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6jp5

Rabbit Cav1.1-Nifedipine Complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 199.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S

物种未注明

UniProt P07293

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 其他聚合物 7 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–1873 未记录 Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit × 1 （P19518） Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1 × 1 （P13806） Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1 × 2 （P19517） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 CA CALCIUM ION × 3 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 8 C5U dimethyl 2,6-dimethyl-4-(2-nitrophenyl)-1,4-dihydropyridine-3,5-dicarboxylate × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 ETA ETHANOLAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6JP5 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1DU1 PEPTIDE FRAGMENT THR671-LEU690 OF THE RABBIT SKELETAL DIHYDROPYRIDINE RECEPTOR 提交 2000-01-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 671–690（20 aa） 片段：II-III LOOP REGION, FRAGMENT THR671-LEU690 A1
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5；278 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 1
NMR样品组成 4 mM peptide, no buffer | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1T3L Structural Analysis of the Voltage-Dependent Calcium Channel Beta Subunit Functional Core in Complex with Alpha1 Interaction Domain 提交 2004-04-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 357–374（18 aa） 片段：AID
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；PEG 20K, Bicine, sodium chloride, beta-mercaptoethanol, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.282
3JBR Cryo-EM structure of the rabbit voltage-gated calcium channel Cav1.1 complex at 4.2 angstrom 提交 2015-09-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1395（1395 aa）
链 A 1521–1873（353 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 BMA beta-D-mannopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 20mM MOPS, 200mM NaCl, 0.5mM CaCl2,0.1% digitonin；pH 7.4；20mM MOPS, 200mM NaCl, 0.5mM CaCl2,0.1% digitonin
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 2 seconds before plunging；冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
5GJV Structure of the mammalian voltage-gated calcium channel Cav1.1 complex at near atomic resolution 提交 2016-07-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1873（1873 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 14 CA CALCIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；100 mM Tris-HCl, pH 8.0,200 mM NaCl, 10 mM CaCl2,15 mM reduced glutathione, 0.1% digitonin, and protease inhibitors.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 2 s and flash-frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen
分辨率 3.60 Å
5GJW Structure of the mammalian voltage-gated calcium channel Cav1.1 complex for ClassII map 提交 2016-07-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1873（1873 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；100 mM Tris-HCl, pH 8.0,200 mM NaCl, 10 mM CaCl2,15 mM reduced glutathione, 0.1% digitonin, and protease inhibitors.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 2 s and flash-frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen
分辨率 3.90 Å
6BYO Residue assignment correction to the voltage gated calcium Cav1.1 rabbit alpha 1 subunit PDB entries 3JBR & 5GJV 提交 2017-12-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 32–1388（1357 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.60 Å
6JP8 Rabbit Cav1.1-Bay K8644 Complex 提交 2019-03-26 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1873（1873 aa）
未记录 C8U methyl (4~{S})-2,6-dimethyl-5-nitro-4-[2-(trifluoromethyl)phenyl]-1,4-dihydropyridine-3-carboxylate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 2 ETA ETHANOLAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
6JPA Rabbit Cav1.1-Verapamil Complex 提交 2019-03-26 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1506（1506 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 3 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 8 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 4YH (2S)-2-(3,4-dimethoxyphenyl)-5-{[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethyl](methyl)amino}-2-(propan-2-yl)pentanenitrile × 2 ETA ETHANOLAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
