4gz3

Crystal structure of human O-GlcNAc Transferase with UDP and a thioglycopeptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 119.5 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit

Homo sapiens

UniProt O15294

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 323–1041 未记录 Casein kinase II subunit alpha × 1 (P68400) UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 0YT 2-acetamido-2-deoxy-5-thio-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;1.6M Lithium Sulfate, 0.1M Bis Tris Propane pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.90 Å R-free 0.250
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 323–1041 未记录 Casein kinase II subunit alpha × 1 (P68400) UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 0YT 2-acetamido-2-deoxy-5-thio-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;1.6M Lithium Sulfate, 0.1M Bis Tris Propane pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.90 Å R-free 0.250
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 323–1041 未记录 Casein kinase II subunit alpha × 2 (P68400) UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 4 0YT 2-acetamido-2-deoxy-5-thio-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;1.6M Lithium Sulfate, 0.1M Bis Tris Propane pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.90 Å R-free 0.250
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 323–1041 未记录 Casein kinase II subunit alpha × 2 (P68400) UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 2 0YT 2-acetamido-2-deoxy-5-thio-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;1.6M Lithium Sulfate, 0.1M Bis Tris Propane pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.90 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 43 个其他 PDB 条目、98 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 OGT1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–723; UniProt 323–1041 作者链 C; PDB构建体 5–723; UniProt 323–1041

Casein kinase II subunit alpha

物种未注明

UniProt P68400

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 340–352 未记录 UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit × 1 (O15294) UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 0YT 2-acetamido-2-deoxy-5-thio-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;1.6M Lithium Sulfate, 0.1M Bis Tris Propane pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.90 Å R-free 0.250
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 340–352 未记录 UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit × 1 (O15294) UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 0YT 2-acetamido-2-deoxy-5-thio-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;1.6M Lithium Sulfate, 0.1M Bis Tris Propane pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.90 Å R-free 0.250
3 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 340–352 未记录 UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit × 2 (O15294) UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 4 0YT 2-acetamido-2-deoxy-5-thio-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;1.6M Lithium Sulfate, 0.1M Bis Tris Propane pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.90 Å R-free 0.250
4 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 340–352 未记录 UDP-N-acetylglucosamine--peptide N-acetylglucosaminyltransferase 110 kDa subunit × 2 (O15294) UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 2 0YT 2-acetamido-2-deoxy-5-thio-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;298 K;1.6M Lithium Sulfate, 0.1M Bis Tris Propane pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.90 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 313 个其他 PDB 条目、445 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CSK21_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–14; UniProt 340–352 作者链 D; PDB构建体 2–14; UniProt 340–352

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4gz3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4gz3
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4gz3
沉积日期 deposition_date2012-09-05
结构标题 titleCrystal structure of human O-GlcNAc Transferase with UDP and a thioglycopeptide
关键词 keywordsOGT, O-GlcNAc, GT-B, Glycosyltransferase, O-GlcNAcylation, transferase-peptide complex; transferase/peptide
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier37.64
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.31
零角强度 I(0) i0747373000.00
分子量 molecular_weight147270.0 kDa
排除体积 excluded_volume141590 ų
包络体积 envelope_volume251040 ų
水化壳体积 shell_volume54817 ų
包络直径 envelope_diameter122.4
壳层 Rg shell_rg44.30
包络 Rg envelope_rg37.14
形状 Rg shape_rg37.34
总 Rg total_rg37.54
总原子数 total_atoms11111
残基数 n_residues1397
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax119.5
Rg (实空间) rg_real37.58
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.71
I(0) (实空间) i0_real7.4740e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0780e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal37.62
I(0) (倒空间) i0_reciprocal747400000.0000
解质量估计 total_estimate0.9006
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary42.7
偏度 Skewness skewness0.245
峰度 Kurtosis kurtosis-0.617
角度范围 angular_range— – 0.2100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha95440000.0000
实空间数据点数 n_real_points43
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.946; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.867

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id4gz3A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Tetratricopeptide repeat domain
结构域编号 domain_id4gz3A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Tetratricopeptide repeat domain
结构域编号 domain_id4gz3A03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily11380
结构域编号 domain_id4gz3A04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology720 — Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150
结构域编号 domain_id4gz3A05
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2000 — Glycogen Phosphorylase B;
结构域编号 domain_id4gz3C01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Tetratricopeptide repeat domain
结构域编号 domain_id4gz3C02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Tetratricopeptide repeat domain
结构域编号 domain_id4gz3C03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily11380
结构域编号 domain_id4gz3C04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology720 — Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150
结构域编号 domain_id4gz3C05
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2000 — Glycogen Phosphorylase B;

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)