5xx8

Hetero-micro-seeding: Crystal structure of BPTI-[555]C14GA38I variant using micro-seeds from -C14GA38L variant

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 49.4 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Pancreatic trypsin inhibitor

Bos taurus

UniProt P00974

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 36–93 突变:A14G, A38I SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;293 K;20-30%PEG4000; 0.2M Lithium Sulfate; 0.1M Tris-HCl, pH8.5 分辨率 1.30 Å R-free 0.206
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 36–93 突变:A14G, A38I SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;293 K;20-30%PEG4000; 0.2M Lithium Sulfate; 0.1M Tris-HCl, pH8.5 分辨率 1.30 Å R-free 0.206

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 123 个其他 PDB 条目、264 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BPT1_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–58; UniProt 36–93 作者链 B; PDB构建体 1–58; UniProt 36–93

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5xx8

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5xx8
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5xx8
沉积日期 deposition_date2017-07-01
结构标题 titleHetero-micro-seeding: Crystal structure of BPTI-[555]C14GA38I variant using micro-seeds from -C14GA38L variant
关键词 keywordsHYDROLASE INHIBITOR, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.69
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.08
零角强度 I(0) i03525310.00
分子量 molecular_weight12969.0 kDa
排除体积 excluded_volume16102 ų
包络体积 envelope_volume19540 ų
水化壳体积 shell_volume11378 ų
包络直径 envelope_diameter48.0
壳层 Rg shell_rg20.04
包络 Rg envelope_rg15.15
形状 Rg shape_rg15.05
总 Rg total_rg16.16
总原子数 total_atoms912
残基数 n_residues116
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax49.4
Rg (实空间) rg_real15.63
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.29
I(0) (实空间) i0_real3.5250e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.0450e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.63
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3525000.0000
解质量估计 total_estimate0.9085
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.3
偏度 Skewness skewness0.139
峰度 Kurtosis kurtosis-0.557
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1233000.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.940; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.996

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd5xx8a_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamilyg.8.1 — BPTI-like
家族 Family familyg.8.1.1 — Small Kunitz-type inhibitors & BPTI-like toxins
结构域编号 domain_idd5xx8b_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamilyg.8.1 — BPTI-like
家族 Family familyg.8.1.1 — Small Kunitz-type inhibitors & BPTI-like toxins

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5xx8A00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain
结构域编号 domain_id5xx8B00
类 Class class4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture10 — Irregular
拓扑 Topology topology410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)