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5vc6

crystal structure of human WEE1 kinase domain in complex with PHA-848125

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 63.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Wee1-like protein kinase

Homo sapiens

UniProt P30291

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 291–575 片段：UNP RESIDUES 291-575 P48 N,1,4,4-TETRAMETHYL-8-{[4-(4-METHYLPIPERAZIN-1-YL)PHENYL]AMINO}-4,5-DIHYDRO-1H-PYRAZOLO[4,3-H]QUINAZOLINE-3-CARBOXAMIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；5.0 MG/ML WEE1, 25 mM Na/K phosphate, 1 mM DTT, 0.05 M ammonium sulfate, 0.05 M Bis-tris (pH 5.5), 7.5 % PEG 3350, 1 mM PHA-848125 分辨率 2.00 Å R-free 0.265

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 5VC6 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1X8B Structure of human Wee1A kinase: kinase domain complexed with inhibitor PD0407824 提交 2004-08-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 291–575（285 aa） 片段：kinase domain
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 824 9-HYDROXY-4-PHENYLPYRROLO[3,4-C]CARBAZOLE-1,3(2H,6H)-DIONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES, sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.81 Å R-free 0.237
2IN6 Wee1 kinase complex with inhibitor PD311839 提交 2006-10-05 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 291–575（285 aa） 片段：kinase domain
未记录 839 3-(9-HYDROXY-1,3-DIOXO-4-PHENYL-2,3-DIHYDROPYRROLO[3,4-C]CARBAZOL-6(1H)-YL)PROPANOIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES, sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.299
2IO6 Wee1 kinase complexed with inhibitor PD330961 提交 2006-10-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 291–575（285 aa） 片段：kinase domain
未记录 330 9-HYDROXY-6-(3-HYDROXYPROPYL)-4-(2-METHOXYPHENYL)PYRROLO[3,4-C]CARBAZOLE-1,3(2H,6H)-DIONE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES, sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.273
2Z2W Human Wee1 kinase complexed with inhibitor PF0335770 提交 2007-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 291–575（285 aa） 片段：kinase domain
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CL CHLORIDE ION × 2 770 N-[4-(2-CHLOROPHENYL)-1,3-DIOXO-1,2,3,6-TETRAHYDROPYRROLO[3,4-C]CARBAZOL-9-YL]FORMAMIDE × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；NaCL, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.22 Å R-free 0.271
2Z2W Human Wee1 kinase complexed with inhibitor PF0335770 提交 2007-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 291–575（285 aa） 片段：kinase domain
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） CL CHLORIDE ION × 1 770 N-[4-(2-CHLOROPHENYL)-1,3-DIOXO-1,2,3,6-TETRAHYDROPYRROLO[3,4-C]CARBAZOL-9-YL]FORMAMIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；NaCL, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.22 Å R-free 0.271
3BI6 Wee1 kinase complex with inhibitor PD352396 提交 2007-11-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 291–575（285 aa） 片段：kinase domain
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 396 4-(2-chlorophenyl)-9-hydroxy-6-methyl-1,3-dioxo-N-(2-pyrrolidin-1-ylethyl)pyrrolo[3,4-g]carbazole-8-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES, NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.251
3BIZ Wee1 kinase complex with inhibitor PD331618 提交 2007-12-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 291–575（285 aa） 片段：kinase domain
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 61E 4-(2-chlorophenyl)-8-[3-(dimethylamino)propoxy]-9-hydroxy-6-methylpyrrolo[3,4-c]carbazole-1,3(2H,6H)-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES, NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.247
3CQE Wee1 kinase complex with inhibitor PD074291 提交 2008-04-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 291–575（285 aa） 片段：kinase domain
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 P91 8-bromo-4-(2-chlorophenyl)-N-(2-hydroxyethyl)-6-methyl-1,3-dioxo-1,2,3,6-tetrahydropyrrolo[3,4-e]indole-7-carboxamide × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HEPES, sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.50 Å R-free 0.268
3CR0 Wee1 kinase complex with inhibitor PD259_809 提交 2008-04-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 291–575（285 aa） 片段：kinase domain
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 809 4-(2-chlorophenyl)-8-(2-hydroxyethyl)-6-methylpyrrolo[3,4-e]indole-1,3(2H,6H)-dione × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES, sodium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.30 Å R-free 0.255
