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6cq5

TBK1 in Complex with Sulfone Analog of Amlexanox

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 125.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase TBK1

Homo sapiens

UniProt Q9UHD2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–657 未记录 F8S 2-amino-7-(1,1-dioxo-1lambda~6~-thian-4-yl)-5-oxo-5H-[1]benzopyrano[2,3-b]pyridine-3-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 4% PEG 8000, 10% DMSO 分辨率 3.35 Å R-free 0.275

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6CQ5 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4EFO Crystal structure of the ubiquitin-like domain of human TBK1 提交 2012-03-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 302–383（82 aa） 片段：ubiquitin-like domain, UNP RESIDUE 302-383
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；289 K；0.1M BIS-TRIS,0.2M NaCl,21% PEG 3350, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 1.77 Å R-free 0.204
4EFO Crystal structure of the ubiquitin-like domain of human TBK1 提交 2012-03-30 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 302–383（82 aa） 片段：ubiquitin-like domain, UNP RESIDUE 302-383
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；289 K；0.1M BIS-TRIS,0.2M NaCl,21% PEG 3350, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 1.77 Å R-free 0.204
4EUT Structure of BX-795 Complexed with Unphosphorylated Human TBK1 Kinase-ULD Domain 提交 2012-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–385（384 aa） 片段：Kinase-ULD Domain, UNP residues 2-385
链 B 2–385（384 aa） 片段：Kinase-ULD Domain, UNP residues 2-385
突变：D135N 突变：D135N BX7 N-(3-{[5-iodo-4-({3-[(thiophen-2-ylcarbonyl)amino]propyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)pyrrolidine-1-carboxamide × 2 IOD IODIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M TRIS pH 8.5, 25% (w/v) PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.60 Å R-free 0.257
4EUU Structure of BX-795 Complexed with Human TBK1 Kinase Domain Phosphorylated on Ser172 提交 2012-04-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–308（307 aa） 片段：Kinase Domain, UNP residues 2-308
链 B 2–308（307 aa） 片段：Kinase Domain, UNP residues 2-308
突变：D135N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：D135N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） BX7 N-(3-{[5-iodo-4-({3-[(thiophen-2-ylcarbonyl)amino]propyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)pyrrolidine-1-carboxamide × 2 IOD IODIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 3 GOL GLYCEROL × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M BIS-TRIS pH 5.5 (5.5-7.5), 2.0 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.194
4IM0 Structure of Tank-Binding Kinase 1 提交 2013-01-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–657（657 aa） 片段：residues 1 to 657
突变：D135N 1FV N-{3-[(5-cyclopropyl-2-{[3-(morpholin-4-ylmethyl)phenyl]amino}pyrimidin-4-yl)amino]propyl}cyclobutanecarboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；4% (w/v) PEG8000, 100 mM Tris pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.40 Å R-free 0.236
4IM2 Structure of Tank-Binding Kinase 1 提交 2013-01-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–657（657 aa） 片段：residues 1 to 657
突变：D135N BX7 N-(3-{[5-iodo-4-({3-[(thiophen-2-ylcarbonyl)amino]propyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)pyrrolidine-1-carboxamide × 2 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；4% (w/v) PEG8000, 100 mM Tris pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.255
4IM2 Structure of Tank-Binding Kinase 1 提交 2013-01-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–657（657 aa） 片段：residues 1 to 657
突变：D135N BX7 N-(3-{[5-iodo-4-({3-[(thiophen-2-ylcarbonyl)amino]propyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)pyrrolidine-1-carboxamide × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；4% (w/v) PEG8000, 100 mM Tris pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.255
4IM3 Structure of Tank-Binding Kinase 1 提交 2013-01-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–657（657 aa） 片段：residues 1 to 657
突变：D135N BX7 N-(3-{[5-iodo-4-({3-[(thiophen-2-ylcarbonyl)amino]propyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)pyrrolidine-1-carboxamide × 2 HG MERCURY (II) ION × 10 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；4% MPD, 100 mM Hepes pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.34 Å R-free 0.279
4IW0 Crystal structure and mechanism of activation of TBK1 提交 2013-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–657（656 aa）
突变：D135N 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） BX7 N-(3-{[5-iodo-4-({3-[(thiophen-2-ylcarbonyl)amino]propyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)pyrrolidine-1-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；5% PEG8000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 4.00 Å R-free 0.291
4IWO Crystal structure and mechanism of activation of TBK1 提交 2013-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–657（656 aa）
突变：S172A 1H4 N-{3-[(5-cyclopropyl-2-{[3-(2-oxopyrrolidin-1-yl)phenyl]amino}pyrimidin-4-yl)amino]propyl}cyclobutanecarboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；5% PEG6000, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294K
分辨率 2.61 Å R-free 0.263
4IWP Crystal structure and mechanism of activation of TBK1 提交 2013-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–657（656 aa）
突变：S172A BX7 N-(3-{[5-iodo-4-({3-[(thiophen-2-ylcarbonyl)amino]propyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)pyrrolidine-1-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；5% PEG6000, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294K
分辨率 3.06 Å R-free 0.335
4IWQ Crystal structure and mechanism of activation of TBK1 提交 2013-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–657（656 aa）
