SAXSdb — 9j9z

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9j9z
沉积日期 deposition_date	2024-08-23
最后修订 last_revision	2025-07-16
结构标题 title	Cryo-EM structure of Outward state Anhydromuropeptide permease (AmpG) complex with GlcNAc-1,6-anhMurNAc
关键词 keywords	AmpG, MFS, Anhydromuropeptide permease, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.26 Å
零角强度 I(0) i0	221084000.00
分子量 molecular_weight	125070.0 kDa
排除体积 excluded_volume	158350 Å³
包络体积 envelope_volume	215290 Å³
水化壳体积 shell_volume	46991 Å³
包络直径 envelope_diameter	136.7 Å
壳层 Rg shell_rg	43.80 Å
包络 Rg envelope_rg	37.97 Å
形状 Rg shape_rg	38.27 Å
总 Rg total_rg	38.62 Å
总原子数 total_atoms	8820
残基数 n_residues	1146
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	130.8 Å
Rg (实空间) rg_real	38.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6940e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	221100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8171
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	41.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.309
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.486
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.883; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.968; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	anti-BRIL Fab Heavy chain
分子量 formula_weight	23904.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H
原子数 atom_count	8820

EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNVVDFSLHWVRQAPGKGLEWVAYISSSSGSTSYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARWGYWPGEPWWKAFDYWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	anti-BRIL Fab Nanobody
分子量 formula_weight	13159.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

QVQLQESGGGLVQPGGSLRLSCAASGRTISRYAMSWFRQAPGKEREFVAVARRSGDGAFYADSVQGRFTVSRDDAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCAIDSDTFYSGSYDYWGQGTQVTVS

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	anti-BRIL Fab Light chain
分子量 formula_weight	23209.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYLYYSLVTFGQGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDSQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	Muropeptide transporter,Soluble cytochrome b562
分子量 formula_weight	64721.0 kDa
突变 mutation	G50W/L269W
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

YLRIFQQPKSAILLILGFASGLPLALTSGTLQAWMTVENIDLKTIWFFSLVGQAYVFKFLWSPVMDRYTPPFLGRRRGWLVTTQILLLIAIAAMGFLEPGTQLRWMAALAVVIAFCSASQDIVFDAWKTDVLPAEERGTGAAISVLGYRLGMLVSGGLALWMADKWLGWQGMYWLMAALLVPCIIATLLAPEPSADLADNWETLNDNLKVIEKADNAAQVKDALTKMRAAALDAQKATPPKLEDKSPDSPEMKDFRHGFDILVGQIDDALKLANEGKVKEAQAAAEQLKTTRNAYIQKYLGVPRTLEQAVVAPLRDFFGRNNAWLILLLIVLYKLGDAFAMSLTTTFLIRGVGFDAGEVGMVNKTLGWIATIIGALYGGVLMQRLSLFRALLIFGILQGVSNAGYWLLSITDKHLMSMAVAVFFENLCGGMGTAAFVALLMTLCNKSFSATQFALLSALSAVGRVYVGPIAGWFVEAHGWPTFYLFSVFAAVPGILLLLICRKTLEYTQQTESFMMRRHFSGAYQFALYLLLLGCLLLALWLIMLALNAIDYTSFSFLAGLLEVAALIAIAGVLLGAILDYLALRRTEE

来源 Source

来源生物 organism	Yokenella regensburgei
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	158877
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 non-polymer

描述 description	;(2R)-2-[[(1R,2S,3R,4R,5R)-4-acetamido-2-[(2S,3R,4R,5S,6R)-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-6,8-dioxabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]oxy]propanoic acid ;
分子量 formula_weight	478.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.970 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.97 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	173837

fit	/app/data/saxs_computation/j9/9j9z/9j9z.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j9/9j9z/9j9z.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j9/9j9z/9j9z.dat

Cryo-EM structure of Outward state Anhydromuropeptide permease (AmpG) complex with GlcNAc-1,6-anhMurNAc

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)