6bzo

Mtb RNAP Holo/RbpA/Fidaxomicin/upstream fork DNA

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 181.3 Å Quality: REASONABLE

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

Mycobacterium tuberculosis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 7 DNA 2 PDB 声明：nonameric（9）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–347 链 B； UniProt 1–347	未记录	DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （V9Z879） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A0A045J9E2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A0T9N9K3） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （A0A045HD00） RNA polymerase-binding protein RbpA × 1 （A0A045IP01） DNA (32-MER) × 1 DNA (26-MER) × 1 FI8 Fidaxomicin × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.38 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6BZO	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6C04 Mtb RNAP Holo/RbpA/double fork DNA -closed clamp 提交 2017-12-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：undecameric	链 A 1–347（347 aa）链 B 1–347（347 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.27 Å
6C05 Mycobacterium tuberculosis RNAP Holo/RbpA in relaxed state 提交 2017-12-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–347（347 aa）链 B 1–347（347 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.15 Å
6C06 Mycobacterium tuberculosis RNAP Holo/RbpA/Fidaxomicin 提交 2017-12-27	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–347（347 aa）链 B 1–347（347 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 FI8 Fidaxomicin × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.15 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A045J8T1_MYCTX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–347； UniProt 1–347 作者链 B； PDB构建体 1–347； UniProt 1–347

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Mycobacterium tuberculosis

UniProt V9Z879

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 7 DNA 2 PDB 声明：nonameric（9）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 1–1172	未记录	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A0A045J8T1） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A0A045J9E2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A0T9N9K3） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （A0A045HD00） RNA polymerase-binding protein RbpA × 1 （A0A045IP01） DNA (32-MER) × 1 DNA (26-MER) × 1 FI8 Fidaxomicin × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.38 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6BZO	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6C04 Mtb RNAP Holo/RbpA/double fork DNA -closed clamp 提交 2017-12-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：undecameric	链 C 1–1172（1172 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.27 Å
6C05 Mycobacterium tuberculosis RNAP Holo/RbpA in relaxed state 提交 2017-12-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 C 1–1172（1172 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.15 Å
6C06 Mycobacterium tuberculosis RNAP Holo/RbpA/Fidaxomicin 提交 2017-12-27	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 C 1–1172（1172 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 FI8 Fidaxomicin × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.15 Å
6EDT Mycobacterium tuberculosis RNAP open promoter complex with RbpA/CarD and AP3 promoter 提交 2018-08-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 1–1134（1134 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6EE8 Mycobacterium tuberculosis RNAP promoter unwinding intermediate complex with RbpA/CarD and AP3 promoter 提交 2018-08-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 1–1134（1134 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.92 Å
6EEC Mycobacterium tuberculosis RNAP promoter unwinding intermediate complex with RbpA/CarD and AP3 promoter captured by Corallopyronin 提交 2018-08-13	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 1–1172（1172 aa）	未记录	C0L methyl [(1E,5R)-5-{(3E)-3-[(2E,4E,8R,9E,12E)-1,8-dihydroxy-2,5,9-trimethyltetradeca-2,4,9,12-tetraen-1-ylidene]-2,4-dioxo-3,4-d ihydro-2H-pyran-6-yl}hex-1-en-1-yl]carbamate × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.55 Å
6M7J Mycobacterium tuberculosis RNAP with RbpA/us fork and Corallopyronin 提交 2018-08-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 C 1–1172（1172 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 C0L methyl [(1E,5R)-5-{(3E)-3-[(2E,4E,8R,9E,12E)-1,8-dihydroxy-2,5,9-trimethyltetradeca-2,4,9,12-tetraen-1-ylidene]-2,4-dioxo-3,4-d ihydro-2H-pyran-6-yl}hex-1-en-1-yl]carbamate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
6VVX Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription initiation intermediate structure with Sorangicin 提交 2020-02-18	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 1–1172（1172 aa）	未记录	SRN SORANGICIN A × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.39 Å
6VVY Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with Sorangicin 提交 2020-02-18	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 1–1172（1172 aa）	未记录	SRN SORANGICIN A × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.42 Å
6VVZ Mycobacterium tuberculosis RNAP S456L mutant transcription initiation intermediate structure with Sorangicin 提交 2020-02-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 1–1172（1172 aa）	突变：S456L	SRN SORANGICIN A × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.72 Å
6VW0 Mycobacterium tuberculosis RNAP S456L mutant open promoter complex 提交 2020-02-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 C 1–1172（1172 aa）	突变：S456L	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.59 Å

