6gbp

Crystal Structure of the oligomerization domain of VP35 from Ebola virus, mercury derivative

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 110.1 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polymerase cofactor VP35

Zaire ebolavirus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 82–145 链 B； UniProt 82–145 链 C； UniProt 82–145	片段：oligomerization domain	HG MERCURY (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；296 K；50 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 2.6 M Na-acetate	分辨率 3.49 Å R-free 0.281
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 82–145 链 E； UniProt 82–145 链 F； UniProt 82–145	片段：oligomerization domain	HG MERCURY (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；296 K；50 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 2.6 M Na-acetate	分辨率 3.49 Å R-free 0.281
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 82–145 链 H； UniProt 82–145 链 I； UniProt 82–145	片段：oligomerization domain	HG MERCURY (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；296 K；50 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 2.6 M Na-acetate	分辨率 3.49 Å R-free 0.281
4	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 82–145 链 K； UniProt 82–145 链 L； UniProt 82–145	片段：oligomerization domain	HG MERCURY (II) ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；296 K；50 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 2.6 M Na-acetate	分辨率 3.49 Å R-free 0.281

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6GBP	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3FKE Structure of the Ebola VP35 Interferon Inhibitory Domain 提交 2008-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 215–340（126 aa）片段：UNP residues 215-340, interferon inhibitory domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；298 K；Well solution: 200 mM Sodium Citrate (pH 5.8),11% (W/V) PEG 4000; protein solution: 20 mM Tris-Cl (pH 7.0),50 mM NaCl, 5mM beta-mercaptoethanol, Vapor Diffusion, Hanging Drop, Temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.40 Å R-free 0.236
3FKE Structure of the Ebola VP35 Interferon Inhibitory Domain 提交 2008-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 215–340（126 aa）片段：UNP residues 215-340, interferon inhibitory domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；298 K；Well solution: 200 mM Sodium Citrate (pH 5.8),11% (W/V) PEG 4000; protein solution: 20 mM Tris-Cl (pH 7.0),50 mM NaCl, 5mM beta-mercaptoethanol, Vapor Diffusion, Hanging Drop, Temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.40 Å R-free 0.236
3L25 Crystal structure of Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain bound to 8 bp dsRNA 提交 2009-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 215–340（126 aa）片段：Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain 链 B 215–340（126 aa）片段：Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain 链 D 215–340（126 aa）片段：Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain 链 E 215–340（126 aa）片段：Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 4 NA SODIUM ION × 8 GOL GLYCEROL × 1 FMT FORMIC ACID × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.2；293 K；3M SODIUM FORMATE, 0.1M SODIUM CITRATE, 5% GLYCEROL, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.207
3L26 Crystal structure of Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain bound to 8 bp dsRNA 提交 2009-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric	链 A 215–340（126 aa）片段：Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain 链 B 215–340（126 aa）片段：Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 10 CL CHLORIDE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；293 K；2.9M SODIUM FORMATE, 0.1M SODIUM CITRATE, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.254
3L27 Crystal structure of Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain R312A mutant 提交 2009-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 215–340（126 aa）片段：INTERFERON INHIBITORY DOMAIN 链 B 215–340（126 aa）片段：INTERFERON INHIBITORY DOMAIN 链 C 215–340（126 aa）片段：INTERFERON INHIBITORY DOMAIN 链 D 215–340（126 aa）片段：INTERFERON INHIBITORY DOMAIN	突变：R312A 突变：R312A 突变：R312A 突变：R312A	CL CHLORIDE ION × 6 PO4 PHOSPHATE ION × 9 GOL GLYCEROL × 10 NA SODIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.15；293 K；1.85 M SODIUM PHOSPHATE, 0.15 M POTASSIUM PHOSPHATE, pH 4.15, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.95 Å R-free 0.229
3L28 Crystal structure of Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain K339A mutant 提交 2009-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 215–340（126 aa）片段：VP35 INTERFERON INHIBITORY DOMAIN 链 B 215–340（126 aa）片段：VP35 INTERFERON INHIBITORY DOMAIN 链 C 215–340（126 aa）片段：VP35 INTERFERON INHIBITORY DOMAIN 链 D 215–340（126 aa）片段：VP35 INTERFERON INHIBITORY DOMAIN 链 E 215–340（126 aa）片段：VP35 INTERFERON INHIBITORY DOMAIN 链 F 215–340（126 aa）片段：VP35 INTERFERON INHIBITORY DOMAIN	突变：K339A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：K339A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：K339A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：K339A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：K339A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：K339A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 10 CL CHLORIDE ION × 12 NA SODIUM ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 2.8；293 K；0.1M SODIUM CITRATE, 0.3M LITHIUM SULFATE, 13% PEG8000, pH 2.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.269
3L29 Crystal Structure of Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain K319A/R322A mutant 提交 2009-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 215–340（126 aa）片段：Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain	突变：K319A, R322A	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.75；293 K；0.1M BIS-TRIS, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 28% PEG3350, pH 6.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.232
3L29 Crystal Structure of Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain K319A/R322A mutant 提交 2009-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 215–340（126 aa）片段：Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain	突变：K319A, R322A	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.75；293 K；0.1M BIS-TRIS, 0.2M AMMONIUM SULFATE, 28% PEG3350, pH 6.75, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.232
