6ibo

Catalytic deficiency of O-GlcNAc transferase leads to X-linked intellectual disability

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 95.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit

Homo sapiens

UniProt O15294

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 323–1041 未记录 ALA-VAL-SER-ARG-ALA × 1 12V (2S,3R,4R,5S,6R)-3-(acetylamino)-4,5-dihydroxy-6-(hydroxymethyl)tetrahydro-2H-thiopyran-2-yl [(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl dihydrogen diphosphate × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;293 K;1.45 M K2HPO4, 8 mM EDTA and 1% xylitol 分辨率 2.17 Å R-free 0.254

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 43 个其他 PDB 条目、101 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 OGT1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–723; UniProt 323–1041

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6ibo

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6ibo
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6ibo
沉积日期 deposition_date2018-11-30
结构标题 titleCatalytic deficiency of O-GlcNAc transferase leads to X-linked intellectual disability
关键词 keywordsTRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.78
回转半径 Rg (电子) rg_electron27.26
零角强度 I(0) i0102903000.00
分子量 molecular_weight79492.0 kDa
排除体积 excluded_volume99225 ų
包络体积 envelope_volume118300 ų
水化壳体积 shell_volume35821 ų
包络直径 envelope_diameter101.5
壳层 Rg shell_rg35.02
包络 Rg envelope_rg27.48
形状 Rg shape_rg27.27
总 Rg total_rg27.94
总原子数 total_atoms5577
残基数 n_residues701
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax95.7
Rg (实空间) rg_real27.74
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.66
I(0) (实空间) i0_real1.0290e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5160e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.75
I(0) (倒空间) i0_reciprocal102900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8723
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary31.9
偏度 Skewness skewness0.336
峰度 Kurtosis kurtosis-0.246
角度范围 angular_range— – 0.2850 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha23490000.0000
实空间数据点数 n_real_points58
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.789; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.977

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id6iboA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily11380
结构域编号 domain_id6iboA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology720 — Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150
结构域编号 domain_id6iboA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2000 — Glycogen Phosphorylase B;

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)