5vk6

Open conformation of KcsA non-inactivating E71A mutant

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 114.6 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

pH-gated potassium channel KcsA

Streptomyces lividans

UniProt P0A334

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 26–121 未记录 Antibody Heavy Chain × 4 Antibody Light Chain × 4 F09 NONAN-1-OL × 4 1EM (1S)-2-HYDROXY-1-[(NONANOYLOXY)METHYL]ETHYL MYRISTATE × 4 K POTASSIUM ION × 28 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;PEG400, 50 mM magnesium acetate, 50 mM sodium acetate 分辨率 2.25 Å R-free 0.213

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 86 个其他 PDB 条目、96 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KCSA_STRLI
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–96; UniProt 26–121

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5vk6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5vk6
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5vk6
沉积日期 deposition_date2017-04-21
结构标题 titleOpen conformation of KcsA non-inactivating E71A mutant
关键词 keywordsKcsA, open, non-inactivating, potassium channel, IMMUNE SYSTEM-TRANSPORT PROTEIN complex; IMMUNE SYSTEM/TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier28.92
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.33
零角强度 I(0) i049926300.00
分子量 molecular_weight56733.0 kDa
排除体积 excluded_volume71419 ų
包络体积 envelope_volume92248 ų
水化壳体积 shell_volume28203 ų
包络直径 envelope_diameter120.2
壳层 Rg shell_rg34.03
包络 Rg envelope_rg30.25
形状 Rg shape_rg29.23
总 Rg total_rg30.10
总原子数 total_atoms3987
残基数 n_residues527
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax114.6
Rg (实空间) rg_real29.30
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.60
I(0) (实空间) i0_real4.9930e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.8000e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.13
I(0) (倒空间) i0_reciprocal49920000.0000
解质量估计 total_estimate0.7403
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.2
偏度 Skewness skewness0.786
峰度 Kurtosis kurtosis0.581
角度范围 angular_range— – 0.2750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7729000.0000
实空间数据点数 n_real_points56
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.452; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.353; Smooth: 0.911

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd5vk6a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd5vk6a2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd5vk6a3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd5vk6b1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd5vk6b2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd5vk6c_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.14 — Gated ion channels
超家族 Superfamily superfamilyf.14.1 — Voltage-gated ion channels
家族 Family familyf.14.1.1 — Voltage-gated potassium channels

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5vk6A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5vk6B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5vk6B02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5vk6C00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)