6d0v

Tryptophan synthase Q114A mutant in complex with inhibitor N-(4'-trifluoromethoxybenzenesulfonyl)-2-amino-1-ethylphosphate (F9F) at the alpha-site, aminoacrylate at the beta site, and cesium ion at the metal coordination site

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 92.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tryptophan synthase alpha chain

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2

UniProt P00929

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–268 未记录 Tryptophan synthase beta chain × 2 (P0A2K1) DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 32 CL CHLORIDE ION × 10 F9F 2-({[4-(TRIFLUOROMETHOXY)PHENYL]SULFONYL}AMINO)ETHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 16 0JO 2-{[(E)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene]amino}prop-2-enoic acid × 2 CS CESIUM ION × 6 SER SERINE × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.8;298 K;50 mM bicine-CsOH, 8-10% PEG8000, 2-6 mM spermine, 1 mM DTT 分辨率 1.64 Å R-free 0.175

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 112 个其他 PDB 条目、115 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRPA_SALTY
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–268; UniProt 1–268

Tryptophan synthase beta chain

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2

UniProt P0A2K1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–394 突变:Q114A Tryptophan synthase alpha chain × 2 (P00929) DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 32 CL CHLORIDE ION × 10 F9F 2-({[4-(TRIFLUOROMETHOXY)PHENYL]SULFONYL}AMINO)ETHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 16 0JO 2-{[(E)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene]amino}prop-2-enoic acid × 2 CS CESIUM ION × 6 SER SERINE × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.8;298 K;50 mM bicine-CsOH, 8-10% PEG8000, 2-6 mM spermine, 1 mM DTT 分辨率 1.64 Å R-free 0.175

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 119 个其他 PDB 条目、122 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TRPB_SALTY
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–394; UniProt 2–394

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6d0v

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6d0v
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6d0v
沉积日期 deposition_date2018-04-11
结构标题 titleTryptophan synthase Q114A mutant in complex with inhibitor N-(4'-trifluoromethoxybenzenesulfonyl)-2-amino-1-ethylphosphate (F9F) at the alpha-site, aminoacrylate at the beta site, and cesium ion at the metal coordination site
关键词 keywordsF9F ligand, cesium ion, mutant beta-Q114A, Lyase, P1T ligand, LYASE-LYASE INHIBITOR complex; LYASE/LYASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.06
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.45
零角强度 I(0) i0173690000.00
分子量 molecular_weight69176.0 kDa
排除体积 excluded_volume66284 ų
包络体积 envelope_volume105730 ų
水化壳体积 shell_volume33198 ų
包络直径 envelope_diameter96.2
壳层 Rg shell_rg34.15
包络 Rg envelope_rg26.83
形状 Rg shape_rg26.41
总 Rg total_rg27.06
总原子数 total_atoms5164
残基数 n_residues662
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax92.0
Rg (实空间) rg_real27.12
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.67
I(0) (实空间) i0_real1.7370e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.8750e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.11
I(0) (倒空间) i0_reciprocal173700000.0000
解质量估计 total_estimate0.7892
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.6
偏度 Skewness skewness0.453
峰度 Kurtosis kurtosis-0.254
角度范围 angular_range— – 0.2950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha36160000.0000
实空间数据点数 n_real_points60
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.774; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.935; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd6d0va_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.2 — Ribulose-phoshate binding barrel
家族 Family familyc.1.2.4 — Tryptophan biosynthesis enzymes
结构域编号 domain_idd6d0vb1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.79 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes
超家族 Superfamily superfamilyc.79.1 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes
家族 Family familyc.79.1.1 — Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzymes
结构域编号 domain_idd6d0vb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id6d0vA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Aldolase class I
结构域编号 domain_id6d0vB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1100
结构域编号 domain_id6d0vB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1100

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)