SAXSdb — 6akm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Suppressor of IKBKE 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 5–65	未记录	Sarcolemmal membrane-associated protein × 2 （Q14BN4） GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.5; 15% (w/v) PEG 6000	分辨率 2.30 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6AKM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6AKK Crystal structure of the second Coiled-coil domain of SIKE1 提交 2018-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 72–121（50 aa）链 B 72–121（50 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.0 M (NH4)2HPO4 (ammonium dibasic phosphate); 0.1 M acetate pH 4.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.267
6AKL Crystal structure of Striatin3 in complex with SIKE1 Coiled-coil domain 提交 2018-09-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 72–121（50 aa）链 B 72–121（50 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；35% (v/v) MPD; 0.1 M imidazole pH 7.5	分辨率 1.75 Å R-free 0.213

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SIKE1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–65； UniProt 5–65

Sarcolemmal membrane-associated protein

Homo sapiens

UniProt Q14BN4

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 167–226	未记录	Suppressor of IKBKE 1 × 2 （Q9BRV8） GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.5; 15% (w/v) PEG 6000	分辨率 2.30 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6AKM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6AR0 Structure of human SLMAP FHA domain 提交 2017-08-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–140（140 aa）片段：FHA domain (UNP residues 1-140)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；Bis-Tris pH 6.5, 200 mM Li2SO4, 25% PEG 3350	分辨率 1.08 Å R-free 0.179
6AR2 Structure of human SLMAP FHA domain in complex with pMST2 提交 2017-08-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–140（140 aa）片段：UNP residues 1-140	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；200 mM KSCN, 20% PEG 3350	分辨率 1.55 Å R-free 0.188
6AR2 Structure of human SLMAP FHA domain in complex with pMST2 提交 2017-08-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–140（140 aa）片段：UNP residues 1-140	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；200 mM KSCN, 20% PEG 3350	分辨率 1.55 Å R-free 0.188

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SLMAP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 5–64； UniProt 167–226

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6akm
沉积日期 deposition_date	2018-09-02
结构标题 title	Crystal structure of SLMAP-SIKE1 complex
关键词 keywords	Coiled-coil domain, heterotetramer, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.37 Å
零角强度 I(0) i0	2237060.00
分子量 molecular_weight	10060.0 kDa
排除体积 excluded_volume	12428 Å³
包络体积 envelope_volume	16549 Å³
水化壳体积 shell_volume	8504 Å³
包络直径 envelope_diameter	75.9 Å
壳层 Rg shell_rg	22.58 Å
包络 Rg envelope_rg	21.08 Å
形状 Rg shape_rg	20.31 Å
总 Rg total_rg	20.95 Å
总原子数 total_atoms	704
残基数 n_residues	93
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	76.7 Å
Rg (实空间) rg_real	20.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.84 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2370e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0630e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.52 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2237000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7053
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	15.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.681
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.195
角度范围 angular_range	— – 0.3950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	176700.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.379; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.073; Smooth: 0.954

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Suppressor of IKBKE 1
分子量 formula_weight	7184.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	773

STMAIEKILTDAKTLLERLREHDAAAESLVDQSAALHRRVAAMREAGTALPDQYQEDASDMKDMS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Sarcolemmal membrane-associated protein
分子量 formula_weight	7421.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

STMEQLSQYLQEALHREQMLEQKLATLQRLLAITQEASDTSWQALIDEDRLLSRLEVMGNQLQA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	35

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	66.763 Å
晶胞边长 b length_b	66.763 Å
晶胞边长 c length_c	61.353 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	42.080 Å
R 因子 r_factor	0.2074
R_work r_work	0.2040
R_free r_free	0.2380

fit	/app/data/saxs_computation/ak/6akm/6akm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ak/6akm/6akm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ak/6akm/6akm.dat

Crystal structure of SLMAP-SIKE1 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Suppressor of IKBKE 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Sarcolemmal membrane-associated protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)