6d6q

Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - overall reconstruction

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 191.0 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Exosome complex component RRP45

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 13 DNA 1 RNA 1 PDB 声明：pentadecameric（15）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–456	未记录	Exosome complex component RRP41 × 1 （Q9NPD3） Exosome complex component RRP43 × 1 （Q96B26） Exosome complex component RRP46 × 1 （Q9NQT4） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q15024） Exosome complex component MTR3 × 1 （Q5RKV6） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q9NQT5） Exosome complex component RRP4 × 1 （Q13868） Exosome complex component CSL4 × 1 （Q9Y3B2） Exosome component 10 × 1 （Q01780） Exosome complex exonuclease RRP44 × 1 （Q9Y2L1） M-phase phosphoprotein 6 × 1 （Q99547） Exosome RNA helicase MTR4 × 1 （P42285） ;RNA (5'-R(APGPCPAPCPCPGPUPAPAPAPGPAPCPGPC)-3') ; × 1 DNA/RNA (62-MER) × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time	分辨率 3.45 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6D6Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6D6R Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - composite map after focused reconstruction 提交 2018-04-22	当前字段一致	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric	链 A 1–456（456 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time	分辨率 3.45 Å
6H25 Human nuclear RNA exosome EXO-10-MPP6 complex 提交 2018-07-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–439（439 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.80 Å
9G8M human 80S ribosome bound by a SKI2-exosome complex 提交 2024-07-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 87 PDB 声明：92-meric	链 K 1–439（439 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 232 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.30 Å
9G8N 80S-bound human Ski2-exosome complex 提交 2024-07-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric	链 K 1–439（439 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.70 Å
9G8O human 40S ribosome bound by a SKI238-exosome complex 提交 2024-07-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：51-meric	链 K 1–439（439 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.40 Å
9G8P 40S-bound human SKI2-exosome complex 提交 2024-07-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric	链 K 1–439（439 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.00 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EXOS9_HUMAN
Isoform	Q06265-2
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 18–473； UniProt 1–456

Exosome complex component RRP41

Homo sapiens

UniProt Q9NPD3

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 13 DNA 1 RNA 1 PDB 声明：pentadecameric（15）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 1–245	未记录	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q06265） Exosome complex component RRP43 × 1 （Q96B26） Exosome complex component RRP46 × 1 （Q9NQT4） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q15024） Exosome complex component MTR3 × 1 （Q5RKV6） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q9NQT5） Exosome complex component RRP4 × 1 （Q13868） Exosome complex component CSL4 × 1 （Q9Y3B2） Exosome component 10 × 1 （Q01780） Exosome complex exonuclease RRP44 × 1 （Q9Y2L1） M-phase phosphoprotein 6 × 1 （Q99547） Exosome RNA helicase MTR4 × 1 （P42285） ;RNA (5'-R(APGPCPAPCPCPGPUPAPAPAPGPAPCPGPC)-3') ; × 1 DNA/RNA (62-MER) × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time	分辨率 3.45 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6D6Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2NN6 Structure of the human RNA exosome composed of Rrp41, Rrp45, Rrp46, Rrp43, Mtr3, Rrp42, Csl4, Rrp4, and Rrp40 提交 2006-10-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 B 1–244（244 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；4.5-8% w/v PEG4000, 0.1M Sodium citrate, 1 mM TCEP, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.35 Å R-free 0.344
6D6R Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - composite map after focused reconstruction 提交 2018-04-22	当前字段一致	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric	链 B 1–245（245 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time	分辨率 3.45 Å
6H25 Human nuclear RNA exosome EXO-10-MPP6 complex 提交 2018-07-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：dodecameric	链 B 1–245（245 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.80 Å
9G8M human 80S ribosome bound by a SKI2-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 87 PDB 声明：92-meric	链 L 1–245（245 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 232 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.30 Å
9G8N 80S-bound human Ski2-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric	链 L 1–245（245 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.70 Å
9G8O human 40S ribosome bound by a SKI238-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：51-meric	链 N 1–245（245 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.40 Å
9G8P 40S-bound human SKI2-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric	链 L 1–245（245 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.00 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EXOS4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 5–249； UniProt 1–245

Exosome complex component RRP43

Homo sapiens

UniProt Q96B26

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 13 DNA 1 RNA 1 PDB 声明：pentadecameric（15）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 1–276	未记录	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q06265） Exosome complex component RRP41 × 1 （Q9NPD3） Exosome complex component RRP46 × 1 （Q9NQT4） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q15024） Exosome complex component MTR3 × 1 （Q5RKV6） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q9NQT5） Exosome complex component RRP4 × 1 （Q13868） Exosome complex component CSL4 × 1 （Q9Y3B2） Exosome component 10 × 1 （Q01780） Exosome complex exonuclease RRP44 × 1 （Q9Y2L1） M-phase phosphoprotein 6 × 1 （Q99547） Exosome RNA helicase MTR4 × 1 （P42285） ;RNA (5'-R(APGPCPAPCPCPGPUPAPAPAPGPAPCPGPC)-3') ; × 1 DNA/RNA (62-MER) × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time	分辨率 3.45 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6D6Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2NN6 Structure of the human RNA exosome composed of Rrp41, Rrp45, Rrp46, Rrp43, Mtr3, Rrp42, Csl4, Rrp4, and Rrp40 提交 2006-10-23	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 C 1–276（276 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；4.5-8% w/v PEG4000, 0.1M Sodium citrate, 1 mM TCEP, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.35 Å R-free 0.344
6D6R Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - composite map after focused reconstruction 提交 2018-04-22	当前字段一致	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric	链 C 1–276（276 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time	分辨率 3.45 Å
6H25 Human nuclear RNA exosome EXO-10-MPP6 complex 提交 2018-07-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：dodecameric	链 C 1–276（276 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.80 Å
9G8M human 80S ribosome bound by a SKI2-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 87 PDB 声明：92-meric	链 N 1–276（276 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 232 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.30 Å
9G8N 80S-bound human Ski2-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric	链 N 1–276（276 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.70 Å
9G8O human 40S ribosome bound by a SKI238-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：51-meric	链 L 1–276（276 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.40 Å
9G8P 40S-bound human SKI2-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric	链 N 1–276（276 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.00 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EXOS8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–278； UniProt 1–276

