6d6q

Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - overall reconstruction

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Exosome complex component RRP45

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 1 RNA 1	Exosome complex component RRP41 × 1 （Q9NPD3） Exosome complex component RRP43 × 1 （Q96B26） Exosome complex component RRP46 × 1 （Q9NQT4） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q15024） Exosome complex component MTR3 × 1 （Q5RKV6） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q9NQT5） Exosome complex component RRP4 × 1 （Q13868） Exosome complex component CSL4 × 1 （Q9Y3B2） Exosome component 10 × 1 （Q01780） Exosome complex exonuclease RRP44 × 1 （Q9Y2L1） M-phase phosphoprotein 6 × 1 （Q99547） Exosome RNA helicase MTR4 × 1 （P42285） ;RNA (5'-R(APGPCPAPCPCPGPUPAPAPAPGPAPCPGPC)-3') ; × 1 DNA/RNA (62-MER) × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	EXOS9_HUMAN
Isoform	Q06265-2
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 18–473； UniProt 1–456

Exosome complex component RRP41

Homo sapiens

UniProt Q9NPD3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 1 RNA 1	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q06265） Exosome complex component RRP43 × 1 （Q96B26） Exosome complex component RRP46 × 1 （Q9NQT4） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q15024） Exosome complex component MTR3 × 1 （Q5RKV6） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q9NQT5） Exosome complex component RRP4 × 1 （Q13868） Exosome complex component CSL4 × 1 （Q9Y3B2） Exosome component 10 × 1 （Q01780） Exosome complex exonuclease RRP44 × 1 （Q9Y2L1） M-phase phosphoprotein 6 × 1 （Q99547） Exosome RNA helicase MTR4 × 1 （P42285） ;RNA (5'-R(APGPCPAPCPCPGPUPAPAPAPGPAPCPGPC)-3') ; × 1 DNA/RNA (62-MER) × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	EXOS4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 5–249； UniProt 1–245

Exosome complex component RRP43

Homo sapiens

UniProt Q96B26

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 1 RNA 1	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q06265） Exosome complex component RRP41 × 1 （Q9NPD3） Exosome complex component RRP46 × 1 （Q9NQT4） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q15024） Exosome complex component MTR3 × 1 （Q5RKV6） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q9NQT5） Exosome complex component RRP4 × 1 （Q13868） Exosome complex component CSL4 × 1 （Q9Y3B2） Exosome component 10 × 1 （Q01780） Exosome complex exonuclease RRP44 × 1 （Q9Y2L1） M-phase phosphoprotein 6 × 1 （Q99547） Exosome RNA helicase MTR4 × 1 （P42285） ;RNA (5'-R(APGPCPAPCPCPGPUPAPAPAPGPAPCPGPC)-3') ; × 1 DNA/RNA (62-MER) × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	EXOS8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–278； UniProt 1–276

Exosome complex component RRP46

Homo sapiens

UniProt Q9NQT4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 1 RNA 1	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q06265） Exosome complex component RRP41 × 1 （Q9NPD3） Exosome complex component RRP43 × 1 （Q96B26） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q15024） Exosome complex component MTR3 × 1 （Q5RKV6） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q9NQT5） Exosome complex component RRP4 × 1 （Q13868） Exosome complex component CSL4 × 1 （Q9Y3B2） Exosome component 10 × 1 （Q01780） Exosome complex exonuclease RRP44 × 1 （Q9Y2L1） M-phase phosphoprotein 6 × 1 （Q99547） Exosome RNA helicase MTR4 × 1 （P42285） ;RNA (5'-R(APGPCPAPCPCPGPUPAPAPAPGPAPCPGPC)-3') ; × 1 DNA/RNA (62-MER) × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	EXOS5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 3–237； UniProt 1–235