6JPB Rabbit Cav1.1-Diltiazem Complex 提交 2019-03-26 配体/离子不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1873（1873 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 3 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 4 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 C9F Diltiazem × 1 ETA ETHANOLAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
7JPK Rabbit Cav1.1 in the presence of 100 micromolar (S)-(-)-Bay K8644 in nanodiscs at 3.0 Angstrom resolution 提交 2020-08-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1873（1873 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 9 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 C8U methyl (4~{S})-2,6-dimethyl-5-nitro-4-[2-(trifluoromethyl)phenyl]-1,4-dihydropyridine-3-carboxylate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 5 seconds before plunging
分辨率 3.00 Å
7JPL Rabbit Cav1.1 in the presence of 10 micromolar (S)-(-)-Bay K8644 in nanodiscs at 3.4 Angstrom resolution 提交 2020-08-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1873（1873 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 9 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 C8U methyl (4~{S})-2,6-dimethyl-5-nitro-4-[2-(trifluoromethyl)phenyl]-1,4-dihydropyridine-3-carboxylate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 5 seconds before plunging
分辨率 3.40 Å
7JPV Rabbit Cav1.1 in the presence of 1 micromolar (S)-(-)-Bay K8644 in nanodiscs at 3.4 Angstrom resolution 提交 2020-08-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1873（1873 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 9 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 5 seconds before plunging
分辨率 3.40 Å
7JPW Rabbit Cav1.1 in the presence of 100 micromolar (R)-(+)-Bay K8644 in nanodiscs at 3.2 Angstrom resolution 提交 2020-08-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1873（1873 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 9 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 VFY methyl (4R)-2,6-dimethyl-5-nitro-4-[2-(trifluoromethyl)phenyl]-1,4-dihydropyridine-3-carboxylate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 5 seconds before plunging
分辨率 3.20 Å
7JPX Rabbit Cav1.1 in the presence of 100 micromolar amlodipine in nanodiscs at 2.9 Angstrom resolution 提交 2020-08-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1873（1873 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 9 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 1 6UB amlodipine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 5 seconds before plunging
分辨率 2.90 Å
7RXQ Crystal structure of junctophilin-2 in complex with a CaV1.1 peptide 提交 2021-08-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1594–1609（16 aa） 片段：EERIFRRTGGLFGQVD correspond to UNP residues 1594-1609
未记录 EOH ETHANOL × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；PEG3350, potassium sulphate
分辨率 2.03 Å R-free 0.252
8E56 Rabbit L-type voltage-gated calcium channel Cav1.1 in the presence of Amiodarone at 2.8 Angstrom resolution 提交 2022-08-20 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1873（1873 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 BBI (2-butyl-1-benzofuran-3-yl){4-[2-(diethylamino)ethoxy]-3,5-diiodophenyl}methanone × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8E57 Rabbit L-type voltage-gated calcium channel Cav1.1 in the presence of Amiodarone and 100 microM MNI-1 at 2.8 Angstrom resolution 提交 2022-08-20 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1873（1873 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 BBI (2-butyl-1-benzofuran-3-yl){4-[2-(diethylamino)ethoxy]-3,5-diiodophenyl}methanone × 1 WFR propan-2-yl (2S)-2-{[(S)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-4-ethynyl-3-hydroxy-4-methyloxolan-2-yl]methoxy}(phenoxy)phosphoryl]amino}propanoate (non-preferred name) × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8E58 Rabbit L-type voltage-gated calcium channel Cav1.1 in the presence of Amiodarone and 1 mM MNI-1 at 3.0 Angstrom resolution 提交 2022-08-20 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1873（1873 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 BBI (2-butyl-1-benzofuran-3-yl){4-[2-(diethylamino)ethoxy]-3,5-diiodophenyl}methanone × 1 WFR propan-2-yl (2S)-2-{[(S)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-4-ethynyl-3-hydroxy-4-methyloxolan-2-yl]methoxy}(phenoxy)phosphoryl]amino}propanoate (non-preferred name) × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å

