SAXSdb — 6lye

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable uracil-DNA glycosylase

Acanthamoeba polyphaga mimivirus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Uracil-DNA glycosylase inhibitor × 1 （P14739）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UNG_MIMIV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–276； UniProt 95–370

Uracil-DNA glycosylase inhibitor

Bacillus phage PBS2

UniProt P14739

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Probable uracil-DNA glycosylase × 1 （Q5UPT2）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UNGI_BPPB2
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–83； UniProt 2–84

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6lye
沉积日期 deposition_date	2020-02-14
结构标题 title	Crystal Structure of mimivirus UNG Y322F in complex with UGI
关键词 keywords	UDG, UNG, uracil DNA glycosylase, UGI, DNA BINDING PROTEIN-INHIBITOR complex; DNA BINDING PROTEIN/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6lye__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6lye__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6lye__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.10 Å
Rg（电子密度）	19.87 Å
总 Rg	20.89 Å
原子数	2851
残基数	353
排除体积	51190 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6lye__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Probable uracil-DNA glycosylase
分子量 formula_weight	31831.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.2.-
突变 mutation	Y322F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2851

NRIITEYILIDANNYHFKSWIECFPDCKVNLKLLLFRPEWFDFFKYVESKTYFPQLESKLSSYLEKRQRIVPYPELLFNTMNVLPPGKIKVVILGQDPYPGSCISGVPYAMGCSFSVPLNCPVPKSLANIYTNLIKFNHMRKAPKHGCLASWILQGTFMINSAFTTVLNESGVHARTWESFTADLIDYLTDNYDDLIFVAWGAHAHKLCQRVDPKKHYIITSSHPSPFSVSNTMTSMSYGPNPKKVTYPSFNSVDHFGKINEHLKSRNKKPIFWDL

来源 Source

来源生物 organism	Acanthamoeba polyphaga mimivirus
通用名 common_name	APMV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	212035
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Uracil-DNA glycosylase inhibitor
分子量 formula_weight	9351.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

TNLSDIIEKETGKQLVIQESILMLPEEVEEVIGNKPESDILVHTAYDESTDENVMLLTSDAPEYKPWALVIQDSNGENKIKML

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus phage PBS2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10684
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d6lyei_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.5 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein
家族 Family family	d.17.5.1 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6lyeA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — Uracil-DNA Glycosylase, subunit E
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Uracil-DNA glycosylase-like domain

结构域编号 domain_id	6lyeI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor

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晶胞边长 a length_a	104.230 Å
晶胞边长 b length_b	104.230 Å
晶胞边长 c length_c	83.120 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	45.133 Å
R 因子 r_factor	0.1868
R_work r_work	0.1732
R_free r_free	0.2085

Crystal Structure of mimivirus UNG Y322F in complex with UGI

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable uracil-DNA glycosylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Uracil-DNA glycosylase inhibitor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6lye__assembly_1__model_1

6lye__assembly_1__model_1 | I(q)

6lye__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of mimivirus UNG Y322F in complex with UGI

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable uracil-DNA glycosylase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Uracil-DNA glycosylase inhibitor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6lye__assembly_1__model_1

6lye__assembly_1__model_1 | I(q)

6lye__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)