6c0a

Actinin-1 EF-Hand bound to the Cav1.2 IQ Motif

Method: SOLUTION NMR Dmax: 47.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-actinin-1

Mus musculus

UniProt Q7TPR4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 822–892 片段:EF-hand 3,4 (UNP residues 822-892) Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C × 1 (Q13936) SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 7.5;303 K;离子强度(mmCIF原始值)0;压力 1 NMR样品组成:300 uM [U-99% 15N] Actinin-1 EF hand, 300 uM IQ Motif, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:300 uM [U-99% 15N] Cav1.2 IQ Motif, 300 uM Actinin-1 EF 3,3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:300 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Actinin-1 EF 3,4, 300 uM Cav1.2 IQ Motif, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:12 mg/mL Pf1 phage, 300 uM [U-99% 15N] Actinin-1 EF 3,4, 300 uM Cav1.2 IQ Motif, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:12 mg/mL Pf1 phage, 300 uM [U-99% 15N] Cav1.2 IQ Motif, 300 uM Actinin-1 EF 3,4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACTN1_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–71; UniProt 822–892

Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1C

物种未注明

UniProt Q13936

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1587–1609 片段:IQ Motif (UNP residues 1587-1609) Alpha-actinin-1 × 1 (Q7TPR4) SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 7.5;303 K;离子强度(mmCIF原始值)0;压力 1 NMR样品组成:300 uM [U-99% 15N] Actinin-1 EF hand, 300 uM IQ Motif, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:300 uM [U-99% 15N] Cav1.2 IQ Motif, 300 uM Actinin-1 EF 3,3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:300 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Actinin-1 EF 3,4, 300 uM Cav1.2 IQ Motif, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:12 mg/mL Pf1 phage, 300 uM [U-99% 15N] Actinin-1 EF 3,4, 300 uM Cav1.2 IQ Motif, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:12 mg/mL Pf1 phage, 300 uM [U-99% 15N] Cav1.2 IQ Motif, 300 uM Actinin-1 EF 3,4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 23 个其他 PDB 条目、39 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CAC1C_HUMAN
Isoform Q13936-17
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–23; UniProt 1587–1609

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6c0a

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6c0a
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6c0a
沉积日期 deposition_date2017-12-28
结构标题 titleActinin-1 EF-Hand bound to the Cav1.2 IQ Motif
关键词 keywords;actinin-1, EF hand, Calcium Calmodulin, Neuronal signaling, Voltage Gated Calcium Channel, Cav1.2, Voltage Gated Calcium Channel 1.2, Hippocampal Neurons, IQ Motif, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier14.13
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.53
零角强度 I(0) i028306200.00
分子量 molecular_weight43017.0 kDa
排除体积 excluded_volume53781 ų
包络体积 envelope_volume18457 ų
水化壳体积 shell_volume11530 ų
包络直径 envelope_diameter49.6
壳层 Rg shell_rg19.38
包络 Rg envelope_rg14.28
形状 Rg shape_rg13.53
总 Rg total_rg13.99
总原子数 total_atoms5952
残基数 n_residues376
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax47.3
Rg (实空间) rg_real14.10
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.38
I(0) (实空间) i0_real2.8310e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4750e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal14.11
I(0) (倒空间) i0_reciprocal28310000.0000
解质量估计 total_estimate0.7731
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary17.4
偏度 Skewness skewness0.286
峰度 Kurtosis kurtosis-0.114
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha151700.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.682; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6c0aA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)