6apd

Crystal structure of RSV F bound by AM22 and the infant antibody ADI-19425

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fusion glycoprotein F0,Envelope glycoprotein

Human immunodeficiency virus 1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 15	AM22 Fab Heavy Chain,IGH@ protein × 3 （Q6GMX6） AM22 Fab Light Chain,Uncharacterized protein × 3 （Q8TCD0） Immunoglobulin heavy variable 3-21,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain × 3 （A0A0B4J1V1,P0DOX5） IGL@ protein × 3 （Q6GMX4）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C3UPB8_9MONO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–513； UniProt 1–513 作者链 B； PDB构建体 1–513； UniProt 1–513 作者链 C； PDB构建体 1–513； UniProt 1–513

Fusion glycoprotein F0,Envelope glycoprotein

Human immunodeficiency virus 1

UniProt M1E1E4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 15	AM22 Fab Heavy Chain,IGH@ protein × 3 （Q6GMX6） AM22 Fab Light Chain,Uncharacterized protein × 3 （Q8TCD0） Immunoglobulin heavy variable 3-21,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain × 3 （A0A0B4J1V1,P0DOX5） IGL@ protein × 3 （Q6GMX4）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	M1E1E4_9HIV1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 518–546； UniProt 1–29 作者链 B； PDB构建体 518–546； UniProt 1–29 作者链 C； PDB构建体 518–546； UniProt 1–29

AM22 Fab Heavy Chain,IGH@ protein

Homo sapiens

UniProt Q6GMX6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 15	Fusion glycoprotein F0,Envelope glycoprotein × 3 （C3UPB8,M1E1E4） AM22 Fab Light Chain,Uncharacterized protein × 3 （Q8TCD0） Immunoglobulin heavy variable 3-21,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain × 3 （A0A0B4J1V1,P0DOX5） IGL@ protein × 3 （Q6GMX4）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	Q6GMX6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 112–228； UniProt 123–239 作者链 F； PDB构建体 112–228； UniProt 123–239 作者链 H； PDB构建体 112–228； UniProt 123–239

AM22 Fab Light Chain,Uncharacterized protein

Homo sapiens

UniProt Q8TCD0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 15	Fusion glycoprotein F0,Envelope glycoprotein × 3 （C3UPB8,M1E1E4） AM22 Fab Heavy Chain,IGH@ protein × 3 （Q6GMX6） Immunoglobulin heavy variable 3-21,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain × 3 （A0A0B4J1V1,P0DOX5） IGL@ protein × 3 （Q6GMX4）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8TCD0_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 108–215； UniProt 132–239 作者链 G； PDB构建体 108–215； UniProt 132–239 作者链 I； PDB构建体 108–215； UniProt 132–239

Immunoglobulin heavy variable 3-21,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

Homo sapiens

UniProt A0A0B4J1V1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 15	Fusion glycoprotein F0,Envelope glycoprotein × 3 （C3UPB8,M1E1E4） AM22 Fab Heavy Chain,IGH@ protein × 3 （Q6GMX6） AM22 Fab Light Chain,Uncharacterized protein × 3 （Q8TCD0） IGL@ protein × 3 （Q6GMX4）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HV321_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–98； UniProt 20–117 作者链 K； PDB构建体 1–98； UniProt 20–117 作者链 N； PDB构建体 1–98； UniProt 20–117

Immunoglobulin heavy variable 3-21,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

Homo sapiens

UniProt P0DOX5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 15	Fusion glycoprotein F0,Envelope glycoprotein × 3 （C3UPB8,M1E1E4） AM22 Fab Heavy Chain,IGH@ protein × 3 （Q6GMX6） AM22 Fab Light Chain,Uncharacterized protein × 3 （Q8TCD0） IGL@ protein × 3 （Q6GMX4）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IGG1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 112–226； UniProt 109–223 作者链 K； PDB构建体 112–226； UniProt 109–223 作者链 N； PDB构建体 112–226； UniProt 109–223

IGL@ protein

Homo sapiens

UniProt Q6GMX4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 15	Fusion glycoprotein F0,Envelope glycoprotein × 3 （C3UPB8,M1E1E4） AM22 Fab Heavy Chain,IGH@ protein × 3 （Q6GMX6） AM22 Fab Light Chain,Uncharacterized protein × 3 （Q8TCD0） Immunoglobulin heavy variable 3-21,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain × 3 （A0A0B4J1V1,P0DOX5）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6GMX4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–218； UniProt 20–236 作者链 M； PDB构建体 1–218； UniProt 20–236 作者链 O； PDB构建体 1–218； UniProt 20–236

