5wlw

Crystal Structure of the Human Mitochondrial Cysteine Desulfurase with active Cysteine Loop within ISCU1 active site, coordinating Zn ion. Complexed with human ISD11 and E. coli ACP1 at 3.3A.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 137.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cysteine desulfurase, mitochondrial

Homo sapiens

UniProt Q9Y697

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 56–457 链 E; UniProt 56–457 片段:UNP residues 56-457 LYR motif-containing protein 4 × 2 (Q9HD34) Acyl carrier protein × 2 (B7MJ81) Iron-sulfur cluster assembly enzyme ISCU, mitochondrial × 2 (Q9H1K1) PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;285 K;0.1 M MES pH 7.0 15 % PEG 3350 分辨率 3.32 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NFS1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–406; UniProt 56–457 作者链 E; PDB构建体 5–406; UniProt 56–457

LYR motif-containing protein 4

Homo sapiens

UniProt Q9HD34

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–91 链 F; UniProt 1–91 未记录 Cysteine desulfurase, mitochondrial × 2 (Q9Y697) Acyl carrier protein × 2 (B7MJ81) Iron-sulfur cluster assembly enzyme ISCU, mitochondrial × 2 (Q9H1K1) PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;285 K;0.1 M MES pH 7.0 15 % PEG 3350 分辨率 3.32 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 19 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LYRM4_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–91; UniProt 1–91 作者链 F; PDB构建体 1–91; UniProt 1–91

Acyl carrier protein

Escherichia coli O45:K1 (strain S88 / ExPEC)

UniProt B7MJ81

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 2–78 链 G; UniProt 2–78 未记录 Cysteine desulfurase, mitochondrial × 2 (Q9Y697) LYR motif-containing protein 4 × 2 (Q9HD34) Iron-sulfur cluster assembly enzyme ISCU, mitochondrial × 2 (Q9H1K1) PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;285 K;0.1 M MES pH 7.0 15 % PEG 3350 分辨率 3.32 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ACP_ECO45
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–77; UniProt 2–78 作者链 G; PDB构建体 1–77; UniProt 2–78

Iron-sulfur cluster assembly enzyme ISCU, mitochondrial

Homo sapiens

UniProt Q9H1K1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 8 PDB 声明:octameric(8) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–142 链 H; UniProt 1–142 未记录 Cysteine desulfurase, mitochondrial × 2 (Q9Y697) LYR motif-containing protein 4 × 2 (Q9HD34) Acyl carrier protein × 2 (B7MJ81) PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 8Q1 S-[2-({N-[(2R)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl] dodecanethioate × 2 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;285 K;0.1 M MES pH 7.0 15 % PEG 3350 分辨率 3.32 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 17 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ISCU_HUMAN
Isoform Q9H1K1-2
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–142; UniProt 1–142 作者链 H; PDB构建体 1–142; UniProt 1–142

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5wlw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5wlw
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5wlw
沉积日期 deposition_date2017-07-27
结构标题 titleCrystal Structure of the Human Mitochondrial Cysteine Desulfurase with active Cysteine Loop within ISCU1 active site, coordinating Zn ion. Complexed with human ISD11 and E. coli ACP1 at 3.3A.
关键词 keywords;Human mitochondrial cysteine desulfurse LYR Motif containing protein 4 Iron-Sulfur Cluster Scaffold Protein ISCU1 with Zn in the active site Acyl Carrier Protein 1 (E.coli), TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.86
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.47
零角强度 I(0) i0308168000.00
分子量 molecular_weight140480.0 kDa
排除体积 excluded_volume175110 ų
包络体积 envelope_volume226590 ų
水化壳体积 shell_volume52478 ų
包络直径 envelope_diameter147.2
壳层 Rg shell_rg41.98
包络 Rg envelope_rg36.94
形状 Rg shape_rg36.51
总 Rg total_rg36.69
总原子数 total_atoms9866
残基数 n_residues1357
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax137.3
Rg (实空间) rg_real36.89
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.46
I(0) (实空间) i0_real3.0820e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.6360e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.87
I(0) (倒空间) i0_reciprocal308200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8332
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary47.9
偏度 Skewness skewness0.405
峰度 Kurtosis kurtosis-0.012
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha77450000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.660; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.885; Smooth: 0.961

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5wlwA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)
结构域编号 domain_id5wlwD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1010 — Sufe protein. Chain: A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id5wlwE02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)
结构域编号 domain_id5wlwH01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1010 — Sufe protein. Chain: A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)