4IBB Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	1DK {4-[(5R)-3-hydroxy-2-oxo-4-(thiophen-2-ylcarbonyl)-5-(2,4,5-trimethylphenyl)-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]phenyl}acetic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100 mM magnesium acetate, pH7.5, 15% PEG3350, 10% DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.226
4IBB Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	1DK {4-[(5R)-3-hydroxy-2-oxo-4-(thiophen-2-ylcarbonyl)-5-(2,4,5-trimethylphenyl)-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]phenyl}acetic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100 mM magnesium acetate, pH7.5, 15% PEG3350, 10% DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.226
4IBC Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	12G {4-[(2R)-3-(2-chlorobenzoyl)-2-(2-chlorophenyl)-4-hydroxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]phenyl}acetic acid × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100 mM magnesium acetate, pH7.5, 15% PEG3350, 10% DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.250
4IBC Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	12G {4-[(2R)-3-(2-chlorobenzoyl)-2-(2-chlorophenyl)-4-hydroxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]phenyl}acetic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；100 mM magnesium acetate, pH7.5, 15% PEG3350, 10% DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.250
4IBD Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	1DL 5-[(2R)-3-benzoyl-2-(4-bromothiophen-2-yl)-4-hydroxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]-2-methylbenzoic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.84 Å R-free 0.233
4IBD Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	1DL 5-[(2R)-3-benzoyl-2-(4-bromothiophen-2-yl)-4-hydroxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]-2-methylbenzoic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.84 Å R-free 0.233
4IBE Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	11Y 5-[(2R)-3-benzoyl-2-(4-bromothiophen-2-yl)-4-hydroxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]-2-chlorobenzoic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.233
4IBE Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	11Y 5-[(2R)-3-benzoyl-2-(4-bromothiophen-2-yl)-4-hydroxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]-2-chlorobenzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.95 Å R-free 0.233
4IBF Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	1D5 (4-{(2R)-2-(4-bromothiophen-2-yl)-3-[(5-chlorothiophen-2-yl)carbonyl]-4-hydroxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl}phenyl)acetic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.29 Å R-free 0.260
4IBF Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	1D5 (4-{(2R)-2-(4-bromothiophen-2-yl)-3-[(5-chlorothiophen-2-yl)carbonyl]-4-hydroxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl}phenyl)acetic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.29 Å R-free 0.260
4IBG Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340 链 B 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	1D6 {4-[(2S)-2-(7-chloro-1,3-benzodioxol-5-yl)-4-hydroxy-3-(3-methylbenzoyl)-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]phenyl}acetic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.41 Å R-free 0.200
4IBI Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	1D8 3-{(2S)-2-(7-chloro-1,3-benzodioxol-5-yl)-4-hydroxy-5-oxo-3-[3-(trifluoromethyl)benzoyl]-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl}benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMS, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.47 Å R-free 0.237
4IBI Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	1D8 3-{(2S)-2-(7-chloro-1,3-benzodioxol-5-yl)-4-hydroxy-5-oxo-3-[3-(trifluoromethyl)benzoyl]-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl}benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMS, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.47 Å R-free 0.237
4IBJ Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	1D9 3-{(5S)-3-hydroxy-2-oxo-4-[3-(trifluoromethyl)benzoyl]-5-[3-(trifluoromethyl)phenyl]-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl}benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.54 Å R-free 0.229
4IBJ Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	1D9 3-{(5S)-3-hydroxy-2-oxo-4-[3-(trifluoromethyl)benzoyl]-5-[3-(trifluoromethyl)phenyl]-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl}benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.54 Å R-free 0.229
4IBK Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	1DE 3-{(2S)-2-(7-chloro-1,3-benzodioxol-5-yl)-3-[(5-chlorothiophen-2-yl)carbonyl]-4-hydroxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl}benzoic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.85 Å R-free 0.241
4IBK Ebola virus VP35 bound to small molecule 提交 2012-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 215–340（126 aa）片段：unp residues 215-340	未记录	1DE 3-{(2S)-2-(7-chloro-1,3-benzodioxol-5-yl)-3-[(5-chlorothiophen-2-yl)carbonyl]-4-hydroxy-5-oxo-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl}benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；298 K；100 mM sodium citrate, pH5.5, 15% PEG3350, 10%DMSO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.85 Å R-free 0.241
4IJE Crystal structure of the Zaire ebolavirus VP35 interferon inhibitory domain R312A/K319A/R322A mutant 提交 2012-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 218–340（123 aa）片段：interferon inhibitory domain (UNP residues 218-340)	突变：R312A, K319A, R322A	NA SODIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298.15 K；2.2 M sodium potassium phosphate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.15K	分辨率 1.90 Å R-free 0.228
4IJE Crystal structure of the Zaire ebolavirus VP35 interferon inhibitory domain R312A/K319A/R322A mutant 提交 2012-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 218–340（123 aa）片段：interferon inhibitory domain (UNP residues 218-340)	突变：R312A, K319A, R322A	NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298.15 K；2.2 M sodium potassium phosphate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.15K	分辨率 1.90 Å R-free 0.228
4IJE Crystal structure of the Zaire ebolavirus VP35 interferon inhibitory domain R312A/K319A/R322A mutant 提交 2012-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 218–340（123 aa）片段：interferon inhibitory domain (UNP residues 218-340)	突变：R312A, K319A, R322A	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298.15 K；2.2 M sodium potassium phosphate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.15K	分辨率 1.90 Å R-free 0.228