突变：S172A 1FV N-{3-[(5-cyclopropyl-2-{[3-(morpholin-4-ylmethyl)phenyl]amino}pyrimidin-4-yl)amino]propyl}cyclobutanecarboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；5% PEG6000, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294K
分辨率 3.00 Å R-free 0.310
4IWQ Crystal structure and mechanism of activation of TBK1 提交 2013-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–657（656 aa）
突变：S172A 1FV N-{3-[(5-cyclopropyl-2-{[3-(morpholin-4-ylmethyl)phenyl]amino}pyrimidin-4-yl)amino]propyl}cyclobutanecarboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；5% PEG6000, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294K
分辨率 3.00 Å R-free 0.310
5EOA Crystal structure of OPTN E50K mutant and TBK1 complex 提交 2015-11-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 677–729（53 aa） 片段：UNP RESIDUES 677-729
链 D 677–729（53 aa） 片段：UNP RESIDUES 677-729
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6；291.5 K；0.1M MES monohydrate pH 6.0, 14% w/V Polyethylene glycol 4000
分辨率 2.50 Å R-free 0.267
5EOF Crystal structure of OPTN NTD and TBK1 CTD complex 提交 2015-11-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 677–729（53 aa） 片段：UNP RESIDUES 677-729
链 D 677–729（53 aa） 片段：UNP RESIDUES 677-729
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；291.15 K；0.1M MES monohydrate pH 6.0, 14% w/v polyethylene glycol 4000
分辨率 2.05 Å R-free 0.245
5EP6 The crystal structure of NAP1 in complex with TBK1 提交 2015-11-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 677–729（53 aa） 片段：UNP RESIDUES 677-729
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291.15 K；1% w/v Tryptone, 0.05 M HEPES sodium (pH 7.0), 12% w/v PEG 3350
分辨率 1.45 Å R-free 0.217
5EP6 The crystal structure of NAP1 in complex with TBK1 提交 2015-11-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 677–729（53 aa） 片段：UNP RESIDUES 677-729
未记录 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291.15 K；1% w/v Tryptone, 0.05 M HEPES sodium (pH 7.0), 12% w/v PEG 3350
分辨率 1.45 Å R-free 0.217
5W5V TBK1 co-crystal structure with amlexanox 提交 2017-06-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–657（657 aa）
未记录 ANW 2-amino-7-(1-methylethyl)-5-oxo-5H-chromeno[2,3-b]pyridine-3-carboxylic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；100 mM HEPES pH 7.5, 4% PEG 8000, 10% DMSO
分辨率 3.65 Å R-free 0.290
6BNY TBK1 in complex with tetrazole analog of amlexanox 提交 2017-11-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–657（657 aa）
未记录 E0M 2-amino-7-(propan-2-yl)-3-(1H-tetrazol-5-yl)-5H-[1]benzopyrano[2,3-b]pyridin-5-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 4% PEG 8000
分辨率 3.34 Å R-free 0.287
6BOD TBK1 in complex with ethyl ester analog of amlexanox 提交 2017-11-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–657（657 aa）
未记录 E0P ethyl 2-amino-5-oxo-7-(propan-2-yl)-5H-[1]benzopyrano[2,3-b]pyridine-3-carboxylate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 4% PEG 8000
分辨率 3.20 Å R-free 0.271
6BOE TBK1 in complex with amide-coupled tetrazole analog of amlexanox 提交 2017-11-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–657（657 aa）
未记录 E0S 2-amino-5-oxo-7-(propan-2-yl)-N-(1H-tetrazol-5-yl)-5H-[1]benzopyrano[2,3-b]pyridine-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 5% PEG 8000
分辨率 3.60 Å R-free 0.291
6CQ0 TBK1 in Complex with Dimethyl Amino Analog of Amlexanox 提交 2018-03-14 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–657（657 aa）
未记录 F8M 2-amino-7-[3-(dimethylamino)propyl]-5-oxo-5H-[1]benzopyrano[2,3-b]pyridine-3-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 4% PEG 8000, 10% DMSO
分辨率 3.19 Å R-free 0.293
6CQ4 TBK1 in Complex with Cyclohexyl Analog of Amlexanox 提交 2018-03-14 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–657（657 aa）
未记录 F8P 2-amino-7-(4,4-difluorocyclohexyl)-5-oxo-5H-[1]benzopyrano[2,3-b]pyridine-3-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 4% PEG 8000, 10% DMSO
分辨率 3.20 Å R-free 0.272
6NT9 Cryo-EM structure of the complex between human TBK1 and chicken STING 提交 2019-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–729（729 aa）
链 B 1–729（729 aa）
突变：D135N 突变：D135N 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
6O8B Crystal structure of STING CTD in complex with TBK1 提交 2019-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–657（656 aa）
链 B 2–657（656 aa）
突变：D135N, S172E 突变：D135N, S172E BX7 N-(3-{[5-iodo-4-({3-[(thiophen-2-ylcarbonyl)amino]propyl}amino)pyrimidin-2-yl]amino}phenyl)pyrrolidine-1-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；0.8 M (NH4)2SO4, 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5 and 1% PEG3350
分辨率 3.40 Å R-free 0.258
6RSR TBK1 in complex with compound 2 提交 2019-05-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–657（656 aa）
未记录 KHT ~{N}-(cyclopropen-1-ylmethyl)-2-[[4-[[4-[3,3,3-tris(fluoranyl)propanoyl]piperazin-1-yl]methyl]pyridin-2-yl]amino]-1~{H}-benzimidazole-5-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；100 mM HEPES pH 7.5, 5-8% PEG 8000
分辨率 3.15 Å R-free 0.307
6RST TBK1 in complex with inhibitor compound 24 提交 2019-05-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2–657（656 aa）
突变：S172E KHQ 1-[4-[(1~{R})-1-[2-[[5-[1-(cyclopropylmethyl)pyrazol-4-yl]-1~{H}-benzimidazol-2-yl]amino]pyridin-4-yl]ethyl]piperazin-1-yl]-3,3,3-tris(fluoranyl)propan-1-one × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；100 mM HEPES pH 7.5 and 5-8% PEG 8000
分辨率 3.29 Å R-free 0.303
6RSU TBK1 in complex with Inhibitor compound 35 提交 2019-05-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–657（656 aa）
未记录 KJB 3,3,3-tris(fluoranyl)-1-[4-[(1~{R})-1-[2-[[(2~{S})-5-(5-propan-2-yloxypyrimidin-4-yl)-2,3-dihydro-1~{H}-benzimidazol-2-yl]amino]pyridin-4-yl]ethyl]piperazin-1-yl]propan-1-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；100 mM HEPES pH 7.5, 5-8% PEG 8000
分辨率 2.75 Å R-free 0.351

