6c04

Mtb RNAP Holo/RbpA/double fork DNA -closed clamp

Method: ELECTRON MICROSCOPY
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

Mycobacterium tuberculosis

UniProt A0A045J8T1

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 7 DNA 4 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (V9Z879) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (A0A045J9E2) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (A0A0T9N9K3) RNA polymerase sigma factor SigA × 1 (A0A045HD00) RNA polymerase-binding protein RbpA × 1 (A0A045IP01) DNA (31-MER) × 2 DNA (26-MER) × 2 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A045J8T1_MYCTX
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–347; UniProt 1–347 作者链 B; PDB构建体 1–347; UniProt 1–347

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

Mycobacterium tuberculosis

UniProt V9Z879

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 7 DNA 4 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (A0A045J8T1) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (A0A045J9E2) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (A0A0T9N9K3) RNA polymerase sigma factor SigA × 1 (A0A045HD00) RNA polymerase-binding protein RbpA × 1 (A0A045IP01) DNA (31-MER) × 2 DNA (26-MER) × 2 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 V9Z879_MYCTX
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–1172; UniProt 1–1172

;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ;

Mycobacterium tuberculosis

UniProt A0A045J9E2

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 7 DNA 4 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (A0A045J8T1) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (V9Z879) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (A0A0T9N9K3) RNA polymerase sigma factor SigA × 1 (A0A045HD00) RNA polymerase-binding protein RbpA × 1 (A0A045IP01) DNA (31-MER) × 2 DNA (26-MER) × 2 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A045J9E2_MYCTX
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 3–1318; UniProt 1–1316

DNA-directed RNA polymerase subunit omega

Mycobacterium tuberculosis

UniProt A0A0T9N9K3

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 7 DNA 4 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (A0A045J8T1) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (V9Z879) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (A0A045J9E2) RNA polymerase sigma factor SigA × 1 (A0A045HD00) RNA polymerase-binding protein RbpA × 1 (A0A045IP01) DNA (31-MER) × 2 DNA (26-MER) × 2 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A0T9N9K3_MYCTX
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 2–110; UniProt 41–149

RNA polymerase sigma factor SigA

Mycobacterium tuberculosis

UniProt A0A045HD00

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 7 DNA 4 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (A0A045J8T1) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (V9Z879) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (A0A045J9E2) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (A0A0T9N9K3) RNA polymerase-binding protein RbpA × 1 (A0A045IP01) DNA (31-MER) × 2 DNA (26-MER) × 2 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A045HD00_MYCTX
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 4–531; UniProt 1–528

RNA polymerase-binding protein RbpA

Mycobacterium tuberculosis

UniProt A0A045IP01

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 7 DNA 4 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 2 (A0A045J8T1) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (V9Z879) ;DNA-directed RNA polymerase subunit beta' ; × 1 (A0A045J9E2) DNA-directed RNA polymerase subunit omega × 1 (A0A0T9N9K3) RNA polymerase sigma factor SigA × 1 (A0A045HD00) DNA (31-MER) × 2 DNA (26-MER) × 2 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A045IP01_MYCTX
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 1–111; UniProt 1–111

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6c04
沉积日期 deposition_date2017-12-27
结构标题 titleMtb RNAP Holo/RbpA/double fork DNA -closed clamp
关键词 keywordsinitiation, transcription bubble, closed clamp, TRANSCRIPTION, transcription-dna complex; transcription/dna
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6c04__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6c04__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

6c04__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)50.86 Å
Rg(电子密度)49.96 Å
总 Rg50.22 Å
原子数27982
残基数3448
排除体积490990 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 6c04__assembly_1__model_1 undecameric (11) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id6c04A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit
结构域编号 domain_id6c04A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain
结构域编号 domain_id6c04B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit
结构域编号 domain_id6c04B02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain
结构域编号 domain_id6c04D01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology274 — Enzyme I; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — RNA polymerase Rpb1, domain 3
结构域编号 domain_id6c04D02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology132 — Topoisomerase I; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — RNA polymerase Rpb1 funnel domain
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7. 引用文献 (2)