Exosome complex component RRP46

Homo sapiens

UniProt Q9NQT4

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 13 DNA 1 RNA 1 PDB 声明：pentadecameric（15）与全部聚合物数一致	链 D； UniProt 1–235	未记录	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q06265） Exosome complex component RRP41 × 1 （Q9NPD3） Exosome complex component RRP43 × 1 （Q96B26） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q15024） Exosome complex component MTR3 × 1 （Q5RKV6） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q9NQT5） Exosome complex component RRP4 × 1 （Q13868） Exosome complex component CSL4 × 1 （Q9Y3B2） Exosome component 10 × 1 （Q01780） Exosome complex exonuclease RRP44 × 1 （Q9Y2L1） M-phase phosphoprotein 6 × 1 （Q99547） Exosome RNA helicase MTR4 × 1 （P42285） ;RNA (5'-R(APGPCPAPCPCPGPUPAPAPAPGPAPCPGPC)-3') ; × 1 DNA/RNA (62-MER) × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time	分辨率 3.45 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6D6Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2NN6 Structure of the human RNA exosome composed of Rrp41, Rrp45, Rrp46, Rrp43, Mtr3, Rrp42, Csl4, Rrp4, and Rrp40 提交 2006-10-23	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 D 1–235（235 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；4.5-8% w/v PEG4000, 0.1M Sodium citrate, 1 mM TCEP, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.35 Å R-free 0.344
6D6R Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - composite map after focused reconstruction 提交 2018-04-22	当前字段一致	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric	链 D 1–235（235 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time	分辨率 3.45 Å
6H25 Human nuclear RNA exosome EXO-10-MPP6 complex 提交 2018-07-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：dodecameric	链 D 1–235（235 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.80 Å
9G8M human 80S ribosome bound by a SKI2-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 87 PDB 声明：92-meric	链 O 1–235（235 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 232 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.30 Å
9G8N 80S-bound human Ski2-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric	链 O 1–235（235 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.70 Å
9G8O human 40S ribosome bound by a SKI238-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：51-meric	链 O 1–235（235 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.40 Å
9G8P 40S-bound human SKI2-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric	链 O 1–235（235 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.00 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EXOS5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 3–237； UniProt 1–235

Exosome complex component RRP42

Homo sapiens

UniProt Q15024

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 13 DNA 1 RNA 1 PDB 声明：pentadecameric（15）与全部聚合物数一致	链 E； UniProt 1–291	未记录	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q06265） Exosome complex component RRP41 × 1 （Q9NPD3） Exosome complex component RRP43 × 1 （Q96B26） Exosome complex component RRP46 × 1 （Q9NQT4） Exosome complex component MTR3 × 1 （Q5RKV6） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q9NQT5） Exosome complex component RRP4 × 1 （Q13868） Exosome complex component CSL4 × 1 （Q9Y3B2） Exosome component 10 × 1 （Q01780） Exosome complex exonuclease RRP44 × 1 （Q9Y2L1） M-phase phosphoprotein 6 × 1 （Q99547） Exosome RNA helicase MTR4 × 1 （P42285） ;RNA (5'-R(APGPCPAPCPCPGPUPAPAPAPGPAPCPGPC)-3') ; × 1 DNA/RNA (62-MER) × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time	分辨率 3.45 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6D6Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2NN6 Structure of the human RNA exosome composed of Rrp41, Rrp45, Rrp46, Rrp43, Mtr3, Rrp42, Csl4, Rrp4, and Rrp40 提交 2006-10-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 E 1–291（291 aa）	突变：L274V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；4.5-8% w/v PEG4000, 0.1M Sodium citrate, 1 mM TCEP, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.35 Å R-free 0.344
6D6R Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - composite map after focused reconstruction 提交 2018-04-22	当前字段一致	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric	链 E 1–291（291 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time	分辨率 3.45 Å
6H25 Human nuclear RNA exosome EXO-10-MPP6 complex 提交 2018-07-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：dodecameric	链 E 1–291（291 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.80 Å
9G8M human 80S ribosome bound by a SKI2-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 87 PDB 声明：92-meric	链 F 1–291（291 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 232 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.30 Å
9G8N 80S-bound human Ski2-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric	链 F 1–291（291 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.70 Å
9G8O human 40S ribosome bound by a SKI238-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：51-meric	链 F 1–291（291 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.40 Å
9G8P 40S-bound human SKI2-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric	链 F 1–291（291 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.00 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EXOS7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 3–293； UniProt 1–291