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	V9Z879_MYCTX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–1172； UniProt 1–1172

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

Mycobacterium tuberculosis

UniProt A0A045J9E2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 7 DNA 2 PDB 声明：nonameric（9）与全部聚合物数一致	链 D； UniProt 1–1316	未记录	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A0A045J8T1） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （V9Z879） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A0T9N9K3） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （A0A045HD00） RNA polymerase-binding protein RbpA × 1 （A0A045IP01） DNA (32-MER) × 1 DNA (26-MER) × 1 FI8 Fidaxomicin × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.38 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6BZO	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6C04 Mtb RNAP Holo/RbpA/double fork DNA -closed clamp 提交 2017-12-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：undecameric	链 D 1–1316（1316 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.27 Å
6C05 Mycobacterium tuberculosis RNAP Holo/RbpA in relaxed state 提交 2017-12-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 D 1–1316（1316 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.15 Å
6C06 Mycobacterium tuberculosis RNAP Holo/RbpA/Fidaxomicin 提交 2017-12-27	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 D 1–1316（1316 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 FI8 Fidaxomicin × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.15 Å
6TYF Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 6 nt long RNA primer 提交 2019-08-08	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 D 1–1316（1316 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000	分辨率 3.80 Å R-free 0.300
6TYG Crystal structure of MTB sigma L transcription initiation complex with 9 nt long RNA primer 提交 2019-08-08	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 D 1–1316（1316 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, and 10% PEG4000	分辨率 3.50 Å R-free 0.293
7KIF Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with WhiB7 transcription factor 提交 2020-10-23	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 D 1–1316（1316 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å
7KIM Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription closed promoter complex with WhiB7 transcription factor 提交 2020-10-23	聚集状态不同配体/离子不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 D 1–1316（1316 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.38 Å
7KIN Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with WhiB7 promoter 提交 2020-10-23	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 D 1–1316（1316 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.74 Å
7RWI Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase sigma L holoenzyme open promoter complex containing TNP-2198 提交 2021-08-19	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 D 1–1316（1316 aa）	未记录	7US (3aM,9S,10bP,14S,15R,16S,17R,18R,19R,20S,21S,25R)-6,18,20-trihydroxy-14-methoxy-7,9,15,17,19,21,25-heptamethyl-1'-[2-(2-methyl-5-nitro-1H-imidazol-1-yl)ethyl]-5,10,26-trioxo-3,5,9,10-tetrahydrospiro[9,4-(epoxypentadecanoimino)furo[2',3':7,8]naphtho[1,2-d]imidazole-2,4'-piperidin]-16-yl acetate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 200 mM sodium acetate, 10% PEG4000	分辨率 3.70 Å R-free 0.245
7U22 Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase sigma A holoenzyme open promoter complex containing UMN-7 提交 2022-02-22	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 D 1–1316（1316 aa）	未记录	KYO (9S,14S,15R,16S,17R,18R,19R,20S,21S,25R)-5,6,18,20-tetrahydroxy-14-methoxy-7,9,15,17,19,21,25-heptamethyl-1'-(2-methylpropyl)-10,26-dioxo-1,3,9,10-tetrahydrospiro[9,4-(epoxypentadecanoimino)furo[2',3':7,8]naphtho[1,2-d]imidazole-2,4'-piperidin]-16-yl benzoate × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；296 K；20 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM potassium chloride, 20 mM magnesium chloride, 7% (m/v) PEG-3350	分辨率 3.87 Å R-free 0.278
8E74 Mycobacterium tuberculosis RNAP paused elongation complex with NusG transcription factor 提交 2022-08-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 D 1–1316（1316 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å
8E79 Mycobacterium tuberculosis RNAP paused elongation complex with Escherichia coli NusG transcription factor 提交 2022-08-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 D 1–1316（1316 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.71 Å
8E82 Mycobacterium tuberculosis RNAP elongation complex with NusG transcription factor 提交 2022-08-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 D 1–1316（1316 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.03 Å
8E8M Mycobacterium tuberculosis RNAP paused elongation complex 提交 2022-08-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric	链 D 1–1316（1316 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.13 Å
8E95 Mycobacterium tuberculosis RNAP elongation complex 提交 2022-08-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric	链 D 1–1316（1316 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

