8kig

Cryo-EM structure of MC3R in complex with SHU9119

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 71.6 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8kig
沉积日期 deposition_date	2023-08-23
结构标题 title	Cryo-EM structure of MC3R in complex with SHU9119
关键词 keywords	alpha-MSH, MC3R, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.36 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.28 Å
零角强度 I(0) i0	13075500.00
分子量 molecular_weight	30072.0 kDa
排除体积 excluded_volume	38972 Å³
包络体积 envelope_volume	46369 Å³
水化壳体积 shell_volume	19548 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.2 Å
壳层 Rg shell_rg	26.43 Å
包络 Rg envelope_rg	20.78 Å
形状 Rg shape_rg	20.29 Å
总 Rg total_rg	21.26 Å
总原子数 total_atoms	2104
残基数 n_residues	263
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.6 Å
Rg (实空间) rg_real	21.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3080e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8200e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13080000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7177
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	69.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.342
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.298
角度范围 angular_range	— – 0.3700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1495000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.833; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.281; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.999

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

描述 description	Soluble cytochrome b562,Melanocortin receptor 3,GlgA glycogen synthase,Fusion protein
分子量 formula_weight	69030.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R
原子数 atom_count	2104

DYKDDDDKGSADLEDNWETLNDNLKVIEKADNAAQVKDALTKMRAAALDAQKATPPKLEDKSPDSPEMKDFRHGFDILVGQIDDALKLANEGKVKEAQAAAEQLKTTRNAYIQKYLLVPRGSNASCCLPSVQPTLPNGSEHLQAPFFSNQSSSAFCEQVFIKPEVFLSLGIVSLLENILVILAVVRNGNLHSPMYFFLCSLAVADMLVSVSNALETIMIAIVHSDYLTFEDQFIQHMDNIFDSMICISLVASICNLLAIAVDRYVTIFYALRYHSIMTVRKALTLIVAIWVCCGVCGVVFIVYSESKMVIVCLITMFFAMMLLMGTLYVHMFLFAGIDCSFWNESYLTGSRDERKKSLLSKFGMDEGVTFMFIGRFDRGQKGVDVLLKAIEILSSKKEFQEMRFIIIGKGDPELEGWARSLEEKHGNVKVITEMLSREFVRELYGSVDFVIIPSYFEPFGLVALEAMCLGAIPIASAVGGLRDIITNETGILVKAGDPGELANAILKALELSRSDLSKFRENCKKRAMSFSSCMKGAVTITILLGVFIFCWAPFFLHLVLIITCPTNPYCICYTAHFNTYLVLIMCNSVIDPLIYAFRSLELRNTFREILCGCNGMNLG

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	SHU9119
分子量 formula_weight	1078.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

XLDHXRWKX

Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	569550

fit	/app/data/saxs_computation/ki/8kig/8kig.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ki/8kig/8kig.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ki/8kig/8kig.dat

Cryo-EM structure of MC3R in complex with SHU9119

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (3)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)