Exosome complex component MTR3

Homo sapiens

UniProt Q5RKV6

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 13 DNA 1 RNA 1 PDB 声明：pentadecameric（15）与全部聚合物数一致	链 F； UniProt 1–272	未记录	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q06265） Exosome complex component RRP41 × 1 （Q9NPD3） Exosome complex component RRP43 × 1 （Q96B26） Exosome complex component RRP46 × 1 （Q9NQT4） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q15024） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q9NQT5） Exosome complex component RRP4 × 1 （Q13868） Exosome complex component CSL4 × 1 （Q9Y3B2） Exosome component 10 × 1 （Q01780） Exosome complex exonuclease RRP44 × 1 （Q9Y2L1） M-phase phosphoprotein 6 × 1 （Q99547） Exosome RNA helicase MTR4 × 1 （P42285） ;RNA (5'-R(APGPCPAPCPCPGPUPAPAPAPGPAPCPGPC)-3') ; × 1 DNA/RNA (62-MER) × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time	分辨率 3.45 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6D6Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2NN6 Structure of the human RNA exosome composed of Rrp41, Rrp45, Rrp46, Rrp43, Mtr3, Rrp42, Csl4, Rrp4, and Rrp40 提交 2006-10-23	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 F 1–272（272 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；4.5-8% w/v PEG4000, 0.1M Sodium citrate, 1 mM TCEP, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.35 Å R-free 0.344
6D6R Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - composite map after focused reconstruction 提交 2018-04-22	当前字段一致	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric	链 F 1–272（272 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time	分辨率 3.45 Å
6H25 Human nuclear RNA exosome EXO-10-MPP6 complex 提交 2018-07-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：dodecameric	链 F 1–272（272 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.80 Å
9G8M human 80S ribosome bound by a SKI2-exosome complex 提交 2024-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 87 PDB 声明：92-meric	链 G 1–272（272 aa）链 H 181–272（92 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 232 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.30 Å
9G8N 80S-bound human Ski2-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric	链 G 1–272（272 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.70 Å
9G8O human 40S ribosome bound by a SKI238-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：51-meric	链 G 1–272（272 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.40 Å
9G8P 40S-bound human SKI2-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric	链 G 1–272（272 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.00 Å

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UniProt名称	EXOS6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–272； UniProt 1–272

Exosome complex component RRP40

Homo sapiens

UniProt Q9NQT5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 13 DNA 1 RNA 1 PDB 声明：pentadecameric（15）与全部聚合物数一致	链 G； UniProt 1–275	未记录	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q06265） Exosome complex component RRP41 × 1 （Q9NPD3） Exosome complex component RRP43 × 1 （Q96B26） Exosome complex component RRP46 × 1 （Q9NQT4） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q15024） Exosome complex component MTR3 × 1 （Q5RKV6） Exosome complex component RRP4 × 1 （Q13868） Exosome complex component CSL4 × 1 （Q9Y3B2） Exosome component 10 × 1 （Q01780） Exosome complex exonuclease RRP44 × 1 （Q9Y2L1） M-phase phosphoprotein 6 × 1 （Q99547） Exosome RNA helicase MTR4 × 1 （P42285） ;RNA (5'-R(APGPCPAPCPCPGPUPAPAPAPGPAPCPGPC)-3') ; × 1 DNA/RNA (62-MER) × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time	分辨率 3.45 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6D6Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2NN6 Structure of the human RNA exosome composed of Rrp41, Rrp45, Rrp46, Rrp43, Mtr3, Rrp42, Csl4, Rrp4, and Rrp40 提交 2006-10-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 G 0–274（275 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；4.5-8% w/v PEG4000, 0.1M Sodium citrate, 1 mM TCEP, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.35 Å R-free 0.344
6D6R Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - composite map after focused reconstruction 提交 2018-04-22	当前字段一致	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric	链 G 1–275（275 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time	分辨率 3.45 Å
6H25 Human nuclear RNA exosome EXO-10-MPP6 complex 提交 2018-07-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：dodecameric	链 G 1–275（275 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.80 Å
9G8M human 80S ribosome bound by a SKI2-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 87 PDB 声明：92-meric	链 H 1–275（275 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 232 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.30 Å
9G8N 80S-bound human Ski2-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric	链 H 1–275（275 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.70 Å
9G8O human 40S ribosome bound by a SKI238-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：51-meric	链 H 1–275（275 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.40 Å
9G8P 40S-bound human SKI2-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric	链 H 1–275（275 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.00 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	EXOS3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 3–277； UniProt 1–275

Exosome complex component RRP4

Homo sapiens

UniProt Q13868

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 13 DNA 1 RNA 1 PDB 声明：pentadecameric（15）与全部聚合物数一致	链 H； UniProt 1–293	未记录	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q06265） Exosome complex component RRP41 × 1 （Q9NPD3） Exosome complex component RRP43 × 1 （Q96B26） Exosome complex component RRP46 × 1 （Q9NQT4） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q15024） Exosome complex component MTR3 × 1 （Q5RKV6） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q9NQT5） Exosome complex component CSL4 × 1 （Q9Y3B2） Exosome component 10 × 1 （Q01780） Exosome complex exonuclease RRP44 × 1 （Q9Y2L1） M-phase phosphoprotein 6 × 1 （Q99547） Exosome RNA helicase MTR4 × 1 （P42285） ;RNA (5'-R(APGPCPAPCPCPGPUPAPAPAPGPAPCPGPC)-3') ; × 1 DNA/RNA (62-MER) × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time	分辨率 3.45 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6D6Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2NN6 Structure of the human RNA exosome composed of Rrp41, Rrp45, Rrp46, Rrp43, Mtr3, Rrp42, Csl4, Rrp4, and Rrp40 提交 2006-10-23	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 H 1–293（293 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；4.5-8% w/v PEG4000, 0.1M Sodium citrate, 1 mM TCEP, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.35 Å R-free 0.344
6D6R Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - composite map after focused reconstruction 提交 2018-04-22	当前字段一致	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric	链 H 1–293（293 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time	分辨率 3.45 Å
6H25 Human nuclear RNA exosome EXO-10-MPP6 complex 提交 2018-07-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：dodecameric	链 H 1–293（293 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.80 Å
9G8M human 80S ribosome bound by a SKI2-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 87 PDB 声明：92-meric	链 I 1–293（293 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 232 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.30 Å
9G8N 80S-bound human Ski2-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric	链 I 1–293（293 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.70 Å
9G8O human 40S ribosome bound by a SKI238-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：51-meric	链 I 1–293（293 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.40 Å
9G8P 40S-bound human SKI2-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric	链 I 1–293（293 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.00 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EXOS2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 4–296； UniProt 1–293

Exosome complex component CSL4

Homo sapiens

UniProt Q9Y3B2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 13 DNA 1 RNA 1 PDB 声明：pentadecameric（15）与全部聚合物数一致	链 I； UniProt 1–195	未记录	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q06265） Exosome complex component RRP41 × 1 （Q9NPD3） Exosome complex component RRP43 × 1 （Q96B26） Exosome complex component RRP46 × 1 （Q9NQT4） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q15024） Exosome complex component MTR3 × 1 （Q5RKV6） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q9NQT5） Exosome complex component RRP4 × 1 （Q13868） Exosome component 10 × 1 （Q01780） Exosome complex exonuclease RRP44 × 1 （Q9Y2L1） M-phase phosphoprotein 6 × 1 （Q99547） Exosome RNA helicase MTR4 × 1 （P42285） ;RNA (5'-R(APGPCPAPCPCPGPUPAPAPAPGPAPCPGPC)-3') ; × 1 DNA/RNA (62-MER) × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time	分辨率 3.45 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6D6Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2NN6 Structure of the human RNA exosome composed of Rrp41, Rrp45, Rrp46, Rrp43, Mtr3, Rrp42, Csl4, Rrp4, and Rrp40 提交 2006-10-23	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 I 1–195（195 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；4.5-8% w/v PEG4000, 0.1M Sodium citrate, 1 mM TCEP, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.35 Å R-free 0.344
6D6R Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - composite map after focused reconstruction 提交 2018-04-22	当前字段一致	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric	链 I 1–195（195 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time	分辨率 3.45 Å
6H25 Human nuclear RNA exosome EXO-10-MPP6 complex 提交 2018-07-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：dodecameric	链 I 1–195（195 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.80 Å
9G8M human 80S ribosome bound by a SKI2-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 87 PDB 声明：92-meric	链 J 1–195（195 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 232 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.30 Å
9G8N 80S-bound human Ski2-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric	链 J 1–195（195 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.70 Å
9G8O human 40S ribosome bound by a SKI238-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：51-meric	链 J 1–195（195 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.40 Å
9G8P 40S-bound human SKI2-exosome complex 提交 2024-07-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric	链 J 1–195（195 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 7.00 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EXOS1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 3–197； UniProt 1–195

Exosome component 10

Homo sapiens

UniProt Q01780

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 13 DNA 1 RNA 1 PDB 声明：pentadecameric（15）与全部聚合物数一致	链 J； UniProt 1–648 链 J； UniProt 705–804	突变：D313N	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q06265） Exosome complex component RRP41 × 1 （Q9NPD3） Exosome complex component RRP43 × 1 （Q96B26） Exosome complex component RRP46 × 1 （Q9NQT4） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q15024） Exosome complex component MTR3 × 1 （Q5RKV6） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q9NQT5） Exosome complex component RRP4 × 1 （Q13868） Exosome complex component CSL4 × 1 （Q9Y3B2） Exosome complex exonuclease RRP44 × 1 （Q9Y2L1） M-phase phosphoprotein 6 × 1 （Q99547） Exosome RNA helicase MTR4 × 1 （P42285） ;RNA (5'-R(APGPCPAPCPCPGPUPAPAPAPGPAPCPGPC)-3') ; × 1 DNA/RNA (62-MER) × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time	分辨率 3.45 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6D6Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2CPR Solution structure of the HRDC domain of human Exosome component 10 提交 2005-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 483–593（111 aa）片段：HRDC	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.45mM 13C/15N-PROTEIN; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3 \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3SAF Crystal structure of the human RRP6 catalytic domain with D313N mutation in the active site 提交 2011-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 180–606（427 aa）片段：UNP residues 180-606	突变：D313N	MG MAGNESIUM ION × 1 YT3 YTTRIUM (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；6% PEG6000, 1.5 M sodium chloride, 0.4 mM yttrium(III) trichloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.240
3SAF Crystal structure of the human RRP6 catalytic domain with D313N mutation in the active site 提交 2011-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 180–606（427 aa）片段：UNP residues 180-606	突变：D313N	MG MAGNESIUM ION × 1 YT3 YTTRIUM (III) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；6% PEG6000, 1.5 M sodium chloride, 0.4 mM yttrium(III) trichloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.50 Å R-free 0.240
3SAG Crystal structure of the human RRP6 catalytic domain with D313N mutation in the active site 提交 2011-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 180–606（427 aa）片段：UNP residues 180-606	突变：D313N	YT3 YTTRIUM (III) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；6% PEG6000, 1.5 M sodium chloride, 0.4 mM yttrium(III) trichloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.262
3SAG Crystal structure of the human RRP6 catalytic domain with D313N mutation in the active site 提交 2011-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 180–606（427 aa）片段：UNP residues 180-606	突变：D313N	YT3 YTTRIUM (III) ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；6% PEG6000, 1.5 M sodium chloride, 0.4 mM yttrium(III) trichloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.262
3SAH Crystal structure of the human RRP6 catalytic domain with Y436A mutation in the catalytic site 提交 2011-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 180–606（427 aa）片段：UNP residues 180-606	突变：Y436A	YT3 YTTRIUM (III) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；6% PEG6000, 1.5 M sodium chloride, 0.4 mM yttrium(III) trichloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.65 Å R-free 0.265
3SAH Crystal structure of the human RRP6 catalytic domain with Y436A mutation in the catalytic site 提交 2011-06-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 180–606（427 aa）片段：UNP residues 180-606	突变：Y436A	YT3 YTTRIUM (III) ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；6% PEG6000, 1.5 M sodium chloride, 0.4 mM yttrium(III) trichloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.65 Å R-free 0.265
6D6R Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - composite map after focused reconstruction 提交 2018-04-22	当前字段一致	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric	链 J 1–648（648 aa）链 J 705–804（100 aa）	突变：D313N 突变：D313N	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time	分辨率 3.45 Å
7MQA Cryo-EM structure of the human SSU processome, state post-A1 提交 2021-05-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric	链 NV 1–885（885 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 64 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

共 6 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EXOSX_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 2–649； UniProt 1–648 作者链 J； PDB构建体 662–761； UniProt 705–804

Exosome complex exonuclease RRP44

Homo sapiens

UniProt Q9Y2L1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 13 DNA 1 RNA 1 PDB 声明：pentadecameric（15）与全部聚合物数一致	链 K； UniProt 1–958	突变：D146N, D487N	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q06265） Exosome complex component RRP41 × 1 （Q9NPD3） Exosome complex component RRP43 × 1 （Q96B26） Exosome complex component RRP46 × 1 （Q9NQT4） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q15024） Exosome complex component MTR3 × 1 （Q5RKV6） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q9NQT5） Exosome complex component RRP4 × 1 （Q13868） Exosome complex component CSL4 × 1 （Q9Y3B2） Exosome component 10 × 1 （Q01780） M-phase phosphoprotein 6 × 1 （Q99547） Exosome RNA helicase MTR4 × 1 （P42285） ;RNA (5'-R(APGPCPAPCPCPGPUPAPAPAPGPAPCPGPC)-3') ; × 1 DNA/RNA (62-MER) × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time	分辨率 3.45 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6D6Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6D6R Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - composite map after focused reconstruction 提交 2018-04-22	当前字段一致	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric	链 K 1–958（958 aa）	突变：D146N, D487N	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time	分辨率 3.45 Å
6H25 Human nuclear RNA exosome EXO-10-MPP6 complex 提交 2018-07-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：dodecameric	链 J 1–958（958 aa）	突变：D146N, D487N	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.80 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RRP44_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 3–960； UniProt 1–958

M-phase phosphoprotein 6

Homo sapiens

UniProt Q99547

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 13 DNA 1 RNA 1 PDB 声明：pentadecameric（15）与全部聚合物数一致	链 L； UniProt 1–160	未记录	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q06265） Exosome complex component RRP41 × 1 （Q9NPD3） Exosome complex component RRP43 × 1 （Q96B26） Exosome complex component RRP46 × 1 （Q9NQT4） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q15024） Exosome complex component MTR3 × 1 （Q5RKV6） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q9NQT5） Exosome complex component RRP4 × 1 （Q13868） Exosome complex component CSL4 × 1 （Q9Y3B2） Exosome component 10 × 1 （Q01780） Exosome complex exonuclease RRP44 × 1 （Q9Y2L1） Exosome RNA helicase MTR4 × 1 （P42285） ;RNA (5'-R(APGPCPAPCPCPGPUPAPAPAPGPAPCPGPC)-3') ; × 1 DNA/RNA (62-MER) × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time	分辨率 3.45 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6D6Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6D6R Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - composite map after focused reconstruction 提交 2018-04-22	当前字段一致	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric	链 L 1–160（160 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time	分辨率 3.45 Å
6H25 Human nuclear RNA exosome EXO-10-MPP6 complex 提交 2018-07-13	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：dodecameric	链 K 1–160（160 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.80 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MPH6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	12
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 3–162； UniProt 1–160

Exosome RNA helicase MTR4

Homo sapiens

UniProt P42285

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合异源复合物蛋白 × 13 DNA 1 RNA 1 PDB 声明：pentadecameric（15）与全部聚合物数一致	链 M； UniProt 1–1042	未记录	Exosome complex component RRP45 × 1 （Q06265） Exosome complex component RRP41 × 1 （Q9NPD3） Exosome complex component RRP43 × 1 （Q96B26） Exosome complex component RRP46 × 1 （Q9NQT4） Exosome complex component RRP42 × 1 （Q15024） Exosome complex component MTR3 × 1 （Q5RKV6） Exosome complex component RRP40 × 1 （Q9NQT5） Exosome complex component RRP4 × 1 （Q13868） Exosome complex component CSL4 × 1 （Q9Y3B2） Exosome component 10 × 1 （Q01780） Exosome complex exonuclease RRP44 × 1 （Q9Y2L1） M-phase phosphoprotein 6 × 1 （Q99547） ;RNA (5'-R(APGPCPAPCPCPGPUPAPAPAPGPAPCPGPC)-3') ; × 1 DNA/RNA (62-MER) × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time	分辨率 3.45 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6D6Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6C90 Human Mtr4 helicase in complex with ZCCHC8-CTD 提交 2018-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 71–600（530 aa）链 A 842–1042（201 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 MLI MALONATE ION × 4 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.6 M sodium-potassium (L)-tartrate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.221
6D6R Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - composite map after focused reconstruction 提交 2018-04-22	当前字段一致	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric	链 M 1–1042（1042 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time	分辨率 3.45 Å
6IEG Crystal structure of human MTR4 提交 2018-09-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 71–1042（972 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；15 mM Tricine pH 8.5, 12% (w/v) PEG 4000	分辨率 3.55 Å R-free 0.305
6IEG Crystal structure of human MTR4 提交 2018-09-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 71–1042（972 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；15 mM Tricine pH 8.5, 12% (w/v) PEG 4000	分辨率 3.55 Å R-free 0.305
6IEH Crystal structures of the hMTR4-NRDE2 complex 提交 2018-09-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 71–1042（972 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；50 mM Glycine pH 9.0, 100 mM NaCl, 33% (w/v) polyethylene glycol 300 (PEG 300)	分辨率 2.89 Å R-free 0.252
6RO1 X-ray crystal structure of the MTR4 NVL complex 提交 2019-05-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 70–1042（973 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1M Tris/HCl pH 8.0, 1.8M Ammonium Sulphate	分辨率 3.07 Å R-free 0.257
7S7B Human Nuclear exosome targeting (NEXT) complex homodimer bound to RNA (substrate 1) 提交 2021-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric	链 A 1–1042（1042 aa）链 E 1–1042（1042 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-Cl pH 8.0, 50 mM NaCl, 0.1 mM TCEP supplemented with 0.02% (v/v) IGEPAL CA-630 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；30 s wait time, blot for 2.5 s before plunging	分辨率 4.06 Å
7S7C Human Nuclear Exosome Targeting (NEXT) complex bound to RNA (substrate 2) 提交 2021-09-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric	链 A 1–1042（1042 aa）链 E 1–1042（1042 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；30 s wait time, blot for 2.5 s before plunging	分辨率 3.62 Å
7Z4Y Human NEXT dimer - overall reconstruction of the core complex 提交 2022-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1042（1042 aa）链 D 1–1042（1042 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.50 Å
7Z4Z Human NEXT dimer - focused reconstruction of the dimerization module 提交 2022-03-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–1042（1042 aa）链 D 1–1042（1042 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.00 Å
7Z52 Human NEXT dimer - focused reconstruction of the single MTR4 提交 2022-03-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric	链 B 1–1042（1042 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.40 Å

共 10 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MTREX_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	13
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 4–1045； UniProt 1–1042

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6d6q
沉积日期 deposition_date	2018-04-22
结构标题 title	Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - overall reconstruction
关键词 keywords	RNA exosome, RNA degradation, ribonuclease, helicase, SF2, RNA-protein complex, translocase, nuclear, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	57.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	57.09 Å
零角强度 I(0) i0	3121380000.00
分子量 molecular_weight	452430.0 kDa
排除体积 excluded_volume	560550 Å³
包络体积 envelope_volume	832000 Å³
水化壳体积 shell_volume	123080 Å³
包络直径 envelope_diameter	205.7 Å
壳层 Rg shell_rg	58.92 Å
包络 Rg envelope_rg	56.32 Å
形状 Rg shape_rg	57.09 Å
总 Rg total_rg	57.14 Å
总原子数 total_atoms	31639
残基数 n_residues	3950
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	191.0 Å
Rg (实空间) rg_real	57.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.60 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.1210e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.6570e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	57.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3119000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8408
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	63.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.536
峰度 Kurtosis kurtosis	0.033
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	301900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.827; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.444

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (18)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Exosome complex component RRP45
分子量 formula_weight	52828.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	31639

MGSSHHHHHHSQDPNSHMKETPLSNCERRFLLRAIEEKKRLDGRQTYDYRNIRISFGTDYGCCIVELGKTRVLGQVSCELVSPKLNRATEGILFFNLELSQMAAPAFEPGRQSDLLVKLNRLMERCLRNSKCIDTESLCVVAGEKVWQIRVDLHLLNHDGNIIDAASIAAIVALCHFRRPDVSVQGDEVTLYTPEERDPVPLSIHHMPICVSFAFFQQGTYLLVDPNEREERVMDGLLVIAMNKHREICTIQSSGGIMLLKDQVLRCSKIAGVKVAEITELILKALENDQKVRKEGGKFGFAESIANQRITAFKMEKAPIDTSDVEEKAEEIIAEAEPPSEVVSTPVLWTPGTAQIGEGVENSWGDLEDSEKEDDEGGGDQAIILDGIKMDTGVEVSDIGSQELGFHHVGQTGLEFLTSDAPIILSDSEEEEMIILEPDKNPKKIRTQTTSAKQEKAPSKKPVKRRKKKRAAN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Exosome complex component RRP41
分子量 formula_weight	26831.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MADPMAGLELLSDQGYRVDGRRAGELRKIQARMGVFAQADGSAYIEQGNTKALAVVYGPHEIRGSRARALPDRALVNCQYSSATFSTGERKRRPHGDRKSCEMGLQLRQTFEAAILTQLHPRSQIDIYVQVLQADGGTYAACVNAATLAVLDAGIPMRDFVCACSAGFVDGTALADLSHVEEAAGGPQLALALLPASGQIALLEMDARLHEDHLERVLEAAAQAARDVHTLLDRVVRQHVREASILLGD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Exosome complex component RRP43
分子量 formula_weight	30285.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

DPMAAGFKTVEPLEYYRRFLKENCRPDGRELGEFRTTTVNIGSISTADGSALVKLGNTTVICGVKAEFAAPSTDAPDKGYVVPNVDLPPLCSSRFRSGPPGEEAQVASQFIADVIENSQIIQKEDLCISPGKLVWVLYCDLICLDYDGNILDACTFALLAALKNVQLPEVTINEETALAEVNLKKKSYLNIRTHPVATSFAVFDDTLLIVDPTGEEEHLATGTLTIVMDEEGKLCCLHKPGGSGLTGAKLQDCMSRAVTRHKEVKKLMDEVIKSMKPK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Exosome complex component RRP46
分子量 formula_weight	25480.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

SLMEEETHTDAKIRAENGTGSSPRGPGCSLRHFACEQNLLSRPDGSASFLQGDTSVLAGVYGPAEVKVSKEIFNKATLEVILRPKIGLPGVAEKSRERLIRNTCEAVVLGTLHPRTSITVVLQVVSDAGSLLACCLNAACMALVDAGVPMRALFCGVACALDSDGTLVLDPTSKQEKEARAVLTFALDSVERKLLMSSTKGLYSDTELQQCLAAAQAASQHVFRFYRESLQRRYSKS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Exosome complex component RRP42
分子量 formula_weight	32072.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

