9hyh

;Protein kinase CK2 catalytic subunit alpha (CSNK2A1 gene product) in complex with F2X-Entry screen fragment D02 and CX-4945 (Silmitasertib) ;

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 100.3 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hyh
沉积日期 deposition_date	2025-01-10
最后修订 last_revision	2026-01-14
结构标题 title	;Protein kinase CK2 catalytic subunit alpha (CSNK2A1 gene product) in complex with F2X-Entry screen fragment D02 and CX-4945 (Silmitasertib) ;
关键词 keywords	Protein kinase CK2, kinase, fragment-based screening, ligand, casein kinase II, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.30 Å
零角强度 I(0) i0	100409000.00
分子量 molecular_weight	79873.0 kDa
排除体积 excluded_volume	100160 Å³
包络体积 envelope_volume	126390 Å³
水化壳体积 shell_volume	35564 Å³
包络直径 envelope_diameter	103.6 Å
壳层 Rg shell_rg	36.65 Å
包络 Rg envelope_rg	30.05 Å
形状 Rg shape_rg	30.32 Å
总 Rg total_rg	30.84 Å
总原子数 total_atoms	5647
残基数 n_residues	663
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.3 Å
Rg (实空间) rg_real	31.14 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.84 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0040e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4590e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	100400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8875
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	33.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.368
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.537
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	29780000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.890; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.948; Smooth: 0.916

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Casein kinase II subunit alpha
分子量 formula_weight	42238.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6122

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMSGPVPSRARVYTDVNTHRPREYWDYESHVVEWGNQDDYQLVRKLGRGKYSEVFEAINITNNEKVVVKILKPVKKKKIKREIKILENLRGGPNIITLADIVKDPVSRTPALVFEHVNNTDFKQLYQTLTDYDIRFYMYEILKALDYCHSMGIMHRDVKPHNVMIDHEHRKLRLIDWGLAEFYHPGQEYNVRVASRYFKGPELLVDYQMYDYSLDMWSLGCMLASMIFRKEPFFHGHDNYDQLVRIAKVLGTEDLYDYIDKYNIELDPRFNDILGRHSRKRWERFVHSENQHLVSPEALDFLDKLLRYDHQSRLTAREAMEHPYFYTVVKDQARMG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	~{N}-[5-azanyl-2,4-bis(fluoranyl)phenyl]propane-1-sulfonamide
分子量 formula_weight	250.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 3 non-polymer

描述 description	5-[(3-chlorophenyl)amino]benzo[c][2,6]naphthyridine-8-carboxylic acid
分子量 formula_weight	349.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	406

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	127.172 Å
晶胞边长 b length_b	127.172 Å
晶胞边长 c length_c	124.930 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	1.960 Å
最低分辨率 resolution_low	72.980 Å
R 因子 r_factor	0.2011
R_work r_work	0.2005
R_free r_free	0.2410

fit	/app/data/saxs_computation/hy/9hyh/9hyh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hy/9hyh/9hyh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hy/9hyh/9hyh.dat

;Protein kinase CK2 catalytic subunit alpha (CSNK2A1 gene product) in complex with F2X-Entry screen fragment D02 and CX-4945 (Silmitasertib) ;

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction