SAXSdb — 5um9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Flap endonuclease 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 3 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 2–336	突变：D86N	;DNA (5'-D(APCPTPCPTPGPCPCPTPCPAPAPGPAPCPGPGPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PTPCPTPTPGPAPGPGPCPAPGPAPGPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(APCPCPGPTPCP*C)-3') ; × 1 K POTASSIUM ION × 1 SM SAMARIUM (III) ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283 K；6% MPEG 2K, 10% KCl, 50 mM HEPES pH 7.5, 2.5% Ethylene glycol, 1.06 mM SmSO4	分辨率 2.81 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 5UM9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1U7B Crystal structure of hPCNA bound to residues 331-350 of the flap endonuclease-1 (FEN1) 提交 2004-08-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 331–350（20 aa）片段：PIP-box region of FEN-1 (residues 331-350)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；ammonium sulfate, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.88 Å R-free 0.265
1UL1 Crystal structure of the human FEN1-PCNA complex 提交 2003-09-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 X 2–380（379 aa）链 Y 2–380（379 aa）链 Z 2–380（379 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；6% PEG1000, 50mM MES, 50mM Sodium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 2.90 Å R-free 0.284
3Q8K Crystal Structure of Human Flap Endonuclease FEN1 (WT) in complex with product 5'-flap DNA, SM3+, and K+ 提交 2011-01-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–336（335 aa）	未记录	SM SAMARIUM (III) ION × 4 K POTASSIUM ION × 1 OH HYDROXIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；288 K；16% mPEG 2k, 20% saturated KCl, 0.5 mM Sm2(SO4)3, 10 mM Mg(NO3)2, 100 mM Hepes pH 7.0, 5% ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, temperature 288K	分辨率 2.20 Å R-free 0.213
3Q8L Crystal Structure of Human Flap Endonuclease FEN1 (WT) in complex with substrate 5'-flap DNA, SM3+, and K+ 提交 2011-01-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–336（335 aa）	未记录	SM SAMARIUM (III) ION × 4 K POTASSIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；288 K；17% mPEG 2k, 20% KCl, 0.5 mM Sm2(SO4)3, 50 mM Bis-Tris pH 7.0 and 5% Ethylene Glycol, vapor diffusion, temperature 288K	分辨率 2.32 Å R-free 0.202
3Q8M Crystal Structure of Human Flap Endonuclease FEN1 (D181A) in complex with substrate 5'-flap DNA and K+ 提交 2011-01-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–336（335 aa）片段：D181A	未记录	K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；288 K；20% mPEG 2k, 20% KCl, 10 mM CaCl2, 50 mM Bis-Tris pH 7.5, 5% ethylene glycol, vapor diffusion, temperature 288K	分辨率 2.60 Å R-free 0.272
3Q8M Crystal Structure of Human Flap Endonuclease FEN1 (D181A) in complex with substrate 5'-flap DNA and K+ 提交 2011-01-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 B 2–336（335 aa）片段：D181A	未记录	K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；288 K；20% mPEG 2k, 20% KCl, 10 mM CaCl2, 50 mM Bis-Tris pH 7.5, 5% ethylene glycol, vapor diffusion, temperature 288K	分辨率 2.60 Å R-free 0.272
3UVU Structural basis of nuclear import of Flap endonuclease 1 (FEN1) 提交 2011-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 352–370（19 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；293 K；Sodium citrate, DTT, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.38 Å R-free 0.215
5FV7 Human Fen1 in complex with an N-hydroxyurea compound 提交 2016-02-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–336（336 aa）片段：RESIDUES 1-336	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 R3Z 1-[(2S)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-2-ylmethyl]-3-hydroxythieno[3,2-d]pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；25% PEG3350, 0.1M MOPS 7.0, 5% 2-PROPANOL, 2% GLYCEROL, pH 7.5	分辨率 2.84 Å R-free 0.300
5FV7 Human Fen1 in complex with an N-hydroxyurea compound 提交 2016-02-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–336（336 aa）片段：RESIDUES 1-336	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 R3Z 1-[(2S)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-2-ylmethyl]-3-hydroxythieno[3,2-d]pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；25% PEG3350, 0.1M MOPS 7.0, 5% 2-PROPANOL, 2% GLYCEROL, pH 7.5	分辨率 2.84 Å R-free 0.300
5K97 Flap endonuclease 1 (FEN1) D233N with cleaved product fragment and Sm3+ 提交 2016-05-31	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：pentameric	链 A 2–336（335 aa）	突变：D233N	SM SAMARIUM (III) ION × 8 K POTASSIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；283 K；24% MPEG 2K, 20% KCl, 5% ethylene glycol, 100 mM HEPES pH 7.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.219
5KSE Flap endonuclease 1 (FEN1) R100A with 5'-flap substrate DNA and Sm3+ 提交 2016-07-08	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–336（335 aa）	突变：R100A	SM SAMARIUM (III) ION × 5 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；288 K；22% mPEG 2000, 20% saturated KCl, 5% ethylene glycol, 100 mM HEPES pH 7.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.245