DPMASVTLSEAEKVYIVHGVQEDLRVDGRGCEDYRCVEVETDVVSNTSGSARVKLGHTDILVGVKAEMGTPKLEKPNEGYLEFFVDCSASATPEFEGRGGDDLGTEIANTLYRIFNNKSSVDLKTLCISPREHCWVLYVDVLLLECGGNLFDAISIAVKAALFNTRIPRVRVLEDEEGSKDIELSDDPYDCIRLSVENVPCIVTLCKIGYRHVVDATLQEEACSLASLLVSVTSKGVVTCMRKVGKGSLDPESIFEMMETGKRVGKVLHASLQSVVHKEESLGPKRQKVGFLG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Exosome complex component MTR3
分子量 formula_weight	28267.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MPGDHRRIRGPEESQPPQLYAADEEEAPGTRDPTRLRPVYARAGLLSQAKGSAYLEAGGTKVLCAVSGPRQAEGGERGGGPAGAGGEAPAALRGRLLCDFRRAPFAGRRRRAPPGGCEERELALALQEALEPAVRLGRYPRAQLEVSALLLEDGGSALAAALTAAALALADAGVEMYDLVVGCGLSLAPGPAPTWLLDPTRLEEERAAAGLTVALMPVLNQVAGLLGSGEGGLTESWAEAVRLGLEGCQRLYPVLQQSLVRAARRRGAAAQP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Exosome complex component RRP40
分子量 formula_weight	29796.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

DPMAEPASVAAESLAGSRARAARTVLGQVVLPGEELLLPEQEDAEGPGGAVERPLSLNARACSRVRVVCGPGLRRCGDRLLVTKCGRLRHKEPGSGSGGGVYWVDSQQKRYVPVKGDHVIGIVTAKSGDIFKVDVGGSEPASLSYLSFEGATKRNRPNVQVGDLIYGQFVVANKDMEPEMVCIDSCGRANGMGVIGQDGLLFKVTLGLIRKLLAPDCEIIQEVGKLHPLEIVFGMNGRIWVKAKTIQQTLILANILEACEHMTSDQRKQIFSRLAES

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Exosome complex component RRP4
分子量 formula_weight	33184.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

DPHMAMEMRLPVARKPLSERLGRDTKKHLVVPGDTITTDTGFMRGHGTYMGEEKLIASVAGSVERVNKLICVKALKTRYIGEVGDIVVGRITEVQQKRWKVETNSRLDSVLLLSSMNLPGGELRRRSAEDELAMRGFLQEGDLISAEVQAVFSDGAVSLHTRSLKYGKLGQGVLVQVSPSLVKRQKTHFHDLPCGASVILGNNGFIWIYPTPEHKEEEAGGFIANLEPVSLADREVISRLRNCIISLVTQRMMLYDTSILYCYEASLPHQIKDILKPEIMEEIVMETRQRLLEQEG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	Exosome complex component CSL4
分子量 formula_weight	21691.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

DPMAPPVRYCIPGERLCNLEEGSPGSGTYTRHGYIFSSLAGCLMKSSENGALPVVSVVRETESQLLPDVGAIVTCKVSSINSRFAKVHILYVGSMPLKNSFRGTIRKEDVRATEKDKVEIYKSFRPGDIVLAKVISLGDAQSNYLLTTAENELGVVVAHSESGIQMVPISWCEMQCPKTHTKEFRKVARVQPEFLQT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	Exosome component 10
分子量 formula_weight	86754.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.13.-
突变 mutation	D313N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

SMAPPSTREPRVLSATSATKSDGEMVLPGFPDADSFVKFALGSVVAVTKASGGLPQFGDEYDFYRSFPGFQAFCETQGDRLLQCMSRVMQYHGCRSNIKDRSKVTELEDKFDLLVDANDVILERVGILLDEASGVNKNQQPVLPAGLQVPKTVVSSWNRKAAEYGKKAKSETFRLLHAKNIIRPQLKFREKIDNSNTPFLPKIFIKPNAQKPLPQALSKERRERPQDRPEDLDVPPALADFIHQQRTQQVEQDMFAHPYQYELNHFTPADAVLQKPQPQLYRPIEETPCHFISSLDELVELNEKLLNCQEFAVNLEHHSYRSFLGLTCLMQISTRTEDFIIDTLELRSDMYILNESLTDPAIVKVFHGADSDIEWLQKDFGLYVVNMFDTHQAARLLNLGRHSLDHLLKLYCNVDSNKQYQLADWRIRPLPEEMLSYARDDTHYLLYIYDKMRLEMWERGNGQPVQLQVVWQRSRDICLKKFIKPIFTDESYLELYRKQKKHLNTQQLTAFQLLFAWRDKTARREDESYGYVLPNHMMLKIAEELPKEPQGIIACCNPVPPLVRQQINEMHLLIQQAREMPLLKSEVAAGVKKSGPLPSAERLENVLFGPHDCSHAPPDGYPIIPTSGSVPVQKQASLFPDEKEDNLLGSRGSGSGSGSGSVSQAAKFDPSTKIYEISNRWKLAQVQVQKDSKEAVKKKAAEQTAAREQAKEACKAAAEQAISVRQQVVLENAAKKRERATSDPRTTEQKQEKKRLKISKK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	Exosome complex exonuclease RRP44
分子量 formula_weight	109267.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.13.-,3.1.26.-
突变 mutation	D146N, D487N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

GSMLKSKTFLKKTRAGGVMKIVREHYLRDDIGCGAPGCAACGGAHEGPALEPQPQDPASSVCPQPHYLLPDTNVLLHQIDVLEDPAIRNVIVLQTVLQEVRNRSAPVYKRIRDVTNNQEKHFYTFTNEHHRETYVEQEQGENANDRNNRAIRVAAKWYNEHLKKMSADNQLQVIFITNDRRNKEKAIEEGIPAFTCEEYVKSLTANPELIDRLACLSEEGNEIESGKIIFSEHLPLSKLQQGIKSGTYLQGTFRASRENYLEATVWIHGDSEENKEIILQGLKHLNRAVHEDIVAVELLPKSQWVAPSSVVLHDEGQNEEDVEKEEETERMLKTAVSEKMLKPTGRVVGIIKRNWRPYCGMLSKSDIKESRRHLFTPADKRIPRIRIETRQASTLEGRRIIVAIDGWPRNSRYPNGHFVRNLGDVGEKETETEVLLLEHDVPHQPFSQAVLSFLPKMPWSITEKDMKNREDLRHLCICSVDPPGCTDINDALHCRELENGNLEVGVHIADVSHFIRPGNALDQESARRGTTVYLCEKRIDMVPELLSSNLCSLKCDVDRLAFSCIWEMNHNAEILKTKFTKSVINSKASLTYAEAQLRIDSANMNDDITTSLRGLNKLAKILKKRRIEKGALTLSSPEVRFHMDSETHDPIDLQTKELRETNSMVEEFMLLANISVAKKIHEEFSEHALLRKHPAPPPSNYEILVKAARSRNLEIKTDTAKSLAESLDQAESPTFPYLNTLLRILATRCMMQAVYFCSGMDNDFHHYGLASPIYTHFTSPIRRYADVIVHRLLAVAIGADCTYPELTDKHKLADICKNLNFRHKMAQYAQRASVAFHTQLFFKSNGIVSEEAYILFVRKNAIVVLIPKYGLEGTVFFEEKDKPNPQLIYDDEIPSLKIEDTVFHVFDKVKVKIMLDSSNLQHQKIRMSLVEPQIPGISIPTDTSNMDLNGPKKKKMKLGK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	M-phase phosphoprotein 6
分子量 formula_weight	19268.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DPMAAERKTRLSKNLLRMKFMQRGLDSETKKQLEEEEKKIISEEHWYLDLPELKEKESFIIEEQSFLLCEDLLYGRMSFRGFNPEVEKLMLQMNAKHKAEEVEDETVELDVSDEEMARRYETLVGTIGKKFARKRDHANYEEDENGDITPIKAKKMFLKPQD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 13 Entity 13 polymer

描述 description	Exosome RNA helicase MTR4
分子量 formula_weight	118225.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

SGDMADAFGDELFSVFEGDSTTAAGTKKDKEKDKGKWKGPPGSADKAGKRFDGKLQSESTNNGKNKRDVDFEGTDEPIFGKKPRIEESITEDLSLADLMPRVKVQSVETVEGCTHEVALPAEEDYLPLKPRVGKAAKEYPFILDAFQREAIQCVDNNQSVLVSAHTSAGKTVCAEYAIALALREKQRVIFTSPIKALSNQKYREMYEEFQDVGLMTGDVTINPTASCLVMTTEILRSMLYRGSEVMREVAWVIFDEIHYMRDSERGVVWEETIILLPDNVHYVFLSATIPNARQFAEWICHLHKQPCHVIYTDYRPTPLQHYIFPAGGDGLHLVVDENGDFREDNFNTAMQVLRDAGDLAKGDQKGRKGGTKGPSNVFKIVKMIMERNFQPVIIFSFSKKDCEAYALQMTKLDFNTDEEKKMVEEVFSNAIDCLSDEDKKLPQVEHVLPLLKRGIGIHHGGLLPILKETIEILFSEGLIKALFATETFAMGINMPARTVLFTNARKFDGKDFRWISSGEYIQMSGRAGRRGMDDRGIVILMVDEKMSPTIGKQLLKGSADPLNSAFHLTYNMVLNLLRVEEINPEYMLEKSFYQFQHYRAIPGVVEKVKNSEEQYNKIVIPNEESVVIYYKIRQQLAKLGKEIEEYIHKPKYCLPFLQPGRLVKVKNEGDDFGWGVVVNFSKKSNVKPNSGELDPLYVVEVLLRCSKESLKNSATEAAKPAKPDEKGEMQVVPVLVHLLSAISSVRLYIPKDLRPVDNRQSVLKSIQEVQKRFPDGIPLLDPIDDMGIQDQGLKKVIQKVEAFEHRMYSHPLHNDPNLETVYTLCEKKAQIAIDIKSAKRELKKARTVLQMDELKCRKRVLRRLGFATSSDVIEMKGRVACEISSADELLLTEMMFNGLFNDLSAEQATALLSCFVFQENSSEMPKLTEQLAGPLRQMQECAKRIAKVSAEAKLEIDEETYLSSFKPHLMDVVYTWATGATFAHICKMTDVFEGSIIRCMRRLEELLRQMCQAAKAIGNTELENKFAEGITKIKRDIVFAASLYL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 14 Entity 14 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(APGPCPAPCPCPGPUPAPAPAPGPAPCPGPC)-3') ;
分子量 formula_weight	5143.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	N

AGCACCGUAAAGACGC

实体 15 Entity 15 polymer

描述 description	DNA/RNA (62-MER)
分子量 formula_weight	19487.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid
链编号 strand_id	O

GCGTCTTTACGGTGCTCACCACACCACACCACACCACACCACACCACACCACACAAAAAAAA

实体 16 Entity 16 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 17 Entity 17 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 18 Entity 18 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子量 formula_weight	506.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	6d6qA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — GHMP Kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	6d6qB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — GHMP Kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	6d6qC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — GHMP Kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	6d6qD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — GHMP Kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	6d6qE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — GHMP Kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	6d6qF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — GHMP Kinase, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	6d6qG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	6d6qG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	6d6qG03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1370 — Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — K Homology domain, type 1

结构域编号 domain_id	6d6qH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	6d6qI01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain

结构域编号 domain_id	6d6qK01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1010 — 5'-nuclease

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.45 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	122703

fit	/app/data/saxs_computation/d6/6d6q/6d6q.fit
pddf	/app/data/pr_computation/d6/6d6q/6d6q.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/d6/6d6q/6d6q.dat

Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - overall reconstruction

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Exosome complex component RRP45

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Exosome complex component RRP41

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Exosome complex component RRP43

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Exosome complex component RRP46

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Exosome complex component RRP42

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Exosome complex component MTR3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Exosome complex component RRP40

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Exosome complex component RRP4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Exosome complex component CSL4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Exosome component 10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Exosome complex exonuclease RRP44

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

M-phase phosphoprotein 6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Exosome RNA helicase MTR4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (18)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 10 Entity 10 polymer

聚合物 Polymer