6me3

XFEL crystal structure of human melatonin receptor MT1 in complex with 2-phenylmelatonin

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 100.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

chimera protein of Melatonin receptor type 1A and GlgA glycogen synthase

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 12–218 链 A； UniProt 228–325	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	JEY N-[2-(5-methoxy-2-phenyl-1H-indol-3-yl)ethyl]acetamide × 1 OLA OLEIC ACID × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；60-100 mM potassium phosphate monobasic, 32-35% (vol/vol) PEG 400, 100 mM HEPES pH 7.0, 1 mM ligand, 2.5% (vol/vol) DMSO, 1.5% (vol/vol) propan-2-ol	分辨率 2.90 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6ME3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6ME2 XFEL crystal structure of human melatonin receptor MT1 in complex with ramelteon 提交 2018-09-05	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 12–218（207 aa）链 A 228–325（98 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	JEV N-{2-[(8S)-1,6,7,8-tetrahydro-2H-indeno[5,4-b]furan-8-yl]ethyl}propanamide × 1 OLA OLEIC ACID × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；60-100 mM potassium phosphate monobasic, 32-35% (vol/vol) PEG 400, 100 mM HEPES pH 7.0, 1 mM ligand, 2.5% (vol/vol) DMSO, 1.5% (vol/vol) propan-2-ol	分辨率 2.80 Å R-free 0.228
6ME4 XFEL crystal structure of human melatonin receptor MT1 in complex with 2-iodomelatonin 提交 2018-09-05	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 12–218（207 aa）链 A 228–325（98 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ML2 N-[2-(2-iodo-5-methoxy-1H-indol-3-yl)ethyl]acetamide × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；60-100 mM potassium phosphate monobasic, 32-35% (vol/vol) PEG 400, 100 mM HEPES pH 7.0, 1 mM ligand, 2.5% (vol/vol) DMSO, 1.5% (vol/vol) propan-2-ol	分辨率 3.20 Å R-free 0.249
6ME5 XFEL crystal structure of human melatonin receptor MT1 in complex with agomelatine 提交 2018-09-05	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 12–218（207 aa）链 A 228–325（98 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	AWY ~{N}-[2-(7-methoxynaphthalen-1-yl)ethyl]ethanamide × 1 OLA OLEIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；60-100 mM potassium phosphate monobasic, 32-35% (vol/vol) PEG 400, 100 mM HEPES pH 7.0, 1 mM ligand, 2.5% (vol/vol) DMSO, 1.5% (vol/vol) propan-2-ol	分辨率 3.20 Å R-free 0.257
6PS8 XFEL MT1R structure by ligand exchange from agomelatine to 2-phenylmelatonin. 提交 2019-07-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 12–218（207 aa）链 A 228–325（98 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	JEY N-[2-(5-methoxy-2-phenyl-1H-indol-3-yl)ethyl]acetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；60-100 mM potassium phosphate monobasic, 100 mM HEPES pH 7.0, 32-35% PEG 400, 1 mM of target ligand 2-phenylmelatonin, 2.5% DMSO, 1.5% propan-2-ol.	分辨率 3.30 Å R-free 0.307
7DB6 human melatonin receptor MT1 - Gi1 complex 提交 2020-10-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–340（340 aa）	未记录	JEV N-{2-[(8S)-1,6,7,8-tetrahydro-2H-indeno[5,4-b]furan-8-yl]ethyl}propanamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7VGY Melatonin receptor1-2-Iodomelatonin-Gicomplex 提交 2021-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–350（350 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1 ML2 N-[2-(2-iodo-5-methoxy-1H-indol-3-yl)ethyl]acetamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7VGZ MT1-remalteon-Gi complex 提交 2021-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–350（350 aa）	未记录	JEV N-{2-[(8S)-1,6,7,8-tetrahydro-2H-indeno[5,4-b]furan-8-yl]ethyl}propanamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	MTR1A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–209； UniProt 12–218 作者链 A； PDB构建体 406–503； UniProt 228–325

chimera protein of Melatonin receptor type 1A and GlgA glycogen synthase

Homo sapiens

UniProt Q9V2J8

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 218–413	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	JEY N-[2-(5-methoxy-2-phenyl-1H-indol-3-yl)ethyl]acetamide × 1 OLA OLEIC ACID × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；60-100 mM potassium phosphate monobasic, 32-35% (vol/vol) PEG 400, 100 mM HEPES pH 7.0, 1 mM ligand, 2.5% (vol/vol) DMSO, 1.5% (vol/vol) propan-2-ol	分辨率 2.90 Å R-free 0.229

