SAXSdb — 6gbh

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	HopQ × 1 （Q8GDI6） SULFATE ION × 4 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	HopQ × 1 （Q8GDI6） SULFATE ION × 4 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CEAM1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–109； UniProt 35–142 作者链 D； PDB构建体 2–109； UniProt 35–142

HopQ

Helicobacter pylori

UniProt Q8GDI6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1 × 1 （P13688） SULFATE ION × 4 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1 × 1 （P13688） SULFATE ION × 4 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8GDI6_HELPX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–419； UniProt 37–454 作者链 C； PDB构建体 2–419； UniProt 37–454

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6gbh
沉积日期 deposition_date	2018-04-13
结构标题 title	Helicobacter pylori adhesin HopQ type II bound to the N-terminal domain of human CEACAM1
关键词 keywords	Helicobacter pylori, adhesin, Helicobacter outer membrane protein, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6gbh__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6gbh__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6gbh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.53 Å
Rg（电子密度）	28.84 Å
总 Rg	29.16 Å
原子数	3239
残基数	426
排除体积	56950 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6gbh__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6gbh__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1
分子量 formula_weight	12956.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D
原子数 atom_count	6490

MQLTTESMPFNVAEGKEVLLLVHNLPQQLFGYSWYKGERVDGNRQIVGYAIGTQQATPGPANSGRETIYPNASLLIQNVTQNDTGFYTLQVIKSDLVNEEATGQFHVYPHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HopQ
分子量 formula_weight	45239.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,A

MAVQKVKNADKVQKLSDAYENLNKLLANHSHSNPEAINANSATAINQAIGNLNANTQNLIDKTDNSPAYQATLLALKSTVGLWNSIAYAVICGGYTDKPNHNTTETFYNQPGQGSDSITCGGHVGLLQAGKNNSLSIEQFATLNKAYQIIQAALKQGLPALSDTKKTVEVTIKTATNANNINVNNNNNNAADTTVSITDTFINDAQNLLTQAQTIINTLQDNCPQLKGKSSSNGGTNGANTPSWQTGANQNSCSVFGTEFSAISDMISNAQNIVQETQQLNTTPLKSIAQPNNFNLNSPNSIALAQSMLKNAQSQAAVLKLANQVGSDFNRISTGVLKNYIEECNANASSESVSSNTWGKGCAGVKQTLTSLENSNASFSSQTPQINQAQNLANTIVQELGHNPFKRVGIISSQTNNGAHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Helicobacter pylori
通用名 common_name	Campylobacter pylori
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	210
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6gbhB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6gbhD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	79.820 Å
晶胞边长 b length_b	169.670 Å
晶胞边长 c length_c	198.096 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.590 Å
最低分辨率 resolution_low	99.050 Å
R 因子 r_factor	0.2210
R_work r_work	0.2182
R_free r_free	0.2740

Helicobacter pylori adhesin HopQ type II bound to the N-terminal domain of human CEACAM1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

HopQ

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6gbh__assembly_1__model_1

6gbh__assembly_1__model_1 | I(q)

6gbh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Helicobacter pylori adhesin HopQ type II bound to the N-terminal domain of human CEACAM1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carcinoembryonic antigen-related cell adhesion molecule 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

HopQ

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6gbh__assembly_1__model_1

6gbh__assembly_1__model_1 | I(q)

6gbh__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)