5V5Y CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN WEE1 KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH MK1775 提交 2017-03-15 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 291–575（285 aa） 片段：UNP RESIDUES 291-575
未记录 8X7 1-[6-(2-hydroxypropan-2-yl)pyridin-2-yl]-6-{[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino}-2-(prop-2-en-1-yl)-1,2-dihydro-3H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-one × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；9.0 MG/ML WEE1, 25 mM Na/K phosphate, 1 mM DTT, 0.1 M ammonium sulfate, 0.05 M Bis-tris (pH 5.5), 12.5 % PEG 3350, 1 mM MK1775
分辨率 1.90 Å R-free 0.215
5VC3 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN WEE1 KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH BOSUTINIB 提交 2017-03-30 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 291–575（285 aa） 片段：UNP RESIDUES 291-575
未记录 DB8 4-[(2,4-dichloro-5-methoxyphenyl)amino]-6-methoxy-7-[3-(4-methylpiperazin-1-yl)propoxy]quinoline-3-carbonitrile × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；5.0 MG/ML WEE1, 25 mM Na/K phosphate, 1 mM DTT, 0.05 M ammonium sulfate, 0.05 M Bis-tris (pH 5.5),7.5 % PEG 3350, 1 mM Bosutinib
分辨率 1.97 Å R-free 0.254
5VC4 Crystal structure of HUMAN WEE1 KINASE domain in complex with Bosutinib-isomer 提交 2017-03-30 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 291–575（285 aa） 片段：UNP RESIDUES 291-575
突变：NONE XZN 4-[(3,5-DICHLORO-4-METHOXYPHENYL)AMINO]-6-METHOXY-7-[3-(4-METHYLPIPERAZIN-1-YL)PROPOXY]QUINOLINE-3-CARBONITRILE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；5.0 MG/ML WEE1, 25 mM Na/K phosphate, 1 mM DTT, 0.05 M ammonium sulfate, 0.05 M Bis-tris (pH 5.5), 7.5 % PEG 3350, 1 mM Bosutinib-isomer
分辨率 2.10 Å R-free 0.241
5VC5 Crystal structure of human WEE1 kinase domain in complex with PD-166285 提交 2017-03-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 291–575（285 aa） 片段：UNP RESIDUES 291-575
未记录 96M 6-(2,6-dichlorophenyl)-2-({4-[2-(diethylamino)ethoxy]phenyl}amino)-8-methylpyrido[2,3-d]pyrimidin-7(8H)-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；9.0 MG/ML WEE1, 25 mM Na/K phosphate, 1 mM DTT, 0.05 M ammonium sulfate, 0.05 M Bis-tris (pH 5.5), 7.5 % PEG 3350, 1 mM PD-166285
分辨率 1.93 Å R-free 0.217
5VD2 crystal structure of human WEE1 kinase domain in complex with PF-03814735 提交 2017-04-01 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 291–575（285 aa） 片段：UNP RESIDUES 291-575
未记录 34W N-{2-[(1S,4R)-6-{[4-(cyclobutylamino)-5-(trifluoromethyl)pyrimidin-2-yl]amino}-1,2,3,4-tetrahydro-1,4-epiminonaphthalen-9-yl]-2-oxoethyl}acetamide × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；9.0 MG/ML WEE1, 25 mM Na/K phosphate, 1 mM DTT, 0.05 M ammonium sulfate, 0.05 M Bis-tris (pH 5.5), 7.5 % PEG 3350, 1 mM PF-03814735
分辨率 2.05 Å R-free 0.256
5VD4 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN WEE1 KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH RAC-IV-016, a MK1775 analougue 提交 2017-04-01 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 291–575（285 aa） 片段：UNP RESIDUES 291-575
未记录 99J 6-{[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino}-2-(prop-2-en-1-yl)-1-{6-[(1S)-2,2,2-trifluoro-1-hydroxyethyl]pyridin-2-yl}-1,2-dihydro-3H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-one × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；5.0 MG/ML WEE1, 25 mM Na/K phosphate, 1 mM DTT, 0.05 M ammonium sulfate, 0.05 M Bis-tris (pH 5.5), 7.5 % PEG 3350, 1 mM RAC-IV-016
分辨率 2.02 Å R-free 0.245
5VD5 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN WEE1 KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH RAC-IV-050, a MK1775 analougue 提交 2017-04-01 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 291–575（285 aa） 片段：UNP RESIDUES 291-575
未记录 99M 1-[6-(2-hydroxypropan-2-yl)pyridin-2-yl]-6-{[4-(morpholin-4-yl)phenyl]amino}-2-(prop-2-en-1-yl)-1,2-dihydro-3H-pyrazolo [3,4-d]pyrimidin-3-one × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；5.0 MG/ML WEE1, 25 mM Na/K phosphate, 1 mM DTT, 0.05 M ammonium sulfate, 0.05 M Bis-tris (pH 5.5), 7.5 % PEG 3350, 1 mM RAC-IV-050
分辨率 2.05 Å R-free 0.234
5VD7 CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN WEE1 KINASE DOMAIN IN COMPLEX WITH RAC-IV-098, a MK1775 analogue 提交 2017-04-01 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 291–575（285 aa） 片段：UNP RESIDUES 291-575