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6ME3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2BFW Structure of the C domain of glycogen synthase from Pyrococcus abyssi 提交 2004-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 218–413（196 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 218-413	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；30% PEG8K, 0.1 M NAAC PH 4.5, 0.2M LITHIUM SULPHATE	分辨率 1.80 Å R-free 0.235
2BIS Structure of glycogen synthase from Pyrococcus abyssi 提交 2005-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–437（437 aa）	未记录	GLC alpha-D-glucopyranose × 1 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 4 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.60	分辨率 2.80 Å R-free 0.266
2BIS Structure of glycogen synthase from Pyrococcus abyssi 提交 2005-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–437（437 aa）	未记录	DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 3 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.60	分辨率 2.80 Å R-free 0.266
2BIS Structure of glycogen synthase from Pyrococcus abyssi 提交 2005-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–437（437 aa）	未记录	GLC alpha-D-glucopyranose × 1 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 3 GOL GLYCEROL × 1 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.60	分辨率 2.80 Å R-free 0.266
3FRO Crystal structure of Pyrococcus abyssi glycogen synthase with open and closed conformations 提交 2009-01-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–437（437 aa）链 B 1–437（437 aa）链 C 1–437（437 aa）	未记录	TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 3 NHF 1,5-anhydro-D-fructose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；26-30% MPD, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.255
3L01 Crystal structure of monomeric glycogen synthase from Pyrococcus abyssi 提交 2009-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–426（426 aa）片段：UNP residues 1-426	突变：T426A	K POTASSIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；ammonium sulfate, potassium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.228
3L01 Crystal structure of monomeric glycogen synthase from Pyrococcus abyssi 提交 2009-12-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–426（426 aa）片段：UNP residues 1-426	突变：T426A	K POTASSIUM ION × 3 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；ammonium sulfate, potassium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.228
4S0V Crystal structure of the human OX2 orexin receptor bound to the insomnia drug Suvorexant 提交 2015-01-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 218–413（196 aa）片段：UNP O43614 residues 3-254, 294-388, and UNP Q9V2J8 residues 218-413	未记录	SUV [(7R)-4-(5-chloro-1,3-benzoxazol-2-yl)-7-methyl-1,4-diazepan-1-yl][5-methyl-2-(2H-1,2,3-triazol-2-yl)phenyl]methanone × 1 OLA OLEIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 Lipidic Cubic Phase (LCP)；pH 5.9；293 K；31% PEG 400, 0.1 M sodium citrate, 0.2 M sodium formate, 3%(w/v) hexanediol, pH 5.9, Lipidic Cubic Phase (LCP), temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.242
4ZJ8 Structures of the human OX1 orexin receptor bound to selective and dual antagonists 提交 2015-04-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 218–413（196 aa）片段：UNP O43613 residues 1-245,UNP Q9V2J8 residues 218-413,UNP O43613 residues 288-380	未记录	SUV [(7R)-4-(5-chloro-1,3-benzoxazol-2-yl)-7-methyl-1,4-diazepan-1-yl][5-methyl-2-(2H-1,2,3-triazol-2-yl)phenyl]methanone × 1 OLA OLEIC ACID × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 5.4；293 K；100mM Sodium Citrate pH 5.4, 31% PEG 400, 200 mM Sodium Formate	分辨率 2.75 Å R-free 0.273
4ZJC Structures of the human OX1 orexin receptor bound to selective and dual antagonists 提交 2015-04-29	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 218–413（196 aa）片段：UNP O43613 residues 1-245,UNP Q9V2J8 residues 218-413,UNP O43613 residues 288-380	未记录	4OT [5-(2-fluorophenyl)-2-methyl-1,3-thiazol-4-yl]{(2S)-2-[(5-phenyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)methyl]pyrrolidin-1-yl}methanone × 1 OLA OLEIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 5.6；293 K；100 mM Sodium Citrate pH 5.6, 32% PEG 400, 200 mM Potossium	分辨率 2.83 Å R-free 0.262
