6lxw

Cryo-EM structure of human secretory immunoglobulin A in complex with the N-terminal domain of SpsA

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 158.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interleukin-2,Immunoglobulin heavy constant alpha 1

Homo sapiens

UniProt P01876

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 122–353 链 B; UniProt 122–353 链 C; UniProt 122–353 链 D; UniProt 122–353 未记录 Immunoglobulin J chain × 1 (P01591) Polymeric immunoglobulin receptor × 1 (P01833) SigA binding protein × 1 (O33753) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.27 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IGHA1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 60–291; UniProt 122–353 作者链 B; PDB构建体 60–291; UniProt 122–353 作者链 C; PDB构建体 60–291; UniProt 122–353 作者链 D; PDB构建体 60–291; UniProt 122–353

Interleukin-2,Immunoglobulin heavy constant alpha 1

Homo sapiens

UniProt P60568

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–21 链 B; UniProt 1–21 链 C; UniProt 1–21 链 D; UniProt 1–21 未记录 Immunoglobulin J chain × 1 (P01591) Polymeric immunoglobulin receptor × 1 (P01833) SigA binding protein × 1 (O33753) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.27 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 33 个其他 PDB 条目、77 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IL2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–21; UniProt 1–21 作者链 B; PDB构建体 1–21; UniProt 1–21 作者链 C; PDB构建体 1–21; UniProt 1–21 作者链 D; PDB构建体 1–21; UniProt 1–21

Immunoglobulin J chain

Homo sapiens

UniProt P01591

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 1–159 未记录 Interleukin-2,Immunoglobulin heavy constant alpha 1 × 4 (P60568,P01876) Polymeric immunoglobulin receptor × 1 (P01833) SigA binding protein × 1 (O33753) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.27 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 23 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IGJ_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 1–159; UniProt 1–159

Polymeric immunoglobulin receptor

Homo sapiens

UniProt P01833

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 1–565 未记录 Interleukin-2,Immunoglobulin heavy constant alpha 1 × 4 (P60568,P01876) Immunoglobulin J chain × 1 (P01591) SigA binding protein × 1 (O33753) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.27 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PIGR_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 1–565; UniProt 1–565

SigA binding protein

Streptococcus pneumoniae

UniProt O33753

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 S; UniProt 38–324 未记录 Interleukin-2,Immunoglobulin heavy constant alpha 1 × 4 (P60568,P01876) Immunoglobulin J chain × 1 (P01591) Polymeric immunoglobulin receptor × 1 (P01833) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.27 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 O33753_STREE
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 S; PDB构建体 31–317; UniProt 38–324

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6lxw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6lxw
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6lxw
沉积日期 deposition_date2020-02-12
结构标题 titleCryo-EM structure of human secretory immunoglobulin A in complex with the N-terminal domain of SpsA
关键词 keywordsimmunoglobulin, dimer, transcytosis, secreted, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier46.30
回转半径 Rg (电子) rg_electron46.28
零角强度 I(0) i0463156000.00
分子量 molecular_weight175060.0 kDa
排除体积 excluded_volume218530 ų
包络体积 envelope_volume330690 ų
水化壳体积 shell_volume61061 ų
包络直径 envelope_diameter170.9
壳层 Rg shell_rg48.30
包络 Rg envelope_rg46.56
形状 Rg shape_rg46.26
总 Rg total_rg46.42
总原子数 total_atoms12299
残基数 n_residues1595
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax158.7
Rg (实空间) rg_real46.42
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.50
I(0) (实空间) i0_real4.6320e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.2330e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal46.30
I(0) (倒空间) i0_reciprocal463100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8769
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary51.4
偏度 Skewness skewness0.384
峰度 Kurtosis kurtosis-0.233
角度范围 angular_range— – 0.1700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha28610000.0000
实空间数据点数 n_real_points35
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.872; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.780

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id6lxwA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6lxwA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6lxwB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6lxwB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6lxwC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6lxwC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6lxwD01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6lxwD02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)