未记录 99V 6-{[3-fluoro-4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino}-1-[6-(2-hydroxypropan-2-yl)pyridin-2-yl]-2-(prop-2-en-1-yl)-1,2-dihydro-3H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-one × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；5.0 MG/ML WEE1, 25 mM Na/K phosphate, 1 mM DTT, 0.05 M ammonium sulfate, 0.05 M Bis-tris (pH 5.5), 7.5 % PEG 3350, 1 mM RAC-IV-098
分辨率 2.08 Å R-free 0.248
5VD8 Crystal structure of human WEE1 kinase domain in complex with RAC-IV-099, a MK1775 analogue 提交 2017-04-01 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 291–575（285 aa） 片段：UNP RESIDUES 291-575
未记录 98M 6-{[3-chloro-4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino}-1-[6-(2-hydroxypropan-2-yl)pyridin-2-yl]-2-(prop-2-en-1-yl)-1,2-dihydro-3H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-one × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；5.0 MG/ML WEE1, 25 mM Na/K phosphate, 1 mM DTT, 0.05 M ammonium sulfate, 0.05 M Bis-tris (pH 5.5), 7.5 % PEG 3350, 1 mM RAC-IV-099
分辨率 1.85 Å R-free 0.247
5VD9 Crystal structure of human WEE1 kinase domain in complex with RAC-IV-097, a MK1775 analogue 提交 2017-04-01 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 291–575（285 aa） 片段：UNP RESIDUES 291-575
未记录 98G 1-{6-[(1R)-1-hydroxyethyl]pyridin-2-yl}-6-{[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino}-2-(prop-2-en-1-yl)-1,2-dihydro-3H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-one × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；5.0 MG/ML WEE1, 25 mM Na/K phosphate, 1 mM DTT, 0.05 M ammonium sulfate, 0.05 M Bis-tris (pH 5.5), 7.5 % PEG 3350, 1 mM RAC-IV-097
分辨率 1.87 Å R-free 0.253
5VDA Crystal structure of human WEE1 kinase domain in complex with RAC-IV-101, a MK1775 analogue 提交 2017-04-01 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 291–575（285 aa） 片段：UNP RESIDUES 291-575
未记录 98D 1-{6-[(1S)-1-hydroxyethyl]pyridin-2-yl}-6-{[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino}-2-(prop-2-en-1-yl)-1,2-dihydro-3H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-one × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.9；291 K；5.0 MG/ML WEE1, 25 mM Na/K phosphate, 1 mM DTT, 0.05 M ammonium sulfate, 0.05 M Bis-tris (pH 5.5), 7.5 % PEG 3350, 1 mM RAC-IV-101
分辨率 2.10 Å R-free 0.255
7N3U Crystal structure of human WEE1 kinase domain in complex with ZN-c3 提交 2021-06-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 291–575（285 aa）
未记录 05J 1-[(7R)-7-ethyl-7-hydroxy-6,7-dihydro-5H-cyclopenta[b]pyridin-2-yl]-6-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)anilino]-2-(prop-2-en-1-yl)-1,2-dihydro-3H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291.15 K；20% PEG 20K
分辨率 2.65 Å R-free 0.267
8BJU HUMAN WEE1 KINASE IN COMPLEX WITH INHIBITOR 1-[6-(1-Hydroxy-1-methyl-ethyl)-pyridin-2-yl]-2-(2-methoxy-phenyl)-6-[4-(4-methyl-piperazin-1-yl)-phenylamino]-1,2-dihydro-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-one 提交 2022-11-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 291–575（285 aa）
未记录 QT9 2-(2-methoxyphenyl)-6-[[4-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]amino]-1-[6-(2-oxidanylpropan-2-yl)pyridin-2-yl]pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-3-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.75；277 K；6.0 % w/v PEG6000, 0.10M MES pH 4.75
分辨率 1.53 Å R-free 0.263
8WDK The complex structure of Cul2-VCB-Protac-Wee1 提交 2023-09-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 W 291–575（285 aa）
未记录 W6U (2S,4R)-1-[(2S)-3,3-dimethyl-2-[3-[4-[4-[4-[[3-oxidanylidene-1-[6-(2-oxidanylpropan-2-yl)pyridin-2-yl]-2-prop-2-enyl-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-6-yl]amino]phenyl]piperazin-1-yl]butoxy]propanoylamino]butanoyl]-N-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.64 Å
9D0Q Crystal structure of human Wee1 kinase domain in complex with inhibitor 提交 2024-08-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 291–575（285 aa）
未记录 A1A1S 1-[(6R)-6-(2,6-dichlorophenyl)-8-methyl-2-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)anilino]-7,8-dihydropteridin-5(6H)-yl]ethan-1-one × 1 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；hepes, sodiium chloride, pH 7.5
分辨率 1.96 Å R-free 0.270
9D0Q Crystal structure of human Wee1 kinase domain in complex with inhibitor 提交 2024-08-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 291–575（285 aa）