5U09 High-resolution crystal structure of the human CB1 cannabinoid receptor 提交 2016-11-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 218–413（196 aa）片段：P21554 residues 90-301, 333-421 and Q9V2J8 residues 218-413	突变：T210A	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 9 SO4 SULFATE ION × 4 7DY N-[(2S,3S)-4-(4-chlorophenyl)-3-(3-cyanophenyl)butan-2-yl]-2-methyl-2-{[5-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]oxy}propanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 5.5；293 K；31% PEG400, 100mM Sodium Citrate pH5.5, 100mM magnesium sulfate	分辨率 2.60 Å R-free 0.238
5WQC Crystal structure of human orexin 2 receptor bound to the selective antagonist EMPA determined by the synchrotron light source at SPring-8. 提交 2016-11-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 218–413（196 aa）片段：UNP residues 3-254,UNP residues 218-413,UNP residues 294-386	未记录	7MA N-ethyl-2-[(6-methoxypyridin-3-yl)-(2-methylphenyl)sulfonyl-amino]-N-(pyridin-3-ylmethyl)ethanamide × 1 OLA OLEIC ACID × 5 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；50 mM MES-NaOH (pH 5.8-6.2), 26-29% PEG300, 100 mM sodium malonate, 0.5 mM EMPA, 5% DMSO	分辨率 1.96 Å R-free 0.215
5WS3 Crystal structures of human orexin 2 receptor bound to the selective antagonist EMPA determined by serial femtosecond crystallography at SACLA 提交 2016-12-05	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 218–413（196 aa）片段：UNP residues 3-254,UNP residues 218-413,UNP residues 294-388	未记录	7MA N-ethyl-2-[(6-methoxypyridin-3-yl)-(2-methylphenyl)sulfonyl-amino]-N-(pyridin-3-ylmethyl)ethanamide × 1 OLA OLEIC ACID × 4 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6；293 K；0.1M MES, 0.1M sodium malonate, 27-30% PEG 300, pH 6.0	分辨率 2.30 Å R-free 0.219
6E59 Crystal structure of the human NK1 tachykinin receptor 提交 2018-07-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 218–413（196 aa）片段：receptor (UNP residues 1-227, 238-346) with intervening glycogen synthase (UNP residues 218-413)	未记录	L76 1-(4-{[(2R,3S)-2-{(1R)-1-[3,5-bis(trifluoromethyl)phenyl]ethoxy}-3-(4-fluorophenyl)morpholin-4-yl]methyl}-1H-1,2,3-triazol-5-yl)-N,N-dimethylmethanamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；100 mM sodium citrate, pH 5.4, 30% PEG300, 200 mM potassium nitrate, 2% 2,5-hexanediol	分辨率 3.40 Å R-free 0.305
6FJ3 High resolution crystal structure of parathyroid hormone 1 receptor in complex with a peptide agonist. 提交 2018-01-19	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 218–413（196 aa）	突变：;Y191C, K240M, L300A, M312K, V334I, K359N, L407A, A426L, Q440R, I458A,Y191C, K240M, L300A, M312K, V334I, K359N, L407A, A426L, Q440R, I458A,Y191C, K240M, L300A, M312K, V334I, K359N, L407A, A426L, Q440R, I458A,Y191C, K240M, L300A, M312K, V334I, K359N, L407A, A426L, Q440R, I458A ; 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MAN alpha-D-mannopyranose × 3 OLA OLEIC ACID × 9 ACY ACETIC ACID × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6；293 K；0.1 M sodium citrate pH 6.0, 0.3 M sodium acetate, 31% PEG400, 20 uM E-PTH(1-34)	分辨率 2.50 Å R-free 0.248
6HLL Crystal structure of the Neurokinin 1 receptor in complex with the small molecule antagonist CP-99,994 提交 2018-09-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 220–413（194 aa）	突变：;L74A; V116I; A144L; M181K; A215L; W224R; K243A,L74A; V116I; A144L; M181K; A215L; W224R; K243A,L74A; V116I; A144L; M181K; A215L; W224R; K243A ;	GBK (2~{S},3~{S})-~{N}-[(2-methoxyphenyl)methyl]-2-phenyl-piperidin-3-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6；293 K；100 mM MES pH 6.0, 31% (v/v) PEG400, 190-210 mM potassium acetate, 2.4% (v/v) 2,5-hexanediol and 50 uM CP-99,994	分辨率 3.27 Å R-free 0.275
6HLO Crystal structure of the Neurokinin 1 receptor in complex with the small molecule antagonist Aprepitant 提交 2018-09-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 220–413（194 aa）	突变：;L74A; V116I; A144L; M181K; A215L; W224R; K243A,L74A; V116I; A144L; M181K; A215L; W224R; K243A,L74A; V116I; A144L; M181K; A215L; W224R; K243A ; 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GBQ 5-[[(2~{R},3~{S})-2-[(1~{R})-1-[3,5-bis(trifluoromethyl)phenyl]ethoxy]-3-(4-fluorophenyl)morpholin-4-yl]methyl]-1,2-dihydro-1,2,4-triazol-3-one × 1 CIT CITRIC ACID × 1 OLA OLEIC ACID × 17 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6；293 K；100 mM sodium citrate pH 6.0, 31% (v/v) PEG400, 50-70 mM MgCl2 and 50 uM aprepitant	分辨率 2.40 Å R-free 0.229