4IJE Crystal structure of the Zaire ebolavirus VP35 interferon inhibitory domain R312A/K319A/R322A mutant 提交 2012-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 218–340（123 aa）片段：interferon inhibitory domain (UNP residues 218-340)	突变：R312A, K319A, R322A	NA SODIUM ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298.15 K；2.2 M sodium potassium phosphate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.15K	分辨率 1.90 Å R-free 0.228
4IJF Crystal structure of the Zaire ebolavirus VP35 interferon inhibitory domain K222A/R225A/K248A/K251A mutant 提交 2012-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 218–340（123 aa）片段：interferon inhibitory domain (UNP residues 218-340)	突变：K222A, R225A, K248A, K251A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298.15 K；0.2 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 30% PEG400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.15K	分辨率 2.51 Å R-free 0.254
4YPI Structure of Ebola virus nucleoprotein N-terminal fragment bound to a peptide derived from Ebola VP35 提交 2015-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 20–47（28 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；streak seeding in well solution containing 100 mM Tris pH 7.2, 50 mM Hepes pH 7, and 23% PEG400	分辨率 3.71 Å R-free 0.285
4YPI Structure of Ebola virus nucleoprotein N-terminal fragment bound to a peptide derived from Ebola VP35 提交 2015-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 20–47（28 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；streak seeding in well solution containing 100 mM Tris pH 7.2, 50 mM Hepes pH 7, and 23% PEG400	分辨率 3.71 Å R-free 0.285
4YPI Structure of Ebola virus nucleoprotein N-terminal fragment bound to a peptide derived from Ebola VP35 提交 2015-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 20–47（28 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；streak seeding in well solution containing 100 mM Tris pH 7.2, 50 mM Hepes pH 7, and 23% PEG400	分辨率 3.71 Å R-free 0.285
4YPI Structure of Ebola virus nucleoprotein N-terminal fragment bound to a peptide derived from Ebola VP35 提交 2015-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 20–47（28 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；streak seeding in well solution containing 100 mM Tris pH 7.2, 50 mM Hepes pH 7, and 23% PEG400	分辨率 3.71 Å R-free 0.285
4ZTA Ebola virus nucleoprotein bound to VP35 chaperoning peptide I212121 提交 2015-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 15–59（45 aa）片段：UNP Q05127 residues 15-59,UNP P18272 residues 33-367,UNP Q05127 residues 15-59,UNP P18272 residues 33-367	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.7；277 K；2.2M Sodium formate, 100mM NaOAc pH 4.7	分辨率 2.40 Å R-free 0.233
4ZTG Ebola virus nucleoprotein bound to VP35 chaperoning peptide P22121 提交 2015-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 15–59（45 aa）片段：UNP Q05127 residues 15-59, UNP P18272 residues 33-367	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；12% PEG 6000, 100 mM MES pH 5.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.293
4ZTI Ebola virus nucleoprotein bound to VP35 chaperoning peptide P212121 提交 2015-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 15–59（45 aa）片段：UNP Q05127 residues 15-59,UNP P18272 residues 33-367	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.4；277 K；2.0 M sodium formate, 100 mM sodium acetate pH 4.4	分辨率 2.40 Å R-free 0.247
4ZTI Ebola virus nucleoprotein bound to VP35 chaperoning peptide P212121 提交 2015-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 15–59（45 aa）片段：UNP Q05127 residues 15-59,UNP P18272 residues 33-367	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.4；277 K；2.0 M sodium formate, 100 mM sodium acetate pH 4.4	分辨率 2.40 Å R-free 0.247
6GBO Crystal Structure of the oligomerization domain of Vp35 from Ebola virus 提交 2018-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain 链 B 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain 链 C 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain 链 D 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain 链 E 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain 链 F 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；296 K；50 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 2.5 M Na-acetate	分辨率 2.10 Å R-free 0.242
6GBO Crystal Structure of the oligomerization domain of Vp35 from Ebola virus 提交 2018-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 G 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain 链 H 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain 链 I 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain 链 J 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain 链 K 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain 链 L 82–145（64 aa）片段：oligomerization domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；296 K；50 mM HEPES-NaOH pH 7.5, 2.5 M Na-acetate	分辨率 2.10 Å R-free 0.242
8USN Intracellular cryo-tomography structure of EBOV nucleocapsid at 8.9 Angstrom 提交 2023-10-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 F 1–340（340 aa）链 K 1–340（340 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 8.90 Å
8UST In-virion structure of Ebola virus nucleocapsid-like assemblies from recombinant virus-like particles (nucleoprotein, VP24,VP35,VP40) 提交 2023-10-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric	链 F 1–340（340 aa）链 K 1–340（340 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.30 Å
9IP3 Cryo-EM structure of the RNA-dependent RNA polymerase complex in a compact conformation from Ebola virus 提交 2024-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 80–340（261 aa）链 C 80–340（261 aa）链 D 80–340（261 aa）链 E 80–340（261 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；25 mM HEPES, 300 mM NaCl, 1 mM TCEP, 6 mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	VP35_EBOZM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–65； UniProt 82–145 作者链 B； PDB构建体 2–65； UniProt 82–145 作者链 C； PDB构建体 2–65； UniProt 82–145 作者链 D； PDB构建体 2–65； UniProt 82–145 作者链 E； PDB构建体 2–65； UniProt 82–145 作者链 F； PDB构建体 2–65； UniProt 82–145 作者链 G； PDB构建体 2–65； UniProt 82–145 作者链 H； PDB构建体 2–65； UniProt 82–145 作者链 I； PDB构建体 2–65； UniProt 82–145 作者链 J； PDB构建体 2–65； UniProt 82–145 作者链 K； PDB构建体 2–65； UniProt 82–145 作者链 L； PDB构建体 2–65； UniProt 82–145

