6arq

Crystal structure of CD96 (D1) bound to CD155/necl-5 (D1-3)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 134.7 Å Quality: SUSPICIOUS

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-cell surface protein tactile

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 3 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 21–139	突变：C110S	Poliovirus receptor × 1 （P15151） alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；32% (v/v) Jeffamine ED-2001 0.1M HEPES pH7.3	分辨率 2.88 Å R-free 0.252

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TACT_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–120； UniProt 21–139

Poliovirus receptor

Homo sapiens

UniProt P15151

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 2 其他聚合物 3 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 28–334	未记录	T-cell surface protein tactile × 1 （P40200） alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；32% (v/v) Jeffamine ED-2001 0.1M HEPES pH7.3	分辨率 2.88 Å R-free 0.252

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6ARQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DGI Cryo-EM structure of human poliovirus(serotype 1)complexed with three domain CD155 提交 1999-11-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 300 PDB 声明：300-MERIC	链 R 28–329（302 aa）片段：THREE EXTRACELLULAR DOMAINS OF CD155	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件 POLIOVIRUS WAS INCUBATED WITH CD155-AP FOR 1 HOURS AT 4 DEGREES CELSIUS (277 KELVIN) USING A EIGHT-FOLD EXCESS OF CD155-AP FOR EACH OF THE SIXTY POSSIBLE BINDING SITES PER VIRION. AFTER INCUBATION, SAMPLES WERE PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE AND MAINTAINED AT NEAR LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE WITH A GATAN 626 CRYOTRANSFER HOLDER. X-ray结晶条件 ELECTRON MICROSCOPY RECONSTRUCTION；pH 7.5；WARNING: THIS IS AN ELECTRON MICROSCOPY MODEL DEPOSITION. CRYO-EM INFORMATION HAS BEEN INCLUDED IN THE FORM OF REMARK 250 RECORDS AT THE TOP OF THE PDB COORDINATE FILE., pH 7.5, ELECTRON MICROSCOPY RECONSTRUCTION	分辨率 22.00 Å
1DGI Cryo-EM structure of human poliovirus(serotype 1)complexed with three domain CD155 提交 1999-11-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 28–329（302 aa）片段：THREE EXTRACELLULAR DOMAINS OF CD155	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件 POLIOVIRUS WAS INCUBATED WITH CD155-AP FOR 1 HOURS AT 4 DEGREES CELSIUS (277 KELVIN) USING A EIGHT-FOLD EXCESS OF CD155-AP FOR EACH OF THE SIXTY POSSIBLE BINDING SITES PER VIRION. AFTER INCUBATION, SAMPLES WERE PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE AND MAINTAINED AT NEAR LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE WITH A GATAN 626 CRYOTRANSFER HOLDER. X-ray结晶条件 ELECTRON MICROSCOPY RECONSTRUCTION；pH 7.5；WARNING: THIS IS AN ELECTRON MICROSCOPY MODEL DEPOSITION. CRYO-EM INFORMATION HAS BEEN INCLUDED IN THE FORM OF REMARK 250 RECORDS AT THE TOP OF THE PDB COORDINATE FILE., pH 7.5, ELECTRON MICROSCOPY RECONSTRUCTION	分辨率 22.00 Å
1DGI Cryo-EM structure of human poliovirus(serotype 1)complexed with three domain CD155 提交 1999-11-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：25-meric	链 R 28–329（302 aa）片段：THREE EXTRACELLULAR DOMAINS OF CD155	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件 POLIOVIRUS WAS INCUBATED WITH CD155-AP FOR 1 HOURS AT 4 DEGREES CELSIUS (277 KELVIN) USING A EIGHT-FOLD EXCESS OF CD155-AP FOR EACH OF THE SIXTY POSSIBLE BINDING SITES PER VIRION. AFTER INCUBATION, SAMPLES WERE PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE AND MAINTAINED AT NEAR LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE WITH A GATAN 626 CRYOTRANSFER HOLDER. X-ray结晶条件 ELECTRON MICROSCOPY RECONSTRUCTION；pH 7.5；WARNING: THIS IS AN ELECTRON MICROSCOPY MODEL DEPOSITION. CRYO-EM INFORMATION HAS BEEN INCLUDED IN THE FORM OF REMARK 250 RECORDS AT THE TOP OF THE PDB COORDINATE FILE., pH 7.5, ELECTRON MICROSCOPY RECONSTRUCTION	分辨率 22.00 Å
1DGI Cryo-EM structure of human poliovirus(serotype 1)complexed with three domain CD155 提交 1999-11-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 R 28–329（302 aa）片段：THREE EXTRACELLULAR DOMAINS OF CD155	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件 POLIOVIRUS WAS INCUBATED WITH CD155-AP FOR 1 HOURS AT 4 DEGREES CELSIUS (277 KELVIN) USING A EIGHT-FOLD EXCESS OF CD155-AP FOR EACH OF THE SIXTY POSSIBLE BINDING SITES PER VIRION. AFTER INCUBATION, SAMPLES WERE PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE AND MAINTAINED AT NEAR LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE WITH A GATAN 626 CRYOTRANSFER HOLDER. X-ray结晶条件 ELECTRON MICROSCOPY RECONSTRUCTION；pH 7.5；WARNING: THIS IS AN ELECTRON MICROSCOPY MODEL DEPOSITION. CRYO-EM INFORMATION HAS BEEN INCLUDED IN THE FORM OF REMARK 250 RECORDS AT THE TOP OF THE PDB COORDINATE FILE., pH 7.5, ELECTRON MICROSCOPY RECONSTRUCTION	分辨率 22.00 Å
1DGI Cryo-EM structure of human poliovirus(serotype 1)complexed with three domain CD155 提交 1999-11-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 28–329（302 aa）片段：THREE EXTRACELLULAR DOMAINS OF CD155	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件 POLIOVIRUS WAS INCUBATED WITH CD155-AP FOR 1 HOURS AT 4 DEGREES CELSIUS (277 KELVIN) USING A EIGHT-FOLD EXCESS OF CD155-AP FOR EACH OF THE SIXTY POSSIBLE BINDING SITES PER VIRION. AFTER INCUBATION, SAMPLES WERE PREPARED AS THIN LAYERS OF VITREOUS ICE AND MAINTAINED AT NEAR LIQUID NITROGEN TEMPERATURE IN THE ELECTRON MICROSCOPE WITH A GATAN 626 CRYOTRANSFER HOLDER. X-ray结晶条件 ELECTRON MICROSCOPY RECONSTRUCTION；pH 7.5；WARNING: THIS IS AN ELECTRON MICROSCOPY MODEL DEPOSITION. CRYO-EM INFORMATION HAS BEEN INCLUDED IN THE FORM OF REMARK 250 RECORDS AT THE TOP OF THE PDB COORDINATE FILE., pH 7.5, ELECTRON MICROSCOPY RECONSTRUCTION	分辨率 22.00 Å
1NN8 CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus 提交 2003-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 420 PDB 声明：420-MERIC	链 R 28–329（302 aa）链 S 28–329（302 aa）链 T 28–329（302 aa）	未记录	MYR MYRISTIC ACID × 60	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 15.00 Å
1NN8 CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus 提交 2003-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 R 28–329（302 aa）链 S 28–329（302 aa）链 T 28–329（302 aa）	未记录	MYR MYRISTIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 15.00 Å
