SAXSdb — 8wdk

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8wdk
沉积日期 deposition_date	2023-09-15
结构标题 title	The complex structure of Cul2-VCB-Protac-Wee1
关键词 keywords	E3 ligase complex, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	54.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	53.79 Å
零角强度 I(0) i0	399717000.00
分子量 molecular_weight	166750.0 kDa
排除体积 excluded_volume	208820 Å³
包络体积 envelope_volume	361320 Å³
水化壳体积 shell_volume	56520 Å³
包络直径 envelope_diameter	169.0 Å
壳层 Rg shell_rg	58.92 Å
包络 Rg envelope_rg	50.25 Å
形状 Rg shape_rg	53.78 Å
总 Rg total_rg	54.01 Å
总原子数 total_atoms	11714
残基数 n_residues	1436
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	160.5 Å
Rg (实空间) rg_real	54.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9570e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.7700e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	399800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6613
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	83.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.108
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.707
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.4680
最高正则化参数 α highest_alpha	16620000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.959; Stabil: 0.908; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.972; Smooth: 0.033

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Cullin-2
分子量 formula_weight	87098.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	11714

MSLKPRVVDFDETWNKLLTTIKAVVMLEYVERATWNDRFSDIYALCVAYPEPLGERLYTETKIFLENHVRHLHKRVLESEEQVLVMYHRYWEEYSKGADYMDCLYRYLNTQFIKKNKLTEADLQYGYGGVDMNEPLMEIGELALDMWRKLMVEPLQAILIRMLLREIKNDRGGEDPNQKVIHGVINSFVHVEQYKKKFPLKFYQEIFESPFLTETGEYYKQEASNLLQESNCSQYMEKVLGRLKDEEIRCRKYLHPSSYTKVIHECQQRMVADHLQFLHAECHNIIRQEKKNDMANMYVLLRAVSTGLPHMIQELQNHIHDEGLRATSNLTQENMPTLFVESVLEVHGKFVQLINTVLNGDQHFMSALDKALTSVVNYREPKSVCKAPELLAKYCDNLLKKSAKGMTENEVEDRLTSFITVFKYIDDKDVFQKFYARMLAKRLIHGLSMSMDSEEAMINKLKQACGYEFTSKLHRMYTDMSVSADLNNKFNNFIKNQDTVIDLGISFQIYVLQAGAWPLTQAPSSTFAIPQELEKSVQMFELFYSQHFSGRKLTWLHYLCTGEVKMNYLGKPYVAMVTTYQMAVLLAFNNSETVSYKELQDSTQMNEKELTKTIKSLLDVKMINHDSEKEDIDAESSFSLNMNFSSKRTKFKITTSMQKDTPQEMEQTRSAVDEDRKMYLQAAIVRIMKARKVLRHNALIQEVISQSRARFNPSISMIKKCIEVLIDKQYIERSQASADEYSYVA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Insect cell expression vector pTIE1

Entity 2 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed
分子量 formula_weight	9634.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

RFEVKKWNAVALWAWDIVVDNCAICRNHIMDLCIECQANQASATSEECTVAWGVCNHAFHFHCISRWLKTRQVCPLDNREWE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Insect cell expression vector pTIE1

Entity 3 polymer

描述 description	von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
分子量 formula_weight	18012.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V

PRPVLRSVNSREPSQVIFCNRSPRVVLPVWLNFDGEPQPYPTLPPGTGRRIHSYRGHLWLFRDAGTHDGLLVNQTELFVPSLNVDGQPIFANITLPVYTLKERCLQVVRSLVKPENYRRLDIVRSLYEDLEDHPNVQKDLERLTQERIAHQRMGD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Elongin-B
分子量 formula_weight	11748.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MDVFLMIRRHKTTIFTDAKESSTVFELKRIVEGILKRPPDEQRLYKDDQLLDDGKTLGECGFTSQTARPQAPATVGLAFRADDTFEALCIEPFSSPPELPDVMK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	Elongin-C
分子量 formula_weight	10843.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MYVKLISSDGHEFIVKREHALTSGTIKAMLSGPGQFAENETNEVNFREIPSHVLSKVCMYFTYKVRYTNSSTEIPEFPIAPEIALELLMAANFLDC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 polymer

描述 description	Wee1-like protein kinase
分子量 formula_weight	32225.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	W

GMKSRYTTEFHELEKIGSGEFGSVFKCVKRLDGCIYAIKRSKKPLAGSVDEQNALREVYAHAVLGQHSHVVRYFSAWAEDDHMLIQNEYCNGGSLADAISENYRIMSYFKEAELKDLLLQVGRGLRYIHSMSLVHMDIKPSNIFISRTSIPNAASEEGDEDDWASNKVMFKIGDLGHVTRISSPQVEEGDSRFLANEVLQENYTHLPKADIFALALTVVCAAGAEPLPRNGDQWHEIRQGRLPRIPQVLSQEFTELLKVMIHPDPERRPSAMALVKHSVLLSASRK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 7 non-polymer

描述 description	;(2S,4R)-1-[(2S)-3,3-dimethyl-2-[3-[4-[4-[4-[[3-oxidanylidene-1-[6-(2-oxidanylpropan-2-yl)pyridin-2-yl]-2-prop-2-enyl-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-6-yl]amino]phenyl]piperazin-1-yl]butoxy]propanoylamino]butanoyl]-N-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ;
分子量 formula_weight	1043.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.64 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	312419

fit	/app/data/saxs_computation/wd/8wdk/8wdk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wd/8wdk/8wdk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wd/8wdk/8wdk.dat

The complex structure of Cul2-VCB-Protac-Wee1

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)