共 15 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A045J9E2_MYCTX
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–1316； UniProt 1–1316

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

Mycobacterium tuberculosis

UniProt A0A0T9N9K3

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 7 DNA 2 PDB 声明：nonameric（9）与全部聚合物数一致	链 E； UniProt 41–149	未记录	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A0A045J8T1） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （V9Z879） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A0A045J9E2） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （A0A045HD00） RNA polymerase-binding protein RbpA × 1 （A0A045IP01） DNA (32-MER) × 1 DNA (26-MER) × 1 FI8 Fidaxomicin × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.38 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6BZO	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6C04 Mtb RNAP Holo/RbpA/double fork DNA -closed clamp 提交 2017-12-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：undecameric	链 E 41–149（109 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.27 Å
6C05 Mycobacterium tuberculosis RNAP Holo/RbpA in relaxed state 提交 2017-12-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 E 41–149（109 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.15 Å
6C06 Mycobacterium tuberculosis RNAP Holo/RbpA/Fidaxomicin 提交 2017-12-27	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 E 41–149（109 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 FI8 Fidaxomicin × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.15 Å
6EDT Mycobacterium tuberculosis RNAP open promoter complex with RbpA/CarD and AP3 promoter 提交 2018-08-10	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 E 41–149（109 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6EE8 Mycobacterium tuberculosis RNAP promoter unwinding intermediate complex with RbpA/CarD and AP3 promoter 提交 2018-08-13	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 E 41–149（109 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.92 Å
6EEC Mycobacterium tuberculosis RNAP promoter unwinding intermediate complex with RbpA/CarD and AP3 promoter captured by Corallopyronin 提交 2018-08-13	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 E 41–149（109 aa）	未记录	C0L methyl [(1E,5R)-5-{(3E)-3-[(2E,4E,8R,9E,12E)-1,8-dihydroxy-2,5,9-trimethyltetradeca-2,4,9,12-tetraen-1-ylidene]-2,4-dioxo-3,4-d ihydro-2H-pyran-6-yl}hex-1-en-1-yl]carbamate × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.55 Å
6M7J Mycobacterium tuberculosis RNAP with RbpA/us fork and Corallopyronin 提交 2018-08-20	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 E 41–149（109 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 C0L methyl [(1E,5R)-5-{(3E)-3-[(2E,4E,8R,9E,12E)-1,8-dihydroxy-2,5,9-trimethyltetradeca-2,4,9,12-tetraen-1-ylidene]-2,4-dioxo-3,4-d ihydro-2H-pyran-6-yl}hex-1-en-1-yl]carbamate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
6VVX Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription initiation intermediate structure with Sorangicin 提交 2020-02-18	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 E 41–149（109 aa）	未记录	SRN SORANGICIN A × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.39 Å
6VVY Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with Sorangicin 提交 2020-02-18	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 E 41–149（109 aa）	未记录	SRN SORANGICIN A × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.42 Å
6VVZ Mycobacterium tuberculosis RNAP S456L mutant transcription initiation intermediate structure with Sorangicin 提交 2020-02-18	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 E 41–149（109 aa）	未记录	SRN SORANGICIN A × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.72 Å
6VW0 Mycobacterium tuberculosis RNAP S456L mutant open promoter complex 提交 2020-02-18	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 E 41–149（109 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.59 Å
7KIF Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with WhiB7 transcription factor 提交 2020-10-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 E 40–149（110 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å
7KIM Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription closed promoter complex with WhiB7 transcription factor 提交 2020-10-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 E 40–149（110 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.38 Å
7KIN Mycobacterium tuberculosis WT RNAP transcription open promoter complex with WhiB7 promoter 提交 2020-10-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 E 40–149（110 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.74 Å
8E74 Mycobacterium tuberculosis RNAP paused elongation complex with NusG transcription factor 提交 2022-08-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 E 40–149（110 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å
8E79 Mycobacterium tuberculosis RNAP paused elongation complex with Escherichia coli NusG transcription factor 提交 2022-08-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 E 40–149（110 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.71 Å
8E82 Mycobacterium tuberculosis RNAP elongation complex with NusG transcription factor 提交 2022-08-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：nonameric	链 E 40–149（110 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.03 Å
8E8M Mycobacterium tuberculosis RNAP paused elongation complex 提交 2022-08-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric	链 E 40–149（110 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.13 Å
8E95 Mycobacterium tuberculosis RNAP elongation complex 提交 2022-08-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric	链 E 40–149（110 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å

