5vai

Cryo-EM structure of the activated Glucagon-like peptide-1 receptor in complex with G protein

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 153.3 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uncharacterized protein

Oryctolagus cuniculus

UniProt G1SGD4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 24–422 未记录 Glucagon-like peptide 1 × 1 (P01275) Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 (P63092) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P54311) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) nanobody 35 × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

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UniProt名称 G1SGD4_RABIT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 63–461; UniProt 24–422

Glucagon-like peptide 1

物种未注明

UniProt P01275

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 98–128 片段:UNP residues 98-128 Uncharacterized protein × 1 (G1SGD4) Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 (P63092) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P54311) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) nanobody 35 × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 33 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 GLUC_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 1–31; UniProt 98–128

Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

Homo sapiens

UniProt P63092

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–380 片段:UNP residuews 1-380 Uncharacterized protein × 1 (G1SGD4) Glucagon-like peptide 1 × 1 (P01275) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P54311) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) nanobody 35 × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 348 个其他 PDB 条目、356 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 GNAS2_HUMAN
Isoform P63092-2
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–380; UniProt 1–380

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Rattus norvegicus

UniProt P54311

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–340 未记录 Uncharacterized protein × 1 (G1SGD4) Glucagon-like peptide 1 × 1 (P01275) Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 (P63092) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) nanobody 35 × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 161 个其他 PDB 条目、162 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 GBB1_RAT
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 13–351; UniProt 2–340

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

Bos taurus

UniProt P63212

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–68 片段:UNP residues 1-68 Uncharacterized protein × 1 (G1SGD4) Glucagon-like peptide 1 × 1 (P01275) Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 (P63092) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P54311) nanobody 35 × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 215 个其他 PDB 条目、216 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 GBG2_BOVIN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–68; UniProt 1–68

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5vai

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5vai
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5vai
沉积日期 deposition_date2017-03-27
结构标题 titleCryo-EM structure of the activated Glucagon-like peptide-1 receptor in complex with G protein
关键词 keywordsClass B GPCR, GLP-1, GLP-1R, Complex, Signaling Protein-Hormone complex; Signaling Protein/Hormone
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.73
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.75
零角强度 I(0) i0256702000.00
分子量 molecular_weight129250.0 kDa
排除体积 excluded_volume161360 ų
包络体积 envelope_volume216090 ų
水化壳体积 shell_volume47906 ų
包络直径 envelope_diameter163.6
壳层 Rg shell_rg42.13
包络 Rg envelope_rg41.87
形状 Rg shape_rg40.78
总 Rg total_rg40.71
总原子数 total_atoms9099
残基数 n_residues1178
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax153.3
Rg (实空间) rg_real41.37
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.00
I(0) (实空间) i0_real2.5670e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.1480e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.74
I(0) (倒空间) i0_reciprocal256500000.0000
解质量估计 total_estimate0.7184
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary35.4
偏度 Skewness skewness0.825
峰度 Kurtosis kurtosis0.244
角度范围 angular_range— – 0.1950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha50160000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.404; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.370; Smooth: 0.753

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)