共 18 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CAC1S_RABIT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–1873； UniProt 1–1873

Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit

物种未注明

UniProt P19518

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 其他聚合物 7 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 1–222 未记录 Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S × 1 （P07293） Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1 × 1 （P13806） Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1 × 2 （P19517） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 CA CALCIUM ION × 3 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 8 C5U dimethyl 2,6-dimethyl-4-(2-nitrophenyl)-1,4-dihydropyridine-3,5-dicarboxylate × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 ETA ETHANOLAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6JP5 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3JBR Cryo-EM structure of the rabbit voltage-gated calcium channel Cav1.1 complex at 4.2 angstrom 提交 2015-09-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–222（222 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 BMA beta-D-mannopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 20mM MOPS, 200mM NaCl, 0.5mM CaCl2,0.1% digitonin；pH 7.4；20mM MOPS, 200mM NaCl, 0.5mM CaCl2,0.1% digitonin
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 2 seconds before plunging；冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
5GJV Structure of the mammalian voltage-gated calcium channel Cav1.1 complex at near atomic resolution 提交 2016-07-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 1–222（222 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 14 CA CALCIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；100 mM Tris-HCl, pH 8.0,200 mM NaCl, 10 mM CaCl2,15 mM reduced glutathione, 0.1% digitonin, and protease inhibitors.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 2 s and flash-frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen
分辨率 3.60 Å
5GJW Structure of the mammalian voltage-gated calcium channel Cav1.1 complex for ClassII map 提交 2016-07-02 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 1–222（222 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；100 mM Tris-HCl, pH 8.0,200 mM NaCl, 10 mM CaCl2,15 mM reduced glutathione, 0.1% digitonin, and protease inhibitors.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 2 s and flash-frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen
分辨率 3.90 Å
6JP8 Rabbit Cav1.1-Bay K8644 Complex 提交 2019-03-26 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 1–222（222 aa）
未记录 C8U methyl (4~{S})-2,6-dimethyl-5-nitro-4-[2-(trifluoromethyl)phenyl]-1,4-dihydropyridine-3-carboxylate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 2 ETA ETHANOLAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
6JPA Rabbit Cav1.1-Verapamil Complex 提交 2019-03-26 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 1–222（222 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 3 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 8 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 4YH (2S)-2-(3,4-dimethoxyphenyl)-5-{[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethyl](methyl)amino}-2-(propan-2-yl)pentanenitrile × 2 ETA ETHANOLAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
6JPB Rabbit Cav1.1-Diltiazem Complex 提交 2019-03-26 配体/离子不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 1–222（222 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 3 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 4 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 C9F Diltiazem × 1 ETA ETHANOLAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
7JPK Rabbit Cav1.1 in the presence of 100 micromolar (S)-(-)-Bay K8644 in nanodiscs at 3.0 Angstrom resolution 提交 2020-08-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–222（222 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 9 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 C8U methyl (4~{S})-2,6-dimethyl-5-nitro-4-[2-(trifluoromethyl)phenyl]-1,4-dihydropyridine-3-carboxylate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 5 seconds before plunging
分辨率 3.00 Å
7JPL Rabbit Cav1.1 in the presence of 10 micromolar (S)-(-)-Bay K8644 in nanodiscs at 3.4 Angstrom resolution 提交 2020-08-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–222（222 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 9 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 C8U methyl (4~{S})-2,6-dimethyl-5-nitro-4-[2-(trifluoromethyl)phenyl]-1,4-dihydropyridine-3-carboxylate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 5 seconds before plunging
分辨率 3.40 Å
7JPV Rabbit Cav1.1 in the presence of 1 micromolar (S)-(-)-Bay K8644 in nanodiscs at 3.4 Angstrom resolution 提交 2020-08-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–222（222 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 9 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 5 seconds before plunging
分辨率 3.40 Å
7JPW Rabbit Cav1.1 in the presence of 100 micromolar (R)-(+)-Bay K8644 in nanodiscs at 3.2 Angstrom resolution 提交 2020-08-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–222（222 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 9 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 VFY methyl (4R)-2,6-dimethyl-5-nitro-4-[2-(trifluoromethyl)phenyl]-1,4-dihydropyridine-3-carboxylate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 5 seconds before plunging
分辨率 3.20 Å
7JPX Rabbit Cav1.1 in the presence of 100 micromolar amlodipine in nanodiscs at 2.9 Angstrom resolution 提交 2020-08-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–222（222 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 9 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 1 6UB amlodipine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 5 seconds before plunging
分辨率 2.90 Å
8E56 Rabbit L-type voltage-gated calcium channel Cav1.1 in the presence of Amiodarone at 2.8 Angstrom resolution 提交 2022-08-20 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–222（222 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 BBI (2-butyl-1-benzofuran-3-yl){4-[2-(diethylamino)ethoxy]-3,5-diiodophenyl}methanone × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8E57 Rabbit L-type voltage-gated calcium channel Cav1.1 in the presence of Amiodarone and 100 microM MNI-1 at 2.8 Angstrom resolution 提交 2022-08-20 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–222（222 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 BBI (2-butyl-1-benzofuran-3-yl){4-[2-(diethylamino)ethoxy]-3,5-diiodophenyl}methanone × 1 WFR propan-2-yl (2S)-2-{[(S)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-4-ethynyl-3-hydroxy-4-methyloxolan-2-yl]methoxy}(phenoxy)phosphoryl]amino}propanoate (non-preferred name) × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8E58 Rabbit L-type voltage-gated calcium channel Cav1.1 in the presence of Amiodarone and 1 mM MNI-1 at 3.0 Angstrom resolution 提交 2022-08-20 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–222（222 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 BBI (2-butyl-1-benzofuran-3-yl){4-[2-(diethylamino)ethoxy]-3,5-diiodophenyl}methanone × 1 WFR propan-2-yl (2S)-2-{[(S)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-4-ethynyl-3-hydroxy-4-methyloxolan-2-yl]methoxy}(phenoxy)phosphoryl]amino}propanoate (non-preferred name) × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å

