SAXSdb — 9ogd

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ogd
沉积日期 deposition_date	2025-04-30
结构标题 title	Cryo-EM structure of human exportin-1 conjugated with selinexor and bound to human ASB8(R197A)-ELOB/C
关键词 keywords	nuclear export, inhibitor, protein degradation, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.97 Å
零角强度 I(0) i0	286922000.00
分子量 molecular_weight	142000.0 kDa
排除体积 excluded_volume	179170 Å³
包络体积 envelope_volume	250480 Å³
水化壳体积 shell_volume	50697 Å³
包络直径 envelope_diameter	168.6 Å
壳层 Rg shell_rg	44.81 Å
包络 Rg envelope_rg	44.62 Å
形状 Rg shape_rg	45.01 Å
总 Rg total_rg	44.85 Å
总原子数 total_atoms	19984
残基数 n_residues	1244
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	163.5 Å
Rg (实空间) rg_real	44.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8690e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.0080e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	286800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8273
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	54.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.528
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.091
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	24570000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.704; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.772; Smooth: 0.865

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Exportin-1
分子量 formula_weight	123662.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	19984

GSMPAIMTMLADHAARQLLDFSQKLDINLLDNVVNCLYHGEGAQQRMAQEVLTHLKEHPDAWTRVDTILEFSQNMNTKYYGLQILENVIKTRWKILPRNQCEGIKKYVVGLIIKTSSDPTCVEKEKVYIGKLNMILVQILKQEWPKHWPTFISDIVGASRTSESLCQNNMVILKLLSEEVFDFSSGQITQVKSKHLKDSMCNEFSQIFQLCQFVMENSQNAPLVHATLETLLRFLNWIPLGYIFETKLISTLIYKFLNVPMFRNVSLKCLTEIAGVSVSQYEEQFVTLFTLTMMQLKQMLPLNTNIRLAYSNGKDDEQNFIQNLSLFLCTFLKEHDQLIEKRLNLRETLMEALHYMLLVSEVEETEIFKICLEYWNHLAAELYRESPFSTSASPLLSGSQHFDVPPRRQLYLPMLFKVRLLMVSRMAKPEEVLVVENDQGEVVREFMKDTDSINLYKNMRETLVYLTHLDYVDTERIMTEKLHNQVNGTEWSWKNLNTLCWAIGSISGAMHEEDEKRFLVTVIKDLLGLCEQKRGKDNKAIIASNIMYIVGQYPRFLRAHWKFLKTVVNKLFEFMHETHDGVQDMACDTFIKIAQKCRRHFVQVQVGEVMPFIDEILNNINTIICDLQPQQVHTFYEAVGYMIGAQTDQTVQEHLIEKYMLLPNQVWDSIIQQATKNVDILKDPETVKQLGSILKTNVRACKAVGHPFVIQLGRIYLDMLNVYKCLSENISAAIQANGEMVTKQPLIRSMRTVKRETLKLISGWVSRSNDPQMVAENFVPPLLDAVLIDYQRNVPAAREPEVLSTMAIIVNKLGGHITAEIPQIFDAVFECTLNMINKDFEEYPEHRTNFFLLLQAVNSHCFPAFLAIPPTQFKLVLDSIIWAFKHTMRNVADTGLQILFTLLQNVAQEEAAAQSFYQTYFCDILQHIFSVVTDTSHTAGLTMHASILAYMFNLVEEGKISTSLNPGNPVNNQIFLQEYVANLLKSAFPHLQDAQVKLFVTGLFSLNQDIPAFKEHLRDFLVQIKEFAGEDTSDLFLEEREIALRQADEEKHKRQMSVPGIFNPHEIPEEMCD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Ankyrin repeat and SOCS box protein 8
分子量 formula_weight	29783.0 kDa
突变 mutation	R197A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSSLSERLIRTIAAIRSFPHDNVEDLIRGGADVNCTHGTLKPLHCACMVSDADCVELLLEKGAEVNALDGYNRTALHYAAEKDEACVEVLLEYGANPNALDGNRDTPLHWAAFKNNAECVRALLESGASVNALDYNNDTPLSWAAMKGNLESVSILLDYGAEVRVINLIGQTPISRLVALLVAGLGTEKEDSCFELLHRAVGHFELRKNGTMPREVARDPQLCEKLTVLCSAPGTLKTLARYAVRRSLGLQYLPDAVKGLPLPASLKEYLLLLE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Elongin-C
分子量 formula_weight	10974.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MMYVKLISSDGHEFIVKREHALTSGTIKAMLSGPGQFAENETNEVNFREIPSHVLSKVCMYFTYKVRYTNSSTEIPEFPIAPEIALELLMAANFLDC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	Elongin-B
分子量 formula_weight	13147.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MDVFLMIRRHKTTIFTDAKESSTVFELKRIVEGILKRPPDEQRLYKDDQLLDDGKTLGECGFTSQTARPQAPATVGLAFRADDTFEALCIEPFSSPPELPDVMKPQDSGSSANEQAVQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 non-polymer

描述 description	selinexor, bound form
分子量 formula_weight	445.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.49 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	433178

fit	/app/data/saxs_computation/og/9ogd/9ogd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/og/9ogd/9ogd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/og/9ogd/9ogd.dat

Cryo-EM structure of human exportin-1 conjugated with selinexor and bound to human ASB8(R197A)-ELOB/C

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)