SAXSdb — 6c9w

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lactose permease

Escherichia coli (strain K12)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Nanobody9047 × 1 4-nitrophenyl alpha-D-galactopyranoside × 1 nonyl beta-D-glucopyranoside × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LACY_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–417； UniProt 1–417

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6c9w
沉积日期 deposition_date	2018-01-29
结构标题 title	Crystal Structure of a ligand bound LacY/Nanobody Complex
关键词 keywords	Membrane Protein; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6c9w__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6c9w__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6c9w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.64 Å
Rg（电子密度）	25.91 Å
总 Rg	26.72 Å
原子数	8222
残基数	521
排除体积	75109 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6c9w__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Lactose permease
分子量 formula_weight	46789.2 kDa
突变 mutation	G46W, G262W
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8222

MYYLKNTNFWMFGLFFFFYFFIMGAYFPFFPIWLHDINHISKSDTWIIFAAISLFSLLFQPLFGLLSDKLGLRKYLLWIITGMLVMFAPFFIFIFGPLLQYNILVGSIVGGIYLGFCFNAGAPAVEAFIEKVSRRSNFEFGRARMFGCVGWALCASIVGIMFTINNQFVFWLGSGCALILAVLLFFAKTDAPSSATVANAVGANHSAFSLKLALELFRQPKLWFLSLYVIGVSCTYDVFDQQFANFFTSFFATGEQGTRVFWYVTTMGELLNASIMFFAPLIINRIGGKNALLLAGTIMSVRIIGSSFATSALEVVILKTLHMFEVPFLLVGCFKYITSQFEVRFSATIYLVCFCFFKQLAMIFMSVLAGNMYESIGFQGAYLVLGLVALGFTLISVFTLSGPGPLSLLRRQVNEVA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli (strain K12)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nanobody9047
分子量 formula_weight	13602.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

VQLVESGGGLVQAGDSLRLSCAASGGTFSTFNMGWFRQDLGKEREFVAAIRWTGGRAYYGDSVKGRFTISRDNAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCARQGTNGGGYSEATSYNYWGQGTQVTVSSH

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	4-nitrophenyl alpha-D-galactopyranoside
分子量 formula_weight	301.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	nonyl beta-D-glucopyranoside
分子量 formula_weight	306.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6c9wa_
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.38 — MFS general substrate transporter
超家族 Superfamily superfamily	f.38.1 — MFS general substrate transporter
家族 Family family	f.38.1.2 — LacY-like proton/sugar symporter

结构域编号 domain_id	d6c9wb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6c9wA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — MFS general substrate transporter like domains

结构域编号 domain_id	6c9wA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1250 — Growth Hormone; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — MFS general substrate transporter like domains

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晶胞边长 a length_a	153.550 Å
晶胞边长 b length_b	153.550 Å
晶胞边长 c length_c	193.680 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	29.757 Å
R 因子 r_factor	0.2770
R_work r_work	0.2757
R_free r_free	0.2950

Crystal Structure of a ligand bound LacY/Nanobody Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lactose permease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6c9w__assembly_1__model_1

6c9w__assembly_1__model_1 | I(q)

6c9w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of a ligand bound LacY/Nanobody Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lactose permease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6c9w__assembly_1__model_1

6c9w__assembly_1__model_1 | I(q)

6c9w__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)