6HLP Crystal structure of the Neurokinin 1 receptor in complex with the small molecule antagonist Netupitant 提交 2018-09-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 220–413（194 aa）	突变：;L74A; V116I; A144L; M181K; A215L; W224R; K243A,L74A; V116I; A144L; M181K; A215L; W224R; K243A,L74A; V116I; A144L; M181K; A215L; W224R; K243A ; 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GAW 2-[3,5-bis(trifluoromethyl)phenyl]-~{N},2-dimethyl-~{N}-[4-(2-methylphenyl)-6-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl]propanamide × 1 CIT CITRIC ACID × 1 OLA OLEIC ACID × 9 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 7 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6；293 K；100 mM sodium citrate pH 6.0, 31% (v/v) PEG400, 40-50 mM Mg(HCO2)2 and 50 uM netupitant	分辨率 2.20 Å R-free 0.225
6KP6 The structural study of mutation induced inactivation of Human muscarinic receptor M4 提交 2019-08-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 218–413（196 aa）	突变：I93T G150A I187A S219Y N449R T459E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 7.8；293.15 K；300 mM diammonium hydrogen phosphate, 22-26% PEG 300, 0.1M HEPES sodium pH 7.6-8.2	分辨率 3.00 Å R-free 0.264
6KQI Structure of an allosteric modulator bound to the CB1 cannabinoid receptor 提交 2019-08-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 218–413（196 aa）片段：C1	突变：S203K,T210A,E273K,T283V,R340E	9GF 2-[(1R,2R,5R)-5-hydroxy-2-(3-hydroxypropyl)cyclohexyl]-5-(2-methyloctan-2-yl)phenol × 1 9GL 5-chloro-3-ethyl-N-{2-[4-(piperidin-1-yl)phenyl]ethyl}-1H-indole-2-carboxamide × 1 OLA OLEIC ACID × 4 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6；293 K；33% PEG 400, 100mM Sodium Cacodylate pH 6.0, 100mM Sodium Malonate	分辨率 3.25 Å R-free 0.312
6LFL Crystal structure of a class A GPCR 提交 2019-12-03	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 218–413（196 aa）	突变：L135W, A249E, G303A	EBX 4-[[3,4-bis(oxidanylidene)-2-[[(1~{R})-1-(4-propan-2-ylfuran-2-yl)propyl]amino]cyclobuten-1-yl]amino]-~{N},~{N}-dimethyl-3-oxidanyl-pyridine-2-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；100mM HEPES pH7.0, 32% PEG 400, 50-150 mM Sodium tartrate dibasic dihydrate salt	分辨率 3.20 Å R-free 0.264
6ME2 XFEL crystal structure of human melatonin receptor MT1 in complex with ramelteon 提交 2018-09-05	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 218–413（196 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	JEV N-{2-[(8S)-1,6,7,8-tetrahydro-2H-indeno[5,4-b]furan-8-yl]ethyl}propanamide × 1 OLA OLEIC ACID × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；60-100 mM potassium phosphate monobasic, 32-35% (vol/vol) PEG 400, 100 mM HEPES pH 7.0, 1 mM ligand, 2.5% (vol/vol) DMSO, 1.5% (vol/vol) propan-2-ol	分辨率 2.80 Å R-free 0.228
6ME4 XFEL crystal structure of human melatonin receptor MT1 in complex with 2-iodomelatonin 提交 2018-09-05	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 218–413（196 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ML2 N-[2-(2-iodo-5-methoxy-1H-indol-3-yl)ethyl]acetamide × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；60-100 mM potassium phosphate monobasic, 32-35% (vol/vol) PEG 400, 100 mM HEPES pH 7.0, 1 mM ligand, 2.5% (vol/vol) DMSO, 1.5% (vol/vol) propan-2-ol	分辨率 3.20 Å R-free 0.249
6ME5 XFEL crystal structure of human melatonin receptor MT1 in complex with agomelatine 提交 2018-09-05	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 218–413（196 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	AWY ~{N}-[2-(7-methoxynaphthalen-1-yl)ethyl]ethanamide × 1 OLA OLEIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；60-100 mM potassium phosphate monobasic, 32-35% (vol/vol) PEG 400, 100 mM HEPES pH 7.0, 1 mM ligand, 2.5% (vol/vol) DMSO, 1.5% (vol/vol) propan-2-ol	分辨率 3.20 Å R-free 0.257
6PS8 XFEL MT1R structure by ligand exchange from agomelatine to 2-phenylmelatonin. 提交 2019-07-12	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 218–413（196 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	JEY N-[2-(5-methoxy-2-phenyl-1H-indol-3-yl)ethyl]acetamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；60-100 mM potassium phosphate monobasic, 100 mM HEPES pH 7.0, 32-35% PEG 400, 1 mM of target ligand 2-phenylmelatonin, 2.5% DMSO, 1.5% propan-2-ol.	分辨率 3.30 Å R-free 0.307
6TPG Crystal structure of the Orexin-2 receptor in complex with EMPA at 2.74 A resolution 提交 2019-12-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 218–413（196 aa）	突变：E54A Y91L D100A V142A R170L L206A Y219A M233A A242L L310V L318A T347A N14D N22D N202D C381W C382W C383W 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	7MA N-ethyl-2-[(6-methoxypyridin-3-yl)-(2-methylphenyl)sulfonyl-amino]-N-(pyridin-3-ylmethyl)ethanamide × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 OLA OLEIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；100 mM trisodium citrate buffer 150-300 mM sodium chloride 28-43 % (v/v) polyethylene glycol 400	分辨率 2.74 Å R-free 0.275
6TPJ Crystal structure of the Orexin-2 receptor in complex with suvorexant at 2.76 A resolution 提交 2019-12-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 218–413（196 aa）	突变：E54A Y91L D100A V142A R170L L206A Y219A M233A A242L L310V L318A T347A N14D N22D N202D C381W C382W C383W 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	OLA OLEIC ACID × 13 SUV [(7R)-4-(5-chloro-1,3-benzoxazol-2-yl)-7-methyl-1,4-diazepan-1-yl][5-methyl-2-(2H-1,2,3-triazol-2-yl)phenyl]methanone × 1 NH4 AMMONIUM ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；100 mM N-(2-Acetamido)iminodiacetic acid (ADA) 150-300 mM ammonium nitrate 28-43 % (v/v) polyethylene glycol 400	分辨率 2.74 Å R-free 0.254
6TPJ Crystal structure of the Orexin-2 receptor in complex with suvorexant at 2.76 A resolution 提交 2019-12-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 218–413（196 aa）	突变：E54A Y91L D100A V142A R170L L206A Y219A M233A A242L L310V L318A T347A N14D N22D N202D C381W C382W C383W 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	OLA OLEIC ACID × 21 SUV [(7R)-4-(5-chloro-1,3-benzoxazol-2-yl)-7-methyl-1,4-diazepan-1-yl][5-methyl-2-(2H-1,2,3-triazol-2-yl)phenyl]methanone × 1 NH4 AMMONIUM ION × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；100 mM N-(2-Acetamido)iminodiacetic acid (ADA) 150-300 mM ammonium nitrate 28-43 % (v/v) polyethylene glycol 400	分辨率 2.74 Å R-free 0.254
6TPN Crystal structure of the Orexin-2 receptor in complex with HTL6641 at 2.61 A resolution 提交 2019-12-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 218–413（196 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NU8 2-(5,6-dimethoxypyridin-3-yl)-1,1-bis(oxidanylidene)-4-[[2,4,6-tris(fluoranyl)phenyl]methyl]pyrido[2,3-e][1,2,4]thiadiazin-3-one × 1 NO3 NITRATE ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 OLA OLEIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；100 mM trisodium citrate buffer 150-300 mM lithium nitrate or 150-300 mM potassium nitrate 28-43 % (v/v) polyethylene glycol 400	分辨率 2.61 Å R-free 0.251
6V9S Structure-based development of subtype-selective orexin 1 receptor antagonists 提交 2019-12-16	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 218–413（196 aa）	未记录	JHC [(2S)-2-[(2S)-butan-2-yl]-4-(5-chloro-1,3-benzoxazol-2-yl)-1,4-diazepan-1-yl][5-methyl-2-(2H-1,2,3-triazol-2-yl)phenyl]methanone × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 OLA OLEIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；293 K；100mM Sodium Citrate pH 5.3, 31% PEG 400, 200 mM Ammonium Formate	分辨率 3.50 Å R-free 0.273
6W25 Crystal structure of the Melanocortin-4 Receptor (MC4R) in complex with SHU9119 提交 2020-03-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 218–413（196 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 1 OLA OLEIC ACID × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 7.9；293 K；19% PEG 400, 100 mM Bis-tris propane buffer, and 50 mM CaCl2 2H2O	分辨率 2.75 Å R-free 0.259
