SAXSdb — 6m6o

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CASP8 and FADD-like apoptosis regulator

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–173	突变：F114G	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）110；压力 1 NMR样品组成：0.6 nM [U-99% 13C; U-99% 15N] c-FLIPS, 1.0 nM EDTA-Na2, 1.0 nM TCEP, 0.02 % NaN3, 60 nM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6M6O	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2N5R NMR structure of cFLIP-derived calmodulin binding peptide 提交 2015-07-24	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 62–73（12 aa）片段：DED 1 domain residues 62-73	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；288 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 ambient NMR样品组成 20 mM potassium phosphate, 150 mM sodium chloride, 1 mM calcium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3H11 Zymogen caspase-8:c-FLIPL protease domain complex 提交 2009-04-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 209–480（272 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；293 K；0.9 M sodium dihydrogen phosphate, 0.8 M dipotassium hydrogen phosphate, 0.1 M N-cyclohexyl-3-aminopropanesulfonic acid (CAPS), 0.2 M lithium sulfate, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.250
3H13 c-FLIPL protease-like domain 提交 2009-04-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 209–480（272 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；0.1 M Mes, 18% PEG, 5000 monomethyl ether, 0.1 M ammonium sulfate , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.20 Å R-free 0.220
7DEE Structural Basis of the regulation of DISC Assembly by the interaction of c-FLIPs with Procaspase-8 提交 2020-11-03	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–173（172 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）110；压力 1 NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）60；压力 1 NMR样品组成 10 mM C8-H1a, 0.002 % v/v sodium azide, 110 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 04 mM C8-H1a, 0.002 % v/v sodium azide, 110 mM sodium phosphate, 0.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] c-FLIPs, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.002 % v/v sodium azide, 110 mM sodium phosphate, 0.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] c-FLIPs, 1 mM TCEP, 1 mM EDTA, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
8YBX Structure of the FADD/Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-02-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 H 1–181（181 aa）链 I 1–181（181 aa）链 J 1–181（181 aa）链 K 1–181（181 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.68 Å
8YD7 Structure of FADD/Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 G 1–181（181 aa）链 H 1–181（181 aa）链 I 1–181（181 aa）链 K 1–181（181 aa）	突变：H7G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：H7G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：H7G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：H7G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SE SELENIUM ATOM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；HEPES, TBG, PEG8000, TCEP, sodium chloride	分辨率 3.32 Å R-free 0.231
8YD8 Structure of FADD/Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-02-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 H 1–181（181 aa）链 I 1–181（181 aa）链 J 1–181（181 aa）链 K 1–181（181 aa）	突变：H7G 突变：H7G 突变：H7G 突变：H7G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；HEPES, PEG 8000, TBG, TCEP, sodium chloride	分辨率 3.11 Å R-free 0.241
8YM4 Structure of Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 F 1–181（181 aa）链 G 1–181（181 aa）链 H 1–181（181 aa）链 I 1–181（181 aa）链 J 1–181（181 aa）链 K 1–181（181 aa）	突变：H7G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：H7G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：H7G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：H7G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：H7G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：H7G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SE SELENIUM ATOM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M MES pH 6.5, 0.08 M sodium chloride, 0.2 M Potassium Thiocyanate, 10 % PEG 4000, 0.01 M TCEP	分辨率 2.34 Å R-free 0.253
8YM5 Structure of Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 F 1–181（181 aa）链 G 1–181（181 aa）链 H 1–181（181 aa）链 I 1–181（181 aa）链 J 1–181（181 aa）链 K 1–181（181 aa）	突变：H7G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：H7G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：H7G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：H7G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：H7G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：H7G 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M MES pH 6.5, 0.08 M sodium chloride, 0.2 M Potassium Thiocyanate, 10 % PEG 4000, 0.01 M TCEP	分辨率 2.09 Å R-free 0.231
8YM6 Structure of Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-03-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric	链 F 1–181（181 aa）链 G 1–181（181 aa）链 H 1–181（181 aa）链 I 1–181（181 aa）链 J 1–181（181 aa）链 K 1–181（181 aa）链 M 1–181（181 aa）链 N 1–181（181 aa）链 O 1–181（181 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M Lithium chloride, 20 % PEG 400, 0.1 M TBG pH 9.0	分辨率 3.30 Å R-free 0.264
8YNI Structure of the FADD/Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：11-meric	链 G 1–181（181 aa）链 H 1–181（181 aa）链 I 1–181（181 aa）链 J 1–181（181 aa）链 K 1–181（181 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.66 Å
8YNK Structure of the Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 G 1–181（181 aa）链 H 1–181（181 aa）链 I 1–181（181 aa）链 J 1–181（181 aa）链 K 1–181（181 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.62 Å
8YNL Structure of the Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 F 1–181（181 aa）链 G 1–181（181 aa）链 H 1–181（181 aa）链 I 1–181（181 aa）链 J 1–181（181 aa）链 K 1–181（181 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.55 Å
8YNM Structure of the Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 F 1–181（181 aa）链 G 1–181（181 aa）链 H 1–181（181 aa）链 I 1–181（181 aa）链 J 1–181（181 aa）链 K 1–181（181 aa）链 N 1–181（181 aa）链 O 1–181（181 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.49 Å
8YNN Structure of the Caspase-8/cFLIP death effector domain assembly 提交 2024-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 H 1–181（181 aa）链 I 1–181（181 aa）链 J 1–181（181 aa）链 K 1–181（181 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.97 Å

共 15 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CFLAR_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–177； UniProt 2–173

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6m6o
沉积日期 deposition_date	2020-03-16
结构标题 title	NMR SOLUTION STRUCTURE OF A C-FLIPs
关键词 keywords	Apoptosis, c-FLIPS; APOPTOSIS
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.54 Å
零角强度 I(0) i0	638671000.00
分子量 molecular_weight	215440.0 kDa
排除体积 excluded_volume	271470 Å³
包络体积 envelope_volume	47944 Å³
水化壳体积 shell_volume	20609 Å³
包络直径 envelope_diameter	63.9 Å
壳层 Rg shell_rg	26.03 Å
包络 Rg envelope_rg	19.77 Å
形状 Rg shape_rg	17.53 Å
总 Rg total_rg	17.81 Å
总原子数 total_atoms	30820
残基数 n_residues	1850
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	59.2 Å
Rg (实空间) rg_real	18.08 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.3870e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.2150e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	638700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7929
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	23.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.229
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.318
角度范围 angular_range	— – 0.4400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1372000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.769; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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描述 description	CASP8 and FADD-like apoptosis regulator
分子量 formula_weight	21588.2 kDa
突变 mutation	F114G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	30820

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/m6/6m6o/6m6o.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m6/6m6o/6m6o.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m6/6m6o/6m6o.dat

NMR SOLUTION STRUCTURE OF A C-FLIPs

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CASP8 and FADD-like apoptosis regulator

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)