共 19 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0T9N9K3_MYCTX
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 2–110； UniProt 41–149

RNA polymerase sigma factor SigA

Mycobacterium tuberculosis

UniProt A0A045HD00

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 7 DNA 2 PDB 声明：nonameric（9）与全部聚合物数一致	链 F； UniProt 1–528	未记录	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A0A045J8T1） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （V9Z879） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A0A045J9E2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A0T9N9K3） RNA polymerase-binding protein RbpA × 1 （A0A045IP01） DNA (32-MER) × 1 DNA (26-MER) × 1 FI8 Fidaxomicin × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.38 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6BZO	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6C04 Mtb RNAP Holo/RbpA/double fork DNA -closed clamp 提交 2017-12-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：undecameric	链 F 1–528（528 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.27 Å
6C05 Mycobacterium tuberculosis RNAP Holo/RbpA in relaxed state 提交 2017-12-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 F 1–528（528 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.15 Å
6C06 Mycobacterium tuberculosis RNAP Holo/RbpA/Fidaxomicin 提交 2017-12-27	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 F 1–528（528 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 FI8 Fidaxomicin × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.15 Å
7U22 Mycobacterium tuberculosis RNA polymerase sigma A holoenzyme open promoter complex containing UMN-7 提交 2022-02-22	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 F 1–528（528 aa）	未记录	KYO (9S,14S,15R,16S,17R,18R,19R,20S,21S,25R)-5,6,18,20-tetrahydroxy-14-methoxy-7,9,15,17,19,21,25-heptamethyl-1'-(2-methylpropyl)-10,26-dioxo-1,3,9,10-tetrahydrospiro[9,4-(epoxypentadecanoimino)furo[2',3':7,8]naphtho[1,2-d]imidazole-2,4'-piperidin]-16-yl benzoate × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；296 K；20 mM Tris-HCl, pH 8.2, 200 mM potassium chloride, 20 mM magnesium chloride, 7% (m/v) PEG-3350	分辨率 3.87 Å R-free 0.278
9JI2 Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription activation complex with unphosphated PhoP 提交 2024-09-11	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 F 1–528（528 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.38 Å
9JI3 Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription activation complex with two PhoP molecules 提交 2024-09-11	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 F 1–528（528 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.36 Å
9JI4 Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription activation complex with four PhoP molecules 提交 2024-09-11	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric	链 F 1–528（528 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.54 Å
9JI5 Cryo-EM structure of Mycobacterium tuberculosis transcription activation complex with six PhoP molecules 提交 2024-09-11	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric	链 F 1–528（528 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A045HD00_MYCTX
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 4–531； UniProt 1–528