1NN8 CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus 提交 2003-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 R 28–329（302 aa）链 S 28–329（302 aa）链 T 28–329（302 aa）	未记录	MYR MYRISTIC ACID × 5	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 15.00 Å
1NN8 CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus 提交 2003-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric	链 R 28–329（302 aa）链 S 28–329（302 aa）链 T 28–329（302 aa）	未记录	MYR MYRISTIC ACID × 6	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 15.00 Å
1NN8 CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus 提交 2003-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 R 28–329（302 aa）链 S 28–329（302 aa）链 T 28–329（302 aa）	未记录	MYR MYRISTIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 15.00 Å
3EPC CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 1 提交 2008-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 300 PDB 声明：300-MERIC	链 R 30–242（213 aa）片段：Poliovirus receptor CD155 D1D2	突变：N105D, N120S, N188Q, N218Q, N237S	SPH SPHINGOSINE × 60 MYR MYRISTIC ACID × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10mM Tris-HCl, 20mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.00 Å
3EPC CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 1 提交 2008-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 30–242（213 aa）片段：Poliovirus receptor CD155 D1D2	突变：N105D, N120S, N188Q, N218Q, N237S	SPH SPHINGOSINE × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10mM Tris-HCl, 20mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.00 Å
3EPC CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 1 提交 2008-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：25-meric	链 R 30–242（213 aa）片段：Poliovirus receptor CD155 D1D2	突变：N105D, N120S, N188Q, N218Q, N237S	SPH SPHINGOSINE × 5 MYR MYRISTIC ACID × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10mM Tris-HCl, 20mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.00 Å
3EPC CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 1 提交 2008-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 R 30–242（213 aa）片段：Poliovirus receptor CD155 D1D2	突变：N105D, N120S, N188Q, N218Q, N237S	SPH SPHINGOSINE × 6 MYR MYRISTIC ACID × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10mM Tris-HCl, 20mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.00 Å
3EPC CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 1 提交 2008-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 30–242（213 aa）片段：Poliovirus receptor CD155 D1D2	突变：N105D, N120S, N188Q, N218Q, N237S	SPH SPHINGOSINE × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10mM Tris-HCl, 20mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.00 Å
3EPD CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 3 提交 2008-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 360 PDB 声明：360-MERIC	链 R 30–242（213 aa）片段：Poliovirus receptor CD155 D1D2	突变：N105D, N120S, N188Q, N218Q, N237S	SPH SPHINGOSINE × 60 MYR MYRISTIC ACID × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10mM Tris-HCl, 20mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.00 Å
3EPD CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 3 提交 2008-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 30–242（213 aa）片段：Poliovirus receptor CD155 D1D2	突变：N105D, N120S, N188Q, N218Q, N237S	SPH SPHINGOSINE × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10mM Tris-HCl, 20mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.00 Å
3EPD CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 3 提交 2008-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 R 30–242（213 aa）片段：Poliovirus receptor CD155 D1D2	突变：N105D, N120S, N188Q, N218Q, N237S	SPH SPHINGOSINE × 5 MYR MYRISTIC ACID × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10mM Tris-HCl, 20mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.00 Å
3EPD CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 3 提交 2008-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：36-meric	链 R 30–242（213 aa）片段：Poliovirus receptor CD155 D1D2	突变：N105D, N120S, N188Q, N218Q, N237S	SPH SPHINGOSINE × 6 MYR MYRISTIC ACID × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10mM Tris-HCl, 20mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.00 Å
3EPD CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 3 提交 2008-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 30–242（213 aa）片段：Poliovirus receptor CD155 D1D2	突变：N105D, N120S, N188Q, N218Q, N237S	SPH SPHINGOSINE × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10mM Tris-HCl, 20mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.00 Å
3EPF CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 2 提交 2008-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 300 PDB 声明：300-MERIC	链 R 30–242（213 aa）片段：Poliovirus receptor CD155 D1D2	突变：N105D, N120S, N188Q, N218Q, N237S	SC4 1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE × 60 MYR MYRISTIC ACID × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10mM Tris-HCl, 20mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.00 Å
3EPF CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 2 提交 2008-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 30–242（213 aa）片段：Poliovirus receptor CD155 D1D2	突变：N105D, N120S, N188Q, N218Q, N237S	SC4 1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10mM Tris-HCl, 20mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.00 Å
3EPF CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 2 提交 2008-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：25-meric	链 R 30–242（213 aa）片段：Poliovirus receptor CD155 D1D2	突变：N105D, N120S, N188Q, N218Q, N237S	SC4 1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE × 5 MYR MYRISTIC ACID × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10mM Tris-HCl, 20mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.00 Å
3EPF CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 2 提交 2008-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 R 30–242（213 aa）片段：Poliovirus receptor CD155 D1D2	突变：N105D, N120S, N188Q, N218Q, N237S	SC4 1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE × 6 MYR MYRISTIC ACID × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10mM Tris-HCl, 20mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.00 Å
