9hph

Protein kinase CK2 bound to KDX1381

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 114.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hph
沉积日期 deposition_date	2024-12-13
最后修订 last_revision	2025-07-30
结构标题 title	Protein kinase CK2 bound to KDX1381
关键词 keywords	Protein kinase CK2 inhibitor cancer, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.05 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	31.97 Å
零角强度 I(0) i0	205379000.00
分子量 molecular_weight	76180.0 kDa
排除体积 excluded_volume	73448 Å³
包络体积 envelope_volume	123450 Å³
水化壳体积 shell_volume	33901 Å³
包络直径 envelope_diameter	121.4 Å
壳层 Rg shell_rg	36.62 Å
包络 Rg envelope_rg	32.51 Å
形状 Rg shape_rg	31.93 Å
总 Rg total_rg	32.29 Å
总原子数 total_atoms	5791
残基数 n_residues	662
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	114.5 Å
Rg (实空间) rg_real	32.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0540e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4140e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	205400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8032
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.608
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.166
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	36370000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.609; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.712; Smooth: 0.900

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Casein kinase II subunit alpha
分子量 formula_weight	42799.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5926

MHHHHHHSSGVDLGTENLYFQSMSGPVPSRARVYTDVNTHRPREYWDYESHVVEWGNQDDYQLVRKLGRGKYSEVFEAINITNNEKVVVKILKPVKKKKIKREIKILENLRGGPNIITLADIVKDPVSRTPALVFEHVNNTDFKQLYQTLTDYDIRFYMYEILKALDYCHSMGIMHRDVKPHNVMIDHEHRKLRLIDWGLAEFYHPGQEYNVRVASRYFKGPELLVDYQMYDYSLDMWSLGCMLASMIFRKEPFFHGHDNYDQLVRIAKVLGTEDLYDYIDKYNIELDPRFNDILGRHSRKRWERFVHSENQHLVSPEALDFLDKLLRYDHQSRLTAREAMEHPYFYTVVKDQARMGSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

Entity 3 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	;~{N}-[2-[4-[[4-(2-ethanoyl-5-fluoranyl-1~{H}-indol-3-yl)-1,2,3-triazol-1-yl]methyl]piperidin-1-yl]ethyl]-4-(2-fluoranyl-6-oxidanyl-phenyl)benzenesulfonamide ;
分子量 formula_weight	634.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	112

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	125.385 Å
晶胞边长 b length_b	125.385 Å
晶胞边长 c length_c	126.399 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.160 Å
最低分辨率 resolution_low	44.510 Å
R 因子 r_factor	0.2328
R_work r_work	0.2319
R_free r_free	0.2754

fit	/app/data/saxs_computation/hp/9hph/9hph.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hp/9hph/9hph.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hp/9hph/9hph.dat