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6gbp
沉积日期 deposition_date	2018-04-16
结构标题 title	Crystal Structure of the oligomerization domain of VP35 from Ebola virus, mercury derivative
关键词 keywords	coiled-coil, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.12 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.29 Å
零角强度 I(0) i0	158500000.00
分子量 molecular_weight	96332.0 kDa
排除体积 excluded_volume	117670 Å³
包络体积 envelope_volume	165020 Å³
水化壳体积 shell_volume	37453 Å³
包络直径 envelope_diameter	183.4 Å
壳层 Rg shell_rg	39.67 Å
包络 Rg envelope_rg	44.85 Å
形状 Rg shape_rg	43.57 Å
总 Rg total_rg	42.19 Å
总原子数 total_atoms	6605
残基数 n_residues	849
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	110.1 Å
Rg (实空间) rg_real	37.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.37 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5040e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3310e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.13 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	158400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6740
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	34.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.456
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.525
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.8259
最高正则化参数 α highest_alpha	9281000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.004; Oscil: 0.956; Stabil: 0.986; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.945; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	61.421 Å
晶胞边长 b length_b	103.923 Å
晶胞边长 c length_c	186.287 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	48

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.490 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2237
R_work r_work	0.2208
R_free r_free	0.2811

描述 description	Polymerase cofactor VP35
分子量 formula_weight	8269.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	6605

Crystal Structure of the oligomerization domain of VP35 from Ebola virus, mercury derivative

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polymerase cofactor VP35

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Zaire ebolavirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	186538
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

描述 description	MERCURY (II) ION
分子量 formula_weight	200.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

fit	/app/data/saxs_computation/gb/6gbp/6gbp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gb/6gbp/6gbp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gb/6gbp/6gbp.dat