6avg

Crystal structure of the KFJ37 TCR-NY-ESO-1-HLA-B*07:02 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	T-cell receptor alpha variable 4,TCR alpha chain × 1 （A0A0B4J268） T-cell receptor beta variable 9,TCR beta chain × 1 （A0A0B4J1U6） HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain × 1 （P01889） ALA-PRO-ARG-GLY-PRO-HIS-GLY-GLY-ALA-ALA-SER-GLY-LEU × 1 water × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	T-cell receptor alpha variable 4,TCR alpha chain × 1 （A0A0B4J268） T-cell receptor beta variable 9,TCR beta chain × 1 （A0A0B4J1U6） HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain × 1 （P01889） ALA-PRO-ARG-GLY-PRO-HIS-GLY-GLY-ALA-ALA-SER-GLY-LEU × 1 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2MG_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–107； UniProt 13–119 作者链 H； PDB构建体 1–107； UniProt 13–119

T-cell receptor alpha variable 4,TCR alpha chain

Homo sapiens

UniProt A0A0B4J268

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） T-cell receptor beta variable 9,TCR beta chain × 1 （A0A0B4J1U6） HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain × 1 （P01889） ALA-PRO-ARG-GLY-PRO-HIS-GLY-GLY-ALA-ALA-SER-GLY-LEU × 1 water × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） T-cell receptor beta variable 9,TCR beta chain × 1 （A0A0B4J1U6） HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain × 1 （P01889） ALA-PRO-ARG-GLY-PRO-HIS-GLY-GLY-ALA-ALA-SER-GLY-LEU × 1 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0B4J268_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–93； UniProt 18–109 作者链 C； PDB构建体 2–93； UniProt 18–109

T-cell receptor beta variable 9,TCR beta chain

Homo sapiens

UniProt A0A0B4J1U6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） T-cell receptor alpha variable 4,TCR alpha chain × 1 （A0A0B4J268） HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain × 1 （P01889） ALA-PRO-ARG-GLY-PRO-HIS-GLY-GLY-ALA-ALA-SER-GLY-LEU × 1 water × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） T-cell receptor alpha variable 4,TCR alpha chain × 1 （A0A0B4J268） HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain × 1 （P01889） ALA-PRO-ARG-GLY-PRO-HIS-GLY-GLY-ALA-ALA-SER-GLY-LEU × 1 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0B4J1U6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 2–96； UniProt 20–114 作者链 E； PDB构建体 2–96； UniProt 20–114

HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain

Homo sapiens

UniProt P01889

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） T-cell receptor alpha variable 4,TCR alpha chain × 1 （A0A0B4J268） T-cell receptor beta variable 9,TCR beta chain × 1 （A0A0B4J1U6） ALA-PRO-ARG-GLY-PRO-HIS-GLY-GLY-ALA-ALA-SER-GLY-LEU × 1 water × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） T-cell receptor alpha variable 4,TCR alpha chain × 1 （A0A0B4J268） T-cell receptor beta variable 9,TCR beta chain × 1 （A0A0B4J1U6） ALA-PRO-ARG-GLY-PRO-HIS-GLY-GLY-ALA-ALA-SER-GLY-LEU × 1 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	1B07_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–362； UniProt 1–362 作者链 G； PDB构建体 1–362； UniProt 1–362

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6avg
沉积日期 deposition_date	2017-09-02
结构标题 title	Crystal structure of the KFJ37 TCR-NY-ESO-1-HLA-B*07:02 complex
关键词 keywords	Human Leukocyte Antigen, Major histocompatibility complex, Immunoglobulin, T cell receptor, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6avg__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6avg__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6avg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.76 Å
Rg（电子密度）	37.14 Å
总 Rg	37.27 Å
原子数	6579
残基数	825
排除体积	115040 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6avg__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6avg__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	12519.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,A
原子数 atom_count	13701

LSLSGLEAIQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	T-cell receptor alpha variable 4,TCR alpha chain
分子量 formula_weight	22532.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,B

MLAKTTQPISMDSYEGQEVNITCSHNNIATNDYITWYQQFPSQGPRFIIQGYKTKVTNEVASLFIPADRKSSTLSLPRVSLSDTAVYYCLVVDQKLVFGTGTRLLVSPNIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKCVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	T-cell receptor beta variable 9,TCR beta chain
分子量 formula_weight	27548.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E

MDSGVTQTPKHLITATGQRVTLRCSPRSGDLSVYWYQQSLDQGLQFLIQYYNGEERAKGNILERFSAQQFPDLHSELNLSSLELGDSALYFCASSGGHTGSNEQFFGPGTRLTVLEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVCTDPQPLKEQPALNDSRYALSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRAD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain
分子量 formula_weight	40509.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,F

MLVMAPRTVLLLLSAALALTETWAGSHSMRYFYTSVSRPGRGEPRFISVGYVDDTQFVRFDSDAASPREEPRAPWIEQEGPEYWDRNTQIYKAQAQTDRESLRNLRGYYNQSEAGSHTLQSMYGCDVGPDGRLLRGHDQYAYDGKDYIALNEDLRSWTAADTAAQITQRKWEAAREAEQRRAYLEGECVEWLRRYLENGKDKLERADPPKTHVTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDRTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWEPSSQSTVPIVGIVAGLAVLAVVVIGAVVAAVMCRRKSSGGKGGSYSQAACSDSAQGSDVSLTA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	ALA-PRO-ARG-GLY-PRO-HIS-GLY-GLY-ALA-ALA-SER-GLY-LEU
分子量 formula_weight	1149.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,P

APRGPHGGAASGL

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	504

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	6avgA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6avgB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6avgC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6avgD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6avgD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6avgE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6avgE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6avgF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	6avgF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6avgG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	6avgG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6avgH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	66.805 Å
晶胞边长 b length_b	74.863 Å
晶胞边长 c length_c	96.276 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	94.22 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.88 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.16 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	38.815 Å
R 因子 r_factor	0.1959
R_work r_work	0.1931
R_free r_free	0.2477

Crystal structure of the KFJ37 TCR-NY-ESO-1-HLA-B*07:02 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-2-microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

T-cell receptor alpha variable 4,TCR alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

T-cell receptor beta variable 9,TCR beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

HLA class I histocompatibility antigen, B-7 alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6avg__assembly_1__model_1

6avg__assembly_1__model_1 | I(q)

6avg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)