5ZOD Crystal Structure of hFen1 in apo form 提交 2018-04-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–333（333 aa）片段：nuclease core	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；298 K；PEG 3350, MgCl2, Tris, KCl	分辨率 1.90 Å R-free 0.226
5ZOE Crystal Structure of D181A hFen1 in complex with DNA 提交 2018-04-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–333（333 aa）片段：nuclease core (1-333)	突变：D181A	K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；298 K；PEG 3350, MgCl2, Tris, KCl	分辨率 1.95 Å R-free 0.227
5ZOF Crystal Structure of D181A/R192F hFen1 in complex with DNA 提交 2018-04-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–333（333 aa）片段：nuclease core (1-333)	突变：D181A, R192F	K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；298 K；PEG 3350, MgCl2, Tris, KCl	分辨率 2.25 Å R-free 0.269
5ZOG Crystal Structure of R192F hFen1 in complex with DNA 提交 2018-04-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–333（333 aa）片段：nuclease core (1-333)	突变：R192F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；298 K；PEG 3350, MgCl2, Tris, KCl	分辨率 2.30 Å R-free 0.231
6TNZ Human polymerase delta-FEN1-PCNA toolbelt 提交 2019-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 H 1–380（380 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 TTP THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.05 Å
7QO1 complex of DNA ligase I and FEN1 on PCNA and DNA 提交 2021-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric	链 Y 1–380（380 aa）	突变：D181A	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
8YJH Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State A 提交 2024-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 D 1–380（380 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.68 Å
8YJL Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State B 提交 2024-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 D 1–380（380 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.51 Å
8YJQ Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State C 提交 2024-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 D 1–380（380 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.51 Å
8YJR Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State D 提交 2024-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 D 1–380（380 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.51 Å
8YJS Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State E 提交 2024-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 D 1–380（380 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.55 Å
8YJU Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State F 提交 2024-03-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 D 1–380（380 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.78 Å
8YJV Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State G 提交 2024-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 D 1–380（380 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.51 Å
8YJW Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State H 提交 2024-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：octameric	链 D 1–380（380 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.55 Å
8YJZ Structure of the human endogenous PCNA-FEN1-RNase H2 complex - State D 提交 2024-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：decameric	链 D 1–380（380 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.15 Å
9RCI Crystal Structure of Flap Endonuclease FEN1 with Compound 28 提交 2025-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–336（336 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 A1JD4 (3~{S})-13-[(1~{S})-1-(2-methylquinolin-7-yl)ethoxy]-11-oxidanyl-5-oxa-1,8-diazatricyclo[8.4.0.0^{3,8}]tetradeca-10,13-diene-9,12-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；21 % PEG MME 5000, 0.1 M MES pH 6.5, 10 mM ammonium sulphate	分辨率 1.66 Å R-free 0.283
9RCI Crystal Structure of Flap Endonuclease FEN1 with Compound 28 提交 2025-05-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–336（336 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 A1JD4 (3~{S})-13-[(1~{S})-1-(2-methylquinolin-7-yl)ethoxy]-11-oxidanyl-5-oxa-1,8-diazatricyclo[8.4.0.0^{3,8}]tetradeca-10,13-diene-9,12-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；21 % PEG MME 5000, 0.1 M MES pH 6.5, 10 mM ammonium sulphate	分辨率 1.66 Å R-free 0.283
9RDI Crystal Structure of Flap Endonuclease FEN1 with Compound 5 提交 2025-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–336（336 aa）	未记录	A1JED 2-methyl-9-oxidanyl-6-(phenylmethyl)-3,4-dihydropyrazino[1,2-c]pyrimidine-1,8-dione × 1 TEW 6-tungstotellurate(VI) × 4 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；21 % PEG MME 5000, 0.1 M MES pH 6.5, 10 mM ammonium sulphate	分辨率 2.10 Å R-free 0.232
9RDI Crystal Structure of Flap Endonuclease FEN1 with Compound 5 提交 2025-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–336（336 aa）	未记录	A1JED 2-methyl-9-oxidanyl-6-(phenylmethyl)-3,4-dihydropyrazino[1,2-c]pyrimidine-1,8-dione × 1 TEW 6-tungstotellurate(VI) × 5 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；21 % PEG MME 5000, 0.1 M MES pH 6.5, 10 mM ammonium sulphate	分辨率 2.10 Å R-free 0.232

