6iol

Cryo-EM structure of multidrug efflux pump MexAB-OprM (60 degree state)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Multidrug resistance protein MexA

Pseudomonas aeruginosa

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Outer membrane protein OprM × 3 （Q51487） Multidrug resistance protein MexB × 3 （P52002）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MEXA_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 4–362； UniProt 25–383 作者链 J； PDB构建体 4–362； UniProt 25–383 作者链 K； PDB构建体 4–362； UniProt 25–383 作者链 L； PDB构建体 4–362； UniProt 25–383 作者链 M； PDB构建体 4–362； UniProt 25–383 作者链 N； PDB构建体 4–362； UniProt 25–383

Outer membrane protein OprM

Pseudomonas aeruginosa PAO1

UniProt Q51487

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Multidrug resistance protein MexA × 6 （P52477） Multidrug resistance protein MexB × 3 （P52002）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OPRM_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–468； UniProt 18–485 作者链 B； PDB构建体 1–468； UniProt 18–485 作者链 C； PDB构建体 1–468； UniProt 18–485

Multidrug resistance protein MexB

Pseudomonas aeruginosa PAO1

UniProt P52002

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Multidrug resistance protein MexA × 6 （P52477） Outer membrane protein OprM × 3 （Q51487）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MEXB_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–1046； UniProt 1–1046 作者链 F； PDB构建体 1–1046； UniProt 1–1046 作者链 G； PDB构建体 1–1046； UniProt 1–1046

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6iol
沉积日期 deposition_date	2018-10-30
结构标题 title	Cryo-EM structure of multidrug efflux pump MexAB-OprM (60 degree state)
关键词 keywords	Multidrug resistance, efflux, complex, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6iol__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6iol__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6iol__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	84.93 Å
Rg（电子密度）	87.76 Å
总 Rg	87.31 Å
原子数	49077
残基数	6450
排除体积	877710 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6iol__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Multidrug resistance protein MexA
分子量 formula_weight	38789.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,L,M,N
原子数 atom_count	49077

GAMGKSEAPPPAQTPEVGIVTLEAQTVTLNTELPGRTNAFRIAEVRPQVNGIILKRLFKEGSDVKAGQQLYQIDPATYEADYQSAQANLASTQEQAQRYKLLVADQAVSKQQYADANAAYLQSKAAVEQARINLRYTKVLSPISGRIGRSAVTEGALVTNGQANAMATVQQLDPIYVDVTQPSTALLRLRRELASGQLERAGDNAAKVSLKLEDGSQYPLEGRLEFSEVSVDEGTGSVTIRAVFPNPNNELLPGMFVHAQLQEGVKQKAILAPQQGVTRDLKGQATALVVNAQNKVELRVIKADRVIGDKWLVTEGLNAGDKIITEGLQFVQPGVEVKTVPAKNVASAQKADAAPAKTDSKG

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208964
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Outer membrane protein OprM
分子量 formula_weight	51737.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C

CSLIPDYQRPEAPVAAAYPQGQAYGQNTGAAAVPAADIGWREFFRDPQLQQLIGVALENNRDLRVAALNVEAFRAQYRIQRADLFPRIGVDGSGTRQRLPGDLSTTGSPAISSQYGVTLGTTAWELDLFGRLRSLRDQALEQYLATEQAQRSAQTTLVASVATAYLTLKADQAQLQLTKDTLGTYQKSFDLTQRSYDVGVASALDLRQAQTAVEGARATLAQYTRLVAQDQNALVLLLGSGIPANLPQGLGLDQTLLTEVPAGLPSDLLQRRPDILEAEHQLMAANASIGAARAAFFPSISLTANAGTMSRQLSGLFDAGSGSWLFQPSINLPIFTAGSLRASLDYAKIQKDINVAQYEKAIQTAFQEVADGLAARGTFTEQLQAQRDLVKASDEYYQLADKRYRTGVDNYLTLLDAQRSLFTAQQQLITDRLNQLTSEVNLYKALGGGWNQQTVTQQQTAKKEDPQAHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa PAO1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208964
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Multidrug resistance protein MexB
分子量 formula_weight	113948.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,G,E

MSKFFIDRPIFAWVIALVIMLAGGLSILSLPVNQYPAIAPPAIAVQVSYPGASAETVQDTVVQVIEQQMNGIDNLRYISSESNSDGSMTITVTFEQGTDPDIAQVQVQNKLQLATPLLPQEVQRQGIRVTKAVKNFLMVVGVVSTDGSMTKEDLSNYIVSNIQDPLSRTKGVGDFQVFGSQYSMRIWLDPAKLNSYQLTPGDVSSAIQAQNVQISSGQLGGLPAVKGQQLNATIIGKTRLQTAEQFENILLKVNPDGSQVRLKDVADVGLGGQDYSINAQFNGSPASGIAIKLATGANALDTAKAIRQTIANLEPFMPQGMKVVYPYDTTPVVSASIHEVVKTLGEAILLVFLVMYLFLQNFRATLIPTIAVPVVLLGTFGVLAAFGFSINTLTMFGMVLAIGLLVDDAIVVVENVERVMAEEGLSPREAARKSMGQIQGALVGIAMVLSAVFLPMAFFGGSTGVIYRQFSITIVSAMALSVIVALILTPALCATMLKPIEKGDHGEHKGGFFGWFNRMFLSTTHGYERGVASILKHRAPYLLIYVVIVAGMIWMFTRIPTAFLPDEDQGVLFAQVQTPPGSSAERTQVVVDSMREYLLEKESSSVSSVFTVTGFNFAGRGQSSGMAFIMLKPWEERPGGENSVFELAKRAQMHFFSFKDAMVFAFAPPSVLELGNATGFDLFLQDQAGVGHEVLLQARNKFLMLAAQNPALQRVRPNGMSDEPQYKLEIDDEKASALGVSLADINSTVSIAWGSSYVNDFIDRGRVKRVYLQGRPDARMNPDDLSKWYVRNDKGEMVPFNAFATGKWEYGSPKLERYNGVPAMEILGEPAPGLSSGDAMAAVEEIVKQLPKGVGYSWTGLSYEERLSGSQAPALYALSLLVVFLCLAALYESWSIPFSVMLVVPLGVIGALLATSMRGLSNDVFFQVGLLTTIGLSAKNAILIVEFAKELHEQGKGIVEAAIEACRMRLRPIVMTSLAFILGVVPLAISTGAGSGSQHAIGTGVIGGMVTATVLAIFWVPLFYVAVSTLFKDEASKQQASVEKGQLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa PAO1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208964
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

CATH v4.4 (15 domains)

结构域编号 domain_id	6iolA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1600 — Outer membrane efflux proteins (OEP)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Outer membrane efflux proteins (OEP)

结构域编号 domain_id	6iolA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	200 — Outer membrane efflux proteins (OEP)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Outer membrane efflux proteins (OEP)

结构域编号 domain_id	6iolB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1600 — Outer membrane efflux proteins (OEP)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Outer membrane efflux proteins (OEP)

结构域编号 domain_id	6iolB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	200 — Outer membrane efflux proteins (OEP)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Outer membrane efflux proteins (OEP)

结构域编号 domain_id	6iolC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1600 — Outer membrane efflux proteins (OEP)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Outer membrane efflux proteins (OEP)

结构域编号 domain_id	6iolC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	200 — Outer membrane efflux proteins (OEP)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Outer membrane efflux proteins (OEP)

结构域编号 domain_id	6iolE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2090 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains

结构域编号 domain_id	6iolE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2090 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains

结构域编号 domain_id	6iolF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2090 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains

结构域编号 domain_id	6iolF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2090 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains

结构域编号 domain_id	6iolG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2090 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains

结构域编号 domain_id	6iolG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2090 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains

结构域编号 domain_id	6iolJ01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	470 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	6iolK01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	470 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	6iolM01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	470 — Helix hairpin bin

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.76 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	42338

Cryo-EM structure of multidrug efflux pump MexAB-OprM (60 degree state)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Multidrug resistance protein MexA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Outer membrane protein OprM

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Multidrug resistance protein MexB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6iol__assembly_1__model_1

6iol__assembly_1__model_1 | I(q)

6iol__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

CATH v4.4 (15 domains)

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of multidrug efflux pump MexAB-OprM (60 degree state)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Multidrug resistance protein MexA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Outer membrane protein OprM

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Multidrug resistance protein MexB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6iol__assembly_1__model_1

6iol__assembly_1__model_1 | I(q)

6iol__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

CATH v4.4 (15 domains)

7. 引用文献 (1)