SAXSdb — 5zmc

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein C-ets-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	;DNA (5'-D(PCPGPGPGPGPAPCPCPCPGPGPAPAPGPGPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PGPCPCPCPTPTPCPCPGPGPGPTPCPCPCPC)-3') ; × 1 Nuclear factor NF-kappa-B p100 subunit × 1 （Q00653）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ETS1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–111； UniProt 331–441

Nuclear factor NF-kappa-B p100 subunit

Homo sapiens

UniProt Q00653

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	;DNA (5'-D(PCPGPGPGPGPAPCPCPCPGPGPAPAPGPGPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PGPCPCPCPTPTPCPCPGPGPGPTPCPCPCPC)-3') ; × 1 Protein C-ets-1 × 1 （P14921）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NFKB2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–295； UniProt 35–329

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	5zmc
沉积日期 deposition_date	2018-04-02
结构标题 title	Structural Basis for Reactivation of -146C>T Mutant TERT Promoter by cooperative binding of p52 and ETS1/2
关键词 keywords	ETS1, p52, transcription factor, TRANSCRIPTION, -146c>T mutant TERT promoter activation, TRANSCRIPTION-DNA complex; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

5zmc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

5zmc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

5zmc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.23 Å
Rg（电子密度）	21.97 Å
总 Rg	22.89 Å
原子数	2393
残基数	241
排除体积	40413 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`5zmc__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPGPGPGPGPAPCPCPCPGPGPAPAPGPGPG)-3') ;
分子量 formula_weight	5014.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	2393

CGGGGACCCGGAAGGG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPCPCPCPTPTPCPCPGPGPGPTPCPCPCPC)-3') ;
分子量 formula_weight	4787.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

GCCCTTCCGGGTCCCC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protein C-ets-1
分子量 formula_weight	13114.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSGPIQLWQFLLELLTDKSCQSFISWTGDGWEFKLSDPDEVARRWGKRKNKPKMNYEKLSRGLRYYYDKNIIHKTAGKRYVYRFVCDLQSLLGYTPEELHAMLDVKPDADE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Nuclear factor NF-kappa-B p100 subunit
分子量 formula_weight	33166.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

ADGPYLVIVEQPKQRGFRFRYGCEGPSHGGLPGASSEKGRKTYPTVKICNYEGPAKIEVDLVTHSDPPRAHAHSLVGKQCSELGICAVSVGPKDMTAQFNNLGVLHVTKKNMMGTMIQKLQRQRLRSRPQGLTEAEQRELEQEAKELKKVMDLSIVRLRFSAFLRASDGSFSLPLKPVISQPIHDSKSPGASNLKISRMDKTAGSVRGGDEVYLLCDKVQKDDIEVRFYEDDENGWQAFGDFSPTDVHKQYAIVFRTPPYHKMKIERPVTVFLQLKRKRGGDVSDSKQFTYYPLV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	5zmcA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	5zmcB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

▶

晶胞边长 a length_a	71.414 Å
晶胞边长 b length_b	71.414 Å
晶胞边长 c length_c	262.520 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 2 2
空间群编号 int_tables_number	91
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.990 Å
最低分辨率 resolution_low	71.410 Å
R 因子 r_factor	0.2604
R_work r_work	0.2590
R_free r_free	0.2883

Structural Basis for Reactivation of -146C>T Mutant TERT Promoter by cooperative binding of p52 and ETS1/2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein C-ets-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nuclear factor NF-kappa-B p100 subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5zmc__assembly_1__model_1

5zmc__assembly_1__model_1 | I(q)

5zmc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Structural Basis for Reactivation of -146C>T Mutant TERT Promoter by cooperative binding of p52 and ETS1/2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein C-ets-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Nuclear factor NF-kappa-B p100 subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

5zmc__assembly_1__model_1

5zmc__assembly_1__model_1 | I(q)

5zmc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)