RNA polymerase-binding protein RbpA

Mycobacterium tuberculosis

UniProt A0A045IP01

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 7 DNA 2 PDB 声明：nonameric（9）与全部聚合物数一致	链 J； UniProt 1–111	未记录	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 （A0A045J8T1） DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 （V9Z879） ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 （A0A045J9E2） DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 （A0A0T9N9K3） RNA polymerase sigma factor SigA × 1 （A0A045HD00） DNA (32-MER) × 1 DNA (26-MER) × 1 FI8 Fidaxomicin × 1 ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.38 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6BZO	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6C04 Mtb RNAP Holo/RbpA/double fork DNA -closed clamp 提交 2017-12-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：undecameric	链 J 1–111（111 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.27 Å
6C05 Mycobacterium tuberculosis RNAP Holo/RbpA in relaxed state 提交 2017-12-27	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 J 1–111（111 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.15 Å
6C06 Mycobacterium tuberculosis RNAP Holo/RbpA/Fidaxomicin 提交 2017-12-27	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 J 1–111（111 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 FI8 Fidaxomicin × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.15 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A045IP01_MYCTX
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–111； UniProt 1–111

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6bzo
沉积日期 deposition_date	2017-12-25
结构标题 title	Mtb RNAP Holo/RbpA/Fidaxomicin/upstream fork DNA
关键词 keywords	RNA Polymerase, Antibiotic, Inhibitor, TRANSCRIPTION, transcription-dna-antibiotic complex; transcription/dna/antibiotic
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	52.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.19 Å
零角强度 I(0) i0	2341020000.00
分子量 molecular_weight	388690.0 kDa
排除体积 excluded_volume	480720 Å³
包络体积 envelope_volume	720950 Å³
水化壳体积 shell_volume	114250 Å³
包络直径 envelope_diameter	197.7 Å
壳层 Rg shell_rg	57.38 Å
包络 Rg envelope_rg	50.57 Å
形状 Rg shape_rg	51.17 Å
总 Rg total_rg	51.42 Å
总原子数 total_atoms	27330
残基数 n_residues	3410
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	181.3 Å
Rg (实空间) rg_real	52.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3410e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6330e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	52.23 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2342000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6247
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	66.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.333
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.080
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	290200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.736; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.007; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.918

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
分子量 formula_weight	37745.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	27336

MLISQRPTLSEDVLTDNRSQFVIEPLEPGFGYTLGNSLRRTLLSSIPGAAVTSIRIDGVLHEFTTVPGVKEDVTEIILNLKSLVVSSEEDEPVTMYLRKQGPGEVTAGDIVPPAGVTVHNPGMHIATLNDKGKLEVELVVERGRGYVPAVQNRASGAEIGRIPVDSIYSPVLKVTYKVDATRVEQRTDFDKLILDVETKNSISPRDALASAGKTLVELFGLARELNVEAEGIEIGPSPAEADHIASFALPIDDLDLTVRSYNCLKREGVHTVGELVARTESDLLDIRNFGQKSIDEVKIKLHQLGLSLKDSPPSFDPSEVAGYDVATGTWSTEGAYDEQDYAETEQL

