6la2

343 bp di-nucleosome harboring cohesive DNA termini assembled with linker histone H1.0

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3.1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 34 DNA 4	Histone H4 × 8 （P62805） Histone H2A type 1-B/E × 8 （P04908） Histone H2B type 1-J × 8 （P06899） DNA (343-MER) × 2 DNA (343-MER) × 2 Histone H1.0 × 2 （P07305）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H31_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 E； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 K； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 O； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 U； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 Y； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 e； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 i； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136

Histone H4

Homo sapiens

UniProt P62805

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 34 DNA 4	Histone H3.1 × 8 （P68431） Histone H2A type 1-B/E × 8 （P04908） Histone H2B type 1-J × 8 （P06899） DNA (343-MER) × 2 DNA (343-MER) × 2 Histone H1.0 × 2 （P07305）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 F； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 L； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 P； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 V； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 Z； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 f； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 j； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103

Histone H2A type 1-B/E

Homo sapiens

UniProt P04908

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 34 DNA 4	Histone H3.1 × 8 （P68431） Histone H4 × 8 （P62805） Histone H2B type 1-J × 8 （P06899） DNA (343-MER) × 2 DNA (343-MER) × 2 Histone H1.0 × 2 （P07305）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2A1B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130 作者链 G； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130 作者链 M； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130 作者链 Q； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130 作者链 W； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130 作者链 a； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130 作者链 g； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130 作者链 k； PDB构建体 1–130； UniProt 1–130

Histone H2B type 1-J

Homo sapiens

UniProt P06899

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 34 DNA 4	Histone H3.1 × 8 （P68431） Histone H4 × 8 （P62805） Histone H2A type 1-B/E × 8 （P04908） DNA (343-MER) × 2 DNA (343-MER) × 2 Histone H1.0 × 2 （P07305）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H2B1J_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126 作者链 H； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126 作者链 N； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126 作者链 R； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126 作者链 X； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126 作者链 b； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126 作者链 h； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126 作者链 l； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126

Histone H1.0

Homo sapiens

UniProt P07305

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 34 DNA 4	Histone H3.1 × 8 （P68431） Histone H4 × 8 （P62805） Histone H2A type 1-B/E × 8 （P04908） Histone H2B type 1-J × 8 （P06899） DNA (343-MER) × 2 DNA (343-MER) × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H10_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 1–194； UniProt 1–194 作者链 T； PDB构建体 1–194； UniProt 1–194

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6la2
沉积日期 deposition_date	2019-11-11
结构标题 title	343 bp di-nucleosome harboring cohesive DNA termini assembled with linker histone H1.0
关键词 keywords	Nucleosome, DNA-protein complex, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex, Linker Histone, H1.0; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6la2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6la2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6la2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	88.82 Å
Rg（电子密度）	89.09 Å
总 Rg	89.05 Å
原子数	53828
残基数	4607
排除体积	870640 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6la2__assembly_1__model_1`	38-meric （38）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone H3.1
分子量 formula_weight	15437.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	e,i,A,E,K,O,U,Y
原子数 atom_count	53828

MARTKQTARKSTGGKAPRKQLATKAARKSAPATGGVKKPHRYRPGTVALREIRRYQKSTELLIRKLPFQRLVREIAQDFKTDLRFQSSAVMALQEACEAYLVGLFEDTNLCAIHAKRVTIMPKDIQLARRIRGERA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Histone H4
分子量 formula_weight	11394.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	f,j,B,F,L,P,V,Z

MSGRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRDNIQGITKPAIRRLARRGGVKRISGLIYEETRGVLKVFLENVIRDAVTYTEHAKRKTVTAMDVVYALKRQGRTLYGFGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H2A type 1-B/E
分子量 formula_weight	14165.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	g,k,C,G,M,Q,W,a

MSGRGKQGGKARAKAKTRSSRAGLQFPVGRVHRLLRKGNYSERVGAGAPVYLAAVLEYLTAEILELAGNAARDNKKTRIIPRHLQLAIRNDEELNKLLGRVTIAQGGVLPNIQAVLLPKKTESHHKAKGK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Histone H2B type 1-J
分子量 formula_weight	13935.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	h,l,D,H,N,R,X,b

MPEPAKSAPAPKKGSKKAVTKAQKKDGKKRKRSRKESYSIYVYKVLKQVHPDTGISSKAMGIMNSFVNDIFERIAGEASRLAHYNKRSTITSREIQTAVRLLLPGELAKHAVSEGTKAVTKYTSAK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA (343-MER)
分子量 formula_weight	105735.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I,c

CGCTGAAAAAAAACGCATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCTACCGCGTTTTAACCGCCACTAGAAGCGCTTACTAGTCTCCAGGCACGTGTGAGACCGGCACATGAAAAAAAAAAGCATGCTCGAGTATGAAAAAAAAAACGCATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCTACCGCGTTTTAACCGCCACTAGAAGCGCTTACTAGTCTCCAGGCACGTGTGAGACCGGCACATGAAAAAAAACAGCGGTAC

来源 Source

来源生物 organism	other sequences
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	28384
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (343-MER)
分子量 formula_weight	106122.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J,d

CGCTGTTTTTTTTCATGTGCCGGTCTCACACGTGCCTGGAGACTAGTAAGCGCTTCTAGTGGCGGTTAAAACGCGGTAGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATGCGTTTTTTTTTTCATACTCGAGCATGCTTTTTTTTTTCATGTGCCGGTCTCACACGTGCCTGGAGACTAGTAAGCGCTTCTAGTGGCGGTTAAAACGCGGTAGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATGCGTTTTTTTTCAGCGGTAC

来源 Source

来源生物 organism	other sequences
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	28384
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Histone H1.0
分子量 formula_weight	20927.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,T

MTENSTSAPAAKPKRAKASKKSTDHPKYSDMIVAAIQAEKNRAGSSRQSIQKYIKSHYKVGENADSQIKLSIKRLVTTGVLKQTKGVGASGSFRLAKSDEPKKSVAFKKTKKEIKKVATPKKASKPKKAASKAPTKKPKATPVKKAKKKLAATPKKAKKPKTVKAKPVKASKPKKAKPVKPKAKSSAKRAGKKK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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晶胞边长 a length_a	107.755 Å
晶胞边长 b length_b	205.904 Å
晶胞边长 c length_c	237.677 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.19 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.890 Å
最低分辨率 resolution_low	49.350 Å
R 因子 r_factor	0.2005
R_work r_work	0.1991
R_free r_free	0.2666

343 bp di-nucleosome harboring cohesive DNA termini assembled with linker histone H1.0

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3.1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2A type 1-B/E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H2B type 1-J

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Histone H1.0

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6la2__assembly_1__model_1

6la2__assembly_1__model_1 | I(q)

6la2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)