SAXSdb — 6c10

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protocadherin-15

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1151–1388	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.2 M Lithium sulfate, 30% (w/v) PEG4000, 0.1 M Tris pH 8.5	分辨率 1.40 Å R-free 0.195

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6C10	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
11IY Protocadherin-15 extracellular domains 1-7 提交 2026-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 28–817（790 aa）链 D 28–817（790 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.57 Å
4APX CRYSTAL STRUCTURE OF MOUSE CADHERIN-23 EC1-2 AND PROTOCADHERIN-15 EC1- 2 FORM I 提交 2012-04-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 27–259（233 aa）片段：EC1-2, RESIDUES 27-259	未记录	CA CALCIUM ION × 7 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1M MES, 8% PEG8000, PH6.5	分辨率 1.65 Å R-free 0.193
4AQ8 CRYSTAL STRUCTURE OF MOUSE CADHERIN-23 EC1-2 AND PROTOCADHERIN-15 EC1- 2 FORM II 提交 2012-04-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 27–259（233 aa）片段：EC1-2, RESIDUES 27-259	未记录	CA CALCIUM ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 MES, 10% PEG 8000, PH 7.5	分辨率 2.63 Å R-free 0.243
4AQ8 CRYSTAL STRUCTURE OF MOUSE CADHERIN-23 EC1-2 AND PROTOCADHERIN-15 EC1- 2 FORM II 提交 2012-04-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 27–259（233 aa）片段：EC1-2, RESIDUES 27-259	未记录	CA CALCIUM ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 MES, 10% PEG 8000, PH 7.5	分辨率 2.63 Å R-free 0.243
4AQA CRYSTAL STRUCTURE OF DEAFNESS ASSOCIATED MUTANT MOUSE CADHERIN-23 EC1- 2D124G AND PROTOCADHERIN-15 EC1-2 FORM I 提交 2012-04-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 27–259（233 aa）片段：EC1-2, RESIDUES 27-259	未记录	CA CALCIUM ION × 7 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 CL CHLORIDE ION × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1 MES, 8% PEG 20000, PH 6.5	分辨率 1.96 Å R-free 0.228
4AQE CRYSTAL STRUCTURE OF DEAFNESS ASSOCIATED MUTANT MOUSE CADHERIN-23 EC1- 2S70P AND PROTOCADHERIN-15 EC1-2 FORM I 提交 2012-04-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 27–259（233 aa）片段：EC1-2, RESIDUES 27-259	未记录	CA CALCIUM ION × 7 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.1 M MES, 12% PEG 4000, PH 6.5	分辨率 2.27 Å R-free 0.239
4XXW Crystal structure of mouse Cadherin-23 EC1-2 and Protocadherin-15 EC1-2 splice variant 提交 2015-01-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 27–254（228 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 7 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M Ammonium Acetate 0.1 M HEPES, pH 7.5 25% (v/v) isopropanol	分辨率 2.26 Å R-free 0.233
4XXW Crystal structure of mouse Cadherin-23 EC1-2 and Protocadherin-15 EC1-2 splice variant 提交 2015-01-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–254（228 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 7 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M Ammonium Acetate 0.1 M HEPES, pH 7.5 25% (v/v) isopropanol	分辨率 2.26 Å R-free 0.233
5KJ4 Crystal Structure of Mouse Protocadherin-15 EC9-10 提交 2016-06-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 924–1149（226 aa）片段：Cadherin 9 and 10, residues 924-1149	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；0.095M HEPES (pH7.5), 0.19M CaCl2, 26.6% v/v PEG 400	分辨率 3.35 Å R-free 0.196
5KJ4 Crystal Structure of Mouse Protocadherin-15 EC9-10 提交 2016-06-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 924–1149（226 aa）片段：Cadherin 9 and 10, residues 924-1149	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；0.095M HEPES (pH7.5), 0.19M CaCl2, 26.6% v/v PEG 400	分辨率 3.35 Å R-free 0.196
5KJ4 Crystal Structure of Mouse Protocadherin-15 EC9-10 提交 2016-06-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 924–1149（226 aa）片段：Cadherin 9 and 10, residues 924-1149	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；0.095M HEPES (pH7.5), 0.19M CaCl2, 26.6% v/v PEG 400	分辨率 3.35 Å R-free 0.196
5KJ4 Crystal Structure of Mouse Protocadherin-15 EC9-10 提交 2016-06-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 924–1149（226 aa）片段：Cadherin 9 and 10, residues 924-1149	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277.15 K；0.095M HEPES (pH7.5), 0.19M CaCl2, 26.6% v/v PEG 400	分辨率 3.35 Å R-free 0.196
5TPK Crystal Structure of Mouse Protocadherin-15 EC7-8 V875A 提交 2016-10-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 715–923（209 aa）片段：Extracellular domain residues 715-924	突变：V875A	CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.2M AMMONIUM CHLORIDE, 10% PEG3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
5W1D Crystal Structure of Mouse Protocadherin-15 EC4-7 提交 2017-06-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 401–818（418 aa）片段：residues 401-818	未记录	CA CALCIUM ION × 6 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris pH 8.5 2.0 M MgAc 23% PEG 400	分辨率 3.35 Å R-free 0.279
6BWN Crystal Structure of Mouse Protocadherin-15 EC6-7 提交 2017-12-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 615–818（204 aa）片段：Cadherin domains 6-7, residues 615-818	未记录	CA CALCIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；30% PEG1500	分辨率 2.94 Å R-free 0.242
6BXU Crystal Structure of Mouse Protocadherin-15 EC5-7 I582T 提交 2017-12-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 507–818（312 aa）片段：CADHERIN DOMAINS 5-7, RESIDUES 507-818	未记录	CA CALCIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Na formate, 40% MPD	分辨率 3.79 Å R-free 0.283
6BXU Crystal Structure of Mouse Protocadherin-15 EC5-7 I582T 提交 2017-12-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 507–818（312 aa）片段：CADHERIN DOMAINS 5-7, RESIDUES 507-818	未记录	CA CALCIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Na formate, 40% MPD	分辨率 3.79 Å R-free 0.283
6C13 CryoEM structure of mouse PCDH15-4EC-LHFPL5 complex 提交 2018-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 821–1465（645 aa）链 B 821–1465（645 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.33 Å
6C14 CryoEM structure of mouse PCDH15-1EC-LHFPL5 complex 提交 2018-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1144–1465（322 aa）链 C 1144–1465（322 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
6CV7 Mouse Protocadherin-15 Extracellular Cadherin Domains 1 through 3 提交 2018-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–395（369 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 MAN alpha-D-mannopyranose × 10 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；35% Ethylene glycol	分辨率 1.69 Å R-free 0.188
6EET Crystal structure of mouse Protocadherin-15 EC9-MAD12 提交 2018-08-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 919–1374（456 aa）	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 3 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES sodium salt, 30% (w/v) MPD, 5% (w/v) PEG4000	分辨率 3.23 Å R-free 0.234
6N22 Crystal structure of mouse Protocadherin-15 EC1-2 BAP 提交 2018-11-12	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–265（239 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；277 K；0.02 M calcium chloride, 0.1 M sodium acetate, 30% (v/v) MPD	分辨率 2.40 Å R-free 0.233
8TON Crystal Structure of Engineered Mouse Protocadherin-15 EC3-EC7 Connection 提交 2023-08-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 262–396（135 aa）链 A 719–820（102 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；15% w/v PEG 20000, 0.1 M Tris HCl pH 8.5, 0.6 uM Spermine Tetrahydrochloride	分辨率 1.94 Å R-free 0.223
8UMZ Crystal Structure of Engineered Mouse Protocadherin-15 EC4-EC7 Connection 提交 2023-10-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 392–510（119 aa）链 A 719–820（102 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 5 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M Sodium cacodylate pH 6.5,40% v/v MPD,5% w/v PEG 8000	分辨率 1.63 Å R-free 0.274
8UMZ Crystal Structure of Engineered Mouse Protocadherin-15 EC4-EC7 Connection 提交 2023-10-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 392–510（119 aa）链 B 719–820（102 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 5 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M Sodium cacodylate pH 6.5,40% v/v MPD,5% w/v PEG 8000	分辨率 1.63 Å R-free 0.274

