNYPYMHQYMTKFNQKGVEDALVSLKTGKLDAFIYDAAVLNYKAGRDEGCKLVTIGSGYIFATTGYGIALQKGSPWKRQIDLALLQFVGDGEMEELETLWLTGICHN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1
分子量 formula_weight	33409.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSMSTRLKIVTIHQEPFVYVKPTLSDGTCKEEFTVNGDPVKKVICTGPNDTSPGSPRHTVPQCCYGFCIDLLIKLARTMNFTYEVHLVADGKFGTQERVNNSNKKEWNGMMGELLSGQADMIVAPLTINNERAQYIEFSKPFKYQGLTILVKKGTRITGINDPRLRNPSDKFIYATVKQSSVDIYFRRQVELSTMYRHMEKHNYESAAEAIQAVRDNKLHAFIWDSAVLEFEASQKCDLVTTGELFFRSGFGIGMRKDSPWKQNVSLSILKSHENGFMEDLDKTWVRYQECDS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLUTAMIC ACID
分子量 formula_weight	147.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;(1R,2R)-2-(2-{[5-chloro-3-(trifluoromethyl)-1H-pyrazol-1-yl]methyl}-7-methyl-4-oxo-4H-pyrido[1,2-a]pyrimidin-6-yl)cyclopropane-1-carbonitrile ;
分子量 formula_weight	407.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCINE
分子量 formula_weight	75.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	147

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d5tpaa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamily	c.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family family	c.94.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d5tpab_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamily	c.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family family	c.94.1.1 — Phosphate binding protein-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	5tpaA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	5tpaA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	5tpaB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	5tpaB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	55.757 Å
晶胞边长 b length_b	90.239 Å
晶胞边长 c length_c	122.658 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.480 Å
最低分辨率 resolution_low	72.690 Å
R 因子 r_factor	0.1900
R_work r_work	0.1870
R_free r_free	0.2410

fit	/app/data/saxs_computation/tp/5tpa/5tpa.fit
pddf	/app/data/pr_computation/tp/5tpa/5tpa.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/tp/5tpa/5tpa.dat

Structure of the human GluN1/GluN2A LBD in complex with compound 9 (GNE3500)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 2A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Glutamate receptor ionotropic, NMDA 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)