SAXSdb — 8ubu

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8ubu
沉积日期 deposition_date	2023-09-25
结构标题 title	Cryo-EM structure of dimeric SCF-FBXL17-BACH1BTB E3 ligase complex close conformation
关键词 keywords	SCF, FBXL17, BACH1, F-box protein, CUL1, Cullin, E3 ligase, LIGASE; LIGASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	69.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	69.13 Å
零角强度 I(0) i0	1081960000.00
分子量 molecular_weight	281330.0 kDa
排除体积 excluded_volume	353850 Å³
包络体积 envelope_volume	692280 Å³
水化壳体积 shell_volume	85185 Å³
包络直径 envelope_diameter	205.6 Å
壳层 Rg shell_rg	68.58 Å
包络 Rg envelope_rg	64.60 Å
形状 Rg shape_rg	69.16 Å
总 Rg total_rg	69.02 Å
总原子数 total_atoms	19760
残基数 n_residues	2464
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	195.6 Å
Rg (实空间) rg_real	69.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0820e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2560e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	69.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1082000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6241
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	102.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.072
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.801
角度范围 angular_range	— – 0.1150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	45470000.0000
实空间数据点数 n_real_points	24
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 1.000; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.038; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Cullin-1
分子量 formula_weight	88501.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,H
原子数 atom_count	19760

KQIGLDQIWDDLRAGIQQVYTRQSMAKSRYMELYTHVYNYCTSVHQSNQARGAGVPPSKSKKGQTPGGAQFVGLELYKRLKEFLKNYLTNLLKDGEDLMDESVLKFYTQQWEDYRFSSKVLNGICAYLNRHWVRRECDEGRKGIYEIYSLALVTWRDCLFRPLNKQVTNAVLKLIEKERNGETINTRLISGVVQSYVELGLNEDDAFAKGPTLTVYKESFESQFLADTERFYTRESTEFLQQNPVTEYMKKAEARLLEEQRRVQVYLHESTQDELARKCEQVLIEKHLEIFHTEFQNLLDADKNEDLGRMYNLVSRIQDGLGELKKLLETHIHNQGLAAIEKCGEAALNDPKMYVQTVLDVHKKYNALVMSAFNNDAGFVAALDKACGRFINNNAVTKMAQSSSKSPELLARYCDSLLKKSSKNPEEAELEDTLNQVMVVFKYIEDKDVFQKFYAKMLAKRLVHQNSASDDAEASMISKLKQACGFEYTSKLQRMFQDIGVSKDLNEQFKKHLTNSEPLDLDFSIQVLSSGSWPFQQSCTFALPSELERSYQRFTAFYASRHSGRKLTWLYQLSKGELVTNCFKNRYTLQASTFQMAILLQYNTEDAYTVQQLTDSTQIKMDILAQVLQILLKSKLLVLEDENANVDEVELKPDTLIKLYLGYKNKKLRVNINVPMKTEQKQEQETTHKNIEEDRKLLIQAAIVRIMKMRKVLKHQQLLGEVLTQLSSRFKPRVPVIKKCIDILIEKEYLERVDGEKDTYSYLA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase RBX1, N-terminally processed
分子量 formula_weight	10840.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,I

GAGKKRFEVKKWNAVALWAWDIVVDNCAICRNHIMDLCIECQANQASATSEECTVAWGVCNHAFHFHCISRWLKTRQVCPLDNREWEFQKYGH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 3 polymer

描述 description	S-phase kinase-associated protein 1
分子量 formula_weight	18580.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MPSIKLQSSDGEIFEVDVEIAKQSTIKTMLEDLGMDDEGDDDPVPLPNVNAAILKKVIQWCTHHKDDPPPPEDDENKEKRTDDIPVWDQEFLKVDQGTLFELILAANYLDIKGLLDVTCKTVANMIKGKTPEEIRKTFNIKNDFTEEEEAQVRKENQWCEEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 4 polymer

描述 description	F-box/LRR-repeat protein 17
分子量 formula_weight	44505.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,K

CHREPPPETPDINQLPPSILLKIFSNLSLDERCLSASLVCKYWRDLCLDFQFWKQLDLSSRQQVTDELLEKIASRSQNIIEINISDCRSMSDNGVCVLAFKCPGLLRYTAYRCKQLSDTSIIAVASHCPLLQKVHVGNQDKLTDEGLKQLGSKCRELKDIHFGQCYKISDEGMIVIAKGCLKLQRIYMQENKLVTDQSVKAFAEHCPELQYVGFMGCSVTSKGVIHLTKLRNLSSLDLRHITELDNETVMEIVKRCKNLSSLNLCLNWIINDRCVEVIAKEGQNLKELYLVSCKITDYALIAIGRYSMTIETVDVGWCKEITDQGATLIAQSSKSLRYLGLMRCDKVNEVTVEQLVQQYPHITFSTVLQDCKRTLERAYQMGWTPNMSAASS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 5 polymer

描述 description	Transcription regulator protein BACH1
分子量 formula_weight	13839.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,L

SVFAYESSVHSTNVLLSLNDQRKKDVLCDVTIFVEGQRFRAHRSVLAACSSYFHSRIVGQADGELNITLPEEVTVKGFEPLIQFAYTAKLILSKENVDEVCKCVEFLSVHNIEESCFQFLKF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	71155

fit	/app/data/saxs_computation/ub/8ubu/8ubu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ub/8ubu/8ubu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ub/8ubu/8ubu.dat

Cryo-EM structure of dimeric SCF-FBXL17-BACH1BTB E3 ligase complex close conformation

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)