3EPF CryoEM structure of poliovirus receptor bound to poliovirus type 2 提交 2008-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 30–242（213 aa）片段：Poliovirus receptor CD155 D1D2	突变：N105D, N120S, N188Q, N218Q, N237S	SC4 1[2-CHLORO-4-METHOXY-PHENYL-OXYMETHYL]-4-[2,6-DICHLORO-PHENYL-OXYMETHYL]-BENZENE × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10mM Tris-HCl, 20mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.00 Å
3J8F Cryo-EM reconstruction of poliovirus-receptor complex 提交 2014-10-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 300 PDB 声明：300-meric	链 7 1–417（417 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 PBS；pH 7；PBS cryo-EM玻璃化条件 Sample mixed and frozen within 2 minutes.；120 K；冷冻剂 ETHANE；Sample mixed and frozen within 2 minutes before plunging into liquid ethane.	分辨率 3.70 Å
3J8F Cryo-EM reconstruction of poliovirus-receptor complex 提交 2014-10-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 7 1–417（417 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 PBS；pH 7；PBS cryo-EM玻璃化条件 Sample mixed and frozen within 2 minutes.；120 K；冷冻剂 ETHANE；Sample mixed and frozen within 2 minutes before plunging into liquid ethane.	分辨率 3.70 Å
3J8F Cryo-EM reconstruction of poliovirus-receptor complex 提交 2014-10-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：25-meric	链 7 1–417（417 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 PBS；pH 7；PBS cryo-EM玻璃化条件 Sample mixed and frozen within 2 minutes.；120 K；冷冻剂 ETHANE；Sample mixed and frozen within 2 minutes before plunging into liquid ethane.	分辨率 3.70 Å
3J8F Cryo-EM reconstruction of poliovirus-receptor complex 提交 2014-10-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 7 1–417（417 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 PBS；pH 7；PBS cryo-EM玻璃化条件 Sample mixed and frozen within 2 minutes.；120 K；冷冻剂 ETHANE；Sample mixed and frozen within 2 minutes before plunging into liquid ethane.	分辨率 3.70 Å
3J8F Cryo-EM reconstruction of poliovirus-receptor complex 提交 2014-10-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 7 1–417（417 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 PBS；pH 7；PBS cryo-EM玻璃化条件 Sample mixed and frozen within 2 minutes.；120 K；冷冻剂 ETHANE；Sample mixed and frozen within 2 minutes before plunging into liquid ethane.	分辨率 3.70 Å
3J9F Poliovirus complexed with soluble, deglycosylated poliovirus receptor (Pvr) at 4 degrees C 提交 2015-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 420 PDB 声明：420-meric	链 7 28–143（116 aa）片段：SEE REMARK 999 链 8 142–243（102 aa）片段：SEE REMARK 999 链 9 242–333（92 aa）片段：SEE REMARK 999	未记录	PLM PALMITIC ACID × 60 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 60	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.00 Å
3J9F Poliovirus complexed with soluble, deglycosylated poliovirus receptor (Pvr) at 4 degrees C 提交 2015-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 7 28–143（116 aa）片段：SEE REMARK 999 链 8 142–243（102 aa）片段：SEE REMARK 999 链 9 242–333（92 aa）片段：SEE REMARK 999	未记录	PLM PALMITIC ACID × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.00 Å
3J9F Poliovirus complexed with soluble, deglycosylated poliovirus receptor (Pvr) at 4 degrees C 提交 2015-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合异源复合物；蛋白 × 35 PDB 声明：35-meric	链 7 28–143（116 aa）片段：SEE REMARK 999 链 8 142–243（102 aa）片段：SEE REMARK 999 链 9 242–333（92 aa）片段：SEE REMARK 999	未记录	PLM PALMITIC ACID × 5 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.00 Å
3J9F Poliovirus complexed with soluble, deglycosylated poliovirus receptor (Pvr) at 4 degrees C 提交 2015-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：42-meric	链 7 28–143（116 aa）片段：SEE REMARK 999 链 8 142–243（102 aa）片段：SEE REMARK 999 链 9 242–333（92 aa）片段：SEE REMARK 999	未记录	PLM PALMITIC ACID × 6 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.00 Å
3J9F Poliovirus complexed with soluble, deglycosylated poliovirus receptor (Pvr) at 4 degrees C 提交 2015-01-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 其他组合异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 7 28–143（116 aa）片段：SEE REMARK 999 链 8 142–243（102 aa）片段：SEE REMARK 999 链 9 242–333（92 aa）片段：SEE REMARK 999	未记录	PLM PALMITIC ACID × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.00 Å
3UDW Crystal structure of the immunoreceptor TIGIT in complex with Poliovirus receptor (PVR/CD155/necl-5) D1 domain 提交 2011-10-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 28–145（118 aa）片段：PVR, UNP residues 28-145 链 D 28–145（118 aa）片段：PVR, UNP residues 28-145	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；0.1 M Ammonium acetate 0.1 M Bis-Tris pH 5.5 17% PEG 10000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.90 Å R-free 0.287
3URO Poliovirus receptor CD155 D1D2 提交 2011-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 R 29–243（215 aa）片段：poliovirus receptor CD155 D1D2 (UNP Residues 29-243)	突变：N105D, N120S, N188Q, N218Q, N237S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；100 mM MgSO4, 6.8 M NH4NO3, 100 mM Tris buffer, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.341
3URO Poliovirus receptor CD155 D1D2 提交 2011-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 29–243（215 aa）片段：poliovirus receptor CD155 D1D2 (UNP Residues 29-243)	突变：N105D, N120S, N188Q, N218Q, N237S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；100 mM MgSO4, 6.8 M NH4NO3, 100 mM Tris buffer, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.341
4FQP Crystal structure of human Nectin-like 5 full ectodomain (D1-D3) 提交 2012-06-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–334（307 aa）片段：ectodomain (D1-D3, UNP residues 28-334)	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293.15 K；55% v/v tacsimate, 0.1 M Bicine, pH 9.0, with additional 10% tacsimate as cryoprotectant, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.15K	分辨率 3.60 Å R-free 0.272
6ISC complex structure of mCD226-ecto and hCD155-D1 提交 2018-11-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 28–145（118 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Tris (pH 8.0), 0.15 M ammonium sulfate, and 15% (w/v) PEG4000	分辨率 2.20 Å R-free 0.265
6O3O Structure of human DNAM-1 (CD226) bound to nectin-like protein-5 (necl-5) 提交 2019-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 28–334（307 aa）链 D 28–334（307 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.18M K2SO4, 10mM EDTA	分辨率 2.80 Å R-free 0.231