共 18 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PCD15_MOUSE
Isoform	Q99PJ1-10
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–241； UniProt 1151–1388

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6c10
沉积日期 deposition_date	2018-01-03
结构标题 title	Crystal structure of mouse PCDH15 EC11-EL
关键词 keywords	PCDH15, LHFPL5, protocadherin, tip link, hair cell, TMHS, hearing, membrane protein, metal transport; membrane protein, metal transport
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.65 Å
零角强度 I(0) i0	13209600.00
分子量 molecular_weight	27615.0 kDa
排除体积 excluded_volume	34825 Å³
包络体积 envelope_volume	42414 Å³
水化壳体积 shell_volume	18623 Å³
包络直径 envelope_diameter	70.2 Å
壳层 Rg shell_rg	25.44 Å
包络 Rg envelope_rg	19.91 Å
形状 Rg shape_rg	19.64 Å
总 Rg total_rg	20.54 Å
总原子数 total_atoms	1946
残基数 n_residues	244
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.6 Å
Rg (实空间) rg_real	20.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3210e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8440e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13210000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8766
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.317
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.263
角度范围 angular_range	— – 0.3800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2483000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.808; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.995

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protocadherin-15
分子量 formula_weight	27911.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2136

QYDDHPPVFQKKFYIGGVSEDARMFASVLRVKATDRDTGNYSAMAYRLIIPPIKEGKEGFVVETYTGLIKTAMLFHNMRRSYFKFQVIATDDYGKGLSGKADVLVSVVNQLDMQVIVSNVPPTLVEKKIEDLTEILDRYVQEQIPGAKVVVESIGARRHGDAYSLEDYSKCDLTVYAIDPQTNRAIDRNELFKFLDGKLLDINKDFQPYYGEGGRILEIRTPEAVTSIKKRGESLGYTEGASRLVPR

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	alpha-D-mannopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	187

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	57.680 Å
晶胞边长 b length_b	57.680 Å
晶胞边长 c length_c	159.180 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.399 Å
最低分辨率 resolution_low	54.230 Å
R 因子 r_factor	0.1706
R_work r_work	0.1693
R_free r_free	0.1951

fit	/app/data/saxs_computation/c1/6c10/6c10.fit
pddf	/app/data/pr_computation/c1/6c10/6c10.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/c1/6c10/6c10.dat

Crystal structure of mouse PCDH15 EC11-EL

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protocadherin-15

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction