6dff

Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef monomer

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bone marrow stromal antigen 2, Nef protein chimera

Human immunodeficiency virus 1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 8	AP-1 complex subunit beta-1 × 1 （Q10567） ADP-ribosylation factor 1 × 2 （P84077） AP-1 complex subunit gamma-1 × 1 （P22892） AP-1 complex subunit mu-1 × 1 （P35585） AP-1 complex subunit sigma-3 × 1 （Q96PC3） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BST2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 29–48； UniProt 2–21 作者链 T； PDB构建体 29–48； UniProt 2–21

Bone marrow stromal antigen 2, Nef protein chimera

Human immunodeficiency virus 1

UniProt Q90VU7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 8	AP-1 complex subunit beta-1 × 1 （Q10567） ADP-ribosylation factor 1 × 2 （P84077） AP-1 complex subunit gamma-1 × 1 （P22892） AP-1 complex subunit mu-1 × 1 （P35585） AP-1 complex subunit sigma-3 × 1 （Q96PC3） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q90VU7_9HIV1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 59–264； UniProt 1–206 作者链 T； PDB构建体 59–264； UniProt 1–206

AP-1 complex subunit beta-1

Homo sapiens

UniProt Q10567

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 8	Bone marrow stromal antigen 2, Nef protein chimera × 2 （Q10589,Q90VU7） ADP-ribosylation factor 1 × 2 （P84077） AP-1 complex subunit gamma-1 × 1 （P22892） AP-1 complex subunit mu-1 × 1 （P35585） AP-1 complex subunit sigma-3 × 1 （Q96PC3） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AP1B1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–586； UniProt 1–584

ADP-ribosylation factor 1

Homo sapiens

UniProt P84077

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 8	Bone marrow stromal antigen 2, Nef protein chimera × 2 （Q10589,Q90VU7） AP-1 complex subunit beta-1 × 1 （Q10567） AP-1 complex subunit gamma-1 × 1 （P22892） AP-1 complex subunit mu-1 × 1 （P35585） AP-1 complex subunit sigma-3 × 1 （Q96PC3） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARF1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 29–193； UniProt 17–181 作者链 H； PDB构建体 29–193； UniProt 17–181

AP-1 complex subunit gamma-1

Mus musculus

UniProt P22892

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 8	Bone marrow stromal antigen 2, Nef protein chimera × 2 （Q10589,Q90VU7） AP-1 complex subunit beta-1 × 1 （Q10567） ADP-ribosylation factor 1 × 2 （P84077） AP-1 complex subunit mu-1 × 1 （P35585） AP-1 complex subunit sigma-3 × 1 （Q96PC3） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AP1G1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–595； UniProt 1–595

AP-1 complex subunit mu-1

Mus musculus

UniProt P35585

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 8	Bone marrow stromal antigen 2, Nef protein chimera × 2 （Q10589,Q90VU7） AP-1 complex subunit beta-1 × 1 （Q10567） ADP-ribosylation factor 1 × 2 （P84077） AP-1 complex subunit gamma-1 × 1 （P22892） AP-1 complex subunit sigma-3 × 1 （Q96PC3） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AP1M1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–423； UniProt 1–423

AP-1 complex subunit sigma-3

Homo sapiens

UniProt Q96PC3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 8	Bone marrow stromal antigen 2, Nef protein chimera × 2 （Q10589,Q90VU7） AP-1 complex subunit beta-1 × 1 （Q10567） ADP-ribosylation factor 1 × 2 （P84077） AP-1 complex subunit gamma-1 × 1 （P22892） AP-1 complex subunit mu-1 × 1 （P35585） GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AP1S3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–154； UniProt 1–154

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6dff
沉积日期 deposition_date	2018-05-14
结构标题 title	Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef monomer
关键词 keywords	AP, HIV, Nef, trafficking, VIRAL PROTEIN, PROTEIN TRANSPORT, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6dff__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6dff__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6dff__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	45.00 Å
Rg（电子密度）	44.13 Å
总 Rg	44.42 Å
原子数	16594
残基数	2063
排除体积	297920 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6dff__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Bone marrow stromal antigen 2, Nef protein chimera
分子量 formula_weight	29964.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,T
原子数 atom_count	16594

MSYYHHHHHHDYDIPTTENLYFQGAMGSASTSYDYCRVPMEDGDKRCKGSDEASEGSGMGGKWSKSSVIGWPAVRERMRRAEPAADGVGAVSRDLEKHGAITSSNTAANNAACAWLEAQEEEEVGFPVTPQVPLRPMTYKAAVDLSHFLKEKGGLEGLIHSQRRQDILDLWIYHTQGYFPDWQNYTPGPGVRYPLTFGWCYKLVPVEPDKVEEANKGENTSLLHPVSLHGMDDPEREVLEWRFDSRLAFHHVARELHPEYFKNC