共 12 个其他 PDB 条目、41 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PVR_HUMAN
Isoform	P15151-2
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 3–309； UniProt 28–334

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6arq
沉积日期 deposition_date	2017-08-23
结构标题 title	Crystal structure of CD96 (D1) bound to CD155/necl-5 (D1-3)
关键词 keywords	Natural killer cell receptor, adhesion molecule, immunoglobulin fold, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	41.80 Å
零角强度 I(0) i0	31813900.00
分子量 molecular_weight	45094.0 kDa
排除体积 excluded_volume	56429 Å³
包络体积 envelope_volume	85184 Å³
水化壳体积 shell_volume	20079 Å³
包络直径 envelope_diameter	143.1 Å
壳层 Rg shell_rg	38.30 Å
包络 Rg envelope_rg	42.09 Å
形状 Rg shape_rg	41.82 Å
总 Rg total_rg	41.46 Å
总原子数 total_atoms	3173
残基数 n_residues	409
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	134.7 Å
Rg (实空间) rg_real	41.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.85 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1810e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.1980e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	31790000.0000
解质量估计 total_estimate	0.3630
解质量评级 solution_quality	SUSPICIOUS a SUSPICIOUS solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	20.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.611
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.641
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1264000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.204; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.025; Positv: 1.000; Valcen: 0.024; Smooth: 0.007

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	T-cell surface protein tactile
分子量 formula_weight	14712.5 kDa
突变 mutation	C110S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3181

TGVWEKTVNTEENVYATLGSDVNLTCQTQTVGFFVQMQWSKVTNKIDLIAVYHPQYGFYCAYGRPCESLVTFTETPENGSKWTLHLRNMSSSVSGRYECMLVLYPEGIQTKIYNLLIQTHGTHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Poliovirus receptor
分子量 formula_weight	34697.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

LEDVVVQAPTQVPGFLGDSVTLPCYLQVPNMEVTHVSQLTWARHGESGSMAVFHQTQGPSYSESKRLEFVAARLGAELRNASLRMFGLRVEDEGNYTCLFVTFPQGSRSVDIWLRVLAKPQNTAEVQKVQLTGEPVPMARCVSTGGRPPAQITWHSDLGGMPNTSQVPGFLSGTVTVTSLWILVPSSQVDGKNVTCKVEHESFEKPQLLTVNLTVYYPPEVSISGYDNNWYLGQNEATLTCDARSNPEPTGYNWSTTMGPLPPFAVAQGAQLLIRPVDKPINTTLICNVTNALGARQAELTVQVKEGPPTSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	367.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d6arqa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	6arqD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6arqD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6arqD03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	33.138 Å
晶胞边长 b length_b	70.819 Å
晶胞边长 c length_c	224.928 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.880 Å
最低分辨率 resolution_low	67.550 Å
R 因子 r_factor	0.2310
R_work r_work	0.2300
R_free r_free	0.2520

fit	/app/data/saxs_computation/ar/6arq/6arq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ar/6arq/6arq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ar/6arq/6arq.dat

Crystal structure of CD96 (D1) bound to CD155/necl-5 (D1-3)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T-cell surface protein tactile

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Poliovirus receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)