SAXSdb — 6lxt

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike protein S2, Spike protein S2

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 ZINC ION × 4	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	ZINC ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPIKE_SARS2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–79； UniProt 910–988 作者链 A； PDB构建体 86–130； UniProt 1162–1206 作者链 B； PDB构建体 1–79； UniProt 910–988 作者链 B； PDB构建体 86–130； UniProt 1162–1206 作者链 C； PDB构建体 1–79； UniProt 910–988 作者链 C； PDB构建体 86–130； UniProt 1162–1206 作者链 D； PDB构建体 1–79； UniProt 910–988 作者链 D； PDB构建体 86–130； UniProt 1162–1206 作者链 E； PDB构建体 1–79； UniProt 910–988 作者链 E； PDB构建体 86–130； UniProt 1162–1206 作者链 F； PDB构建体 1–79； UniProt 910–988 作者链 F； PDB构建体 86–130； UniProt 1162–1206

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6lxt
沉积日期 deposition_date	2020-02-11
结构标题 title	Structure of post fusion core of 2019-nCoV S2 subunit
关键词 keywords	2019-nCoV, HR1 and HR2 domain, VIRUS, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6lxt__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6lxt__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6lxt__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	30.33 Å
Rg（电子密度）	31.24 Å
总 Rg	31.17 Å
原子数	2557
残基数	337
排除体积	45434 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6lxt__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6lxt__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Spike protein S2, Spike protein S2
分子量 formula_weight	13979.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	5237

GVTQNVLYENQKLIANQFNSAIGKIQDSLSSTASALGKLQDVVNQNAQALNTLVKQLSSNFGAISSVLNDILSRLDKVESGGRGGPDVDLGDISGINASVVNIQKEIDRLNEVAKNLNESLIDLQELGKYGG

来源 Source

来源生物 organism	Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
通用名 common_name	2019-nCoV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2697049
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	6lxtA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 —

结构域编号 domain_id	6lxtB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 —

结构域编号 domain_id	6lxtC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 —

结构域编号 domain_id	6lxtD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 —

结构域编号 domain_id	6lxtE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 —

结构域编号 domain_id	6lxtF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 —

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晶胞边长 a length_a	51.240 Å
晶胞边长 b length_b	57.580 Å
晶胞边长 c length_c	115.720 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.58 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	47.320 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2593
R_free r_free	0.2896

Structure of post fusion core of 2019-nCoV S2 subunit

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike protein S2, Spike protein S2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6lxt__assembly_2__model_1

6lxt__assembly_2__model_1 | I(q)

6lxt__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of post fusion core of 2019-nCoV S2 subunit

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spike protein S2, Spike protein S2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6lxt__assembly_2__model_1

6lxt__assembly_2__model_1 | I(q)

6lxt__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)