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6apd
沉积日期 deposition_date	2017-08-17
结构标题 title	Crystal structure of RSV F bound by AM22 and the infant antibody ADI-19425
关键词 keywords	viral glycoprotein, immunoglobulin, infant, complex, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6apd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6apd__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6apd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	61.05 Å
Rg（电子密度）	60.80 Å
总 Rg	60.74 Å
原子数	30005
残基数	3968
排除体积	534620 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6apd__assembly_1__model_1`	pentadecameric （15）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fusion glycoprotein F0,Envelope glycoprotein
分子量 formula_weight	63775.9 kDa
突变 mutation	N67I, P129A, S215P, I379V, M447V,N67I, P129A, S215P, I379V, M447V,N67I, P129A, S215P, I379V, M447V,N67I, P129A, S215P, I379V, M447V
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	30005

MELLILKANAITTILTAVTFCFASGQNITEEFYQSTCSAVSKGYLSALRTGWYTSVITIELSNIKEIKCNGTDAKVKLIKQELDKYKNAVTELQLLMQSTPATNNRARRELPRFMNYTLNNAKKTNVTLSKKRKRRFLGFLLGVGSAIASGVAVSKVLHLEGEVNKIKSALLSTNKAVVSLSNGVSVLTSKVLDLKNYIDKQLLPIVNKQSCSIPNIETVIEFQQKNNRLLEITREFSVNAGVTTPVSTYMLTNSELLSLINDMPITNDQKKLMSNNVQIVRQQSYSIMSIIKEEVLAYVVQLPLYGVIDTPCWKLHTSPLCTTNTKEGSNICLTRTDRGWYCDNAGSVSFFPQAETCKVQSNRVFCDTMNSLTLPSEVNLCNVDIFNPKYDCKIMTSKTDVSSSVITSLGAIVSCYGKTKCTASNKNRGIIKTFSNGCDYVSNKGVDTVSVGNTLYYVNKQEGKSLYVKGEPIINFYDPLVFPSDEFDASISQVNEKINQSLAFIRKSDELLSAIGGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFLGSMEVLFQGPGHHHHHHHHSAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	AM22 Fab Heavy Chain,IGH@ protein
分子量 formula_weight	24123.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,F,H

QVQLVQSGAEVKKPGATVKVSCKISGHTLIKLSIHWVRQAPGKGLEWMGGYEGEVDEIFYAQKFQHRLTVIADTATDTVYMELGRLTSDDTAVYFCGTLGVTVTEAGLGIDDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	AM22 Fab Light Chain,Uncharacterized protein
分子量 formula_weight	23305.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,G,I

EIVLTQSPGTLSLSPGERATLSCRASQIVSRNHLAWYQQKPGQAPRLLIFGASSRATGIPVRFSGSGSGTDFTLTINGLAPEDFAVYYCLSSDSSIFTFGQGTKVDFKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Immunoglobulin heavy variable 3-21,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain
分子量 formula_weight	23881.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,K,N

EVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCAASGFTFSSYSMNWVRQAPGKGLEWVSSISSSSSYIYYADSVKGRFTISRDNAKNSLYLQMNSLRAEDTAVYYCARLGYCSGGSCHFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	IGL@ protein
分子量 formula_weight	22955.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,M,O

QSVLTQPPSVSGAPGQRVTISCTGSSSNIGAGYDVHWYQQLPGTAPKLLIYGNSNRPSGVPDRFSGSKSGTSASLAITGLQAEDEADYYCQSYDSSLSGFYVFGTGTKVTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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晶胞边长 a length_a	229.470 Å
晶胞边长 b length_b	229.470 Å
晶胞边长 c length_c	304.050 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.100 Å
最低分辨率 resolution_low	50.958 Å
R 因子 r_factor	0.2063
R_work r_work	0.2037
R_free r_free	0.2562

Crystal structure of RSV F bound by AM22 and the infant antibody ADI-19425

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fusion glycoprotein F0,Envelope glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Fusion glycoprotein F0,Envelope glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

AM22 Fab Heavy Chain,IGH@ protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

AM22 Fab Light Chain,Uncharacterized protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Immunoglobulin heavy variable 3-21,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Immunoglobulin heavy variable 3-21,Immunoglobulin gamma-1 heavy chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

IGL@ protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6apd__assembly_1__model_1

6apd__assembly_1__model_1 | I(q)

6apd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer