6jp5

Rabbit Cav1.1-Nifedipine Complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 7	Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit × 1 （P19518） Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1 × 1 （P13806） Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1 × 2 （P19517） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 CALCIUM ION × 3 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 8 dimethyl 2,6-dimethyl-4-(2-nitrophenyl)-1,4-dihydropyridine-3,5-dicarboxylate × 1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 ETHANOLAMINE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAC1S_RABIT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1873； UniProt 1–1873

Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit

物种未注明

UniProt P19518

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 7	Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S × 1 （P07293） Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1 × 1 （P13806） Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1 × 2 （P19517） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 CALCIUM ION × 3 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 8 dimethyl 2,6-dimethyl-4-(2-nitrophenyl)-1,4-dihydropyridine-3,5-dicarboxylate × 1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 ETHANOLAMINE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCG1_RABIT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–222； UniProt 1–222

Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1

物种未注明

UniProt P13806

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 7	Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S × 1 （P07293） Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit × 1 （P19518） Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1 × 2 （P19517） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 CALCIUM ION × 3 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 8 dimethyl 2,6-dimethyl-4-(2-nitrophenyl)-1,4-dihydropyridine-3,5-dicarboxylate × 1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 ETHANOLAMINE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CA2D1_RABIT
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–1073； UniProt 1–1074

Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1

Oryctolagus cuniculus

UniProt P19517

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 5 其他聚合物 7	Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S × 1 （P07293） Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit × 1 （P19518） Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1 × 1 （P13806） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 CALCIUM ION × 3 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 8 dimethyl 2,6-dimethyl-4-(2-nitrophenyl)-1,4-dihydropyridine-3,5-dicarboxylate × 1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 ETHANOLAMINE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CACB1_RABIT
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 6–450； UniProt 80–524 作者链 C； PDB构建体 6–450； UniProt 80–524

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6jp5
沉积日期 deposition_date	2019-03-25
结构标题 title	Rabbit Cav1.1-Nifedipine Complex
关键词 keywords	Membrane protein complex modulated by FDA approved drug., MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6jp5__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6jp5__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6jp5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	56.59 Å
Rg（电子密度）	56.60 Å
总 Rg	56.45 Å
原子数	22060
残基数	2694
排除体积	397530 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6jp5__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S
分子量 formula_weight	212240.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	22068

MEPSSPQDEGLRKKQPKKPLPEVLPRPPRALFCLTLQNPLRKACISIVEWKPFETIILLTIFANCVALAVYLPMPEDDNNSLNLGLEKLEYFFLTVFSIEAAMKIIAYGFLFHQDAYLRSGWNVLDFIIVFLGVFTAILEQVNVIQSNTAPMSSKGAGLDVKALRAFRVLRPLRLVSGVPSLQVVLNSIFKAMLPLFHIALLVLFMVIIYAIIGLELFKGKMHKTCYYIGTDIVATVENEKPSPCARTGSGRPCTINGSECRGGWPGPNHGITHFDNFGFSMLTVYQCITMEGWTDVLYWVNDAIGNEWPWIYFVTLILLGSFFILNLVLGVLSGEFTKEREKAKSRGTFQKLREKQQLEEDLRGYMSWITQGEVMDVEDLREGKLSLEEGGSDTESLYEIEGLNKIIQFIRHWRQWNRVFRWKCHDLVKSRVFYWLVILIVALNTLSIASEHHNQPLWLTHLQDIANRVLLSLFTIEMLLKMYGLGLRQYFMSIFNRFDCFVVCSGILELLLVESGAMTPLGISVLRCIRLLRLFKITKYWTSLSNLVASLLNSIRSIASLLLLLFLFIIIFALLGMQLFGGRYDFEDTEVRRSNFDNFPQALISVFQVLTGEDWNSVMYNGIMAYGGPSYPGVLVCIYFIILFVCGNYILLNVFLAIAVDNLAEAESLTSAQKAKAEERKRRKMSRGLPDKTEEEKSVMAKKLEQKPKGEGIPTTAKLKVDEFESNVNEVKDPYPSADFPGDDEEDEPEIPVSPRPRPLAELQLKEKAVPIPEASSFFIFSPTNKVRVLCHRIVNATWFTNFILLFILLSSAALAAEDPIRAESVRNQILGYFDIAFTSVFTVEIVLKMTTYGAFLHKGSFCRNYFNILDLLVVAVSLISMGLESSTISVVKILRVLRVLRPLRAINRAKGLKHVVQCVFVAIRTIGNIVLVTTLLQFMFACIGVQLFKGKFFSCNDLSKMTEEECRGYYYVYKDGDPTQMELRPRQWIHNDFHFDNVLSAMMSLFTVSTFEGWPQLLYRAIDSNEEDMGPVYNNRVEMAIFFIIYIILIAFFMMNIFVGFVIVTFQEQGETEYKNCELDKNQRQCVQYALKARPLRCYIPKNPYQYQVWYVVTSSYFEYLMFALIMLNTICLGMQHYHQSEEMNHISDILNVAFTIIFTLEMILKLLAFKARGYFGDPWNVFDFLIVIGSIIDVILSEIDTFLASSGGLYCLGGGCGNVDPDESARISSAFFRLFRVMRLIKLLSRAEGVRTLLWTFIKSFQALPYVALLIVMLFFIYAVIGMQMFGKIALVDGTQINRNNNFQTFPQAVLLLFRCATGEAWQEILLACSYGKLCDPESDYAPGEEYTCGTNFAYYYFISFYMLCAFLIINLFVAVIMDNFDYLTRDWSILGPHHLDEFKAIWAEYDPEAKGRIKHLDVVTLLRRIQPPLGFGKFCPHRVACKRLVGMNMPLNSDGTVTFNATLFALVRTALKIKTEGNFEQANEELRAIIKKIWKRTSMKLLDQVIPPIGDDEVTVGKFYATFLIQEHFRKFMKRQEEYYGYRPKKDTVQIQAGLRTIEEEAAPEIRRTISGDLTAEEELERAMVEAAMEERIFRRTGGLFGQVDTFLERTNSLPPVMANQRPLQFAEIEMEELESPVFLEDFPQDARTNPLARANTNNANANVAYGNSNHSNNQMFSSVHCEREFPGEAETPAAGRGALSHSHRALGPHSKPCAGKLNGQLVQPGMPINQAPPAPCQQPSTDPPERGQRRTSLTGSLQDEAPQRRSSEGSTPRRPAPATALLIQEALVRGGLDTLAADAGFVTATSQALADACQMEPEEVEVAATELLKARESVQGMASVPGSLSRRSSLGSLDQVQGSQETLIPPRP

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit
分子量 formula_weight	25082.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MSPTEAPKVRVTLFCILVGIVLAMTAVVSDHWAVLSPHMENHNTTCEAAHFGLWRICTKRIALGEDRSCGPITLPGEKNCSYFRHFNPGESSEIFEFTTQKEYSISAAAISVFSLGFLIMGTICALMAFRKKRDYLLRPASMFYVFAGLCLFVSLEVMRQSVKRMIDSEDTVWIEYYYSWSFACACAAFVLLFLGGISLLLFSLPRMPQNPWESCMDAEPEH