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子量 formula_weight	130198.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MADSRQSKTAASPSPSRPQSSSNNSVPGAPNRVSFAKLREPLEVPGLLDVQTDSFEWLIGSPRWRESAAERGDVNPVGGLEEVLYELSPIEDFSGSMSLSFSDPRFDDVKAPVDECKDKDMTYAAPLFVTAEFINNNTGEIKSQTVFMGDFPMMTEKGTFIINGTERVVVSQLVRSPGVYFDETIDKSTDKTLHSVKVIPSRGAWLEFDVDKRDTVGVRIDRKRRQPVTVLLKALGWTSEQIVERFGFSEIMRSTLEKDNTVGTDEALLDIYRKLRPGEPPTKESAQTLLENLFFKEKRYDLARVGRYKVNKKLGLHVGEPITSSTLTEEDVVATIEYLVRLHEGQTTMTVPGGVEVPVETDDIDHFGNRRLRTVGELIQNQIRVGMSRMERVVRERMTTQDVEAITPQTLINIRPVVAAIKEFFGTSQLSQFMDQNNPLSGLTHKRRLSALGPGGLSRERAGLEVRDVHPSHYGRMCPIETPEGPNIGLIGSLSVYARVNPFGFIETPYRKVVDGVVSDEIVYLTADEEDRHVVAQANSPIDADGRFVEPRVLVRRKAGEVEYVPSSEVDYMDVSPRQMVSVATAMIPFLEHDDANRALMGANMQRQAVPLVRSEAPLVGTGMELRAAIDAGDVVVAEESGVIEEVSADYITVMHDNGTRRTYRMRKFARSNHGTCANQCPIVDAGDRVEAGQVIADGPCTDDGEMALGKNLLVAIMPWEGHNYEDAIILSNRLVEEDVLTSIHIEEHEIDARDTKLGAEEITRDIPNISDEVLADLDERGIVRIGAEVRDGDILVGKVTPKGETELTPEERLLRAIFGEKAREVRDTSLKVPHGESGKVIGIRVFSREDEDELPAGVNELVRVYVAQKRKISDGDKLAGRHGNKGVIGKILPVEDMPFLADGTPVDIILNTHGVPRRMNIGQILETHLGWCAHSGWKVDAAKGVPDWAARLPDELLEAQPNAIVSTPVFDGAQEAELQGLLSCTLPNRDGDVLVDADGKAMLFDGRSGEPFPYPVTVGYMYIMKLHHLVDDKIHARSTGPYSMITQQPLGGKAQFGGQRFGEMECWAMQAYGAAYTLQELLTIKSDDTVGRVKVYEAIVKGENIPEPGIPESFKVLLKELQSLCLNVEVLSSDGAAIELREGEDEDLERAAANLGINLSRNESASVEDLALARHGGSGA

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;
分子量 formula_weight	148074.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MLDVNFFDELRIGLATAEDIRQWSYGEVKKPETINYRTLKPEKDGLFCEKIFGPTRDWECYCGKYKRVRFKGIICERCGVEVTRAKVRRERMGHIELAAPVTHIWYFKGVPSRLGYLLDLAPKDLEKIIYFAAYVITSVDEEMRHNELSTLEAEMAVERKAVEDQRDGELEARAQKLEADLAELEAEGAKADARRKVRDGGEREMRQIRDRAQRELDRLEDIWSTFTKLAPKQLIVDENLYRELVDRYGEYFTGAMGAESIQKLIENFDIDAEAESLRDVIRNGKGQKKLRALKRLKVVAAFQQSGNSPMGMVLDAVPVIPPELRPMVQLDGGRFATSDLNDLYRRVINRNNRLKRLIDLGAPEIIVNNEKRMLQESVDALFDNGRRGRPVTGPGNRPLKSLSDLLKGKQGRFRQNLLGKRVDYSGRSVIVVGPQLKLHQCGLPKLMALELFKPFVMKRLVDLNHAQNIKSAKRMVERQRPQVWDVLEEVIAEHPVLLNRAPTLHRLGIQAFEPMLVEGKAIQLHPLVCEAFNADFDGDQMAVHLPLSAEAQAEARILMLSSNNILSPASGRPLAMPRLDMVTGLYYLTTEVPGDTGEYQPASGDHPETGVYSSPAEAIMAADRGVLSVRAKIKVRLTQLRPPVEIEAELFGHSGWQPGDAWMAETTLGRVMFNELLPLGYPFVNKQMHKKVQAAIINDLAERYPMIVVAQTVDKLKDAGFYWATRSGVTVSMADVLVPPRKKEILDHYEERADKVEKQFQRGALNHDERNEALVEIWKEATDEVGQALREHYPDDNPIITIVDSGATGNFTQTRTLAGMKGLVTNPKGEFIPRPVKSSFREGLTVLEYFINTHGARKGLADTALRTADSGYLTRRLVDVSQDVIVREHDCQTERGIVVELAERAPDGTLIRDPYIETSAYARTLGTDAVDEAGNVIVERGQDLGDPEIDALLAAGITQVKVRSVLTCATSTGVCATCYGRSMATGKLVDIGEAVGIVAAQSIGEPGTQLTMRTFHQGGVGEDITGGLPRVQELFEARVPRGKAPIADVTGRVRLEDGERFYKITIVPDDGGEEVVYDKISKRQRLRVFKHEDGSERVLSDGDHVEVGQQLMEGSADPHEVLRVQGPREVQIHLVREVQEVYRAQGVSIHDKHIEVIVRQMLRRVTIIDSGSTEFLPGSLIDRAEFEAENRRVVAEGGEPAAGRPVLMGITKASLATDSWLSAASFQETTRVLTDAAINCRSDKLNGLKENVIIGKLIPAGTGINRYRNIAVQPTEEARAAAYTIPSYEDQYYSPDFGAATGAAVPLDDYGYSDYRHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit omega
分子量 formula_weight	11777.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

GSISQSDASLAAVPAVDQFDPSSGASGGYDTPLGITNPPIDELLDRVSSKYALVIYAAKRARQINDYYNQLGEGILEYVGPLVEPGLQEKPLSIALREIHADLLEHTEGE

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	RNA polymerase sigma factor SigA
分子量 formula_weight	58169.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

GPHMAATKASTATDEPVKRTATKSPAASASGAKTGAKRTAAKSASGSPPAKRATKPAARSVKPASAPQDTTTSTIPKRKTRAAAKSAAAKAPSARGHATKPRAPKDAQHEAATDPEDALDSVEELDAEPDLDVEPGEDLDLDAADLNLDDLEDDVAPDADDDLDSGDDEDHEDLEAEAAVAPGQTADDDEEIAEPTEKDKASGDFVWDEDESEALRQARKDAELTASADSVRAYLKQIGKVALLNAEEEVELAKRIEAGLYATQLMTELSERGEKLPAAQRRDMMWICRDGDRAKNHLLEANLRLVVSLAKRYTGRGMAFLDLIQEGNLGLIRAVEKFDYTKGYKFSTYATWWIRQAITRAMADQARTIRIPVHMVEVINKLGRIQRELLQDLGREPTPEELAKEMDITPEKVLEIQQYAREPISLDQTIGDEGDSQLGDFIEDSEAVVAVDAVSFTLLQDQLQSVLDTLSEREAGVVRLRFGLTDGQPRTLDEIGQVYGVTRERIRQIESKTMSKLRHPSRSQVLRDYLD

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	RNA polymerase-binding protein RbpA
分子量 formula_weight	12993.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MADRVLRGSRLGAVSYETDRNHDLAPRQIARYRTDNGEEFEVPFADDAEIPGTWLCRNGMEGTLIEGDLPEPKKVKPPRTHWDMLLERRSIEELEELLKERLELIRSRRRG

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1773
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	DNA (32-MER)
分子量 formula_weight	9565.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	O

GCTTGACAAAAGTGTTAAATTGTGCTATACT

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	DNA (26-MER)
分子量 formula_weight	7930.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P

AGCACAATTTAACACTTTTGTCAAGC

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	Fidaxomicin
分子量 formula_weight	1058.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	6bzoA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit

结构域编号 domain_id	6bzoA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain

结构域编号 domain_id	6bzoB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit

结构域编号 domain_id	6bzoB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain

结构域编号 domain_id	6bzoD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	274 — Enzyme I; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase Rpb1, domain 3

结构域编号 domain_id	6bzoD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	132 — Topoisomerase I; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — RNA polymerase Rpb1 funnel domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.38 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	173509

fit	/app/data/saxs_computation/bz/6bzo/6bzo.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bz/6bzo/6bzo.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bz/6bzo/6bzo.dat

Mtb RNAP Holo/RbpA/Fidaxomicin/upstream fork DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RNA polymerase sigma factor SigA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

RNA polymerase-binding protein RbpA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)