7BR3 Crystal structure of the protein 1 提交 2020-03-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 218–413（196 aa）	突变：P128K	1QW (2R)-2,3-dihydroxypropyl dodecanoate × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6 FMT FORMIC ACID × 1 F5O 4-[[(1R)-2-[5-(2-fluoranyl-3-methoxy-phenyl)-3-[[2-fluoranyl-6-(trifluoromethyl)phenyl]methyl]-4-methyl-2,6-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-1-phenyl-ethyl]amino]butanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；293.15 K；100 mM Na cacodyalte pH 6.0-6.5, 30%-38% PEG400, 150-350 mM NH4NO3	分辨率 2.79 Å R-free 0.284
7FEE Crystal structure of the allosteric modulator ZCZ011 binding to CP55940-bound cannabinoid receptor 1 提交 2021-07-19	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 218–413（196 aa）	突变：S203K,T210A,E273K,T283V,R340E,N393D	CLR CHOLESTEROL × 2 9GF 2-[(1R,2R,5R)-5-hydroxy-2-(3-hydroxypropyl)cyclohexyl]-5-(2-methyloctan-2-yl)phenol × 1 7IC 6-methyl-3-[(1S)-2-nitro-1-thiophen-2-yl-ethyl]-2-phenyl-1H-indole × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 GOL GLYCEROL × 4 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 2 OLA OLEIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6；293 K；25-36% PEG 300, 100Mm MES pH 6.0, 120-190mM Magnesium Sulfate	分辨率 2.70 Å R-free 0.319
7W41 Crystal Structure of Human Gastrin Releasing Peptide Receptor in complex with the antagonist PD176252 提交 2021-11-26	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 218–413（196 aa）	突变：S127K,I157A,R259E	8B8 (2S)-3-(1H-indol-3-yl)-N-[[1-(5-methoxypyridin-2-yl)cyclohexyl]methyl]-2-methyl-2-[(4-nitrophenyl)carbamoylamino]propanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 LIPIDIC CUBIC PHASE；pH 6.8；294 K；100mM MES, pH 6.8, 300mM Ammonium dihydrogen phosphate, 28% PEG 400, 5% polypropylene glycol P 400	分辨率 2.95 Å R-free 0.321
8CXO Cryo-EM structure of the unliganded mSMO-PGS2 in a lipidic environment 提交 2022-05-22	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 218–413（196 aa）	未记录	CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8JHQ Cryo-EM structure of human S1P transporter SPNS2 bound with S1P 提交 2023-05-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 218–413（196 aa）	未记录	S1P (2S,3R,4E)-2-amino-3-hydroxyoctadec-4-en-1-yl dihydrogen phosphate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8KIG Cryo-EM structure of MC3R in complex with SHU9119 提交 2023-08-23	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 218–413（196 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9B9Y Structural mechanism of CB1R binding to peripheral and biased inverse agonists 提交 2024-04-03	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 218–413（196 aa）	未记录	7DY N-[(2S,3S)-4-(4-chlorophenyl)-3-(3-cyanophenyl)butan-2-yl]-2-methyl-2-{[5-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]oxy}propanamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9B9Z Structural mechanism of CB1R binding to peripheral and biased inverse agonists 提交 2024-04-03	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 218–413（196 aa）	未记录	A1AKO (4S)-3-(4-chlorophenyl)-N'-[(1E)-ethanimidoyl]-4-phenyl-N-[4-(trifluoromethyl)benzene-1-sulfonyl]-4,5-dihydro-1H-pyrazole-1-carboximidamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9BA0 Structural mechanism of CB1R binding to peripheral and biased inverse agonists 提交 2024-04-03	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 R 218–413（196 aa）	未记录	A1AKN N-(N-{(E)-[(4S)-3-(4-chlorophenyl)-4-phenyl-4,5-dihydro-1H-pyrazol-1-yl][4-(trifluoromethyl)benzene-1-sulfonamido]methylidene}carbamimidoyl)acetamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.13 Å
9M88 PGS fused GPR3 dimer with antagonist AF64394 提交 2025-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 218–413（196 aa）链 D 218–413（196 aa）	未记录	5YM (Z)-N-(2-hydroxyethyl)octadec-9-enamide × 2 A1EM1 tetracosan-1-ol × 2 1DO 1-DODECANOL × 8 A1EM3 [(2R)-3-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-2-decanoyloxy-propyl] dodecanoate × 4 A1EQ8 icosan-1-ol × 4 A1EM2 N-[(4-chloranyl-2-propan-2-yloxy-phenyl)methyl]-5-phenyl-[1,2,4]triazolo[1,5-a]pyrimidin-7-amine × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM NaCl, 100mM Hepes, 0.003% LMNG, 0.001% GDN cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9V2J8_PYRAB
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 210–405； UniProt 218–413