Exosome complex component RRP42

Homo sapiens

UniProt Q15024

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 1 RNA 1	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q06265） Exosome complex component RRP41 × 1 （Q9NPD3） Exosome complex component RRP43 × 1 （Q96B26） Exosome complex component RRP46 × 1 （Q9NQT4） Exosome complex component MTR3 × 1 （Q5RKV6） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q9NQT5） Exosome complex component RRP4 × 1 （Q13868） Exosome complex component CSL4 × 1 （Q9Y3B2） Exosome component 10 × 1 （Q01780） Exosome complex exonuclease RRP44 × 1 （Q9Y2L1） M-phase phosphoprotein 6 × 1 （Q99547） Exosome RNA helicase MTR4 × 1 （P42285） ;RNA (5'-R(APGPCPAPCPCPGPUPAPAPAPGPAPCPGPC)-3') ; × 1 DNA/RNA (62-MER) × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	与全部聚合物一致

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UniProt名称	EXOS7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 3–293； UniProt 1–291

Exosome complex component MTR3

Homo sapiens

UniProt Q5RKV6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 1 RNA 1	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q06265） Exosome complex component RRP41 × 1 （Q9NPD3） Exosome complex component RRP43 × 1 （Q96B26） Exosome complex component RRP46 × 1 （Q9NQT4） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q15024） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q9NQT5） Exosome complex component RRP4 × 1 （Q13868） Exosome complex component CSL4 × 1 （Q9Y3B2） Exosome component 10 × 1 （Q01780） Exosome complex exonuclease RRP44 × 1 （Q9Y2L1） M-phase phosphoprotein 6 × 1 （Q99547） Exosome RNA helicase MTR4 × 1 （P42285） ;RNA (5'-R(APGPCPAPCPCPGPUPAPAPAPGPAPCPGPC)-3') ; × 1 DNA/RNA (62-MER) × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	与全部聚合物一致

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UniProt名称	EXOS6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–272； UniProt 1–272

Exosome complex component RRP40

Homo sapiens

UniProt Q9NQT5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 1 RNA 1	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q06265） Exosome complex component RRP41 × 1 （Q9NPD3） Exosome complex component RRP43 × 1 （Q96B26） Exosome complex component RRP46 × 1 （Q9NQT4） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q15024） Exosome complex component MTR3 × 1 （Q5RKV6） Exosome complex component RRP4 × 1 （Q13868） Exosome complex component CSL4 × 1 （Q9Y3B2） Exosome component 10 × 1 （Q01780） Exosome complex exonuclease RRP44 × 1 （Q9Y2L1） M-phase phosphoprotein 6 × 1 （Q99547） Exosome RNA helicase MTR4 × 1 （P42285） ;RNA (5'-R(APGPCPAPCPCPGPUPAPAPAPGPAPCPGPC)-3') ; × 1 DNA/RNA (62-MER) × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	与全部聚合物一致

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UniProt名称	EXOS3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 3–277； UniProt 1–275

Exosome complex component RRP4

Homo sapiens

UniProt Q13868

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 1 RNA 1	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q06265） Exosome complex component RRP41 × 1 （Q9NPD3） Exosome complex component RRP43 × 1 （Q96B26） Exosome complex component RRP46 × 1 （Q9NQT4） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q15024） Exosome complex component MTR3 × 1 （Q5RKV6） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q9NQT5） Exosome complex component CSL4 × 1 （Q9Y3B2） Exosome component 10 × 1 （Q01780） Exosome complex exonuclease RRP44 × 1 （Q9Y2L1） M-phase phosphoprotein 6 × 1 （Q99547） Exosome RNA helicase MTR4 × 1 （P42285） ;RNA (5'-R(APGPCPAPCPCPGPUPAPAPAPGPAPCPGPC)-3') ; × 1 DNA/RNA (62-MER) × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	与全部聚合物一致

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UniProt名称	EXOS2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 4–296； UniProt 1–293

Exosome complex component CSL4

Homo sapiens

UniProt Q9Y3B2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 1 RNA 1	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q06265） Exosome complex component RRP41 × 1 （Q9NPD3） Exosome complex component RRP43 × 1 （Q96B26） Exosome complex component RRP46 × 1 （Q9NQT4） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q15024） Exosome complex component MTR3 × 1 （Q5RKV6） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q9NQT5） Exosome complex component RRP4 × 1 （Q13868） Exosome component 10 × 1 （Q01780） Exosome complex exonuclease RRP44 × 1 （Q9Y2L1） M-phase phosphoprotein 6 × 1 （Q99547） Exosome RNA helicase MTR4 × 1 （P42285） ;RNA (5'-R(APGPCPAPCPCPGPUPAPAPAPGPAPCPGPC)-3') ; × 1 DNA/RNA (62-MER) × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	与全部聚合物一致

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UniProt名称	EXOS1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 3–197； UniProt 1–195

Exosome component 10

Homo sapiens

UniProt Q01780

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 1 RNA 1	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q06265） Exosome complex component RRP41 × 1 （Q9NPD3） Exosome complex component RRP43 × 1 （Q96B26） Exosome complex component RRP46 × 1 （Q9NQT4） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q15024） Exosome complex component MTR3 × 1 （Q5RKV6） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q9NQT5） Exosome complex component RRP4 × 1 （Q13868） Exosome complex component CSL4 × 1 （Q9Y3B2） Exosome complex exonuclease RRP44 × 1 （Q9Y2L1） M-phase phosphoprotein 6 × 1 （Q99547） Exosome RNA helicase MTR4 × 1 （P42285） ;RNA (5'-R(APGPCPAPCPCPGPUPAPAPAPGPAPCPGPC)-3') ; × 1 DNA/RNA (62-MER) × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	与全部聚合物一致

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UniProt名称	EXOSX_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 2–649； UniProt 1–648 作者链 J； PDB构建体 662–761； UniProt 705–804

Exosome complex exonuclease RRP44

Homo sapiens

UniProt Q9Y2L1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 1 RNA 1	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q06265） Exosome complex component RRP41 × 1 （Q9NPD3） Exosome complex component RRP43 × 1 （Q96B26） Exosome complex component RRP46 × 1 （Q9NQT4） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q15024） Exosome complex component MTR3 × 1 （Q5RKV6） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q9NQT5） Exosome complex component RRP4 × 1 （Q13868） Exosome complex component CSL4 × 1 （Q9Y3B2） Exosome component 10 × 1 （Q01780） M-phase phosphoprotein 6 × 1 （Q99547） Exosome RNA helicase MTR4 × 1 （P42285） ;RNA (5'-R(APGPCPAPCPCPGPUPAPAPAPGPAPCPGPC)-3') ; × 1 DNA/RNA (62-MER) × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	与全部聚合物一致

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UniProt名称	RRP44_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 3–960； UniProt 1–958

M-phase phosphoprotein 6

Homo sapiens

UniProt Q99547

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 1 RNA 1	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q06265） Exosome complex component RRP41 × 1 （Q9NPD3） Exosome complex component RRP43 × 1 （Q96B26） Exosome complex component RRP46 × 1 （Q9NQT4） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q15024） Exosome complex component MTR3 × 1 （Q5RKV6） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q9NQT5） Exosome complex component RRP4 × 1 （Q13868） Exosome complex component CSL4 × 1 （Q9Y3B2） Exosome component 10 × 1 （Q01780） Exosome complex exonuclease RRP44 × 1 （Q9Y2L1） Exosome RNA helicase MTR4 × 1 （P42285） ;RNA (5'-R(APGPCPAPCPCPGPUPAPAPAPGPAPCPGPC)-3') ; × 1 DNA/RNA (62-MER) × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	与全部聚合物一致

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UniProt名称	MPH6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	12
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 3–162； UniProt 1–160

Exosome RNA helicase MTR4

Homo sapiens

UniProt P42285

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 13 DNA 1 RNA 1	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q06265） Exosome complex component RRP41 × 1 （Q9NPD3） Exosome complex component RRP43 × 1 （Q96B26） Exosome complex component RRP46 × 1 （Q9NQT4） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q15024） Exosome complex component MTR3 × 1 （Q5RKV6） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q9NQT5） Exosome complex component RRP4 × 1 （Q13868） Exosome complex component CSL4 × 1 （Q9Y3B2） Exosome component 10 × 1 （Q01780） Exosome complex exonuclease RRP44 × 1 （Q9Y2L1） M-phase phosphoprotein 6 × 1 （Q99547） ;RNA (5'-R(APGPCPAPCPCPGPUPAPAPAPGPAPCPGPC)-3') ; × 1 DNA/RNA (62-MER) × 1 MAGNESIUM ION × 1 ZINC ION × 1 PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	与全部聚合物一致

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UniProt名称	MTREX_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	13
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 4–1045； UniProt 1–1042

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6d6q
沉积日期 deposition_date	2018-04-22
结构标题 title	Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - overall reconstruction
关键词 keywords	RNA exosome, RNA degradation, ribonuclease, helicase, SF2, RNA-protein complex, translocase, nuclear, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6d6q__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6d6q__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6d6q__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	57.51 Å
Rg（电子密度）	57.09 Å
总 Rg	57.14 Å
原子数	31639
残基数	3950
排除体积	560550 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6d6q__assembly_1__model_1`	pentadecameric （15）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (18)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Exosome complex component RRP45
分子量 formula_weight	52828.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	31639

MGSSHHHHHHSQDPNSHMKETPLSNCERRFLLRAIEEKKRLDGRQTYDYRNIRISFGTDYGCCIVELGKTRVLGQVSCELVSPKLNRATEGILFFNLELSQMAAPAFEPGRQSDLLVKLNRLMERCLRNSKCIDTESLCVVAGEKVWQIRVDLHLLNHDGNIIDAASIAAIVALCHFRRPDVSVQGDEVTLYTPEERDPVPLSIHHMPICVSFAFFQQGTYLLVDPNEREERVMDGLLVIAMNKHREICTIQSSGGIMLLKDQVLRCSKIAGVKVAEITELILKALENDQKVRKEGGKFGFAESIANQRITAFKMEKAPIDTSDVEEKAEEIIAEAEPPSEVVSTPVLWTPGTAQIGEGVENSWGDLEDSEKEDDEGGGDQAIILDGIKMDTGVEVSDIGSQELGFHHVGQTGLEFLTSDAPIILSDSEEEEMIILEPDKNPKKIRTQTTSAKQEKAPSKKPVKRRKKKRAAN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Exosome complex component RRP41
分子量 formula_weight	26831.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MADPMAGLELLSDQGYRVDGRRAGELRKIQARMGVFAQADGSAYIEQGNTKALAVVYGPHEIRGSRARALPDRALVNCQYSSATFSTGERKRRPHGDRKSCEMGLQLRQTFEAAILTQLHPRSQIDIYVQVLQADGGTYAACVNAATLAVLDAGIPMRDFVCACSAGFVDGTALADLSHVEEAAGGPQLALALLPASGQIALLEMDARLHEDHLERVLEAAAQAARDVHTLLDRVVRQHVREASILLGD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Exosome complex component RRP43
分子量 formula_weight	30285.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

DPMAAGFKTVEPLEYYRRFLKENCRPDGRELGEFRTTTVNIGSISTADGSALVKLGNTTVICGVKAEFAAPSTDAPDKGYVVPNVDLPPLCSSRFRSGPPGEEAQVASQFIADVIENSQIIQKEDLCISPGKLVWVLYCDLICLDYDGNILDACTFALLAALKNVQLPEVTINEETALAEVNLKKKSYLNIRTHPVATSFAVFDDTLLIVDPTGEEEHLATGTLTIVMDEEGKLCCLHKPGGSGLTGAKLQDCMSRAVTRHKEVKKLMDEVIKSMKPK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Exosome complex component RRP46
分子量 formula_weight	25480.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

SLMEEETHTDAKIRAENGTGSSPRGPGCSLRHFACEQNLLSRPDGSASFLQGDTSVLAGVYGPAEVKVSKEIFNKATLEVILRPKIGLPGVAEKSRERLIRNTCEAVVLGTLHPRTSITVVLQVVSDAGSLLACCLNAACMALVDAGVPMRALFCGVACALDSDGTLVLDPTSKQEKEARAVLTFALDSVERKLLMSSTKGLYSDTELQQCLAAAQAASQHVFRFYRESLQRRYSKS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Exosome complex component RRP42
分子量 formula_weight	32072.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

DPMASVTLSEAEKVYIVHGVQEDLRVDGRGCEDYRCVEVETDVVSNTSGSARVKLGHTDILVGVKAEMGTPKLEKPNEGYLEFFVDCSASATPEFEGRGGDDLGTEIANTLYRIFNNKSSVDLKTLCISPREHCWVLYVDVLLLECGGNLFDAISIAVKAALFNTRIPRVRVLEDEEGSKDIELSDDPYDCIRLSVENVPCIVTLCKIGYRHVVDATLQEEACSLASLLVSVTSKGVVTCMRKVGKGSLDPESIFEMMETGKRVGKVLHASLQSVVHKEESLGPKRQKVGFLG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Exosome complex component MTR3
分子量 formula_weight	28267.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MPGDHRRIRGPEESQPPQLYAADEEEAPGTRDPTRLRPVYARAGLLSQAKGSAYLEAGGTKVLCAVSGPRQAEGGERGGGPAGAGGEAPAALRGRLLCDFRRAPFAGRRRRAPPGGCEERELALALQEALEPAVRLGRYPRAQLEVSALLLEDGGSALAAALTAAALALADAGVEMYDLVVGCGLSLAPGPAPTWLLDPTRLEEERAAAGLTVALMPVLNQVAGLLGSGEGGLTESWAEAVRLGLEGCQRLYPVLQQSLVRAARRRGAAAQP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Exosome complex component RRP40
分子量 formula_weight	29796.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

DPMAEPASVAAESLAGSRARAARTVLGQVVLPGEELLLPEQEDAEGPGGAVERPLSLNARACSRVRVVCGPGLRRCGDRLLVTKCGRLRHKEPGSGSGGGVYWVDSQQKRYVPVKGDHVIGIVTAKSGDIFKVDVGGSEPASLSYLSFEGATKRNRPNVQVGDLIYGQFVVANKDMEPEMVCIDSCGRANGMGVIGQDGLLFKVTLGLIRKLLAPDCEIIQEVGKLHPLEIVFGMNGRIWVKAKTIQQTLILANILEACEHMTSDQRKQIFSRLAES

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Exosome complex component RRP4
分子量 formula_weight	33184.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

DPHMAMEMRLPVARKPLSERLGRDTKKHLVVPGDTITTDTGFMRGHGTYMGEEKLIASVAGSVERVNKLICVKALKTRYIGEVGDIVVGRITEVQQKRWKVETNSRLDSVLLLSSMNLPGGELRRRSAEDELAMRGFLQEGDLISAEVQAVFSDGAVSLHTRSLKYGKLGQGVLVQVSPSLVKRQKTHFHDLPCGASVILGNNGFIWIYPTPEHKEEEAGGFIANLEPVSLADREVISRLRNCIISLVTQRMMLYDTSILYCYEASLPHQIKDILKPEIMEEIVMETRQRLLEQEG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Exosome complex component CSL4
分子量 formula_weight	21691.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

DPMAPPVRYCIPGERLCNLEEGSPGSGTYTRHGYIFSSLAGCLMKSSENGALPVVSVVRETESQLLPDVGAIVTCKVSSINSRFAKVHILYVGSMPLKNSFRGTIRKEDVRATEKDKVEIYKSFRPGDIVLAKVISLGDAQSNYLLTTAENELGVVVAHSESGIQMVPISWCEMQCPKTHTKEFRKVARVQPEFLQT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	Exosome component 10
分子量 formula_weight	86754.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.13.-
突变 mutation	D313N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

SMAPPSTREPRVLSATSATKSDGEMVLPGFPDADSFVKFALGSVVAVTKASGGLPQFGDEYDFYRSFPGFQAFCETQGDRLLQCMSRVMQYHGCRSNIKDRSKVTELEDKFDLLVDANDVILERVGILLDEASGVNKNQQPVLPAGLQVPKTVVSSWNRKAAEYGKKAKSETFRLLHAKNIIRPQLKFREKIDNSNTPFLPKIFIKPNAQKPLPQALSKERRERPQDRPEDLDVPPALADFIHQQRTQQVEQDMFAHPYQYELNHFTPADAVLQKPQPQLYRPIEETPCHFISSLDELVELNEKLLNCQEFAVNLEHHSYRSFLGLTCLMQISTRTEDFIIDTLELRSDMYILNESLTDPAIVKVFHGADSDIEWLQKDFGLYVVNMFDTHQAARLLNLGRHSLDHLLKLYCNVDSNKQYQLADWRIRPLPEEMLSYARDDTHYLLYIYDKMRLEMWERGNGQPVQLQVVWQRSRDICLKKFIKPIFTDESYLELYRKQKKHLNTQQLTAFQLLFAWRDKTARREDESYGYVLPNHMMLKIAEELPKEPQGIIACCNPVPPLVRQQINEMHLLIQQAREMPLLKSEVAAGVKKSGPLPSAERLENVLFGPHDCSHAPPDGYPIIPTSGSVPVQKQASLFPDEKEDNLLGSRGSGSGSGSGSVSQAAKFDPSTKIYEISNRWKLAQVQVQKDSKEAVKKKAAEQTAAREQAKEACKAAAEQAISVRQQVVLENAAKKRERATSDPRTTEQKQEKKRLKISKK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	Exosome complex exonuclease RRP44
分子量 formula_weight	109267.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.13.-,3.1.26.-
突变 mutation	D146N, D487N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

GSMLKSKTFLKKTRAGGVMKIVREHYLRDDIGCGAPGCAACGGAHEGPALEPQPQDPASSVCPQPHYLLPDTNVLLHQIDVLEDPAIRNVIVLQTVLQEVRNRSAPVYKRIRDVTNNQEKHFYTFTNEHHRETYVEQEQGENANDRNNRAIRVAAKWYNEHLKKMSADNQLQVIFITNDRRNKEKAIEEGIPAFTCEEYVKSLTANPELIDRLACLSEEGNEIESGKIIFSEHLPLSKLQQGIKSGTYLQGTFRASRENYLEATVWIHGDSEENKEIILQGLKHLNRAVHEDIVAVELLPKSQWVAPSSVVLHDEGQNEEDVEKEEETERMLKTAVSEKMLKPTGRVVGIIKRNWRPYCGMLSKSDIKESRRHLFTPADKRIPRIRIETRQASTLEGRRIIVAIDGWPRNSRYPNGHFVRNLGDVGEKETETEVLLLEHDVPHQPFSQAVLSFLPKMPWSITEKDMKNREDLRHLCICSVDPPGCTDINDALHCRELENGNLEVGVHIADVSHFIRPGNALDQESARRGTTVYLCEKRIDMVPELLSSNLCSLKCDVDRLAFSCIWEMNHNAEILKTKFTKSVINSKASLTYAEAQLRIDSANMNDDITTSLRGLNKLAKILKKRRIEKGALTLSSPEVRFHMDSETHDPIDLQTKELRETNSMVEEFMLLANISVAKKIHEEFSEHALLRKHPAPPPSNYEILVKAARSRNLEIKTDTAKSLAESLDQAESPTFPYLNTLLRILATRCMMQAVYFCSGMDNDFHHYGLASPIYTHFTSPIRRYADVIVHRLLAVAIGADCTYPELTDKHKLADICKNLNFRHKMAQYAQRASVAFHTQLFFKSNGIVSEEAYILFVRKNAIVVLIPKYGLEGTVFFEEKDKPNPQLIYDDEIPSLKIEDTVFHVFDKVKVKIMLDSSNLQHQKIRMSLVEPQIPGISIPTDTSNMDLNGPKKKKMKLGK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	M-phase phosphoprotein 6
分子量 formula_weight	19268.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DPMAAERKTRLSKNLLRMKFMQRGLDSETKKQLEEEEKKIISEEHWYLDLPELKEKESFIIEEQSFLLCEDLLYGRMSFRGFNPEVEKLMLQMNAKHKAEEVEDETVELDVSDEEMARRYETLVGTIGKKFARKRDHANYEEDENGDITPIKAKKMFLKPQD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	Exosome RNA helicase MTR4
分子量 formula_weight	118225.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

SGDMADAFGDELFSVFEGDSTTAAGTKKDKEKDKGKWKGPPGSADKAGKRFDGKLQSESTNNGKNKRDVDFEGTDEPIFGKKPRIEESITEDLSLADLMPRVKVQSVETVEGCTHEVALPAEEDYLPLKPRVGKAAKEYPFILDAFQREAIQCVDNNQSVLVSAHTSAGKTVCAEYAIALALREKQRVIFTSPIKALSNQKYREMYEEFQDVGLMTGDVTINPTASCLVMTTEILRSMLYRGSEVMREVAWVIFDEIHYMRDSERGVVWEETIILLPDNVHYVFLSATIPNARQFAEWICHLHKQPCHVIYTDYRPTPLQHYIFPAGGDGLHLVVDENGDFREDNFNTAMQVLRDAGDLAKGDQKGRKGGTKGPSNVFKIVKMIMERNFQPVIIFSFSKKDCEAYALQMTKLDFNTDEEKKMVEEVFSNAIDCLSDEDKKLPQVEHVLPLLKRGIGIHHGGLLPILKETIEILFSEGLIKALFATETFAMGINMPARTVLFTNARKFDGKDFRWISSGEYIQMSGRAGRRGMDDRGIVILMVDEKMSPTIGKQLLKGSADPLNSAFHLTYNMVLNLLRVEEINPEYMLEKSFYQFQHYRAIPGVVEKVKNSEEQYNKIVIPNEESVVIYYKIRQQLAKLGKEIEEYIHKPKYCLPFLQPGRLVKVKNEGDDFGWGVVVNFSKKSNVKPNSGELDPLYVVEVLLRCSKESLKNSATEAAKPAKPDEKGEMQVVPVLVHLLSAISSVRLYIPKDLRPVDNRQSVLKSIQEVQKRFPDGIPLLDPIDDMGIQDQGLKKVIQKVEAFEHRMYSHPLHNDPNLETVYTLCEKKAQIAIDIKSAKRELKKARTVLQMDELKCRKRVLRRLGFATSSDVIEMKGRVACEISSADELLLTEMMFNGLFNDLSAEQATALLSCFVFQENSSEMPKLTEQLAGPLRQMQECAKRIAKVSAEAKLEIDEETYLSSFKPHLMDVVYTWATGATFAHICKMTDVFEGSIIRCMRRLEELLRQMCQAAKAIGNTELENKFAEGITKIKRDIVFAASLYL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 14 Entity 14 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(APGPCPAPCPCPGPUPAPAPAPGPAPCPGPC)-3') ;
分子量 formula_weight	5143.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	N

AGCACCGUAAAGACGC

实体 15 Entity 15 polymer

描述 description	DNA/RNA (62-MER)
分子量 formula_weight	19487.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid
链编号 strand_id	O

GCGTCTTTACGGTGCTCACCACACCACACCACACCACACCACACCACACCACACAAAAAAAA

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 17 Entity 17 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 18 Entity 18 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	6d6qA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — GHMP Kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	6d6qB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — GHMP Kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	6d6qC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — GHMP Kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	6d6qD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — GHMP Kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	6d6qE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — GHMP Kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	6d6qF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — GHMP Kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	6d6qG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	6d6qG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	6d6qG03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — K Homology domain, type 1

结构域编号 domain_id	6d6qH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	6d6qI01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	6d6qK01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1010 — 5'-nuclease

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.45 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	122703

Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - overall reconstruction

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Exosome complex component RRP45

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome complex component RRP41

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome complex component RRP43

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome complex component RRP46

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome complex component RRP42

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome complex component MTR3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome complex component RRP40

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome complex component RRP4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome complex component CSL4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Exosome component 10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体