共 14 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CCG1_RABIT
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 1–222； UniProt 1–222

Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1

物种未注明

UniProt P13806

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 其他聚合物 7 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 F； UniProt 1–1074 未记录 Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S × 1 （P07293） Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit × 1 （P19518） Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1 × 2 （P19517） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 CA CALCIUM ION × 3 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 8 C5U dimethyl 2,6-dimethyl-4-(2-nitrophenyl)-1,4-dihydropyridine-3,5-dicarboxylate × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 ETA ETHANOLAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6JP5 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3JBR Cryo-EM structure of the rabbit voltage-gated calcium channel Cav1.1 complex at 4.2 angstrom 提交 2015-09-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 F 1–39（39 aa）
链 F 56–661（606 aa）
链 F 956–1106（151 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 BMA beta-D-mannopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 20mM MOPS, 200mM NaCl, 0.5mM CaCl2,0.1% digitonin；pH 7.4；20mM MOPS, 200mM NaCl, 0.5mM CaCl2,0.1% digitonin
cryo-EM玻璃化条件 Blot for 2 seconds before plunging；冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
5GJV Structure of the mammalian voltage-gated calcium channel Cav1.1 complex at near atomic resolution 提交 2016-07-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 F 1–1106（1106 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 14 CA CALCIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；100 mM Tris-HCl, pH 8.0,200 mM NaCl, 10 mM CaCl2,15 mM reduced glutathione, 0.1% digitonin, and protease inhibitors.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 2 s and flash-frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen
分辨率 3.60 Å
5GJW Structure of the mammalian voltage-gated calcium channel Cav1.1 complex for ClassII map 提交 2016-07-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 F 1–1106（1106 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；100 mM Tris-HCl, pH 8.0,200 mM NaCl, 10 mM CaCl2,15 mM reduced glutathione, 0.1% digitonin, and protease inhibitors.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 2 s and flash-frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen
分辨率 3.90 Å
6JP8 Rabbit Cav1.1-Bay K8644 Complex 提交 2019-03-26 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 F 29–1075（1047 aa）
未记录 C8U methyl (4~{S})-2,6-dimethyl-5-nitro-4-[2-(trifluoromethyl)phenyl]-1,4-dihydropyridine-3-carboxylate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 2 ETA ETHANOLAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
6JPA Rabbit Cav1.1-Verapamil Complex 提交 2019-03-26 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 F 29–1075（1047 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 3 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 8 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 4YH (2S)-2-(3,4-dimethoxyphenyl)-5-{[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethyl](methyl)amino}-2-(propan-2-yl)pentanenitrile × 2 ETA ETHANOLAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
6JPB Rabbit Cav1.1-Diltiazem Complex 提交 2019-03-26 构建体不同 配体/离子不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 F 29–1075（1047 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 3 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 4 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 C9F Diltiazem × 1 ETA ETHANOLAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
7JPK Rabbit Cav1.1 in the presence of 100 micromolar (S)-(-)-Bay K8644 in nanodiscs at 3.0 Angstrom resolution 提交 2020-08-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 1–1106（1106 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 9 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 C8U methyl (4~{S})-2,6-dimethyl-5-nitro-4-[2-(trifluoromethyl)phenyl]-1,4-dihydropyridine-3-carboxylate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 5 seconds before plunging
分辨率 3.00 Å
