6d8c

Cryo-EM structure of FLNaABD E254K bound to phalloidin-stabilized F-actin

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 179.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Filamin-A

Homo sapiens

UniProt P21333

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 13 PDB 声明:tridecameric(13) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–278 链 B; UniProt 1–278 链 C; UniProt 1–278 链 D; UniProt 1–278 链 E; UniProt 1–278 片段:UNP residues 1-278 突变:E254K Actin, alpha skeletal muscle × 5 (P68139) Phalloidin × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.54 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 25 个其他 PDB 条目、41 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FLNA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 29–306; UniProt 1–278 作者链 B; PDB构建体 29–306; UniProt 1–278 作者链 C; PDB构建体 29–306; UniProt 1–278 作者链 D; PDB构建体 29–306; UniProt 1–278 作者链 E; PDB构建体 29–306; UniProt 1–278

Actin, alpha skeletal muscle

物种未注明

UniProt P68139

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 13 PDB 声明:tridecameric(13) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 3–377 链 J; UniProt 3–377 链 K; UniProt 3–377 链 L; UniProt 3–377 链 M; UniProt 3–377 未记录 Filamin-A × 5 (P21333) Phalloidin × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 MG MAGNESIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.54 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 57 个其他 PDB 条目、66 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACTS_CHICK
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–375; UniProt 3–377 作者链 J; PDB构建体 1–375; UniProt 3–377 作者链 K; PDB构建体 1–375; UniProt 3–377 作者链 L; PDB构建体 1–375; UniProt 3–377 作者链 M; PDB构建体 1–375; UniProt 3–377

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6d8c

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6d8c
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6d8c
沉积日期 deposition_date2018-04-26
结构标题 titleCryo-EM structure of FLNaABD E254K bound to phalloidin-stabilized F-actin
关键词 keywordsActin-binding domain, Actin crosslinker, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier50.36
回转半径 Rg (电子) rg_electron50.62
零角强度 I(0) i01140630000.00
分子量 molecular_weight280450.0 kDa
排除体积 excluded_volume351030 ų
包络体积 envelope_volume471080 ų
水化壳体积 shell_volume79952 ų
包络直径 envelope_diameter197.3
壳层 Rg shell_rg51.45
包络 Rg envelope_rg50.65
形状 Rg shape_rg50.62
总 Rg total_rg50.64
总原子数 total_atoms39316
残基数 n_residues2467
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax179.6
Rg (实空间) rg_real50.59
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.06
I(0) (实空间) i0_real1.1410e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3970e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal50.17
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1140000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8372
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary52.1
偏度 Skewness skewness0.530
峰度 Kurtosis kurtosis-0.148
角度范围 angular_range— – 0.1550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha105000000.0000
实空间数据点数 n_real_points32
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.732; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.887; Smooth: 0.796

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 25 domains

CATH v4.4 (25 domains)

结构域编号 domain_id6d8cA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology418 — Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Calponin-like domain
结构域编号 domain_id6d8cB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology418 — Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Calponin-like domain
结构域编号 domain_id6d8cC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology418 — Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Calponin-like domain
结构域编号 domain_id6d8cD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology418 — Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Calponin-like domain
结构域编号 domain_id6d8cE00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology418 — Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Calponin-like domain
结构域编号 domain_id6d8cH01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id6d8cH02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology36 — Actin; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Actin; Chain A, domain 2
结构域编号 domain_id6d8cH03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id6d8cH04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4
结构域编号 domain_id6d8cJ01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id6d8cJ02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology36 — Actin; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Actin; Chain A, domain 2
结构域编号 domain_id6d8cJ03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id6d8cJ04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4
结构域编号 domain_id6d8cK01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id6d8cK02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology36 — Actin; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Actin; Chain A, domain 2
结构域编号 domain_id6d8cK03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id6d8cK04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4
结构域编号 domain_id6d8cL01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id6d8cL02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology36 — Actin; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Actin; Chain A, domain 2
结构域编号 domain_id6d8cL03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id6d8cL04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4
结构域编号 domain_id6d8cM01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id6d8cM02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology36 — Actin; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Actin; Chain A, domain 2
结构域编号 domain_id6d8cM03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id6d8cM04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)