9h37

Crystal structure of stabilized A2A adenosine receptor A2AR-StaR2-bRIL in complex with compound 9, a novel nanomolar A2A receptor antagonist from modern hit-finding with structure-guided de novo design

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 106.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562

Homo sapiens

UniProt P0ABE7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 23–127 未记录 NA SODIUM ION × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 OLA OLEIC ACID × 21 A1IR0 2-(furan-2-yl)-7-pyridin-4-yl-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;293 K;0.1 M tri-sodium citrate pH 5.3-5.4, 0.05 M sodium thiocyanate, 29-32% PEG400, 2% (v/v) 2,5-hexanediol and 0.5 mM theophylline 分辨率 1.72 Å R-free 0.220

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 714 个其他 PDB 条目、822 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C562_ECOLX
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 218–322; UniProt 23–127

Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562

Homo sapiens

UniProt P29274

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–208 链 A; UniProt 219–317 未记录 NA SODIUM ION × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 OLA OLEIC ACID × 21 A1IR0 2-(furan-2-yl)-7-pyridin-4-yl-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-4-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;293 K;0.1 M tri-sodium citrate pH 5.3-5.4, 0.05 M sodium thiocyanate, 29-32% PEG400, 2% (v/v) 2,5-hexanediol and 0.5 mM theophylline 分辨率 1.72 Å R-free 0.220

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 185 个其他 PDB 条目、189 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AA2AR_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 11–217; UniProt 2–208 作者链 A; PDB构建体 324–422; UniProt 219–317

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9h37

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9h37
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9h37
沉积日期 deposition_date2024-10-15
结构标题 titleCrystal structure of stabilized A2A adenosine receptor A2AR-StaR2-bRIL in complex with compound 9, a novel nanomolar A2A receptor antagonist from modern hit-finding with structure-guided de novo design
关键词 keywordsadenosine receptor, GPCR, antagonist, chemical hit, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.87
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.45
零角强度 I(0) i059605500.00
分子量 molecular_weight43938.0 kDa
排除体积 excluded_volume44421 ų
包络体积 envelope_volume76780 ų
水化壳体积 shell_volume24691 ų
包络直径 envelope_diameter110.4
壳层 Rg shell_rg32.38
包络 Rg envelope_rg29.79
形状 Rg shape_rg29.34
总 Rg total_rg29.89
总原子数 total_atoms3356
残基数 n_residues385
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax106.1
Rg (实空间) rg_real30.38
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.32
I(0) (实空间) i0_real5.9610e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0150e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.16
I(0) (倒空间) i0_reciprocal59600000.0000
解质量估计 total_estimate0.7578
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.0
偏度 Skewness skewness0.677
峰度 Kurtosis kurtosis-0.189
角度范围 angular_range— – 0.2650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5873000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.534; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.371; Smooth: 0.879

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)