8yjr

Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State D

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 118.4 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yjr
沉积日期 deposition_date	2024-03-02
结构标题 title	Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State D
关键词 keywords	Flap endonuclease 1, endogenous DNA, PCNA, DNA BINDING PROTEIN/DNA, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.25 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.79 Å
零角强度 I(0) i0	372448000.00
分子量 molecular_weight	143420.0 kDa
排除体积 excluded_volume	174000 Å³
包络体积 envelope_volume	239550 Å³
水化壳体积 shell_volume	53868 Å³
包络直径 envelope_diameter	122.8 Å
壳层 Rg shell_rg	43.57 Å
包络 Rg envelope_rg	35.90 Å
形状 Rg shape_rg	36.81 Å
总 Rg total_rg	37.14 Å
总原子数 total_atoms	9962
残基数 n_residues	1178
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	118.4 Å
Rg (实空间) rg_real	37.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.7240e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.6620e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	372500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9034
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.168
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.559
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	48480000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.939; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.928

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Proliferating cell nuclear antigen
分子量 formula_weight	28795.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,A
原子数 atom_count	9962

MFEARLVQGSILKKVLEALKDLINEACWDISSSGVNLQSMDSSHVSLVQLTLRSEGFDTYRCDRNLAMGVNLTSMSKILKCAGNEDIITLRAEDNADTLALVFEAPNQEKVSDYEMKLMDLDVEQLGIPEQEYSCVVKMPSGEFARICRDLSHIGDAVVISCAKDGVKFSASGELGNGNIKLSQTSNVDKEEEAVTIEMNEPVQLTFALRYLNFFTKATPLSSTVTLSMSADVPLVVEYKIADMGHLKYYLAPKIEDEEGS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 2 polymer

描述 description	Flap endonuclease 1
分子量 formula_weight	42661.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MGIQGLAKLIADVAPSAIRENDIKSYFGRKVAIDASMSIYQFLIAVRQGGDVLQNEEGETTSHLMGMFYRTIRMMENGIKPVYVFDGKPPQLKSGELAKRSERRAEAEKQLQQAQAAGAEQEVEKFTKRLVKVTKQHNDECKHLLSLMGIPYLDAPSEAEASCAALVKAGKVYAAATEDMDCLTFGSPVLMRHLTASEAKKLPIQEFHLSRILQELGLNQEQFVDLCILLGSDYCESIRGIGPKRAVDLIQKHKSIEEIVRRLDPNKYPVPENWLHKEAHQLFLEPEVLDPESVELKWSEPNEEELIKFMCGEKQFSEERIRSGVKRLSKSRQGSTQGRLDDFFKVTGSLSSAKRKEPEPKGSTKKKAKTGAAGKFKRGK

Entity 3 polymer

描述 description	upstream DNA
分子量 formula_weight	6093.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J

TATATTTTTTTTAAATTTAT

Entity 4 polymer

描述 description	parent DNA
分子量 formula_weight	9538.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

TTTTTTTATAAATAAATTTAAAAAAAATATA

Entity 5 polymer

描述 description	downstream DNA
分子量 formula_weight	3373.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

TTATAAAAAAA

Entity 6 polymer

描述 description	5 prime flap DNA
分子量 formula_weight	867.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

TTT

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.51 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	64551

fit	/app/data/saxs_computation/yj/8yjr/8yjr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yj/8yjr/8yjr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yj/8yjr/8yjr.dat

Structure of the human endogenous PCNA-FEN1 complex - State D

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)