未记录 A1A1S 1-[(6R)-6-(2,6-dichlorophenyl)-8-methyl-2-[4-(4-methylpiperazin-1-yl)anilino]-7,8-dihydropteridin-5(6H)-yl]ethan-1-one × 1 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 9 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；hepes, sodiium chloride, pH 7.5
分辨率 1.96 Å R-free 0.270
9D0R Crystal structure of human Wee1 kinase domain in complex with inhibitor 提交 2024-08-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 291–575（285 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 5 A1A1T 7-methyl-2-{[1-(1-methylpiperidin-4-yl)-1H-pyrazol-4-yl]amino}-6-[(1R)-1-(thiophen-2-yl)ethyl]-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidine-5-carbonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；hepes, sodium chloride, pH 7.5
分辨率 2.34 Å R-free 0.256
9D0S Crystal structure of human Wee1 kinase domain in complex with inhibitor 提交 2024-08-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 291–575（285 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 13 A1A1R (8P)-3-(2,6-dichlorophenyl)-1-methyl-8-[1-(1-methylpiperidin-4-yl)-1H-pyrazol-4-yl]-1,2,3,7-tetrahydro-4H-pyrrolo[3',2':5,6]pyrido[4,3-d]pyrimidin-4-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；hepes, sodium chloride, pH 7.5
分辨率 1.64 Å R-free 0.222
9R55 Wee1-like kinase in complex wirh MIPS-54859 提交 2025-05-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 292–575（284 aa）
未记录 A1JDB MIPS-54859 × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；20% w/v PEG 8000, 0.2 M Magnesium acetate tetrahydrate, 0.1M Sodium cacodylate, pH 6.5
分辨率 2.67 Å R-free 0.264
9R55 Wee1-like kinase in complex wirh MIPS-54859 提交 2025-05-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 292–575（284 aa）
未记录 A1JDB MIPS-54859 × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；20% w/v PEG 8000, 0.2 M Magnesium acetate tetrahydrate, 0.1M Sodium cacodylate, pH 6.5
分辨率 2.67 Å R-free 0.264
9R56 Wee1-like kinase in complex wirh MIPS-54861 提交 2025-05-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 292–575（284 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 A1JDC MIPS-54861 × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG6000, 10% ethylene glycol, 0.1M MES pH 6.0, 0.2M ammonium chloride
分辨率 3.01 Å R-free 0.292
9R56 Wee1-like kinase in complex wirh MIPS-54861 提交 2025-05-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 292–575（284 aa）
未记录 A1JDC MIPS-54861 × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG6000, 10% ethylene glycol, 0.1M MES pH 6.0, 0.2M ammonium chloride
分辨率 3.01 Å R-free 0.292
9TG7 Crystal structure of beta-TrCP bound by monophosphorylated WEE1 degron peptide 提交 2025-11-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 49–60（12 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；297 K；20% PEG10K, 0.1 M Na-Hepes pH 7.5
分辨率 1.68 Å R-free 0.252

共 28 个其他 PDB 条目、32 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 WEE1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 5–289； UniProt 291–575

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5vc6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5vc6
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5vc6
沉积日期 deposition_date2017-03-31
结构标题 titlecrystal structure of human WEE1 kinase domain in complex with PHA-848125
关键词 keywordsKINASE DOMAIN, CELL CYCLE, WEE1, TRANSFERASE, INHIBITOR, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.76 Å
零角强度 I(0) i015800200.00
分子量 molecular_weight29806.0 kDa
排除体积 excluded_volume37345 ų
包络体积 envelope_volume44048 ų
水化壳体积 shell_volume19599 ų
包络直径 envelope_diameter64.8 Å
壳层 Rg shell_rg25.09 Å
包络 Rg envelope_rg18.97 Å
形状 Rg shape_rg18.74 Å
总 Rg total_rg19.76 Å
总原子数 total_atoms4191
残基数 n_residues259
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax63.0 Å
Rg (实空间) rg_real19.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.32 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5800e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0290e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal15800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8973
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.9 Å
偏度 Skewness skewness0.248
峰度 Kurtosis kurtosis-0.341
角度范围 angular_range— – 0.4000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4908000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.890; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.990
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd5vc6a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5vc6A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id5vc6A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)