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1
分子量 formula_weight	121675.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MAAGRPLAWTLTLWQAWLILIGPSSEEPFPSAVTIKSWVDKMQEDLVTLAKTASGVHQLVDIYEKYQDLYTVEPNNARQLVEIAARDIEKLLSNRSKALVRLALEAEKVQAAHQWREDFASNEVVYYNAKDDLDPEKNDSEPGSQRIKPVFIDDANFRRQVSYQHAAVHIPTDIYEGSTIVLNELNWTSALDDVFKKNREEDPSLLWQVFGSATGLARYYPASPWVDNSRTPNKIDLYDVRRRPWYIQGAASPKDMLILVDVSGSVSGLTLKLIRTSVSEMLETLSDDDFVNVASFNSNAQDVSCFQHLVQANVRNKKVLKDAVNNITAKGITDYKKGFSFAFEQLLNYNVSRANCNKIIMLFTDGGEERAQEIFAKYNKDKKVRVFTFSVGQHNYDRGPIQWMACENKGYYYEIPSIGAIRINTQEYLDVLGRPMVLAGDKAKQVQWTNVYLDALELGLVITGTLPVFNITGQFENKTNLKNQLILGVMGVDVSLEDIKRLTPRFTLCPNGYYFAIDPNGYVLLHPNLQPKPIGVGIPTINLRKRRPNVQNPKSQEPVTLDFLDAELENDIKVEIRNKMIDGESGEKTFRTLVKSQDERYIDKGNRTYTWTPVNGTDYSLALVLPTYSFYYIKAKIEETITQARYSETLKPDNFEESGYTFLAPRDYCSDLKPSDNNTEFLLNFNEFIDRKTPNNPSCNTDLINRVLLDAGFTNELVQNYWSKQKNIKGVKARFVVTDGGITRVYPKEAGENWQENPETYEDSFYKRSLDNDNYVFTAPYFNKSGPGAYESGIMVSKAVEIYIQGKLLKPAVVGIKIDVNSWIENFTKTSIRDPCAGPVCDCKRNSDVMDCVILDDGGFLLMANHDDYTNQIGRFFGEIDPSLMRHLVNISVYAFNKSYDYQSVCEPGAAPKQGAGHRSAYVPSIADILQIGWWATAAAWSILQQFLLSLTFPRLLEAADMEDDDFTASMSKQSCITEQTQYFFDNDSKSFSGVLDCGNCSRIFHVEKLMNTNLIFIMVESKGTCPCDTRLLIQAEQTSDGPDPCDMVKQPRYRKGPDVCFDNNVLEDYTDC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1
分子量 formula_weight	49642.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C

QGPHMALRKEAERQALAQLEKAKTKPVAFAVRTNVGYNPSPGDEVPVEGVAITFEPKDFLHIKEKYNNDWWIGRLVKEGCEVGFIPSPVKLDSLRLLQEQKLRQSRLSSSKSGDNSSSSLGDVVTGTRRPTPPASGNEMTNLAFELEPLDLEEDEAELGEQSGSAKTSVSSVTTPPPHGTRIPFFKKTEHVPPYDVVPSMRPIILVGPSLKGYEVTDMMQKALFDFLKHLFDGRISITRVTADISLAKRSVLNNPSKHIIIERSNTRSSLAEVQSEIERIFELARTLQLVALDADTINHPAQLSKTSLAPIIVYIKITSPKVLQRLIKSRGKSQSKHLNVQIAASEKLAQCPPEMFDIILDENQLEDACEHLAEYLEAYWKATHPPSSTPPNPLLNRTMATAALAASPAPVSNLQVQVLTSLRRNLSFWGGLETSQRGGGAVPQQQEHAM

来源 Source

来源生物 organism	Oryctolagus cuniculus
通用名 common_name	Rabbit
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9986
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	9

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
分子量 formula_weight	748.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	dimethyl 2,6-dimethyl-4-(2-nitrophenyl)-1,4-dihydropyridine-3,5-dicarboxylate
分子量 formula_weight	346.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
分子量 formula_weight	790.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	ETHANOLAMINE
分子量 formula_weight	61.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	6jp5B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — SH3 Domains

结构域编号 domain_id	6jp5C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	6jp5E00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 —

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	245171

Rabbit Cav1.1-Nifedipine Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6jp5__assembly_1__model_1

6jp5__assembly_1__model_1 | I(q)

6jp5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)