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6me3
沉积日期 deposition_date	2018-09-05
结构标题 title	XFEL crystal structure of human melatonin receptor MT1 in complex with 2-phenylmelatonin
关键词 keywords	GPCR, melatonin receptor type 1A (MT1), 2-phenylmelatonin, membrane protein, XFEL, LCP, PGS, circadian rhythm, jetlag; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.83 Å
零角强度 I(0) i0	38988100.00
分子量 molecular_weight	53397.0 kDa
排除体积 excluded_volume	68702 Å³
包络体积 envelope_volume	85408 Å³
水化壳体积 shell_volume	25196 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.6 Å
壳层 Rg shell_rg	35.15 Å
包络 Rg envelope_rg	29.75 Å
形状 Rg shape_rg	29.84 Å
总 Rg total_rg	30.37 Å
总原子数 total_atoms	3769
残基数 n_residues	482
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.7 Å
Rg (实空间) rg_real	30.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.98 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8990e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.8860e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	38990000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8204
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	23.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.372
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.759
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.723; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.618; Smooth: 0.875

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	chimera protein of Melatonin receptor type 1A and GlgA glycogen synthase
分子量 formula_weight	56597.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3795

GTSQPVLRGDGARPSWLASALACVLIFTIVVDILGNLLVILSVYRNKKLRNAGNIFVVSLAVANLVVAIYPYPLVLMSIFNNGWNFGYLHCQVSAFLMGLSVIGSIWNITGIAIDRYLYICHSLKYDKLYSSKNSLCYVLLIWLLTLAAVLPNLRAGTLQYDPRIYSCTFAQSVSSAYTIAVVVFHFLVPMIIVIFCYLRIWILVLQVRGIDCSFWNESYLTGSRDERKKSLLSKFGMDEGVTFMFIGRFDRGQKGVDVLLKAIEILSSKKEFQEMRFIIIGKGDPELEGWARSLEEKHGNVKVITEMLSREFVRELYGSVDFVIIPSYFEPFGLVALEAMCLGAIPIASAVGGLRDIITNETGILVKAGDPGELANAILKALELSRSDLSKFRENCKKRAMSFSKLKPQDFRNFVTMFVVFVLFAICFAPLNFIGLAVASDPASMVPRIPEWLFVASYYMAYFNSCLNPIIYGLLDQNFRKEYRRIIVSLCTARVFFVDSSN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	N-[2-(5-methoxy-2-phenyl-1H-indol-3-yl)ethyl]acetamide
分子量 formula_weight	308.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	OLEIC ACID
分子量 formula_weight	282.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	122.400 Å
晶胞边长 b length_b	122.400 Å
晶胞边长 c length_c	122.900 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 4 21 2
空间群编号 int_tables_number	90
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2050
R_work r_work	0.2030
R_free r_free	0.2290

fit	/app/data/saxs_computation/me/6me3/6me3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/me/6me3/6me3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/me/6me3/6me3.dat

XFEL crystal structure of human melatonin receptor MT1 in complex with 2-phenylmelatonin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

chimera protein of Melatonin receptor type 1A and GlgA glycogen synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

chimera protein of Melatonin receptor type 1A and GlgA glycogen synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)