7JPL Rabbit Cav1.1 in the presence of 10 micromolar (S)-(-)-Bay K8644 in nanodiscs at 3.4 Angstrom resolution 提交 2020-08-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 1–1106（1106 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 9 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 C8U methyl (4~{S})-2,6-dimethyl-5-nitro-4-[2-(trifluoromethyl)phenyl]-1,4-dihydropyridine-3-carboxylate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 5 seconds before plunging
分辨率 3.40 Å
7JPV Rabbit Cav1.1 in the presence of 1 micromolar (S)-(-)-Bay K8644 in nanodiscs at 3.4 Angstrom resolution 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 1–1106（1106 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 9 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 5 seconds before plunging
分辨率 3.40 Å
7JPW Rabbit Cav1.1 in the presence of 100 micromolar (R)-(+)-Bay K8644 in nanodiscs at 3.2 Angstrom resolution 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 1–1106（1106 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 9 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 VFY methyl (4R)-2,6-dimethyl-5-nitro-4-[2-(trifluoromethyl)phenyl]-1,4-dihydropyridine-3-carboxylate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 5 seconds before plunging
分辨率 3.20 Å
7JPX Rabbit Cav1.1 in the presence of 100 micromolar amlodipine in nanodiscs at 2.9 Angstrom resolution 提交 2020-08-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 1–1106（1106 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 9 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 1 6UB amlodipine × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 5 seconds before plunging
分辨率 2.90 Å
8E56 Rabbit L-type voltage-gated calcium channel Cav1.1 in the presence of Amiodarone at 2.8 Angstrom resolution 提交 2022-08-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 1–1106（1106 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 BBI (2-butyl-1-benzofuran-3-yl){4-[2-(diethylamino)ethoxy]-3,5-diiodophenyl}methanone × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8E57 Rabbit L-type voltage-gated calcium channel Cav1.1 in the presence of Amiodarone and 100 microM MNI-1 at 2.8 Angstrom resolution 提交 2022-08-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 1–1106（1106 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 BBI (2-butyl-1-benzofuran-3-yl){4-[2-(diethylamino)ethoxy]-3,5-diiodophenyl}methanone × 1 WFR propan-2-yl (2S)-2-{[(S)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-4-ethynyl-3-hydroxy-4-methyloxolan-2-yl]methoxy}(phenoxy)phosphoryl]amino}propanoate (non-preferred name) × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8E58 Rabbit L-type voltage-gated calcium channel Cav1.1 in the presence of Amiodarone and 1 mM MNI-1 at 3.0 Angstrom resolution 提交 2022-08-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 1–1106（1106 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 BBI (2-butyl-1-benzofuran-3-yl){4-[2-(diethylamino)ethoxy]-3,5-diiodophenyl}methanone × 1 WFR propan-2-yl (2S)-2-{[(S)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-4-ethynyl-3-hydroxy-4-methyloxolan-2-yl]methoxy}(phenoxy)phosphoryl]amino}propanoate (non-preferred name) × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8EOG Structure of the human L-type voltage-gated calcium channel Cav1.2 complexed with L-leucine 提交 2022-10-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 29–1079（1051 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 CA CALCIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 1 LEU LEUCINE × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 WNZ (2R)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(dodecanoyloxy)propyl dodecanoate × 1 WO9 (2R)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(dodecanoyloxy)propyl heptadecanoate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8FD7 Structure of the human L-type voltage-gated calcium channel Cav1.2 complexed with gabapentin 提交 2022-12-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 1–1106（1106 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 GBN [1-(AMINOMETHYL)CYCLOHEXYL]ACETIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 1 WO9 (2R)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(dodecanoyloxy)propyl heptadecanoate × 1 YSW (2S)-3-{[(R)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(dodecanoyloxy)propyl dodecanoate × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CA2D1_RABIT
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 F； PDB构建体 1–1073； UniProt 1–1074

Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-1

Oryctolagus cuniculus

UniProt P19517

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 其他聚合物 7 PDB 声明：pentameric（5） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 80–524 链 C； UniProt 80–524 未记录 Voltage-dependent L-type calcium channel subunit alpha-1S × 1 （P07293） Voltage-dependent calcium channel gamma-1 subunit × 1 （P19518） Voltage-dependent calcium channel subunit alpha-2/delta-1 × 1 （P13806） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 CA CALCIUM ION × 3 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 8 C5U dimethyl 2,6-dimethyl-4-(2-nitrophenyl)-1,4-dihydropyridine-3,5-dicarboxylate × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 ETA ETHANOLAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6JP5 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5GJV Structure of the mammalian voltage-gated calcium channel Cav1.1 complex at near atomic resolution 提交 2016-07-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 80–174（95 aa） 片段：UNP residues 80-174
链 C 265–463（199 aa） 片段：UNP residues 265-463
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 14 CA CALCIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；100 mM Tris-HCl, pH 8.0,200 mM NaCl, 10 mM CaCl2,15 mM reduced glutathione, 0.1% digitonin, and protease inhibitors.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 2 s and flash-frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen
分辨率 3.60 Å
5GJW Structure of the mammalian voltage-gated calcium channel Cav1.1 complex for ClassII map 提交 2016-07-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 80–174（95 aa） 片段：UNP residues 80-174
链 C 265–463（199 aa） 片段：UNP residues 265-463
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；100 mM Tris-HCl, pH 8.0,200 mM NaCl, 10 mM CaCl2,15 mM reduced glutathione, 0.1% digitonin, and protease inhibitors.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 2 s and flash-frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen
分辨率 3.90 Å
6JP8 Rabbit Cav1.1-Bay K8644 Complex 提交 2019-03-26 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 80–524（445 aa）
链 C 80–524（445 aa）
未记录 C8U methyl (4~{S})-2,6-dimethyl-5-nitro-4-[2-(trifluoromethyl)phenyl]-1,4-dihydropyridine-3-carboxylate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 2 ETA ETHANOLAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
6JPA Rabbit Cav1.1-Verapamil Complex 提交 2019-03-26 构建体不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 80–524（445 aa）
链 C 1–524（524 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 3 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 8 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 9Z9 (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en × 1 4YH (2S)-2-(3,4-dimethoxyphenyl)-5-{[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethyl](methyl)amino}-2-(propan-2-yl)pentanenitrile × 2 ETA ETHANOLAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
6JPB Rabbit Cav1.1-Diltiazem Complex 提交 2019-03-26 构建体不同 配体/离子不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 80–524（445 aa）
链 C 1–524（524 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 3 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 4 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 C9F Diltiazem × 1 ETA ETHANOLAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CACB1_RABIT
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 6–450； UniProt 80–524 作者链 C； PDB构建体 6–450； UniProt 80–524

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6jp5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6jp5
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6jp5
沉积日期 deposition_date2019-03-25
结构标题 titleRabbit Cav1.1-Nifedipine Complex
关键词 keywordsMembrane protein complex modulated by FDA approved drug., MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier56.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron56.60 Å
零角强度 I(0) i01291440000.00
分子量 molecular_weight313430.0 kDa
排除体积 excluded_volume397530 ų
包络体积 envelope_volume610230 ų
水化壳体积 shell_volume93382 ų
包络直径 envelope_diameter215.4 Å
壳层 Rg shell_rg55.52 Å
包络 Rg envelope_rg56.56 Å
形状 Rg shape_rg56.63 Å
总 Rg total_rg56.45 Å
总原子数 total_atoms22060
残基数 n_residues2694
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax199.8 Å
Rg (实空间) rg_real56.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.29 Å
I(0) (实空间) i0_real1.2910e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5720e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal56.27 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1290000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8418
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary57.1 Å
偏度 Skewness skewness0.564
峰度 Kurtosis kurtosis0.045
角度范围 angular_range— – 0.1400 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha114600000.0000
实空间数据点数 n_real_points29
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.789; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.614
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id6jp5B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains
结构域编号 domain_id6jp5C00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id6jp5E00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)