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus 1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11676
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	AP-1 complex subunit beta-1
分子量 formula_weight	66152.5 kDa
突变 mutation	K359R, E476K
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSMTDSKYFTTTKKGEIFELKAELNSDKKEKKKEAVKKVIASMTVGKDVSALFPDVVNCMQTDNLELKKLVYLYLMNYAKSQPDMAIMAVNTFVKDCEDPNPLIRALAVRTMGCIRVDKITEYLCEPLRKCLKDEDPYVRKTAAVCVAKLHDINAQLVEDQGFLDTLKDLISDSNPMVVANAVAALSEIAESHPSSNLLDLNPQSINKLLTALNECTEWGQIFILDCLANYMPKDDREAQSICERVTPRLSHANSAVVLSAVKVLMKFMEMLSKDLDYYGTLLKKLAPPLVTLLSAEPELQYVALRNINLIVQKRPEILKHEMKVFFVKYNDPIYVKLEKLDIMIRLASQANIAQVLAELREYATEVDVDFVRKAVRAIGRCAIKVEQSAERCVSTLLDLIQTKVNYVVQEAIVVIKDIFRKYPNKYESVIATLCENLDSLDEPEARAAMIWIVGEYAERIDNADELLESFLEGFHDKSTQVQLQLLTAIVKLFLKKPTETQELVQQVLSLATQDSDNPDLRDRGYIYWRLLSTDPVAAKEVVLAEKPLISEETDLIEPTLLDELICYIGTLASVYHKPPSAFVEG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ADP-ribosylation factor 1
分子量 formula_weight	22314.2 kDa
突变 mutation	Q71L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,H

MSYYHHHHHHDYDIPTTENLYFQGAMGSEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTTIPTIGFNVETVEYKNISFTVWDVGGLDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRERVNEAREELMRMLAEDELRDAVLLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSLRHRNWYIQATCATSGDGLYEGLDWLSNQLRNQK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	AP-1 complex subunit gamma-1
分子量 formula_weight	68194.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MPAPIRLRELIRTIRTARTQAEEREMIQKECAAIRSSFREEDNTYRCRNVAKLLYMHMLGYPAHFGQLECLKLIASQKFTDKRIGYLGAMLLLDERQDVHLLMTNCIKNDLNHSTQFVQGLALCTLGCMGSSEMCRDLAGEVEKLLKTSNSYLRKKAALCAVHVIRKVPELMEMFLPATKNLLNEKNHGVLHTSVVLLTEMCERSPDMLAHFRKLVPQLVRILKNLIMSGYSPEHDVSGISDPFLQVRILRLLRILGRNDDDSSEAMNDILAQVATNTETSKNVGNAILYETVLTIMDIKSESGLRVLAINILGRFLLNNDKNIRYVALTSLLKTVQTDHNAVQRHRSTIVDCLKDLDVSIKRRAMELSFALVNGNNIRGMMKELLYFLDSCEPEFKADCASGIFLAAEKYAPSKRWHIDTIMRVLTTAGSYVRDDAVPNLIQLITNSVEMHAYTVQRLYKAILGDYSQQPLVQVAAWCIGEYGDLLVSGQCEEEEPIQVTEDEVLDILESVLISNMSTSVTRGYALTAIMKLSTRFTCTVNRIKKVVSIYGSSIDVELQQRAVEYNALFKKYDHMRSALLERMPVMEKVTTNGPENLYFQ

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	AP-1 complex subunit mu-1
分子量 formula_weight	48606.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

MSASAVYVLDLKGKVLICRNYRGDVDMSEVEHFMPILMEKEEEGMLSPILAHGGVRFMWIKHNNLYLVATSKKNACVSLVFSFLYKVVQVFSEYFKELEEESIRDNFVIIYELLDELMDFGYPQTTDSKILQEYITQEGHKLETGAPRPPATVTNAVSWRSEGIKYRKNEVFLDVIEAVNLLVSANGNVLRSEIVGSIKMRVFLSGMPELRLGLNDKVLFDNTGRGKSKSVELEDVKFHQCVRLSRFENDRTISFIPPDGEFELMSYRLNTHVKPLIWIESVIEKHSHSRIEYMVKAKSQFKRRSTANNVEIHIPVPNDADSPKFKTTVGSVKWVPENSEIVWSVKSFPGGKEYLMRAHFGLPSVEAEDKEGKPPISVKFEIPYFTTSGIQVRYLKIIEKSGYQALPWVRYITQNGDYQLRTQ

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	AP-1 complex subunit sigma-3
分子量 formula_weight	18321.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

MIHFILLFSRQGKLRLQKWYITLPDKERKKITREIVQIILSRGHRTSSFVDWKELKLVYKRYASLYFCCAIENQDNELLTLEIVHRYVELLDKYFGNVCELDIIFNFEKAYFILDEFIIGGEIQETSKKIAVKAIEDSDMLQEVSTVCQTMGER

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	523.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	6dffB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	6dffC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6dffG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	10 — Leucine-rich Repeat Variant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Leucine-rich Repeat Variant

结构域编号 domain_id	6dffH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6dffM01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	6dffS00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	53123

Structure of the cargo bound AP-1:Arf1:tetherin-Nef monomer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bone marrow stromal antigen 2, Nef protein chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Bone marrow stromal antigen 2, Nef protein chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

AP-1 complex subunit beta-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ADP-ribosylation factor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

AP-1 complex subunit gamma-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

AP-1 complex subunit mu-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

AP-1 complex subunit sigma-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6dff__assembly_1__model_1

6dff__assembly_1__model_1 | I(q)

6dff__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source