SAXSdb — 5zbb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA damage response protein Rtt109, putative

Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Histone chaperone asf1 × 1 （Q4WXX5） Histone H3 × 1 （P61830） Histone H4 × 1 （P02309） IODIDE ION × 23 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GLYCEROL × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q4WUS9_ASPFU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–544； UniProt 1–543

Histone chaperone asf1

Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100)

UniProt Q4WXX5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA damage response protein Rtt109, putative × 1 （Q4WUS9） Histone H3 × 1 （P61830） Histone H4 × 1 （P02309） IODIDE ION × 23 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GLYCEROL × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ASF1_ASPFU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 35–188； UniProt 1–154

Histone H3

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P61830

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA damage response protein Rtt109, putative × 1 （Q4WUS9） Histone chaperone asf1 × 1 （Q4WXX5） Histone H4 × 1 （P02309） IODIDE ION × 23 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GLYCEROL × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136

Histone H4

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P02309

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	DNA damage response protein Rtt109, putative × 1 （Q4WUS9） Histone chaperone asf1 × 1 （Q4WXX5） Histone H3 × 1 （P61830） IODIDE ION × 23 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GLYCEROL × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5zbb
沉积日期 deposition_date	2018-02-10
结构标题 title	Crystal structure of Rtt109-Asf1-H3-H4 complex
关键词 keywords	;Histone, acetylation, chaperone, DNA replication, nucleosome assembly, DNA damage, TRANSFERASE, TRANSFERASE-STRUCTURAL PROTEIN complex ;; TRANSFERASE/STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5zbb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5zbb__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5zbb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.11 Å
Rg（电子密度）	27.14 Å
总 Rg	27.78 Å
原子数	5501
残基数	688
排除体积	98790 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5zbb__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA damage response protein Rtt109, putative
分子量 formula_weight	59684.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5504

SMSKVDVDLGDSLAKVLPTGVKVTIRHISSAPSPCVALFAAPPGEEPESTFCENHFLAVSISPNENEESEVIIFGIEVLVYGTAHLTTIFVSKADSTGYLHLLKNAPKVSLLRLISNAFLSFLVQTHQRPGVRLMVSLFARAQNQYLFPGSIENPEKHVLDDRGLIKWWCRVIDPILREYEPETGSHEKAVDDQTQESAKSSATAFLIVPGCDKFETRGFFPITARSDGKDRPRWLNSYPLHQLCDNPNAPPRCLVPRFPDDPKTRFLIDLDDELPESTGAAGSKENSGHWRSVKSLAQFWEMMSFRQECSAGRLVGFLWLVINPPGLVNSVQMTSSRVASRDVENVLSESAKTTHDATKQKDEAASVSSPPHPSTSGLQTSPIALPGVSSSDTHATVQQATGPSAFFWPDTGRGHAVLSEEDYKAAINFLIDQDFNTKHKAIASTKAWAEKVASLADQLWVGQRVEGRNATTEPGQKHTDATTVINTAFVRKRKTADEESDKPGEVRGAPGDSEEVNPTPVQSNQAPSVNVLNANLLRKKKKT

来源 Source

来源生物 organism	Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100)
通用名 common_name	Aspergillus fumigatus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	330879
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone chaperone asf1
分子量 formula_weight	21098.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASMTGGQQMGRGSMSVVSLLGVKIVNNPAPFLAPYQFEITFECLEQLQKDLEWKLTYVGSATSSEYDQELDSLLVGPIPVGVNKFLFEADAPDLKRIPTSEILGVTVILLTCSYDGREFVRVGYYVNNEYDSEELTQDPPAKPIIERIRRNILAEKPRVTRFAIKWD

来源 Source

来源生物 organism	Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100)
通用名 common_name	Aspergillus fumigatus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	330879
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H3
分子量 formula_weight	15391.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MARTKQTARKSTGGKAPRKQLASKAARKSAPSTGGVKKPHRYKPGTVALREIRRFQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAIGALQESVEAYLVSLFEDTNLAAIHAKRVTIQKKDIKLARRLRGERS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11395.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKILRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEEVRAVLKSFLESVIRDSVTYTEHAKRKTVTSLDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	IODIDE ION
分子量 formula_weight	126.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	23

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	5zbbB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1490 — Histone chaperone ASF1-like

结构域编号 domain_id	5zbbC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

结构域编号 domain_id	5zbbD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Histone, subunit A

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晶胞边长 a length_a	112.251 Å
晶胞边长 b length_b	112.251 Å
晶胞边长 c length_c	333.057 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.600 Å
最低分辨率 resolution_low	42.921 Å
R 因子 r_factor	0.2179
R_work r_work	0.2154
R_free r_free	0.2643

Crystal structure of Rtt109-Asf1-H3-H4 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA damage response protein Rtt109, putative

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone chaperone asf1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5zbb__assembly_1__model_1

5zbb__assembly_1__model_1 | I(q)

5zbb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)