共 24 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBK1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–660； UniProt 1–657

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6cq5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6cq5
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6cq5
沉积日期 deposition_date2018-03-14
结构标题 titleTBK1 in Complex with Sulfone Analog of Amlexanox
关键词 keywordsTBK1, kinase, amlexanox, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron33.77 Å
零角强度 I(0) i075890300.00
分子量 molecular_weight69600.0 kDa
排除体积 excluded_volume87490 ų
包络体积 envelope_volume118440 ų
水化壳体积 shell_volume32153 ų
包络直径 envelope_diameter135.1 Å
壳层 Rg shell_rg36.00 Å
包络 Rg envelope_rg35.03 Å
形状 Rg shape_rg33.76 Å
总 Rg total_rg34.00 Å
总原子数 total_atoms4899
残基数 n_residues602
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax125.9 Å
Rg (实空间) rg_real34.26 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.49 Å
I(0) (实空间) i0_real7.5890e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3730e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal75870000.0000
解质量估计 total_estimate0.7632
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary34.8 Å
偏度 Skewness skewness0.779
峰度 Kurtosis kurtosis0.311
角度范围 angular_range— – 0.2350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8527000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.528; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.515; Smooth: 0.819
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id6cq5A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id6cq5A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id6cq5A03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
结构域编号 domain_id6cq5A04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)