5tvc

Crystal structure of a chimeric acetylcholine binding protein from Aplysia californica (Ac-AChBP) containing loop C from the human alpha 3 nicotinic acetylcholine receptor in complex with (E,2S)-N-methyl-5-(5-phenoxy-3-pyridyl)pent-4-en-2-amine (TI-5312)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 89.8 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Soluble acetylcholine receptor,Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-3 chimera

Homo sapiens

UniProt P32297

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 215–230 链 B; UniProt 215–230 链 C; UniProt 215–230 链 D; UniProt 215–230 链 E; UniProt 215–230 片段:UNP residues 18-198 + 215-236 from Aplysia californica linked by loop C (UNP residues 215-230) from Homo sapiens SO4 SULFATE ION × 6 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 7LB (E,2S)-N-methyl-5-(5-phenoxy-3-pyridyl)pent-4-en-2-amine × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;313 K;1.7% PEG 400, 0.085 M HEPES - Na pH 7.5, 1.7 M Ammonium Sulfate, 15% Glycerol 分辨率 1.93 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACHA3_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 191–206; UniProt 215–230 作者链 B; PDB构建体 191–206; UniProt 215–230 作者链 C; PDB构建体 191–206; UniProt 215–230 作者链 D; PDB构建体 191–206; UniProt 215–230 作者链 E; PDB构建体 191–206; UniProt 215–230

Soluble acetylcholine receptor,Neuronal acetylcholine receptor subunit alpha-3 chimera

Homo sapiens

UniProt Q8WSF8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 18–198 链 A; UniProt 215–236 链 B; UniProt 18–198 链 B; UniProt 215–236 链 C; UniProt 18–198 链 C; UniProt 215–236 链 D; UniProt 18–198 链 D; UniProt 215–236 链 E; UniProt 18–198 链 E; UniProt 215–236 片段:UNP residues 18-198 + 215-236 from Aplysia californica linked by loop C (UNP residues 215-230) from Homo sapiens SO4 SULFATE ION × 6 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 7LB (E,2S)-N-methyl-5-(5-phenoxy-3-pyridyl)pent-4-en-2-amine × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;313 K;1.7% PEG 400, 0.085 M HEPES - Na pH 7.5, 1.7 M Ammonium Sulfate, 15% Glycerol 分辨率 1.93 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 85 个其他 PDB 条目、120 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q8WSF8_APLCA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 10–190; UniProt 18–198 作者链 A; PDB构建体 207–228; UniProt 215–236 作者链 B; PDB构建体 10–190; UniProt 18–198 作者链 B; PDB构建体 207–228; UniProt 215–236 作者链 C; PDB构建体 10–190; UniProt 18–198 作者链 C; PDB构建体 207–228; UniProt 215–236 作者链 D; PDB构建体 10–190; UniProt 18–198 作者链 D; PDB构建体 207–228; UniProt 215–236 作者链 E; PDB构建体 10–190; UniProt 18–198 作者链 E; PDB构建体 207–228; UniProt 215–236

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5tvc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5tvc
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5tvc
沉积日期 deposition_date2016-11-08
结构标题 titleCrystal structure of a chimeric acetylcholine binding protein from Aplysia californica (Ac-AChBP) containing loop C from the human alpha 3 nicotinic acetylcholine receptor in complex with (E,2S)-N-methyl-5-(5-phenoxy-3-pyridyl)pent-4-en-2-amine (TI-5312)
关键词 keywordsnicotinic, acetylcholine, AChBP, chimeric protein, ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN; ACETYLCHOLINE-BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.49
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.89
零角强度 I(0) i0206797000.00
分子量 molecular_weight113370.0 kDa
排除体积 excluded_volume141190 ų
包络体积 envelope_volume180770 ų
水化壳体积 shell_volume48011 ų
包络直径 envelope_diameter93.0
壳层 Rg shell_rg39.09
包络 Rg envelope_rg29.18
形状 Rg shape_rg29.90
总 Rg total_rg30.71
总原子数 total_atoms7993
残基数 n_residues1020
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax89.8
Rg (实空间) rg_real31.17
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.39
I(0) (实空间) i0_real2.0680e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5290e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.31
I(0) (倒空间) i0_reciprocal206800000.0000
解质量估计 total_estimate0.9048
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary44.9
偏度 Skewness skewness-0.078
峰度 Kurtosis kurtosis-0.611
角度范围 angular_range— – 0.2500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha41970000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.952; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.928

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 13 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd5tvca1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family familyb.96.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5tvca2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5tvcb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family familyb.96.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5tvcc1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family familyb.96.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5tvcc2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5tvcd_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family familyb.96.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5tvce1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.96 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.96.1 — Nicotinic receptor ligand binding domain-like
家族 Family familyb.96.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd5tvce2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id5tvcA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain
结构域编号 domain_id5tvcB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain
结构域编号 domain_id5tvcC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain
结构域编号 domain_id5tvcD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain
结构域编号 domain_id5tvcE00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology170 — Acetylcholine Binding Protein; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)