共 26 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FEN1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–335； UniProt 2–336

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5um9
沉积日期 deposition_date	2017-01-26
结构标题 title	Flap endonuclease 1 (FEN1) D86N with 5'-flap substrate DNA and Sm3+
关键词 keywords	;dna repair, endonuclease, 5' nuclease, DNA binding, Hydrolase-DNA complex ;; Hydrolase/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.38 Å
零角强度 I(0) i0	59335100.00
分子量 molecular_weight	51143.0 kDa
排除体积 excluded_volume	60090 Å³
包络体积 envelope_volume	77309 Å³
水化壳体积 shell_volume	27485 Å³
包络直径 envelope_diameter	81.8 Å
壳层 Rg shell_rg	30.59 Å
包络 Rg envelope_rg	23.58 Å
形状 Rg shape_rg	23.33 Å
总 Rg total_rg	24.25 Å
总原子数 total_atoms	6666
残基数 n_residues	380
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.0 Å
Rg (实空间) rg_real	24.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.9340e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.6350e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	59340000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8966
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.328
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.297
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7471000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.887; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.991

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Flap endonuclease 1
分子量 formula_weight	38510.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
突变 mutation	D86N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6701

GIQGLAKLIADVAPSAIRENDIKSYFGRKVAIDASMSIYQFLIAVRQGGDVLQNEEGETTSHLMGMFYRTIRMMENGIKPVYVFNGKPPQLKSGELAKRSERRAEAEKQLQQAQAAGAEQEVEKFTKRLVKVTKQHNDECKHLLSLMGIPYLDAPSEAEASCAALVKAGKVYAAATEDMDCLTFGSPVLMRHLTASEAKKLPIQEFHLSRILQELGLNQEQFVDLCILLGSDYCESIRGIGPKRAVDLIQKHKSIEEIVRRLDPNKYPVPENWLHKEAHQLFLEPEVLDPESVELKWSEPNEEELIKFMCGEKQFSEERIRSGVKRLSKSRQGSTLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APCPTPCPTPGPCPCPTPCPAPAPGPAPCPGPGPT)-3') ;
分子量 formula_weight	5476.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

ACTCTGCCTCAAGACGGT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PTPCPTPTPGPAPGPGPCPAPGPAPGPT)-3') ;
分子量 formula_weight	5266.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

ATATCTTGAGGCAGAGT

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APCPCPGPTPCP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	2058.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

ACCGTCC

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SAMARIUM (III) ION
分子量 formula_weight	150.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	35

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5um9A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1010 — 5'-nuclease

结构域编号 domain_id	5um9A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	105.846 Å
晶胞边长 b length_b	105.846 Å
晶胞边长 c length_c	100.709 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.805 Å
最低分辨率 resolution_low	19.672 Å
R 因子 r_factor	0.2107
R_work r_work	0.2078
R_free r_free	0.2659

fit	/app/data/saxs_computation/um/5um9/5um9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/um/5um9/5um9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/um/5um9/5um9.dat

Flap endonuclease 1 (FEN1) D86N with 5'-flap substrate DNA and Sm3+

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Flap endonuclease 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)